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题名辣椒VQ基因家族的鉴定与低温胁迫下的表达分析
被引量:5
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作者
张亚利
谢玲玲
欧阳娴
樊悦
罗娟
童巧珍
刘峰
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机构
湖南中医药大学药学院
湖南省农业科学院西瓜甜瓜研究所
湖南省农业科学院蔬菜研究所
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出处
《湖南中医药大学学报》
CAS
2016年第7期11-19,共9页
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基金
国家自然科学基金项目(31470105)
湖南省自然科学基金项目(2015JJ2089)
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文摘
目的从辣椒(Capsicum annuum L.)全基因组中鉴定VQ基因,并进行基因结构、基因进化、染色体定位以及组织表达和低温诱导表达分析。方法利用辣椒基因组数据库,通过生物信息学方法,鉴定辣椒基因(Ca VQ)家族成员;利用MEME、GSDS 2.0、DNAMAN8、Map Inspect等软件进行基因结构及染色体定位分析;采用MEGA6.0软件进行系统进化树分析;利用RNA-seq数据及q RT-PCR的方法进行辣椒组织表达模式和低温胁迫分析。结果辣椒全基因组中含有29个Ca VQ基因;Ca VQ基因结构相对简单,不均匀地分布在辣椒各染色体上;Ca VQ基因家族分为2组(GroupⅠ和GroupⅡ)及6个亚组(GroupⅠa、GroupⅠb、GroupⅠc、GroupⅡa、GroupⅡb和GroupⅡc);不同组织中Ca VQ基因的表达量具有一定差异,低温胁迫可抑制或激活部分Ca VQ基因表达量。结论 Ca VQ基因家族包括29个成员,分为2组,6个亚组,分布于10条染色体上,其组织表达模式及基因响应具有多样性。
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关键词
辣椒
VQ基因家族
鉴定
低温胁迫表达分析
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Keywords
pepper
VQ gene family
identification
low temperature-induced expression analysis
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分类号
S641.3
[农业科学—蔬菜学]
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