体重差异双胎新生儿粪便样本DNA提取的优化及分析

目的优化新生儿粪便样本DNA提取方法,提取及分析体重差异双胎新生儿粪便样本DNA。方法从7种DNA提取试剂盒方法中选择对成人粪便样本DNA提取效果最佳的QIAamp DNA Stool Mini Kit法为基准方法,通过钢珠打断前处理、DNA吸附柱收集全部裂解液上清和洗脱液重复洗脱的优化,建立了用于新生儿粪便样本DNA的提取方法。结果该优化方法用于婴儿(出生1个月)粪便样本,结果显示DNA提取浓度平均提高了2.4倍。用于48对双胞胎新生儿出生第1天和第3天粪便样本DNA的提取,经酶标仪及PCR扩增检测,结果显示出生第1天粪便样本DNA提取率为32%,出生3天提取率达83%。RT-PCR显示新生儿第1天到第3天肠道微生物量呈现增长趋势。结论优化的QIAamp DNA Stool Mini Kit法适用于新生儿粪便样本DNA的快速提取,为后续扩增子高通量测序和研究体重差异双胎新生儿肠道菌群构成规律奠定基础。