银催化苄基C(sp^(3))—H键与炔丙基C(sp^(3))—H键的位点选择性胺化

探讨了一种合成环状氨基磺酸酯的新方法。采用AgClO4/三(2-吡啶基甲基)胺催化体系,催化苄基C(sp^(3))—H键与炔丙基C(sp^(3))—H键的分子内位点选择性胺化反应,以89%收率和9.2∶1位点选择性得到了环状氨基磺酸酯。反应具有条件温和、官能团耐受性好、原子经济性和步骤经济性高等优点,为碳氮的构建提供了一种选择策略。

尘螨过敏原硝基化的位点选择性分析

过敏原的硝基化会引起其致敏潜能的增强,进而带来更大的致敏性健康风险.过敏原蛋白质通常含有多个酪氨酸硝基化位点,分析过敏原硝基化的位点选择性是探究硝基化对过敏原致敏性影响的重要基础.本文以尘螨过敏原为研究对象,建立了基于超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)同时定量分析3种尘螨过敏原(Der f 1、Der p 1和Der p 2)的13个酪氨酸位点硝基化程度的方法,并应用于分析3种尘螨过敏原在过氧亚硝酸盐硝基化作用下的位点选择性.结果表明,3种尘螨过敏原均发生了位点特异性的硝基化,Y195、Y37和Y92分别为Der f 1、Der p 1和Der p 2中反应活性最高的硝基化位点.尘螨过敏原位点选择性的硝基化表明,在评价硝基化尘螨过敏原的致敏性变化时应当考虑其位点特异性的硝基化状况.

位点选择对核酶体外切割活性的影响

应用计算机对ｍｄｒ１ｍＲＮＡ二级结构进行模拟，设计针对ｍｄｒ１ｍＲＮＡ１９５９位ＧＵＣ和ｍｄｒ１ｍＲ－ＮＡ１７０５位ＧＵＵ的锤头状（Ｈａｍｍｅｒｈｅａｄ）核酶（Ｒｉｂｏｚｙｍｅ）基因，定点克隆于质粒ｐＧＥＭＥＸ－１的ＢａｍＨⅠ和ＥｃｏＲⅠ位点上；将ｍｄｒ１ｃＤＮＡ１３８３ｂｐ的片段亚克隆于ｐＧＥＭＥＸ－１的ＥｃｏＲⅠ位点上，在Ｔ３起动子作用下体外转录成ＲＺ１、ＲＺ２和１４３０ｎｔ的ｍｄｒ１ｍＲＮＡ，比较ＲＺ１和ＲＺ２对１４３０ｎｔ的ｍｄｒ１ｍＲＮＡ的切割活性的差异，结果ＲＺ１对１４３０ｎｔ的ｍｄｒ１ｍＲＮＡ切割活性较ＲＺ２高得多。上述结果表明：在应用核酶技术进行基因治疗时，应选择有效的核酶切割位点，以达到有效的治疗目的。

以芳基碘为碘化试剂的苯酚衍生物的位点选择性C-H键碘化反应

富电子苯酚类化合物的位点选择性C-H键碘化是一个挑战性的反应.报道了一类钯催化的、利用4-碘基-3-硝基苯甲醚为温和的碘化试剂,实现无保护2-芳基苯酚和2-苯氧乙酸类化合物的C-H键碘化反应.该反应适用于一系列富电子的苯酚类衍生物,且能够获得优秀的位点选择性和良好的官能团耐受性.结果表明,对于具有挑战性底物的C-H键碘化,经由形式复分解的C-H键碘化反应是一个潜在的有用方法.

数控车床,铣床刀位点的选择

介绍了数控车床、铣床刀位点的选择方法和原则．

试论企业产品品牌定位点的选择

企业产品同质化程度越来越高,迫使企业之间的竞争从产品竞争转移到了品牌竞争,而品牌塑造成功的关键在于品牌定位。确定品牌定位点,使其成为品牌的标识,是表现品牌在某一方面优于竞争对手的一种证明,也成为了企业产品市场营销工作能否取得成功的重要前提。阐述了企业产品品牌定位点的内涵,在此基础上重点分析了品牌定位点的选择标准、选择内容、选择范围和选择方法,利用"荣威550"的品牌定位过程进行了案例分析。

