靶向高通量测序技术(tNGS)在下呼吸道感染病原体检测中的诊断价值

目的探讨靶向高通量测序(Targeted Next-generation Sequencing,tNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法选取2022年1月—2023年12月广西梧州人民医院收治的295例疑似下呼吸道感染患者为研究对象,所有患者均行痰或肺泡灌洗液tNGS与传统病原学检测(Traditional Pathogen Testing,CMTs),以CMTs为金标准,分析tNGS的灵敏度、准确度、特异度、阳性预测值及一致性。结果295例疑似下呼吸道感染患者的检出结果显示,tNGS检测的阳性检出结果为290例,CMTs的阳性检出结果为289例。tNGS的灵敏度为99.31%,准确度为98.98%,特异度为80.00%,阳性预测值为99.65%。kappa值为0.722,提示两种检测方法具有较高的一致性。结论tNGS技术在疑似下呼吸道感染患者中具有较高的诊断价值。

宏基因组二代测序技术在儿童重症肺炎病原学诊断中的应用价值研究

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在儿童重症肺炎病原学诊断中的应用价值。方法回顾性分析71例重症肺炎患儿的临床资料,均进行mNGS检测及传统病原学检测(TPD)。比较mNGS与TPD病原体及细菌检测结果,并分析mNGS细菌检测阳性的影响因素及TPD细菌检测阳性的影响因素。结果71例患儿经mNGS病原体检测阳性66例,阳性率为93.0%;TPD病原体检测阳性51例,阳性率为71.8%。两者病原体检测结果一致性较差(Kappa=0.234),mNGS病原体检测阳性率显著高于TPD,差异具有统计学意义(P=0.001<0.05)。TPD细菌检测阳性率为38.0%(27/71),培养时间为(79.2±15.7)h;mNGS细菌检测阳性率为67.6%(48/71),检出时间为(54.0±16.9)h。两者细菌检测阳性率一致性较差(Kappa=0.299),mNGS细菌检测阳性率显著高于TPD,检出时间显著短于TPD,差异均有统计学意义(P<0.05)。71例患儿经mNGS细菌检测阳性48例(67.6%)作为mNGS阳性组,阴性23例(32.4%)作为mNGS阴性组;mNGS阳性组的月龄5.5(2.3,18.8)个月显著小于阴性组的18.0(3.0,54.0)个月,白细胞计数(WBC)13.2(8.5,18.6)×10^(9)/L、血小板计数(PLT)(466.2±258.7)×10^(9)/L显著高于mNGS阴性组的9.6(5.7,13.8)×10^(9)/L、(295.7±192.1)×10^(9)/L,差异均有统计学意义(P<0.05);两组性别、血红蛋白(Hb)、乳酸脱氢酶(LDH)、降钙素原(PCT)、抗生素使用率、氧合指数、先天性心脏病发生率、机械通气率、PICU住院天数、治愈出院率比较差异均无统计学意义(P>0.05)。71例患儿经TPD细菌检测阳性27例(38.0%)作为TPD阳性组,阴性44例(62.0%)作为TPD阴性组;TPD阳性组的抗生素使用率55.6%(15/27)显著低于TPD阴性组的81.8%(36/44),WBC13.5(10.8,22.5)×10^(9)/L显著高于TPD阴性组的10.0(6.1,14.6)×10^(9)/L,差异均有统计学意义(P<0.05);两组性别、月龄、Hb、PLT、LDH、PCT、氧合指数、先天性心脏病发生率、机械通气率、PICU住院天数、治愈出院率并比较差异均无统计学意义(P>0.05)。结论mNGS可显著提高重症肺炎病原体的检出率,对临床治疗有指导作用,且受抗生素使用的影响较小。

宏基因组学第二代测序对肺部感染的临床指导价值

目的探讨宏基因组学第二代测序(mNGS)对肺部感染的临床指导意义。方法收集43例住院肺部感染患者的临床数据,均采用mNGS技术和传统病原学检测技术进行病原体检测,评价mNGS技术在微生物病原体种类数、灵敏度、检测时长方面的优势。结果mNGS在微生物总的检出种类数量明显高于传统检测技术,差异有统计学意义(χ^(2)=7.85,P<0.05)。43例患者通过mNGS技术检测,28例检测出病原体并判读为致病原,灵敏度为65.12%,包括非重症患者18例,灵敏度为64.29%;重症患者10例,灵敏度为66.67%。通过传统检测技术检测出16例,灵敏度为37.21%;包括非重症患者9例,灵敏度32.14%;重症组7例,灵敏度46.67%。mNGS检测总灵敏度、非重症患者和重症患者的灵敏度均明显高于传统检测技术,差异均有统计学意义(χ^(2)分别=9.65、9.72、6.18,P均<0.05)。mNGS检测时间平均为(2.31±0.62)d,传统检测技术平均为(3.84±0.93)d,mNGS检测用时明显少于传统检测技术,差异有统计学意义(t=4.29,P均<0.05)。结论mNGS技术在检测微生物病原体种类数、灵敏度、检测时长方面均优于传统成熟技术,结合临床表现调整治疗方案患者可以明显受益。

宏基因二代测序在经验性治疗失败肺部感染患者中的应用

目的探讨宏基因二代测序(mNGS)技术在经验性治疗失败肺部感染患者中的应用。方法回顾性对上海交通大学医学院附属第九人民医院2021年9月至2023年11月收治的64例经验性治疗失败肺部感染患者进行分析, 采集患者痰液、支气管肺泡灌洗液等进行传统病原学检测及肺泡灌洗液mNGS检测, 比较传统病原学检测方法与mNGS检测方法对经验性治疗失败肺部感染患者病原体检测的差异。结果 64例经验性治疗失败肺部感染患者中, 肺泡灌洗液mNGS微生物检测阳性率高于传统病原学检测[87.50% (56/64)比57.81%(37/64)], 差异有统计学意义(P<0.01)。在mNGS检出的微生物中最常见为细菌感染, 以铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、副流感嗜血杆菌为主。mNGS在混合感染的检出率高于传统病原学检测[(65.63% (42/64)比15.63%(10/64)], 差异有统计学意义(χ^(2) = 33.17, P<0.01)。18例患者经mNGS技术检出耐药基因, 共检出21种耐药基因。有53.13%(34/64)的患者根据mNGS检测结果进行抗生素调整后病情好转。结论 mNGS技术可有效提高经验性治疗失败肺部感染患者微生物阳性检出率, 且可辅助评估抗菌药物耐药性基因, 指导临床抗菌药物调整, 从而提升治疗效果。