国内养殖鱼类和进境鱼卵中传染性造血器官坏死病毒(IHNV)的检测及基因分析

用传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)的反转录聚合酶链及该方法在来自国内养殖场的患病牙鲆和虹鳟及进口的匙吻鲟鱼卵中检测出IHNV,同时对扩增出的IHNV的DNA片段进行了序列分析。结果表明,从国内养殖的牙鲆和虹鳟中分离出的IHNV与IHNV的标准株RB-1株在序列上都具有98.1%的同源性,推导出在氨基酸序列上分别具有97%和99%的同源性。从进口匙吻鲟鱼卵中分离的IHNV与RB-1株在序列上都具有92.5%的同源性,推导出氨基酸序列有93%的同源性。系统发育树分析结果表明,从国内发病的养殖虹鳟中分离出的IHNV与进口匙吻鲟鱼卵中检测到的IHNV在进化上关系较为密切。

传染性造血器官坏死病毒(IHNV)实时荧光环介导等温扩增快速检测方法的建立

建立了一套基于环介导等温扩增技术(LAMP)的实时荧光检测方法,用于IHNV的检测。根据IHNV的保守基因glyG,设计合成3套LAMP引物,LAMP反应在63℃下进行,引入环引物后,第3套LAMP引物显示出良好的扩增效率。以ESE-Quant tube scanner为恒温反应及检测平台,对IHNV进行实时荧光检测,反应在40 min内可得出结果。本研究建立的IHNV实时荧光LAMP法检测限达到3.6 pg。特异性试验表明仅IHNV发生特异性扩增,而SVCV、VHSV、HRV、PFRV以及IPNV均不发生反应。所建立的恒温实时荧光检测法操作简单、反应迅速,同时具有较高的灵敏度和特异性。引入的ESE-Quant tube scanner平台设备要求低,同时使扩增过程数字化和自动化,适合IHNV的现场检测和大规模疫病的监控。

一例虹鳟感染传染性造血器官坏死病毒的诊断及防控方案

在养鱼业中,传染性造血器官坏死病(IHN)是发病率较高的疾病之一。随着进口虹鳟和养殖鳟鱼行业的发展,可能会导致传染性造血器官坏死病毒(IHNV)的传播。世界动物卫生组织(WOAH)已将其纳入《水生动物卫生法典》,在我国,农业农村部发布的《中华人民共和国进境动物一、二类传染病、寄生虫病名录》将其列二类动物疫病,是一种必须要上报的动物疫病。

鱼类传染性造血器官坏死病毒RT-LAMP检测方法的建立及应用

将逆转录环介导的等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)引入到鱼类的传染性造血器官坏死病病毒(infectious haematopoietic necrosis virus,IHNV)检测中,建立了简单、快速、灵敏的IHNV检测方法。针对IHNV的聚合酶蛋白基因(polymerase protein,L)设计特异性引物,以IHNV基因组RNA为模板,在反转录酶和Bst DNA聚合酶的作用下进行RT-LAMP,反应产物添加SYBR Green I荧光染料后,肉眼观察阳性样本表现为荧光绿色,阴性样本表现为红棕色。2%琼脂糖凝胶电泳检测结果与可视化检测结果一致。该方法实现了检测结果的可视化。特异性分析显示该方法不与传染性胰脏坏死病毒(infectious pancreatic necrosis virus,IPNV)及病毒性出血性败血症病毒(viral haemorrhagic septicaemia virus,VHSV)发生交叉反应,并且可检测不低于10 pfu的IHNV RNA。本研究所建立的IHNV RT-LAMP可视化检测方法具有灵敏度高、特异性好、成本低、不依赖任何专门的仪器设备的优点,其检测结果直观可视化,可实现现场高通量快速检测。

传染性造血器官坏死病毒的新型环介导等温扩增(LAMP)荧光检测技术

本研究建立了一种检测传染性造血器官坏死病毒（IHNV）的新型荧光环介导等温扩增法,为实验室及现场检测IHNV提供特异性强、灵敏度高、快速、能实时观察扩增荧光信号的检测技术。针对IHNV全基因组序列设计了一组6条LAMP特异性引物,对4株不同来源的IHNV和8株不同的病毒进行特异性实验和灵敏度实验,结果表明该方法具有高度特异性,检测灵敏度可达3.64×10^-7μg/μL,比常规RT-PCR高1000倍,与荧光RT-PCR方法相当。通过环介导等温扩增技术（LAMP）和荧光检测技术相结合,使其检测时间能缩短至15～20分钟内完成检测,并可杜绝由于开盖加染料而导致的假阳性率偏高问题,在鱼病快速检测上具有重要意义。

