琼脂糖凝胶直接杂交快速鉴定低拷贝数转基因

采用常规的ＰＣＲ方法检测低拷贝数转基因有一定困难．提出一种使用琼脂糖凝胶直接杂交的方法，结果明确、简单可行，是转基因动物中低拷贝数转基因鉴定的一种较好方法．

低深度基因组拷贝数变异测序(CNV-Seq)联合染色体核型分析在胎儿嵌合体诊断中的应用价值

在胎儿嵌合体诊断中,予低深度基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-Seq)+染色体核型分析,评价应用诊断价值价值。方法:以常规诊断的孕妇为分析对象(2019.01-2020.12),获98份羊水标本,予CNV-Seq、染色体核型分析,评价对胎儿嵌合体的诊断价值。结果:98份羊水标本,CNV-Seq+G带核型分析,染色体嵌合体检出11(11.22%)例,其中核型检测出9(9.18%)例, CNV-Seq检出9(9.18%)例,CNV-Seq、染色体核型分析均检出胎儿染色体嵌合7(7.14%)例。在11份异常羊水标本中,NIPT、超声及NT、高龄、唐氏筛查检出嵌合体检出4(36.36%(4/11))份、4(36.36%(4/11))份、1(9.09%(1/11))份、2(18.18%(2/11))份。CNV-Seq联合染色体核型分析为胎儿染色体嵌合体的病例中,性染色体数目或结构异常4例,常染色体数目、结构异常6例、1例,其中性染色体、常染色体异常嵌合病例1、3例,CNV-Seq、染色体核型分析结果不一致。结论:在胎儿嵌合体诊断中,应用CNV-Seq联合染色体核型分析,诊断价值明确,能弥补羊水穿刺诊断的不足,能为产前遗传咨询提供实验室诊断结果,推荐使用。

低深度全基因组测序拷贝数变异分析技术在性发育异常患儿诊断中的应用价值

目的探讨低深度全基因组测序拷贝数变异分析(CNV-seq)技术在性发育异常(DSD)患儿诊断中的应用价值。方法纳入2019年10月至2020年10月至郑州大学第一附属医院就诊的5例身材矮小或外阴发育异常的DSD患儿。在外周血染色体核型分析、全外显子组测序(WES)、SRY基因检测的基础上,进行CNV-seq检测以明确病因。结果患儿1和2的社会性别为女性,染色体核型均为46,XY,WES结果为阴性,CNV-seq结果分别为46,XY,+Y(1.4)和46,XY,-Y(0.75)。其余3例患儿均携带可疑的Y染色体,综合分析发现其核型分别为45,X[60]/46,X,del(Y)(q11.221)[40]、45,X,16qh+[76]/46,X,del(Y)(q11.222),16qh+[24]和45,X[75]/46,XY[25]。结论联合运用CNV-seq等分子遗传学技术明确了46,XY DSD患儿的Y染色体拷贝数变异及45,X/46,XY DSD患儿可疑Y染色体的性质,为其临床诊疗提供了重要的依据。

低深度全基因组测序技术在儿童智力障碍/全面发育迟缓诊断中的应用

评估低深度全基因组拷贝数变异测序技术(Copy Number Variation Sequencing, CNV-Seq )在儿童智力障碍/全面发育迟缓诊断中的作用。方法 选择2020年1月-2023年10月,在玉林市妇幼保健院就诊或检测的200例智力障碍/全面发育迟缓儿童作为研究对象,采集外周血样本进行CNV-Seq检测,部分患儿同时接受染色体核型分析检测。对检测结果进行统计分析。结果 CNV-Seq共检出阳性拷贝数变异(CNVs)62例,阳性率31%,致病相关CNVs共43例,致病相关CNVs检出率21.5%。致病性CNVs分布广泛,以5Mb以下为主(8%)。43例CNV-Seq检出致病相关CNVs的病例中,14例同时接受核型分析检测,核型分析漏检率为35.71%。结论 基因组拷贝数变异是导致儿童智力障碍/全面发育迟缓的重要遗传学因素,CNV-Seq可为其提供有效的诊断依据。

自然流产及指征引产组织与染色体异常的关系

目的探讨自然流产及指征引产组织与染色体异常的关系。方法采用低深度高通量全基因组拷贝数变异测序(CNV-Seq)技术对自然流产组织和指征引产胎儿组织进行染色体检测,其中自然流产标本141例,指征引产标本69例。结果自然流产组织141例,指征引产组织69例均检测成功。141例自然流产组织中染色体异常65例,检出率为46.10%,其中染色体数目异常46例,意义不明或良性结构异常12例,致病性结构异常7例;69例指征引产组织中染色体异常28例,检出率为40.58%,其中染色体数目异常13例,意义不明或良性结构异常10例,致病性结构异常5例。结论染色体异常(数目和结构)是导致自然流产和指征引产的主要原因,采用CNV-Seq技术检测自然流产和指征引产组织有利于查找遗传学病因,对再次生育指导有重要意义。

