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基于microRNA表达谱初步构建PLS-DA体液识别模型
1
作者
钱水
张晶晶
+1 位作者
王致远
梁桑华
《刑事技术》
2023年第2期146-152,共7页
针对外周血、唾液、精液、月经血、阴道分泌物这五种法医学常见的体液样本,采用二代测序(NGS)平台检测获得microRNA(miRNA)表达谱,使用偏最小二乘判别分析(PLS-DA)建立基于这五种体液的识别模型,并探讨PLS-DA在法医体液溯源中的应用价...
针对外周血、唾液、精液、月经血、阴道分泌物这五种法医学常见的体液样本,采用二代测序(NGS)平台检测获得microRNA(miRNA)表达谱,使用偏最小二乘判别分析(PLS-DA)建立基于这五种体液的识别模型,并探讨PLS-DA在法医体液溯源中的应用价值。经优化小分子RNA文库制备过程,采用Ion Torrent S5 XL测序系统对前述法医学五种体液样本(每种10例)进行小RNA测序,以PLS-DA构建体液识别模型,评估不同数量miRNA标记组合下预测的准确性。本研究获得法医学常见五种体液样本的miRNA表达谱,外周血与月经血中表达量前10名的miRNAs有6个重叠;唾液和阴道分泌物中表达量前10名的miRNAs有4个重叠。基于全数据集、107个和11个miRNAs构建的体液来源识别模型的准确率分别为0.95、0.94、0.89。本研究通过NGS测序分析获得了五种体液样本的miRNA组(miRNome),利用PLS-DA初步构建了体液识别模型,对于应用miRNome进行体液识别的相关研究具有参考价值。
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关键词
法医遗传学
体液溯源
RNA测序(RNA-seq)
最小二乘判别分析(PLS-DA)
微小RNA(microRNA)
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职称材料
法医转录组学的研究进展及展望
被引量:
1
2
作者
蔡美铭
陈曼
+5 位作者
季观庆
方雅婷
许惠
兰琼
白小乐
朱波峰
《中国法医学杂志》
CSCD
2023年第2期166-171,共6页
转录组学是在后基因组时代率先发展起来的一门学科,其主要目的是基于RNA水平研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律。RNA表达水平在器官组织或不同体液中存在差异,与时间也具有一定的相关性。因此,RNA在法医学中具有独特的应用价值,...
转录组学是在后基因组时代率先发展起来的一门学科,其主要目的是基于RNA水平研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律。RNA表达水平在器官组织或不同体液中存在差异,与时间也具有一定的相关性。因此,RNA在法医学中具有独特的应用价值,如在器官组织鉴定、体液(斑)溯源、斑迹离体时间推断、死亡时间推断、年龄推断以及死亡原因分析等方面。本文概括了转录组学的主要分析技术方法,综述了近年来转录组分析在法医学领域的应用研究进展,并对其在法医学领域所面临的问题与前景进行探讨和展望。
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关键词
转录组学
体液
(斑)
溯源
斑迹离体时间推断
死亡时间推断
年龄推断
死亡原因分析
原文传递
题名
基于microRNA表达谱初步构建PLS-DA体液识别模型
1
作者
钱水
张晶晶
王致远
梁桑华
机构
佛山市公安局
佛山市中医院
出处
《刑事技术》
2023年第2期146-152,共7页
基金
2021年度广东省刑事技术“双十计划”重点攻关项目(202120)
文摘
针对外周血、唾液、精液、月经血、阴道分泌物这五种法医学常见的体液样本,采用二代测序(NGS)平台检测获得microRNA(miRNA)表达谱,使用偏最小二乘判别分析(PLS-DA)建立基于这五种体液的识别模型,并探讨PLS-DA在法医体液溯源中的应用价值。经优化小分子RNA文库制备过程,采用Ion Torrent S5 XL测序系统对前述法医学五种体液样本(每种10例)进行小RNA测序,以PLS-DA构建体液识别模型,评估不同数量miRNA标记组合下预测的准确性。本研究获得法医学常见五种体液样本的miRNA表达谱,外周血与月经血中表达量前10名的miRNAs有6个重叠;唾液和阴道分泌物中表达量前10名的miRNAs有4个重叠。基于全数据集、107个和11个miRNAs构建的体液来源识别模型的准确率分别为0.95、0.94、0.89。本研究通过NGS测序分析获得了五种体液样本的miRNA组(miRNome),利用PLS-DA初步构建了体液识别模型,对于应用miRNome进行体液识别的相关研究具有参考价值。
关键词
法医遗传学
体液溯源
RNA测序(RNA-seq)
最小二乘判别分析(PLS-DA)
微小RNA(microRNA)
Keywords
forensic genetics
body fluid sourcing
RNA sequencing
partial least squares-discriminant analysis(PLS-DA)
microRNA(miRNA)
分类号
DF795.2 [医药卫生—法医学]
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职称材料
题名
法医转录组学的研究进展及展望
被引量:
1
2
作者
蔡美铭
陈曼
季观庆
方雅婷
许惠
兰琼
白小乐
朱波峰
机构
南方医科大学法医学院
江苏省南通市通州区公安局
出处
《中国法医学杂志》
CSCD
2023年第2期166-171,共6页
基金
国家自然科学基金重点项目(81930055)。
文摘
转录组学是在后基因组时代率先发展起来的一门学科,其主要目的是基于RNA水平研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律。RNA表达水平在器官组织或不同体液中存在差异,与时间也具有一定的相关性。因此,RNA在法医学中具有独特的应用价值,如在器官组织鉴定、体液(斑)溯源、斑迹离体时间推断、死亡时间推断、年龄推断以及死亡原因分析等方面。本文概括了转录组学的主要分析技术方法,综述了近年来转录组分析在法医学领域的应用研究进展,并对其在法医学领域所面临的问题与前景进行探讨和展望。
关键词
转录组学
体液
(斑)
溯源
斑迹离体时间推断
死亡时间推断
年龄推断
死亡原因分析
Keywords
Transcriptomics
Body fuid stain identification
Determination of the age of stain
Postmortem interval estimation
Age estimation
Analysis of cause of death
分类号
D919.2 [医药卫生—法医学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于microRNA表达谱初步构建PLS-DA体液识别模型
钱水
张晶晶
王致远
梁桑华
《刑事技术》
2023
0
下载PDF
职称材料
2
法医转录组学的研究进展及展望
蔡美铭
陈曼
季观庆
方雅婷
许惠
兰琼
白小乐
朱波峰
《中国法医学杂志》
CSCD
2023
1
原文传递
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
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