湿地松、加勒比松及其杂交种DNA的提取与微卫星PCR反应体系的优化

文章归纳总结了湿地松、加勒比松及其杂交种湿加松DNA提取的操作流程及其质量检测等方法,并就湿加松的微卫星PCR反应体系的优化问题,进行了一系列的试验,包括Mg2+浓度的梯度试验、不同退火温度和不同循环次数下的扩增试验。试验结果表明,用CTAB法在冰浴下研磨就可以得到质量较好的 DNA用于PCR扩增;PCR的最优反应体系使用20μl的反应体积,2．0 mM镁离子浓度,经30个循环后可扩增出较好的谱带。

樟树ISSR-PCR反应体系优化研究

以樟树基因组DNA为材料,分析了影响樟树ISSR-PCR的主要参数,确立了适用于樟树的ISSR反应体系和扩增条件。结果表明获得清晰、重复性高的樟树ISSR-PCR扩增条件为:20μL PCR反应体积中,1×PCR Buffer(10 mmol.L-1Tris.HCl,pH8.3,50 mmo.lL-1KCl),2.0 mmo.lL-1MgCl2,200μmol.L-1dNTPs,50 ng模板DNA,200 nmo.lL-1引物,0.5 UTaq DNA聚合酶。在扩增过程中,引物的适宜退火温度比其Tm值平均高3℃。这为今后利用ISSR标记技术开展樟树种间遗传多样性分析提供参考。

快速微量提取番茄DNA及SSR-PCR反应体系的优化

以番茄叶片为试材,采用改进的CTAB法,电钻研磨,提取过程中加入醋酸铜,设计4因素3水平的正交试验对PCR反应体系进行优化,同时利用梯度PCR对退火温度进行选择选择。结果表明:优化的10μL反应体系含:1×buffer,1.2 mmol/L Mg2+,1.5 mmol/L dNTPs,1.2μmol/L引物,0.75 UTaqDNA聚合酶,10 ng模板DNA。扩增程序为:94℃预变性2 min;94℃变性30 s,49.2℃退火30 s,68℃延伸30 s,共35个循环;最后72℃延伸8 min。优化的反应体系可以用于SSR分子标记机的研究,在所有SSR引物中基本都能有效扩增;改进的CTAB法提取的DNA纯度更高。

广西莪术SSR-PCR反应体系优化和引物筛选研究

以广西莪术(Curcuma kwangsiensis S.G.Lee et C.F.Liang)嫩叶为材料,采用单因素和正交试验设计建立和优化SSR-PCR反应体系和反应程序,对最适宜退火温度(Tm)进行筛选优化,对17对已公布的姜黄属通用性引物进行扩增试验,筛选出多态性好、条带清晰的引物。结果表明,建立了适合广西莪术SSR分析的反应体系和扩增程序,即在15μL体系中,DNA模板为30 ng/μL,3μL,Mix(包含DNTP、Mg2+、1×buffer、Taq酶)为5μL,dd H2O为6μL,引物为各0.5μL时,分析效果较好,扩增程序为94℃预变性5min;94℃变性30 s,根据不同引物的退火温度复性30 s,72℃延伸1.5 min,共35个循环;最后72℃延伸5 min;反应结束后,4℃保存。同时筛选出在试验材料中能产生较清晰主带的引物共12对,初步验证了应用SSR分子标记分析在广西莪术遗传多样性的可行性。

珍稀濒危植物五小叶槭ISSR-PCR反应体系的建立和优化

五小叶槭为珍稀濒危植物,在研究被子植物的系统发育和古地理、古气候等方面具有重要的科学价值。本研究采用2XTaqMaster Mix,综合考虑Taq酶、Mg^(2+)和d NTPs,对影响五小叶槭ISSR-PCR反应的3个因素(DNA模板、引物和Master Mix)进行3水平正交试验,从而优化出五小叶槭ISSR-PCR反应最佳体系。结果表明,引物用量对反应结果影响最大,其次为DNA模板,2XTaqMaster Mix对反应结果影响最小。最佳反应体系(25μL)为:DNA模板(50 ng·μL^(-1))1μL,引物2μL,2XTaqMaster Mix 13. 5μL。

甜菜SSR—PCR反应体系优化及基于DNA混合池的SSR引物快速筛选

应用L16（4^4）正交设计对影响甜菜SSR—PCR的主要参数进行优化，建立适于甜菜的SSR反应体系和扩增程序。20ul反应体系中含有模板70ngDNA，150umol／LdNTP，0．7umol／LSSR引物，0．5TaqDNA聚合酶／U，10×PCRBuffer（含Mg^2＋）2．0ul。以选择的87对SSR引物为对象，对10个甜菜基因组DNA样品等量混合，进行PCR扩增筛选引物，结果表明，与常规筛选方法相比，DNA混合池方法大幅度缩短了实验周期，显著减少了实验资源的消耗，可用于大量甜菜SSR引物的快速高效筛选。

发酵肉制品总微生物RAPD扩增条件的优化

以改进的氯化苄法抽提发酵肉制品总微生物DNA,进行随机扩增多态DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)分析。采用单因子梯度试验法对影响发酵肉制品微生物RAPD反应的反应体系、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶的用量及DNA模板浓度进行了筛选。结果表明,发酵肉制品微生物RAPD扩增条件为25μL PCR反应体积中,2.5mmol/L MgCl2,0.15mmol/LdNTPs,15pmol引物,50ng模板DNA,1.0U Taq DNA聚合酶。

不同加工方法对猪源性肉类基因组DNA提取效果影响的比较研究

为实现对加工食品动物源性成分的快速、准确鉴定,本文对从不同加工方式处理的猪肉样本中提取基因组DNA的PCR效果进行比较分析,考察了不同加工方法对猪肉样品DNA提取效果的影响,并在此基础上优化PCR反应体系。结果表明常见的加工方式(腌制、炸、烧、炒、蒸、炖煮)对提取效果无明显影响,但随着炖煮时间、温度和压力的增加,DNA受到了一定程度的破坏,对提取效果有一定影响。猪肉样品的检测,引物BatL5310/R6036R,退火温度62℃,PCR扩增效果良好。