一种改进的快速Southern杂交方法

本文提出一种使用琼指糖凝胶直接杂交的方法,结果明确、简单可行,是微量核酸、低拷贝基因鉴定以及疾病核酸诊断的一种较好方法。

应用CNV-Seq技术分析163例肠管回声增强胎儿的染色体拷贝数变异

目的评估低深度全基因组拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing,CNV-seq)在胎儿肠管回声增强(echogenic fetal bowel,EB)孤立型及合并其他超声软指标(合并型)中的诊断价值及遗传病因分析,为临床遗传咨询提供指导。方法以2017年12月至2021年6月就诊于本中心共163例为研究对象。采集羊水(162例)或绒毛(1例)进行CNV-Seq检测,结合生物信息学分析其致病性CNVs情况。结果163例中共检出13例(8.0%)阳性,包括9例(5.5%)非整倍体及4例(2.4%)CNVs。其中孤立型EB组和合并型EB组阳性率分别为1.7%(1/58)和11.4%(12/105),经卡方检验,两者存在显著差异(P<0.05)。两组中各发现一例Xp22.1重复,为女性DMD携带者,后健康出生。合并型EB组中发现9例非整倍体及2例致病性/疑似致病性CNVs,均引产。结论合并型EB胎儿的非整倍体及致病性CNVs阳性率远高于孤立型EB,且大部分终止妊娠。这提示在临床上相对于孤立型EB,需要更加关注合并型EB胎儿,及时进行产前诊断及遗传咨询。

罕见的6p重复伴末端缺失综合征1例患儿的临床表型及遗传学分析

目的探讨1例生长发育迟缓和智力低下(DD/ID)患儿的遗传学病因。方法选取2023年6月3日因"生长及智力发育迟缓、颅面部多发畸形、反复上呼吸道感染"就诊于深圳市龙华区妇幼保健院的1例女性DD/ID患儿及其父母作为研究对象。对患儿及其父母进行外周血染色体核型分析、低深度全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)和染色体微阵列分析(CMA),用荧光原位杂交(FISH)对候选拷贝数变异(CNV)进行家系验证。本研究通过深圳市龙华区妇幼保健院医学伦理委员会的审查(伦理号:2023052504)。结果患儿为8岁女性,具有不明原因的生长及智力发育落后、多发颅面部畸形、反复感染。患儿的外周血染色体G显带核型为46,XX,add(6)(q23),其父母核型未见异常。CNV-seq检测提示患儿6p25.3p22.3区存在21.38 Mb片段重复,6p25.3区存在0.78 Mb末端缺失。CMA检测证实患儿存在6p25.3(chr:934267_22310728)区段重复,6p25.3存在近端粒区(chr:156975_931936)缺失。FISH检测提示患儿的CNV为新发变异。结论联合外周血染色体G显带核型分析、CNV-seq、CMA及FISH检测确诊了1例DD/ID患儿的病因。患儿的异常表型可能是由6p重复伴末端缺失所致。

CNV-seq在高危孕妇产前诊断中的应用价值

目的探讨低深度全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)在高危孕妇产前诊断中的应用价值。方法选取2018年7月至2019年11月于本院就诊的271例高危孕妇为研究对象。根据无创产前检测(NIPT)的结果,将271例高危孕妇分为NIPT阳性组(n=83)和其他异常组(高龄、唐筛高风险、NIPT两次检测失败、不良孕产史、超声提示异常、自身表型异常)(n=188),应用CNV-seq技术对两组孕妇进行羊水细胞DNA的拷贝数变异(CNVs)检测,同时进行羊水细胞染色体核型分析,将二者的结果进行比对。结果在271例孕妇中,CNV-seq共检出致病性CNVs 56例(20.66%),核型分析共发现染色体畸变52例(19.19%),二者差异有统计学意义(P<0.05)。CNV-seq检测发现两组的CNVs的分型和分布差异具有统计学意义(P<0.05)。与NIPT阳性组相比,其他异常组的可能致病和意义未明CNVs的占比[2.41%(2/83)vs.5.32%(10/188)]显著偏高(P<0.05)。结论可将CNV-seq作为高危孕妇的一线产前诊断方法,并作为羊水细胞染色体核型分析的补充诊断工具。因其他异常因素就诊的NIPT阴性高危孕妇中,可能致病及意义未明的CNVs的检出率偏高。