水龙骨科附生蕨类Rubisco大亚基的适应性进化:正向选择位点的鉴定

核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(Rubisco,EC 4.1.1.39)在植物光合作用中起重要作用,既负责碳同化又引发光呼吸。催化固定CO2的活性位点位于Rubisco大亚基,由叶绿体rbcL基因编码。水龙骨科是现存蕨类中最为衍生的类群,多为附生植物。为验证蕨类植物在白垩纪适应被子植物兴起而发生分化的观点,本研究以水龙骨科附生蕨类为对象,利用位点间可变ω(非同义替换率dN和同义替换率dS的比值)模型对其rbcL基因的适应性进化进行分析。通过比较模型M1a/M2a和模型M7/M8,在氨基酸水平上,共鉴定出7个正向选择位点:133L,251M,262A,265V,282Y,326I和362I。其中位点262A,265V,282Y及326I对维持Rubisco功能的重要性也得到已发表实验数据的支持。这些结果一方面显示了基于ω比值检验DNA编码序列分子适应的有效性,另一方面也提示水龙骨类可借助rbcL等功能基因的适应性进化,应对白垩纪被子植物引发的陆地生态系统改变。

酪氨酸相关蛋白酶1基因编码区系统发育分析和正选择位点检测

酪氨酸相关蛋白酶1(tyrosinase-related protein 1,TYRP1)是酪氨酸酶家族成员之一,也是第一个成功克隆的色素基因。为了探究选择压力对TYRP1基因在生物进化过程中的影响。本研究利用NCBI下载不同物种TYRP1基因编码区核苷酸及其蛋白序列,通过Clustal X对TYRP1基因编码蛋白序列进行比对,利用Pal2nal在线工具生成密码子多序列比对,DAMBE软件判断该碱基替代饱和度适合构建系统树后,利用最大似然法和PAML软件分别分析不同物种TYRP1基因的亲缘关系和选择压力。结果表明,TYRP1基因进化与哺乳动物的进化分类最为接近,位点模型检测表明TYRP1基因在适应性进化中主要受负选择的约束,而且在进化过程中曾承受正选择作用,共检测到13个正选择位点。本研究从分子进化的角度分析了TYRP1基因的生物进化模式,为该基因结构和功能的研究提供了新的思路。

生物进化中序列正向选择位点筛选方法的模拟研究

目的探寻生物进化中序列正向选择位点筛选的最佳方法。方法以流感病毒H3亚型HA1序列的进化树分析结果作为产生模拟序列的进化模式,按照不同的进化参数模拟序列数为8、16、32、64、128的样本,分别采用计数模型、固定效应似然比检验模型及随机效应模型筛选模拟序列的正向选择位点。结果随着分析序列数的增多、进化强度的增强,三种方法筛选正向选择位点的灵敏度均增高;同序列数、同进化强度的筛选中,计数模型、随机效应模型的灵敏度显著低于固定效应似然比检验模型;三种模型的运算速度由快至慢分别为计数模型、固定效应似然比检验模型、随机效应模型。结论对于高进化速度、大序列样本的流感病毒正向选择位点筛选,固定效应模型比其他两类方法更加适宜。

广东HCV进化与注射吸毒者HCV NS5B区正向选择位点的分析研究

目的了解广东HCV进化与注射吸毒者(IDUs)HCV NS5B区正向位点的选择压力情况。方法随机收集广东141(人)份HCV RNA阳性献血者和58(人)份HCV患者标本做HCV NS5B序列扩增,结合前期测序得到的2009年~2011年的献血者和IDUs HCV NS5B序列,用分子进化遗传学分析(MEGA)软件做同源性分析,贝叶斯进化分析抽样树(BEAST)软件包做进化分析,用Datamonkey在线软件包进化的混合效应模型(MEME)方法对IDUs分离的序列做选择压力分析,用进化分析软件Arlequin的Tajima和Fu中性检验分析种群扩张情况。结果本组IDUs不同亚型内部同源性比较结果为:HCV-3b同源性最高(97%),其次为HCV-3a(96%),HCV-6a(95%)和HCV-1b(94%);HCV进化速率分析显示:HCV-1b的进化速率最快[2.17E-03替换数/位点/年(y/y/y)],其次为HCV-3b(2.12E-03 y/y/y),HCV-3a(1.58E-03 y/y/y)和HCV-6a(1.28E-03 y/y/y);HCV理论感染人数分析:1980年~1990年是HCV-6a快速增长期,1990年~1995年是HCV-1b快速增长期,2000年~2007年是HCV-3a快速增长期;HCV群体遗传特征:HCV-1b、3a、3b和6a均经历了种群扩张,其中3a和3b最明显。HCV选择压力分析:IDUs NS5B序列中339个核苷酸有2个正向选择位点(第235和243位点),但此段基因的5个直接抗病毒药物(DAA)位点仅在第316位点发生了突变[突变率1.24%(14/1130)]。结论广东地区HCV 3b进化呈明显的种群扩张趋势,尤其在当地IDUs中的比例、同源性较高,应作为本地区HCV防治的重点。鉴于广东IDUs HCV NS5B基因片段的正向选择位点均非DAA结合位点,因此设想DAA对这些患者有较好的疗效。