二温式多重PCR检测鉴别对虾白斑综合征病毒(WSSV)和传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)的研究与应用

建立了一种同时检测对虾白斑综合征病毒(WSSV)、传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)的二温式多重PCR技术。根据基因库中WSSV(AF369029)和IHHNV(NC002190)基因序列,设计了两对分别与WSSV和IHHNV某段保守基因序列互补的引物,用这两对引物对同一样品中的WSSV和IHHNV DNA模板进行多重PCR扩增,结果均同时得到了两条大小与实验设计相符的593 bp(WSSV)和356 bp(IHHNV)特异性多重PCR扩增条带,而对其他对虾疾病病原的PCR扩增结果均为阴性;敏感性测定结果表明,该多重PCR技术最低能检测到WSSV和IHHNV DNA各100 pg。用该多重PCR对400份临床病料进行检测,结果230份检出WSSV,阳性率57.5%;96份检出IHHNV,阳性率24%;56份同时检出WSSV和IHHNV,阳性率14%。18份为阴性,阴性率为4.5%。结果提示了WSSV和IHHNV广泛存在于中国南方的养殖对虾中,作者建立的二温式多重PCR可以用于这两种病毒的临床快速检测和鉴别诊断。

四川地区一株传染性造血器官坏死病毒的分离鉴定及系统发育分析

2014年5月,四川省都江堰市某虹鳟养殖场暴发一种传染性疾病,幼鱼和鱼苗死亡率分别高达40%和80%。为探究此次疾病病因和流行规律,将病料进行解剖及细菌学检查、病理组织观察、人工感染实验、病毒分离、多重RT-PCR鉴定和系统发育分析。结果显示,病鱼主要临床症状表现为腹部膨大,体表发黑,肛门拖淡黄色黏液便,解剖见鳔壁、腹膜出血,胃胀气膨大和明显肠炎;细菌学检查为阴性;组织病理学上,头肾、肾脏和脾脏造血组织广泛性变性、坏死,肠黏膜下层嗜酸性颗粒细胞浸润与坏死,肝细胞变性、坏死形成局灶性的坏死灶,并在一些肝细胞胞浆内见嗜酸性包涵体。将病鱼的肝脏、脾组织研磨过滤灭菌后,腹腔注射20尾健康虹鳟,注射组均表现为急性死亡(累积死亡率=75%),并出现与自然发病鱼相同的症状。取病鱼组织匀浆滤菌液接种到鲤上皮瘤细胞(epithelioma papulosum cyprini,EPC),盲传3代出现典型的细胞病变效应(cytopathic effects,CPE)。针对IHNV、IPNV与VHSV的多重RT-PCR检测显示自然发病鱼、人工感染病鱼和病变细胞均为IHNV阳性,扩增序列与IHNV核蛋白(nucleoprotein,N)基因同源性为99.9%。对分离株的糖蛋白基因"Mid-G"区域进行系统发育分析,结果显示该分离株与亚洲分离株聚为一支,属于JRt基因型。本研究首次报道我国西南地区养殖虹鳟中IHNV感染引起的疾病。

传染性造血器官坏死病毒-Sn1203株的基因型及糖蛋白的生物信息学分析

利用鲤（Cyprinuscarpio）上皮细胞（epitheliaomapapulosumcyprini，EPC）培养传染性造血器官坏死病毒．Sn1203分离株（IHNV-Sn1203），根据GenBank中IHNVG蛋白基因开放阅读框（openreadingflame，ORF）的序列设计引物（GenBank序列编号AB288207），采用RT-PCR的方法克隆得到IHNV-Sn1203株G蛋白全长ORF，克隆至表达载体pET27b（＋）中，构建了pET27-G重组质粒，并进行了测序分析。生物信息学分析结果显示，IHNV-Sn1203株G蛋白基因序列长度为1527bp，与韩国株具有最高的核酸同源性（96．86％）和氨基酸同源性（97．05％）。该基因编码508个氨基酸残基，推导分子量约为56．55kD，等电点为6．15；氨基酸序列分析表明，G蛋白富含丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸，存在28个潜在的磷酸化位点；存在4个潜在的N-糖基化位点和7个潜在的O-糖基化位点；G蛋白N端含有20个氨基酸的信号肽；亲水性大于输水性；位于483～508位氨基酸存在一跨膜区；抗原表位预测显示抗原性良好；系统进化树分析显示，IHNV-Snl203株与日本株和韩国株聚为一簇，都属于JRt基因型。

