大规模的酵母双杂交系统在蛋白质相互作用组图谱中的应用

蛋白质-蛋白质之间的相互作用是蛋白质发挥其功能的重要途径之一。通过研究蛋白质组中所有蛋白质之间的相互作用做出蛋白质相互作用对图谱是功能基因组时代许多科学家关注的问题,而大规模的酵母双杂交系统是蛋白质相互作用对图谱的研究中应用较为广泛的策略。近两年来该策略最具代表的实例是用它进行酵母中所有蛋白之间相互作用的检查。但是巨大的蛋白质网络比我们想象要大得多,单一的双杂交系统不能解决所有问题,需要同其它的方法有效地结合。

蛋白质相互作用组学研究策略最新进展

随着人类基因组测序工作的完成,新的生物学后基因组时代已经来临。在蛋白质组和蛋白质组学相继提出的基础上,人类从蛋白质水平全面揭示生命本质的研究进入一个全新的领域—蛋白质相互作用组。在众多研究蛋白质相互作用组的技术中,串联亲和纯化(TAP)技术由于能够在不改变蛋白质生理条件下对其高通量进行研究,渐渐成为该领域的一个重要工具。本综述在介绍常用蛋白质相互作用研究方法的基础上,着重介绍TAP法的原理及其应用。

单独作业组与相互作用组儿童空间表象掌握的对比研究

研究目的近年来,皮亚杰的理论受到挑战,人们批评皮亚杰虽然强调社会因素对于认识发展的作用,但在实验中并未真正加以研究。具体到三山课题上,已有的研究多是在儿童单独作业条件下分析儿童关于三山课题认识发展的过程、自我中心现象的变化趋势以及知觉经验在儿童掌握空间表象中的作用。而儿童间的相互作用对儿童掌握空间表象是否存在影响,至今尚未见到过实验研究报告。本实验试图通过对儿童在单独作业和相互作用两种条件下进行训练,然后对比两组儿童对空间表象的掌握情况,分析两组间是否存在差异,为进一步完善皮亚杰的儿童空间认知发展理论提供实验上的依据。研究方法被试随机抽取一至四年级学生200名,其中一年级40名,二年级50名,三年级50名,四年级60名,按所在年级分成四个年级组。初试后,将各年级回答错误的儿童,按等组法的原则分成单独作业组与相互作用组两组。两组儿童的初试成绩不存在差异。

大规模酵母双杂交技术的发展及其在蛋白质相互作用组学中的应用

酵母双杂交技术作为研究蛋白质相互作用的主要方法,在规模化蛋白质相互作用研究中占据举足轻重的地位。虽然蛋白质相互作用的数据逐年递增,但是还远不能满足"大数据"的实际需求。为了使蛋白质相互作用组学研究更加高效、快捷、准确,以及使酵母双杂交适用于全基因组规模筛选和蛋白质相互作用数据高度覆盖的研究需求,近年来对酵母双杂交技术进行了一系列的改进和发展。综述了近年来在规模化蛋白质相互作用组学研究中,酵母双杂交技术的最新改进和发展。

铁-铬-铝合金中铬的第三组元作用

研究了Fe-10Al、Fe-5Cr-10Al和Fe-10Cr-10Al合金在1000℃的氧化行为,利用电子显微镜和俄歇电子谱分析了合金表面氧化膜的形貌及组成。讨论了三元Fe-Cr-Al合金形成保护性氧化膜的机理,对于不发生铝的内氧化情况提出了合金中第三组元铬的作用机制:在氧化初始阶段,铬与合金中其它两组元——铁和铝一起氧化形成各自的氧化物,铬在氧化膜内最大含量的位置处于铁和铝的最大含量位置之间;铬降低了氧化膜内的铁含量,提高了初期氧化膜的保护性,从而促进选择性氧化铝膜的形成。

充分发挥导师组作用 提高研究生培养质量——对硕士研究生教育中师生关系的问卷调查与分析

学术门户现象是研究生培养中伴随着导师和学生交互关系的确立而自然形成的关系。现行的导师负责、集体培养相结合,而集体培养的作用没有很好发挥的培养方式容易产生学术门户现象,不利于学术的交流和创新。因此,本文根据第一手资料——一份来自硕士研究生教育中师生关系的调查问卷,提出我们必须充分发挥导师组的作用,积极组建科学、合理的导师组和学术梯队的建议。通过对研究生教学和科研的集体培养,一方面有利于研究生博采众家之长,扩大知识面,提高科研水平,另一方面也有助于研究生培养效益的提高。

