毕赤酵母的密码子用法分析

通过分析Pichiapastoris的 2 8个蛋白编码基因的同义密码子使用情况并计算该酵母的密码子用法 ,首次确定出P .pastoris的 19个高表达优越密码子。这些结果经与已知的Saccharomycescerevisiae及Kluyveromyceslac tis的密码子用法基本相似 ,但在氨基酸谷氨酸的密码子选择上截然相反 ,提示这可能属于P .

高频密码子分析法及其在烟草密码子分析中的应用

利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率 (RFSC) ,并根据RFSC值筛选出高频密码子 .将高频密码子分析法筛选出的酵母Y .lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较 ,证实高频密码子分析法的可靠性 .应用高频密码子分析法分析烟草的 2 5 6个cDNA全序列 ,计算出同义密码子的相对使用频率 ,初步确定烟草的高频密码子 ,为外源基因在烟草中的表达提供参考 .

马铃薯密码子用法分析及其在t-PA基因密码子改造上的应用

采用bioperl 1.0工具在红旗LINUX系统下自编了密码子分析软件;通过对马铃薯98个蛋白质编码基因序列(codonDNAsequence)的分析,计算出了马铃薯的密码子用法,并确定出了马铃薯的4个高表达优越密码子;依据马铃薯密码子用法和高表达优越密码子分析结果,对t PA基因序列进行了密码子的改造,得到了具有马铃薯密码子使用特点的t PA基因序列,从而为以马铃薯为生物反应器高效生产t PA奠定了分子基础。

杨树同义密码子用法的初步分析(英文)

杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。用杨树的314个蛋白编码基因,通过对应分析和ENC-plot分析探讨了若干重要因子对杨树密码子用法的效应。从分析结果中可以看出,在影响最大的第一条向量轴上,基因的坐标位置与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.94**),其次是与GC3S和基因长度极显著相关(r=0.86**和r=-0.57**),说明基因表达水平高低是影响密码子发挥作用的主要因素,基因编码区碱基组成和基因长度次之。ENC-plot分析结果也证明了这一点。相对密码子使用值(RSCU)的计算结果表明,高表达基因强烈偏好以A或T结尾的密码子,并确定了TTA和ATA等10个密码子为杨树的主要偏爱密码子。将杨树的密码子使用频率与拟南芥、水稻、大肠杆菌和人等不同模式生物种比较后发现,杨树密码子的偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥最为相似,与人和大肠杆菌之间的差异较大。

普通羊肚菌密码子偏好性分析

采用CodonW1.4.2软件和CUSP程序,以普通羊肚菌(Morchella conica)全基因组蛋白质编码序列(coding sequence,CDS)为对象,解析了该菌的有效密码子数(effective number of codon,ENC)、密码子3个位点的GC含量、相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)和高表达优越密码子。结果表明:普通羊肚菌全基因组密码子第2位密码子的GC含量明显低于第1位和第3位,第3位密码子与第1位含量差异不大,分别为57.8%和56.8%,RSCU值大于等于1的密码子总共35个,其中以G或C结尾的25个,占71.4%,确定了25个高表达优越密码子。

酵母Yarrowia lipolytica的密码子用法分析

分析了酵母Ｙａｒｒｏｗ ｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ 的４３个蛋白编码基因的同义密码子使用情况．计算了酵母Ｙａｒｒｏｗ ｉａｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ 的密码子用法；首次确定出酵母Ｙａｒｒｏｗ ｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ 的１７个高表达优越密码子．这些结果与已知的酵母Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ及Ｋ． ｌａｃｔｉｓ中的密码子用法存在较大的差别，说明Ｙａｒｒｏｗ ｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ

圆红冬孢酵母的密码子用法分析

运用CodonW等软件,分析了圆红冬孢酵母Rhodosporidium toruloides基因组中191个蛋白质编码基因的密码子使用模式,包括密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数和密码子使用频率。圆红冬孢酵母有效密码子数ENc值为38.9,密码子GC含量为63%,密码子第三位GC含量为78.3%,且偏好使用G或C结尾的密码子,确定了圆红冬孢酵母R. toruloides的21个高表达优越密码子。研究发现,圆红冬孢酵母与毕赤酵母、酿酒酵母、大肠杆菌和拟南芥在密码子使用频率上有较大差异,而与解脂耶氏酵母和果蝇差异相对较小。研究结果对提高外源基因在圆红冬孢酵母中表达效率及相关代谢工程和合成生物学研究有一定意义。

短短芽孢杆菌GZDF3全基因组密码子偏好性分析

为了解短短芽孢杆菌GZDF3全基因组密码子的使用特性,采用Codon W 1.4.2软件和Mobyle portal在线软件分析菌株GZDF3全基因组密码子偏好性,分析该菌的相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)、密码子适应指数(codon adaption index,CAI)、有效密码子数(effective number of codon,Nc)、同义密码子第3位中G/C含量(GC3s)和高表达优越密码子。结果表明,短短芽孢杆菌GZDF3密码子第2位密码子的GC含量明显低于第1位和第3位,为37.56%,第1位和第3位的GC含量差异较小,分别为55.50%和51.13%;基因组大部分Nc值介于30~60,说明密码子偏好性普遍偏弱;RSCU值大于1的密码子共有27个,其中以A或T结尾的14个,占51.9%,并确定了27个最优密码子,为外源基因表达提供理论基础。