用逆转录多聚酶链式反应从凡纳对虾中检出传染性皮下组织和造血器官坏死病毒

A reverse transcription polymerase chain reaction (RT PCR) was used for detection of infectious hypodermal and haematopoietic necrosis virus (IHHNV) from the gills and subcutaneous tissue of Penaeus vannamei (10-15cm in body size) without clinical signs. With primers 77012R and 77353F, a fragment of 356bp of IHHNV was amplified in RT PCR. The amplified product was sequenced and showed more than 98% homologue with the sequences of other IHHNV strains in Gene Bank.

1株传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)的分离与鉴定

将虹鳟鱼苗研磨过滤除菌后接种到胖头鱼肌肉细胞系(FHM)后出现了特征性病变(CPE),电镜下观察到IHNV病毒粒子。用传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)和传染性胰腺坏死病病毒(IPNV)等水生动物病毒特异性引物对该毒株进行RTPCR试验,结果显示,用IHNV的引物能扩增出阳性片段。将分离株暂时命名为CJ-13。应用DNAStar和MEGA5.2软件,将CJ13的N基因与多株GenBank中已发表的IHNV毒株相应基因进行同源性比对和构建系统树。核苷酸同源性显示CJ-13株与HV7601株的N基因同源性高达97.1%,推导出的氨基酸序列同源性为95.2%。系统进化树表明,CJ-13分离株与HV7601株遗传进化关系较近,属于同一分支。

常规PCR、实时定量PCR检测传染性皮下及造血器官坏死病毒的效果分析

对虾传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)可感染世界各地养殖对虾,给对虾养殖业造成严重经济损失。本实验首次采用实时定量PCR法对广西地区的84份凡纳滨对虾样品进行检测,同时以常规PCR检测作对照。实时定量PCR检测阳性率为79·8%,常规PCR检测阳性率为40·5%,表明广西地区养殖的凡纳滨对虾IHHNV的感染率较高。将二者检测均呈阳性的30份样品扩增产物进行序列分析测序,测序结果通过DNA STAR软件包进行分析,并通过NCBI Blast与GenBank中的序列进行比对。结果证明,测定的是IHHNV序列。30份样品的IHHNV序列很保守,可以分为4种类型,仅有两个碱基的位置发生变异。实时定量PCR检测IHHNV,快速、灵敏、准确,特异性好,可以作为检测对虾感染病毒的有效方法。

传染性造血器官坏死病毒抗原表位富集区的原核表达及应用

以传染性造血器官坏死病毒Sn1203株(IHNV-Sn1203)基因组RNA提取物为模板,利用生物信息学软件分析,通过RT-PCR一步法扩增截短的G蛋白基因序列(约375 bp),将其克隆到表达载体p ET-27b中,构建重组表达质粒p ET-27b-IHNV-short G,通过大肠杆菌Rosetta表达菌株获得高效表达。在IPTG浓度为0.25 mmol/L时,37℃诱导表达,经SDS-PAGE电泳分析显示目的蛋白相对分子质量约为14 000,符合预期大小,并以包涵体的形式表达,4 h时目的蛋白表达量最大。蛋白经变性、复性处理后获得不带任何标签的纯化蛋白,并利用该蛋白制备兔抗血清。ELISA结果显示,兔抗血清的效价为1∶80 000,说明制备的兔抗血清能够识别表达的重组蛋白;间接免疫荧光结果表明兔抗G蛋白血清具有良好的特异性,并且与VHSV参考毒株没有任何交叉反应。