丙型肝炎病毒5个基因的正选择位点研究

按照时间和亚型筛选丙型肝炎病毒5个主要基因(E1、E2、NS3、NS5A和NS5B)的正选择位点,并分析其变化规律。研究结果表明这些基因在总体上均受到纯化选择压力(平均ω<1),且大小依次是E2<E1<NS5A<NS5B<NS3;进一步的分子进化分析鉴定出多个正选择位点,且随着时间的变化,每个基因的正选择位点并非恒定,数目不断增加,位置不断更替;同一基因三个亚型间的正选择位点也不尽相同,1a亚型的正选择位点数目最多,1b亚型次之,3a亚型最少,这些结果使得对HCV的进化规律有了进一步的理解。

HLA-DRB1^(*)11:01与HCV感染的病毒选择压力及与CD4+T细胞表位的关系探讨

目的我们前期研究显示,无论在汉族人群还是黎族人群中,HLA-DRB1^(*)11∶01均是与机体自发清除HCV相关联的HLA-Ⅱ类基因,因此,本研究的目的是探讨HLA-DRB1^(*)11∶01基因与HCV感染的病毒选择压力及与CD4+T细胞表位的关系。方法对广东地区常见的HCV 6a慢性感染者HLA-DRB1^(*)11∶01阳性组和阴性组的E1E2和NS3基因进行病毒选择压力以及病毒群体扩张的分析。采用覆盖我国常见HCV基因型保守区的CD4+T细胞表位的重叠肽段刺激HCV自发清除组和慢性感染组,通过ELISPT实验,根据每孔的斑点形成细胞数以及在不同组出现的频次评估HLA-DRB1^(*)11∶01基因与CD4+T细胞表位的关系。结果广东地区常见的HCV 6a感染者HLA-DRB1^(*)11∶01阴性组E1E2和NS3的阳性选择位点以及位于CD4+T细胞表位的位点数均大于HLA-DRB1^(*)11∶01阳性组;两组HCV 6a感染者在广东地区均具有群体扩张趋势,且HLA-DRB1^(*)11∶01阴性组的扩张趋势明显高于HLA-DRB1^(*)11∶01阳性组。HCV自发清除组对其中5条肽段(C-52 E2691-707、C-119 NS31545-1560、C-134 NS4A1669-1684、C-154 NS4B1912-1927和C-159 NS4B1929-1944)刺激的应答率较高,HCV慢性感染组对其中的2条肽段(C-111 NS31497-1512和C-130 NS31650-1665)刺激的应答率较高。当考虑HLA-DRB1^(*)11∶01分型时,在慢性感染组和自发清除组HLA-DRB1^(*)11∶01阳性和HLA-DRB1^(*)11∶01阴性PBMCs产生的HCV特异性免疫应答均无统计学差异。结论研究揭示了HLA-Ⅱ类基因HLA-DRB1^(*)11∶01与HCV感染的病毒选择压力及与CD4+T细胞表位的关系,同时,获得HCV泛基因型CD4+T细胞抗原候选表位,为研发适合HCV泛基因型的T细胞疫苗提供基础数据。

正选择位点及其计算软件研究进展

随着分子生物学实验技术的发展和实验方法的改进,如今已经有大量的DNA相关数据。研究者从这些大数据中通过生物信息学的手段寻找关键的信息成为近年来的热门。介绍了计算正选择位点相关软件的发展过程及其现状。

