梨SCoT-PCR反应体系的优化及‘库尔勒香梨’营养系变异鉴定

【目的】建立稳定性好、可重复性强、多态性扩增效果好的‘库尔勒香梨’SCoT-PCR反应体系,证明SCoT分子标记可以用于梨属植物优良营养系的鉴定。【方法】以新疆库尔勒农二师29团、33团和34团的‘库尔勒香梨’优良营养系为试材,通过L25(56)正交试验设计对‘库尔勒香梨’SCoT-PCR反应体系进行筛选,并对扩增反应程序进行优化,运用正交设计直观分析法和正交设计助手Ⅱ软件对正交设计扩增结果进行分析,从筛选出的20个引物中随机选择2条引物对24份材料扩增,用DNAMAN、Editseq、ORF Finder和NCBI-BLAST-tblastx对测序结果分析。【结果】优化后的香梨SCoT-PCR 20μL反应分析体系含(2.5 mmol·L^(-1)10×buffer with Mg^(2+))2.5μL、Taq酶1.5 U、引物10μmol·L^(-1)、模板DNA25 ng、dNTPs 1.6 mmol·L^(-1)。反应程序为94℃预变性4 min;94℃变性1 min,52℃退火45 s,72℃延伸1 min,30次循环;72℃延伸8 min。对测序结果分析表明:扩增产物的大小为200~2 000 bp,23份材料与对照材料存在单碱基的缺失,利用单碱基变异可以区分出24份材料,说明18份优良营养系材料发生了遗传变异。【结论】SCoT分子标记可用于梨树营养系变异的鉴定。