二温式PCR检测对虾传染性皮下和造血器官坏死病毒的研究

根据对虾传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)基因序列,设计了1对可以扩增356 bp IHH-NV某段基因序列的特异性引物,优化建立了能快速检测IHHNV的二温式PCR。特异性试验和敏感性试验结果表明,该技术只对IHHNV DNA模板进行扩增,得到356 bp的DNA扩增片段,而对SPF南美白对虾组织DNA和其它对虾病原DNA/RNA的扩增结果为阴性;该技术最低能检测到10 pg的IHHNV感染对虾组织样品总DNA。应用该技术对400份对虾临床样品进行检测,结果有96份样品呈现阳性,表明该病在我国南方的养殖对虾中广泛存在,二温式PCR技术可以直接用于该病的临床快速检测和流行病学调查。

传染性造血器官坏死病毒-Sn株基质蛋白基因克隆及生物信息学分析

基质蛋白(matrix protein,M)是传染性造血器官坏死病毒(infectious haematopoieticnecrosis virus,IHNV)主要结构蛋白之一,是病毒感染后造成细胞凋亡的主要作用蛋白。为分析IHNV M蛋白的序列及结构特征,研究利用敏感细胞(EPC)培养传染性造血器官坏死病毒-Sn分离株(IHNV-Sn),根据M蛋白基因开放阅读框(open reading frame,ORF)的序列设计引物,利用RT-PCR的方法克隆得到M蛋白全长ORF,并且构建至表达载体pET27b(+)中,构建出pET27-M重组质粒。生物信息学分析结果显示,M蛋白基因的序列长度为588 bp,编码195个氨基酸残基,推导分子量约为21.88 ku,等电点为9.35;氨基酸序列分析表明,M蛋白富含丝氨酸、苏氨酸以及碱性氨基酸,存在丰富的α-螺旋、β折叠和无规则卷曲;M蛋白不含有信号肽;疏水性大于亲水性;没有跨膜区存在;抗原表位预测显示抗原性良好;结构预测显示,不存在N-糖基化位点,存在7个潜在的O-糖基化位点和15个潜在的磷酸化位点。系统进化树分析显示,IHNV-Sn株与美国分离株同为一簇。

传染性造血器官坏死病毒Sn1203株全基因组序列及系统进化分析

本课题组于2012年从中国东部的虹鳟鱼养殖场分离得到了严重威胁我国鲑鳟鱼养殖的传染性造血器官坏死病毒(IHNV)IHNV-Sn1203病毒株。根据GenBank中收录的IHNV病毒株的序列设计引物,将IHNV-Sn1203基因组序列分成5个片段进行RT-PCR克隆,最终得到完整的IHNV-Sn1203基因组序列。利用Lasergene和MEGA 5.0软件分析了IHNV-Sn1203株的全基因组序列、基因组编码蛋白、基因组末端和未翻译序列、以及病毒基因同源性和系统发育。结果发现,IHNV-Sn1203基因组全长11131nts,共编码6个病毒蛋白,大小分别为核蛋白(N)1176nts、磷蛋白(P)693nts、基质蛋白(M)588nts、表面糖蛋白(G)1527nts、聚合酶蛋白(L)5961nts和非结构蛋白(NV)336nts。IHNV-Sn1203株各基因间均具有保守的基因终止序列(Gene end,GE)、基因间序列(Intergenic regions,IG)、基因起始序列(Gene star,GS)及Kozak序列,以确保病毒基因的转录和翻译效率。系统进化分析发现,IHNV分为E、U、M、L和J共5个基因型,其中IHNV-Sn1203株与中国其他IHNV株具有显著的亲缘关系,属于J基因型中的J Nagano亚型。由G基因的进化分析发现,J基因型的病毒与U基因型亲缘关系最近,推测IHNV病毒最初可能通过进口鱼卵的方式由U基因型引入,随时间的推移逐渐进化为J基因型。

