嗜热泉生古细菌及其他泉古菌同义密码子使用偏向性分析(英文)

比较分析了嗜热泉生古细菌(Aeropyrum pernix K1)和其他两种系统发育相关的泉古菌[嗜气菌(Pyrobaculum aerophi-lumstr.IM2)和嗜硫菌(Sulfolobus acidocaldarius DSM 639)]的同义密码子使用偏向性。结果表明嗜热泉生古细菌(Aeropyrum pernix K1)的密码子偏向性很小,并且与GC3S成高度的相关性。这3种泉古菌的密码子使用模式在进化上很保守。与基因的功能对密码子使用的影响相比,这些泉古菌密码子的使用偏向性更是由其物种所决定的。嗜热泉生古细菌(A.pernix K1),嗜气菌(P.aerophilum str.IM2)和嗜硫菌(S.acidocaldarius DSM 639)生存在不同的极限环境中。推测正是这些极限环境决定了这些泉古菌的密码子使用偏向性模式。此外在这些泉古菌的基因组中并没有发现其正义链和反义链的密码子使用偏向性差别。嗜热泉生古细菌(A.pernix K1)和嗜硫菌(S.acidocaldarius DSM 639)的密码子偏向性程度与基因表达水平有高度的相关性,而嗜气菌(P.aerophilum str.IM2)的基因组并没有发现这种规律。

石榴转录组密码子使用偏向性

对石榴(Punica granatum)转录组数据进行从头组装,预测完整CDS序列的密码子使用偏向性;将石榴转录谱与其他8种蔷薇分支物种基因组编码序列进行同义密码子相对使用度(RSCU)比较,并对石榴WRKY和MYB家族基因进行亚家族进化分析和RSCU比较。结果表明:(1)石榴转录组主要受自然选择压影响。密码子偏向性极强的基因多为细胞相关功能基因;没有密码子使用偏向性的基因多与维持生命活动本质相关。(2)基因差异高表达影响RSCU,CpG二核苷酸富集影响密码子适应性。(3)物种间亲缘关系越近,RSCU值越相似。对蔷薇分支物种密码子进行RSCU比较,石榴与巨桉(Eucalyptus grandis)偏向性基本一致。(4)亚家族功能分化影响密码子偏向性。石榴WRKY亚家族1、4和13在翻译精氨酸、亮氨酸时分别偏向使用AGG、CUC,这与其不断进化的抗逆功能相关。石榴MYB亚家族8在翻译苏氨酸时偏向选择ACA,这与其扩张中的木质化功能相关。

大肠杆菌基因中密码子前后碱基的使用与蛋白质结构

对一组E.coli基因中编码蛋白质各类二级结构 (α -螺旋、β-折叠片、无规卷曲和回折 )的密码子前后碱基的使用情况进行统计分析和比较 ,发现一些密码子前后碱基的使用有偏向 ,而且这些偏向与蛋白质的二级结构有关联。这同时亦表明 ,E.coli基因中同义密码子的选用与蛋白质的二级结构有一些关联。模型对于蛋白质结构预测算法的改进以及基因工程的研究有辅助作用。

人基因中密码子前后碱基使用与蛋白质结构

对62个人基因中编码蛋白质各类二级结构 (α -螺旋、β-折叠片、无规卷曲和回折 )的密码子前后碱基的使用情况进行统计分析和比较 ,发现多数密码子前后碱基的使用有一定偏向 ,而且这些偏向与蛋白质的二级结构有关联。这同时亦提示 ,同义密码子的选用与蛋白质的二级结构有一些关联。结果对于蛋白质结构预测算法以及基因工程的研究有辅助作用。

不同市场条件下资源配置方式的演进研究——兼论供给侧结构性改革中供给侧应该如何变

本文以劳动价值论和古典—马克思增长分配曲线为理论基础,以古典—马克思工业时代、新古典工业时代和互联网时代的历史变迁为背景,通过资源配置的框架从单一变量到双元变量,同质性劳动拓展为异质性劳动,交换价值的形成从外生到内生的三层递进分析发现,时代的演进是供给侧根据不同市场条件下资源配置方式的创新来破除需求侧制约的过程。主要结论有三个。第一,市场条件是引发供给侧变化的主导变量。从古典—马克思工业时代到新古典工业时代再到互联网时代,市场条件正从超额需求转向饱和需求,这种结构变化决定了交换价值将取代使用价值成为资源配置的关键方式。第二,在新古典交换价值偏向型逻辑下,供给侧主要依靠价格这一量的外在形式指导生产,然而随着饱和需求的出现,价格越来越难以解决外生于生产环节的事后资源配置风险。第三,互联网是偏向事前交换价值的资源配置方式,可以有效将供给侧的认知性劳动内生化于价值决定过程,提前解决供给对象、供给内容和供给数量的精准认知,破除供给侧价格对需求侧快速变化响应滞后的制约。当前互联网对传统业态的颠覆式冲击已经彰显互联网认知性劳动超越工业时代的价格进行资源配置的趋势,具有时代的先进性和前瞻性。中国的供给侧结构性改革应该深刻理解这一时代变迁,摆脱单纯以价格等技术参数为先导的传统西方工业经济资源配置束缚;回归劳动价值论,加快释放以互联网为依托的认知性劳动活力,形成有中国特色的供给侧结构性改革道路。