分段位序比对法揭示两个序列之间关系

采用同元素位序（REON）比对法可以减少50％以上的比对（无效比对），对于含有20种氨基酸（元素）的蛋白质序列可以减少95％左右的比对（无效比对），比对的效率还会随组成序列元素种类的增加而增大。如果结合合理的分段，可以进一步减少无用比对，合理的分段数可以使比对的复杂度趋于O（n）=～n。采用同位序差元素特征比较法（IODC）也可以实现复杂度无限趋近于n的目的。用同元素位序比对法比对两个细胞色素C只用了787次比对（是Needleman和Wunsch的动态规划法或Gibbs和McIntyre的点阵法的1／15），用REON比对法结合IODC比对DHAR的完整cds核酸序列（长度分别为645和693个核苷酸）只进行了15526次比对（可以减少到约700次左右，而动态规划法与点阵法需要446985次比对）；比对DHAR的氨基酸序列（长度分别为210和214个氨基酸）只用了242次比对。而且插入与缺失不会对比对结果产生任何影响。