传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)分离株病原学研究及全基因组序列分析

为初步了解东北地区某虹鳟养殖场的一株传染性造血器官坏死病病毒株的病原学特征,将该病毒株进行虹鳟鱼苗人工回接感染试验。结果显示,一周内人工感染试验鱼均出现明显的临床症状。将病死虹鳟鱼苗研磨过滤除菌后接种到胖头鱼肌肉细胞系(FHM),出现了特征性病变(CPE),用传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)4组水生动物病毒的6对特异性引物对该毒株进行race-PCR,扩增其全长。结果显示,该病毒基因组全长为11 132 nt,基因组序列中4种核苷酸G、A、T、C含量分别为24.28%、28.67%、19.46%、27.59%。将序列与多株GenBank中已发表的IHNV毒株相应基因进行比较。结果显示,分离株G基因与韩国株ChYa07和PcKw11同源性较高,分别为97.8%和97.5%,其进化树分析结果显示,CJ-13株与韩国株和日本株在遗传进化关系上较近。

泰国输华斑节对虾传染性皮下和造血器官坏死病毒的检测与分析

为研究进口斑节对虾传染性皮下和造血器官坏死病毒(Infectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis Virus,IHHNV)的风险,本文采用了世界动物卫生组织(OIE)2015版手册中推荐的PCR方法,对2015年从泰国输华的329批次斑节对虾进行了IHHNV检测分析。结果发现,其阳性率高达36.8%,且主要是感染1型和2型,以及风险不明的未知型。因此,来自泰国的斑节对虾具有较高的IHHNV传入风险,应加强针对IHHNV的进口监测,减少其对我国对虾养殖的影响。

实时定量RT-PCR检测鱼类传染性造血器官坏死病毒方法的建立与应用

建立了Taqman实时定量RT-PCR方法检测传染性造血器官坏死病毒(IHNV)。选取IHNV病毒的N蛋白基因保守序列,利用PrimerExpress2.0软件设计引物和探针。以梯度稀释的含有IHNV目的扩增片段的质粒作为标准品,进行定量RT-PCR反应以确定检测灵敏度。病毒浓度在5×106—5个拷贝,共7个数量级的范围内,定量RT-PCR反应有"S"型扩增曲线,检测灵敏度为5个拷贝。根据病毒拷贝数与定量反应Ct值的关系,绘制了标准曲线。该方法具有特异性,对鲤春血症病毒(SVCV)、病毒性出血性败血症(VHSV)、传染性胰脏坏死病毒(IPNV)、草鱼呼肠孤病毒(GCRV)、流行性造血器官坏死病毒(EHNV)、EPC细胞系、牙鲆的核酸都没有扩增反应。在50批待检样品中,有3批鱼类感染IHNV,利用标准曲线进行了定量分析。实时定量RT-PCR检测IHNV方法,灵敏度高,特异性好,可以进行定量分析,在鱼病的快速检测上具有重要意义。

传染性造血器官坏死病毒毒株核蛋白基因片段的克隆及序列分析

利用RTG-2细胞对传染性造血器官坏死病毒(IHNV)的敏感性对IHNV-DL进行扩增,采用TR-Izol法提取病毒RNA,用IHNV核蛋白基因的一对通用引物进行RT-PCR扩增,将扩增出的一条786 bp的基因纯化、克隆至pMD18-T载体中进行序列测定,并与国内外已公布的病毒核蛋白基因进行比对和分析。结果表明:此病毒的核酸序列与标准毒株RB-1、代表毒株WRAC的同源性分别为96.3%和93.6%;翻译出的氨基酸序列与标准毒株RB-1、代表毒株WRAC的同源性分别为96.1%和93.5%。系统进化树分析结果表明,此毒株与中国近期公布的毒株zyx有密切的亲缘关系。

罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)的流行病学调查

传染性皮下和造血器官坏死病毒(infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus,IHHNV)是对虾养殖的重要病原之一,可感染多种虾种。罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是中国养殖的重要沼虾品种之一。根据国际兽疫局(Office International des Epizooties,OIE)推荐的IHHNV检测方法,在中国大陆地区首次开展IHHNV在罗氏沼虾中的感染和流行情况调查。结果显示,在研究区的罗氏沼虾养殖区,IHHNV广泛流行,阳性率高达90%;但所有成年罗氏沼虾均未表现出明显的病症,仅表现为病毒的携带。通过基因序列分析显示,检测到的华南地区毒株属于Ⅰ型感染株,与菲律宾株进化关系较为接近;华东地区毒株属于Ⅱ型感染株,与东南亚株进化关系较近。本研究为IHHNV在罗氏沼虾内的感染、流行和防控提供了详细参考。