以重水为氘源的钴催化脱卤氘代反应

自2017年氘代丁苯那嗪获得美国食品药品监督管理局批准以来,氘代化合物在药物开发领域的潜力受到越来越多的重视.开发高效实用的有机分子选择性氘化方法成为有机和药物化学家的研究热点.有机卤化物是性质稳定且来源广泛的化学品,其脱卤氘代反应已经发展成为构建氘代化合物的有效策略.然而,已报道的制备方法普遍存在氘代试剂昂贵、底物适用范围较窄或需要使用特殊的反应设备(光催化或电化学)等诸多问题.因此,开发简单普适的廉价金属催化体系,实现以廉价重水为氘源的脱卤氘代反应,具有重要的研究意义.相较于钯、铑等贵金属,储量丰富且毒性较低的钴金属催化剂对水分敏感度较低,且对C(sp2)-X和C(sp3)-X键活化都表现出较好的反应活性.基于此,本文开发了制备简单、普适性较好的钴催化体系,实现了位点选择性氘代化合物的构建.反应以锰金属为还原剂,重水为氘源,对各种类有机卤化物或类卤化合物,如芳基、烯基、苄基、烯丙基或烷基卤化物,均获得较好的收率和氘代率.值得注意的是,对于炔丙基乙酸酯类化合物,该催化体系也展现出较好的适用性,可以专一的选择性得到氘代联烯类化合物.在此基础上,成功将该方法应用于一系列药物类似物的选择性脱卤氘代.利用简单的C-O偶联和脱溴氘代反应,即可实现氘代的N-甲基度洛西汀的合成.鉴于药物分子直接进行氢-氘同位素交换时位点选择性控制的挑战,本文发展了卤代-氘代的两步策略.该策略成功应用于生育酚、萘普生、黄毒素、萘丁美酮等多个药物分子的位点选择性氢-氘同位素交换,充分展现出该催化合成方法在药物开发领域的应用潜力.为了验证反应机理,开展了一系列对照实验.结果表明,反应可能是由一价钴物种催化启动的.此外,自由捕获和抑制实验结果表明,反应并非通过自由基反应过程进行.基于以上实验结果提出了一个反应机理,它涉及Co(I)到Co(III)再回到Co(I)的催化循环.具体来说,首先,一价钴络合物与底物发生氧化加成生成三价钴络合物;随后,三价钴物种与重水络合,并通过还原消除的方式生成氘代化合物和一价钴物种.最后,为了验证这一机理,还利用密度泛函理论进行了计算,结果进一步证明了该机理的合理性.综上,本文利用钴催化体系,以廉价重水为氘源,实现芳基、烯基、苄基、烯丙基或烷基等卤化物,以及炔丙基乙酸酯类类卤化合物的选择性氘代反应.该反应表现出较好的底物适用性,为相关氘代有机化合物的制备提供了新思路.

不同基因型慢性乙肝患者的耐药变异位点分析

目的通过研究江西省核苷(酸)类似物(NAs)下乙肝病毒逆转录区(RT区)的变异位点,分析乙肝病毒耐药原因。方法采集104例门诊接受NAs抗病毒治疗且疗程≥1年的患者血清,扩增乙型肝炎病毒(HBV) RT区可能耐药变异位点片段。收集出现应答不佳时和挽救治疗1月后血清HBV DNA、丙氨酸氨基转移酶(ALT)水平,分析挽救治疗的疗效。采用BioEdit软件包进行核酸与氨基酸序列的比对,分析患者RT区主要变异类型及在不同基因型患者中的分布。采用DataMonkey在线软件进行不同基因型的选择压力及正选择位点分析。结果挽救治疗后患者HBV DNA、ALT水平均下降,HBV DNA水平降低更加明显,但在不同基因型中无差异。104例患者中87例检测出与药物相关变异位点,其中14例(13.46%)出现多位点耐药变异(3个及以上位点);剩余17例中7例未检出耐药变异位点,10例为可能耐药变异位点。C基因型M204I+L180M位点变异率高于B基因型,差异有统计学意义。选择压力分析表明,两种基因型的选择压力无差别,并且都以中性选择为主,B基因型中rt207、rt229为正选择位点,C基因型中未发现。结论江西省慢性乙型病毒性肝炎患者B、C基因型最为常见,并且以M204I位点变异为主,在B基因型中检测出正选择位点,说明核苷(酸)类似物的广范使用,促使新的基因功能出现,也可能是出现多个新耐药位点的原因。

全球柯萨奇病毒A组6型VP1区进化与正向选择位点分析

目的基于柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6,CV-A6)VP1编码区寻找与其流行强度增加有关的关键氨基酸位点。方法对GenBank数据库中全部CV-A6 VP1编码区核苷酸序列进行筛选,获得其中的1533条序列进行比对。使用RAxML软件构建最大似然树。使用Shannon Entropy在线分析工具计算序列的氨基酸置换熵值,并用Datamonkey在线分析平台通过MEME,SLAC和FUBAR三种方法来分析正向选择位点。结果目前全球流行的CV-A6以D3基因亚型为主。在VP1编码区存在三个高度可变的氨基酸位点,分别是VP1-5、VP1-30、VP1-137。三种方法均发现VP1-5、VP1-90、VP1-137三个位点在流行中受到过正向选择的作用。结论应继续加强对D3基因亚型CV-A6的监测,D3基因亚型的CV-A6在位于DE环中的VP1-137高度可变且受到了正向选择的作用,需要加以重视,并通过进一步研究来确定它与D3亚型广泛流行的关系。