罕见Y染色体重排致性发育异常患者1例的遗传学分析

目的探讨1例罕见的Y染色体重排致性发育异常(DSD)患者的遗传学病因。方法选取2018年5月2日因"身材矮小,第二性征发育不良"就诊于郑州大学第一附属医院的1例性发育异常女性患儿作为研究对象,收集患儿的临床资料。联合应用染色体G显带核型分析、SRY基因检测、全外显子测序(WES)、低深度全基因组测序拷贝数变异分析技术(CNV-seq)、荧光原位杂交技术(FISH)、全基因组测序(WGS)对患者进行遗传学检测。患儿遗传学特征明确后,给予相应治疗。结果患儿年龄为14岁,社会性别为女性,身材矮小,毛发旺盛,皮肤粗糙。外周血染色体核型为46,XY,且携带SRY基因。WES未检测到相关基因的致病性变异,但发现Yp11.32q12处存在59.37Mb重复。CNV-seq结果为47,XYY,外周血FISH结果提示患者为双着丝粒Y染色体嵌合体携带者,WGS发现Yp11.32q11.223存在大小为23.66 Mb的重复,同时Yq11.223q11.23存在约5.16 Mb的缺失,断裂点位于chrY:23656267。综合分析,患者的染色体核型应为46,X,psu idic(Y)(q11.223)[87]/46,X,del(Y)(q11.223)[13]。手术探查结果示性腺器官为卵巢组织,激素替代治疗后患儿有月经来潮,第二性征发育良好。结论联合多种遗传学检测明确了患儿的遗传学病因,为患儿的诊断及治疗提供了帮助。

一例21号染色体三体嵌合型孤独症谱系障碍患儿的遗传学分析

目的对1例孤独症谱系障碍(autism spectrum disorder,ASD)伴有先天性心脏病的患儿进行细胞遗传学和分子遗传学分析,寻找其病因。方法取患儿及其父母的外周血进行常规染色体G显带核型分析,对患儿外周血提取的基因组DNA进行基于高通量测序的全外显子测序(whole exome sequencing,WES)和低覆盖度全基因组拷贝数变异测序(low-coverage massively parallel copy number variation sequencing,CNV-seq)检测分析,并利用染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)进行验证。结果常规染色体G显带核型分析结果显示患儿及其父母染色体核型正常,患儿WES未检测到异常变异,而CNV-seq检测结果为47,XY,+21[10%]/46,XY[90%],提示存在低比例的21号染色体三体嵌合,CMA验证结果与CNV-seq结果一致。结论低比例的21号染色体三体嵌合除与唐氏综合征表型有关外,还可能与ASD的发生密切相关。基于高通量测序的WES及CNV-seq方法可为原因不明的ASD提供准确的遗传学诊断。

唐氏综合征合并额外小标记染色体的产前诊断

目的分析产前发现的一例唐氏综合征合并额外小标记染色体(small supernumerary marker chromosomes,sSMC的来源。方法联合应用常规G显带染色体核型分析和低覆盖度全基因组拷贝数变异测序(low-coveragemassivelyparallel copy number variation sequencing,CNV-seq)技术对1例产前B超提示异常的胎儿进行诊断。结果胎儿G显带染色体核型为48、XN、+21、+mar。CNV-seq结果为21号染色体三体,且2号染色体q36.3处重复1.08 Mb。结论在产前诊断中应该联合应用多种诊断技术,才能更准确地进行产前诊断和遗传咨询。

46,XY,der(18)pat伴发育迟滞1例

报告收治1例9月龄患儿,发育迟滞,肌张力异常,智力轻度缺陷,通过外周血染色体核型分析和低测序深度基因组拷贝数变异分析(copy number variation sequencing,CNV-seq)对其病因进行深入的遗传学检测和分析,CNV-seq结果显示患儿在2号染色体q32.3-q36.3处重复31.90Mb,根据ACMG评级为致病性;患儿及其父亲外周血染色体核型分别为46,XY,der(18)t(2;18)(q32;p11.2)pat和46,XY,t(2;18)(q32;p11.2),说明患儿是染色体非平衡易位携带者,遗传了源自父亲染色体不平衡的配子,这是导致患儿发病的遗传学病因,患儿父亲再次生育时需要进行产前诊断。外周血染色体核型分析联合CNV-seq检测不仅可以发现患者染色体上不明来源的变异,还可以确定变异来源。