甘薯及2个近缘野生种ndhA,ndhB,ycf3,atpA和rps8基因RNA编辑位点的鉴定与分析

在陆生高等植物叶绿体中,RNA编辑普遍存在.为探究甘薯属植物叶绿体RNA编辑的起源与进化及基因的转录调控,以甘薯属六倍体栽培种徐薯18以及近缘野生种三浅裂野牵牛(I.trifida)和五爪金龙(I.cairica)为材料,采用生物信息学等方法,对5个蛋白编码基因RNA编辑位点进行分析鉴定.结果共预测到分布于3个物种中5个蛋白编码基因的94个编辑位点,均为C到U的碱基替换.通过验证,共27个真实存在的RNA编辑,编辑包括碱基的缺失、插入与替换,氨基酸转变类型增加.通过比较知,甘薯与2个野生种之间RNA编辑位点的保守性较低.另外,仅徐薯18中ndhB基因编辑后编码的蛋白质跨膜结构域增加,但大部分RNA编辑对蛋白质二级结构影响不大.

基质辅助激光解吸附飞行时间串联质谱法测定rhEPO唾液酸含量及鉴定糖基化位点

Erythropoietin (EPO) is a glycoprotein with three N-glycosylation sites and one O-glycosylation sites. According to the reference, all of the N-glyco-chains were acid complex type. The amount of sialic acid in rhEPO was determined and two N-glycosylation sites on it were confirmed by matrix-assisted laser desorption time of flight-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF-TOFMS) in this paper. The total amount of sialic acid in rhEPO accounts for 12.97%. Two N-glycosylation sites (Asn38,Asn83) were identified successfully.

蛋白质SUMO化修饰位点的鉴定技术进展

SUMO分子介导的可逆的蛋白质修饰对真核细胞的生命活动至关重要。但由于生物体内SUMO化修饰水平非常低,蛋白质SUMO化位点的鉴定面临很多困难。目前对蛋白质SUMO化修饰位点的分析主要是基于生物信息学预测结合氨基酸突变的生物化学方法和质谱鉴定技术为主。一方面通过已知的SUMO修饰位点的修饰特点及SUMO化修饰形式的共性,采用计算机算法预测SUMO修饰底物的位点,利用定点突变技术鉴定其确切位点。另一方面应用基于质谱的技术并结合试验的方法明确底物分子的SUMO化修饰位点。这些方法无疑对蛋白SUMO化修饰位点的鉴定提供了可行的技术手段。但对于真核细胞生物来说,经酶解后留在SUMO化修饰肽段上的C端过长是造成测定具体SUMO化修饰位点的最大障碍。因此发展更加灵敏,快速,大规模的鉴定SUMO化修饰位点的新方法将为发现新的潜在的SUMO修饰底物的成为可能。

槲皮素-3-O-葡萄糖苷抑制α-乳白蛋白非酶糖基化机制分析

以牛α-乳白蛋白(bovineα-lactalbumin,α-La)和果糖为非酶糖基化模型,分析槲皮素-3-O-葡萄糖苷(quercetin-3-O-β-D-glucuronide,Q3G)对α-La非酶糖基化过程中果糖胺和5-羟甲基糠醛(5-hydroxymethylfurfural,5-HMF)形成及游离氨基含量和褐变度的影响,然后结合分子对接和质谱鉴定技术进一步揭示其对非酶糖基化的抑制机理。结果表明:Q3G能显著减轻糖基化过程中的褐变程度,增加游离氨基含量,抑制果糖胺和5-HMF的形成,延缓糖基化反应的进程,且Q3G添加量为2 mmol/L时效果最好。分子对接结果表明Q3G可通过氢键、范德华力和疏水相互作用与α-La的活性氨基酸残基进行结合,影响α-La和果糖的糖基化反应,缓解糖基化反应的进程。同时,超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道离子阱串联质谱分析也发现Q3G屏蔽了糖基化的潜在活性位点Lys93和Lys108,且新增糖基化位点Lys98的糖基化活性较弱,可达到抑制非酶糖基化的作用。本研究可为Q3G作为潜在抗糖基化剂的开发提供理论基础。

HBV DNA整合与慢性乙型肝炎、原发性肝癌关系研究进展

乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）是导致慢性肝炎的主要病因,同时也是原发性肝细胞癌的主要危险因素之一,研究证实HBV可以通过整合自身基因进入到宿主基因组中或者通过其结构蛋白、分泌蛋白,或者通过表观遗传导致宿主基因突变,突变主要包括,肝细胞部分DNA缺失和染色体重排等.HBV D N A整合对病毒本身和宿主肝细胞可以产生影响,有些突变与慢性乙型肝炎（chronic hepatitis B,CHB）和终末期肝病[肝硬化、原发性肝癌（primary liver cancer,PLC）]有关.我们总结归纳该领域HBV DNA整合方面的主要研究成果予以综述.期望为乙型肝炎慢性化机制研究以及PLC基因诊断和治疗提供新的思路和线索.

HBV DNA整合与乙型肝炎、PHC关系的研究进展

乙型肝炎病毒(HBV)是导致慢性肝炎的主要病因,同时亦是原发性肝细胞癌(PHC)的主要危险因素之一,研究证实HBV可通过整合自身基因进入到宿主基因组中或通过其结构蛋白、分泌蛋白,或通过表观遗传导致宿主基因突变,突变主要包括肝细胞部分DNA缺失和染色体重排等。HBV DNA整合对病毒本身和宿主肝细胞可产生影响,系列研究表明,乙型肝炎慢性化和PHC的发生发展与HBV DNA选择性整合可能存在关联,与乙型肝炎慢性化和PHC相关联整合位点的鉴定,将为乙型肝炎慢性化机制研究提供新的思路和线索,对未来临床基因诊断和治疗CHB及PHC有指导意义。

异基因造血干细胞移植后供受者嵌合状态自动分析和监测平台的开发和应用

目的:开发一套基于短串联重复序列(STR)标记和毛细管电泳法进行异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)后嵌合率检测时可自动数据分析和报告的工具软件,以提高工作效率。方法:采用Apache+MySQL+PHP+HTML5技术搭建数据库和访问界面,根据基于STR和毛细管电泳法判别STR位点基因型和计算嵌合率的规则设定分析逻辑和流程。抽取100例allo-HSCT患者的STR分型和移植后194次嵌合率检测数据,应用此平台进行自动STR位点分型鉴定、嵌合率计算及生成报告。结果:所搭建的分析平台可实现自定义STR位点、基因型智能识别、嵌合比例自动分析、检测信息数据库化管理,可自动生成含该患者多次检测、多种不同成分细胞嵌合比例结果的整合报告和嵌合比例趋势图等功能,并且可通过浏览器多用户同时访问和使用。应用该平台自动分析和有经验人员的手工分析结果完全一致,并且通过自动化减少了手工分析失误的可能。使用该平台自动分析所用时间约为手工分析的1/6-1/5。结论:本研究搭建的嵌合率自动分析平台运行稳定、位点分型和嵌合率分析结果可信,可提高工作效率和报告内涵,具有推广应用价值。