植物登陆过程中光合作用相关基因的进化

现代陆生植物的祖先大约在5亿到4.7亿年前登陆,这是植物进化过程中的重要事件。光照不仅是植物的主要能量来源,还是主要的环境信息来源之一。一般认为,光合作用效率越高,植物的适应能力越强。植物登陆过程前后,环境从光照、光强到二氧化碳/氧气浓度比等都发生了变化,比如适应陆地生活的海草重新返回水生环境,猜测在这个过程中植物光合作用的相关的关键功能基因可能发生了进化。为了证明该假说,以链形植物门绿藻和低等陆地植物为主要研究对象,通过从Gen Bank收集相关基因序列以及从几株相近绿藻中提取测定DNA序列,利用PAML"分枝-位点"模型对光合作用光反应和暗反应中的psb A、rbc L、rca 3个基因进行了适应性进化分析。结果显示植物登陆过程前后,在这3个光合作用相关基因中均未检测到统计上显著的正选择位点,反而在绿色植物早期分化(绿藻门和链形植物门)过程中却发现有明显的正选择痕迹。这些惊人的结果提示植物登陆前后从水体到陆地的环境变化对光合作用的影响可能并不大,其它诸如角质膜、气孔器等相关的基因可能发挥了更大的作用。

凤尾蕨科植物rbcL基因的适应性进化分析

为深入理解蕨类植物辐射式物种分化的分子适应机制,在时间框架下,采用位点模型和分支-位点模型对凤尾蕨科植物rbcL基因的进化式样进行了分析。通过比较模型M1a/M2a和M7/M8,在氨基酸水平上共鉴定出6个正选择位点:149I、251M、255V、282F、359S和375F,其中位点282F对维持Rubisco功能有重要作用。分别检验凤尾蕨科的附生分支和水蕨类分支发现,前者不具适应性进化位点,而后者有两个位点(230A和247C)经历正选择。相对于荫蔽的光条件,水生生境可能对RbcL亚基的选择作用更强。另外,基于UCLD分子钟模型估算出的凤尾蕨科各分支分化时间表明,该科物种丰富度的辐射式增长发生在新生代渐新世,推测古、始新世最热事件可能对物种分化的形成也产生一定作用。这对认识薄囊蕨类如何应对被子植物兴起导致的陆地生态系统改变具重要意义。

H3N2亚型人甲型流感病毒HA1序列进化正向选择位点研究

目的筛选H3N2亚型人甲型流感病毒红细胞凝聚素（HA1）序列中的正向选择位点,为进一步揭示流感病毒的变异规律。方法从NCBI GenBank和流感数据库中下载甲型流感病毒H3亚型RNA4节段序列,用两步聚类法将全部序列分为6个年代类别,使用固定效应似然比检验模型分别筛选每一类中的正向选择位点,并使用两步聚类法归纳所筛选出位点的正向选择压力变化模式。结果各年代类别筛选出的正向选择位点不完全相同,共有50个位点在进化过程中经历过正向选择,其中有42个位点属于5个抗原决定簇之一,A、B抗原决定簇在各年代均有较多的位点入选,且承受较大的免疫选择压力。50个位点可被归纳为7种变化模式,前6种模式的位点依次在某一个时间段存在正向选择,第7种模式则在多个年代中均存在正向选择。结论分析结果提示流感病毒HA1序列在进化过程中的正向选择位点并非恒定,而是在不同年代中存在更替趋势。抗原决定簇A、B的变异在流感进化过程中起关键作用,8个位于非抗原决定簇正向选择位点有可能是未被识别的抗原决定簇位点。

昆虫几丁质酶的进化与保守性质的比较基因组学研究

昆虫几丁质酶家族属于第18家族糖苷键水解酶,主要参与昆虫蜕皮、细胞增殖和免疫等生理过程。在7个物种基因组数据中通过BLASTP和PSI-BLAST的方法获得131条chitinase和chitinase-like的同源蛋白质,利用隐马尔科夫算法,找到了几丁质蛋白的保守模体区域。通过进化树分析,将所选的蛋白分为9组,与糖苷水解酶18催化结构域和几丁质结合结构域的特性一致。通过PAML软件计算出几丁质酶的正向选择位点,发现了豌豆蚜虫中的A.pisum xp003243674.1为一条新的几丁质酶蛋白。对深入研究昆虫几丁质酶结构与功能很有帮助。