Fe-xCr-10Al(x=0,5,10)合金在900℃的氧化:第三组元作用的新例子

通过研究Fe-10Al,Fe-5Cr-10Al和Fe-10Cr-10Al(原子分数,%)合金在900℃的氧化行为,分析了二元Fe-Al合金形成选择性氧化铝膜所需的临界铝浓度.讨论了三元Fe-Cr-A1合金形成保护性氧化膜的机理,对于不发生Al的内氧化的情况,提出合金中第三组元Cr的作用机制的新解释.

卷边槽钢压杆考虑板组约束作用的屈曲系数

卷边槽钢压杆的局部屈曲具有相关性。《冷弯薄壁型钢结构技术规范》(GB50018-2002)提出适用于各种不同截面的板组约束系数的统一计算公式来考虑这种相关性。但由于板组组成的多样性,其是否合理,有待于进一步研究。借助ANSYS有限元分析软件,对卷边槽钢压杆局部屈曲进行分析,得到考虑板组约束作用的屈曲系数,并和国内外规范进行比较。结果表明,计算结果和英国规范吻合较好,我国规范偏于安全较多。借鉴英国规范的形式,给出考虑板组约束作用的屈曲系数的计算公式,这些公式可供进一步修订规范时参考。

泛素特异性蛋白酶10的互作组分析及其与UPF1相互作用分析

细胞内泛素化调控是一个由泛素化和去泛素化协同调控的动态平衡可逆过程。去泛素酶(DUBs)是介导蛋白质去泛素化过程的蛋白质家族,它在许多复杂的细胞过程中发挥着关键作用,但其生物学特征尚未完全阐明。作为去泛素化酶的一种,USP10在许多生物过程和癌症中都发挥重要的作用。为了进一步探索USP10在细胞中的功能,采用免疫沉淀与质谱联用(IP-MS)的方法鉴定USP10的相互作用蛋白质。通过Flag柱子的富集方式(Flag-USP10 IP-MS)共鉴定出165个与USP10相互作用蛋白质。通过USP10内源抗体的富集方式(USP10 antibody IP-MS)鉴定出192个USP10相互作用蛋白质。基因本体(GO)分析表明,USP10的互作蛋白质中存在一组与无义介导的mRNA降解(NMD)相关蛋白质,包括无NMD的核心因子UPF1(Up-frameshift 1)。进一步验证了USP10和UPF1在细胞质中共定位。此外,还确定了UPF1通过其HD结构域与全长的USP10相互作用。本研究提供了新的USP10相互作用蛋白质,为探索其在RNA调控和NMD通路中的重要性提供线索。

焊剂组元间交互作用对熔化温度的影响

利用数理统计理论发展起来的混料优化设计方法,建立数学模型,研究了焊剂组成成分间交互作用对熔化温度的影响问题,揭示了埋弧焊陶质焊剂7组元间交互作用,对焊剂熔化温度的影响规律,得到了焊剂组成成分对熔化温度影响的定量描述回归方程。结果表明,MgO-TiO2-CaCO3-Al2O3的交互作用,能在熔渣中形成相当数量的钙钛矿和尖晶石,使焊剂的熔化温度提高,而一定数量的CaF2和SiO2、ZrO2的加入则可使焊剂的熔化温度降低。

病毒-宿主相互作用的系统生物学与宿主靶向抗病毒策略

以病毒蛋白为靶的抗病毒药物面临易产生耐药、抗病毒谱较窄等诸多问题,宿主分子靶向已经成目前抗病毒药物研究的重要策略,宿主靶标的辨识是宿主靶向药物设计的关键。病毒-宿主相互作用的系统生物学研究将成为抗病毒药物宿主靶标辨识和宿主-病毒联合靶向治疗策略设计提供有力工具。近年来通过蛋白质组学、大规模基因沉默、基因芯片等实验得到了大量的病毒感染相关宿主分子和病毒-宿主分子相互作用关系,为在病毒-宿主分子网络水平揭示病毒生存策略奠定了基础。整合病毒感染基因表达谱和人蛋白相互作用网络可以构建病毒感染激活网络,进而通过网络分析获得关键的宿主因子。正在发展的动态蛋白质组学和动态网络分析技术将为建立更加真实的病毒-宿主分子网络模型,进而辨识有效的宿主靶标提供有力工具。

基因 经络与经络基因组学

基因组整体由脏腑基因组模块和经络基因组组成,基因组的非基因部分在基因组中起着非常重要的作用,腧穴与基因存在对应关系。

冷弯薄壁型钢板组约束作用研究

由冷弯薄壁型钢组成的受压板组体系中,某一薄弱板件先发生屈曲时,将受到相邻板件的约束而延缓板组整体屈曲的发生,或促使交界板件提前屈曲。国外20世纪七八十年代对这一现象首先进行了研究,成果在各国钢结构规范中有所体现;国内九十年代也开始涉及这一领域,相应研究被我国相关规范采纳。对国内外板组效应研究进行了综述,并对未来组合截面局部板组屈曲研究方向进行了展望。

蛋白质相互作用数据库

随着"蛋白质组学"的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据。随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用。蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分子生物学和临床药物研究的宝贵资源。本文将数据库分为3类:(1)综合蛋白质相互作用数据库;(2)特定物种的蛋白质相互作用数据库;(3)生物学通路数据库。重点介绍常用的蛋白质相互作用数据库,包括BioGRID、STRING、IntAct、MINT、DIP、IMEx、HPRD、Reactome和KEGG等。

RNA结合蛋白与RNA相互作用鉴定技术

RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)通过与RNA相互作用,广泛参与到RNA的剪切、转运、编辑、胞内定位及翻译调控等过程中。RNA领域尤其是非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的快速发展,催生了多种RBPs-RNAs相互作用鉴定技术。这些技术反之又推动了RNA领域的研究进程。本文对紫外交联免疫沉淀(ultraviolet crosslinking and immunoprecipitation,CLIP),CLIP cDNA文库高通量测序(high-throughput sequencing of CLIP cDNA library,HITS-CLIP),光活化核苷增强的CLIP(photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation,PAR-CLIP),单核苷酸分离CLIP(individual nucleotide resolution CLIP,i CLIP),TRIBE(targets of RNA-binding protein identified by editing),RNA标记,相互作用组捕获(interactome capture,IC)和Ser IC(serial RNA interactome capture)等RBPs-RNAs相互作用鉴定技术的基本原理和优缺点以及应用进行综述。

相对论平均场理论中各种有效相互作用对中子星性质的影响

基于相对论平均场理论,研究了各种相互作用参数组(NL1、NL3、NLSH、TM1和GL 97)对中子星物质的性质和中子星整体结构的影响.发现参数组NL1、NL3和NLSH所给出的中子星内部的介子场强度、物质的组成比例、物态方程和中子星的整体特点基本相同,但与TM1和GL 97之间有较大的差别.相对于其他参数组,GL 97给出的介子场强度最弱,中子星的相对数密度最大,物态方程也最软,同时采用GL 97参数组计算的中子星的最大质量也最小.

网络药理学研究中的网络构建技术

网络构建技术是网络药理学研究中的基础技术,也是核心技术。通过整合来源于实验、数据库和计算预测等的包含药物、疾病及生物分子等在内的用于网络构建的相关数据,采用复杂网络构建技术进行药物作用相关、疾病相关和生物分子相关的网络模型构建,尤其对于以阿尔茨海默病为代表的复杂疾病分子网络的构建,为进一步重要靶标的辨识、发病机制和药物作用机制的阐释、指导药物开发,以及药物重定位等打下基础。本文就网络药理学研究相关的药物组网络、疾病组网络和分子相互作用组网络等的构建及其可视化技术进行综述。

酵母双杂交系统

就酵母双杂交系统的基本原理、主要进展和在蛋白质组研究中的应用作一综述。

21世纪的生物学——系统生物学

●系统生物学将在基因组序列的基础上完成由生命密码到生命过程的研究,这是一个逐步整合的过程,可能需要一个世纪或更长时间,因此,常把系统生物学称为21世纪的生物学。 ●长期以来,生物学研究是在规模较小的实验室进行的,系统生物学将在更大范围和更高层次进行学科交叉和国际合作,如人类基因组计划、人类单体型图谱计划、人类表观基因组学计划等。 ●系统生物学使生命科学由描述式的科学转变为定量描述和预测的科学,已在预测医学、预防医学和个性化医学中得到应用。