依赖解旋酶等温核酸扩增方法检测副溶血性弧菌

针对副溶血性弧菌的tlh基因的保守序列设计一对特异性扩增引物,在解旋酶和DNA聚合酶的存在下进行HDA等温扩增(65℃)。结果表明:HDA方法成功检测了副溶血性弧菌,检测限可达到1×10^(^(-1)1)mol·L^(-1)。该方法在没有靶标的情况下,可以实现零背景信号扩增,在加入其它菌的情况下,该方法具有较强的特异性和抗干扰能力。HDA方法无需大型精密仪器,仅用普通水浴锅即可完成检测,适合基层实验室推广使用,具有广阔的应用前景。

核酸依赖性扩增技术研究现状及展望

自19世纪90年代以来,等温核酸扩增技术及其衍生技术迅速发展。等温核酸扩增技术的流程简易、成本和应用要求更低,应用前景广泛。其中,核酸依赖性扩增技术(NASBA)已广泛用于病原体检测、单核苷酸突变检测和环境监测等领域。本文主要对近5年来NASBA技术的研究进展及其在分子诊断中的应用进行综述,探讨NASBA技术的前景与瓶颈。

可用于转基因产品检测中的核酸体外等温扩增技术分析

随着生物技术的快速发展,越来越多的核酸体外扩增技术应用于分子生物学研究领域。根据是否依赖于温度循环,核酸体外扩增技术可分为非等温和等温扩增两大类。核酸体外等温扩增技术由于其有快速、灵敏、不需要特殊仪器等优点,逐渐显示出其广泛应用的潜力。重点介绍了现有的几种核酸体外等温扩增技术的原理、特点及应用,并特别关注这些方法在转基因产品检测中的应用。

等温核酸扩增技术在病原体检测中的应用

近年来,新型传染病相继爆发,如严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome,SARS)、H7N9禽流感等,严重威胁着人类健康和社会、经济的可持续发展,同时给传染病的防控带来了严峻挑战。病原体检测是传染病防控的重要环节,越来越多的新技术被应用其中。等温核酸扩增技术作为一种快速、灵敏度高的病原体检测技术,已取得了长足发展。对等温核酸扩增技术的原理、重要特性及其在病原体检测中的应用进展进行了较为全面的综述,以期为这一技术的推广和应用提供重要参考。

等温核酸扩增技术进展

等温核酸扩增技术已广泛应用于生物分析的体外核酸扩增,本文综合国内外报道,对等温核酸扩增技术的进展进行简要综述,包括依赖核酸序列型扩增(NASBA)、链置换扩增(SDA)、滚环扩增(RCA)、环介导等温扩增(LAMP)、单引物等温扩增(SPIA)、交叉引物等温扩增(CPA)、新型等温多自配引发扩增(IMSA)的原理、重要特性、应用及未来的展望。

解旋酶依赖性扩增技术研究进展

解旋酶依赖性扩增技术(helicase-dependent amplification,HDA)作为一种灵敏度高、特异性强、快速高效、便捷精准的核酸等温扩增技术,在病原体检测研究中得到广泛应用,有望应用于国境口岸现场病原体快速检测。本文着重介绍HDA技术的原理、方法和优势,并探讨其在国境口岸重点关注病原体检测中的研究进展。

环介导等温扩增技术快速检测金黄色葡萄球菌

研究了用环介导等温扩增技术(LAMP)快速检测金黄色葡萄球菌的方法。首先根据金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶基因nuc中的保守序列设计特异性引物,建立并优化反应条件,然后通过对金黄色葡萄球菌及其他菌种的对比试验,验证引物的特异性并确定方法的检测限。结果表明:在用加环引物的条件下,LAMP反应体系于60℃反应35 min即可扩增成功,而用未加环的引物则需45 min才能看到白色絮状沉淀。对2株金黄色葡萄球菌、3株大肠杆菌、1株醋酸杆菌、1株沙门氏菌进行同步检测,结果发现2株金黄色葡萄球菌均显示阳性,而其他菌株均显示阴性。研究确定了LAMP检测纯培养的金黄色葡萄球菌的最低检测限为100 fg,比PCR的最低检测限低2个数量级。由研究结果可以看出,LAMP法检测金黄色葡萄球菌操作简便,有较高的特异性、灵敏度,为快速检测食品中的致病菌提供了较好的技术平台。

原料乳中金黄色葡萄球菌环介导等温扩增(LAMP)检测方法的建立及应用

为了建立原料乳中金黄色葡萄球菌的环介导等温扩增(LAMP)检测方法,本研究根据金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶基因(nuc)在保守区域设计特异性引物,建立LAMP检测方法,并用于原料乳中金黄色葡萄球菌的快速检测。结果表明,针对金黄色葡萄球菌的基因组DNA,使用设计合成的4条引物和建立的LAMP方法能够有效检测金黄色葡萄球菌DNA,每25.0μl反应体系的灵敏度为110.0 fg,并且此方法针对金黄色葡萄球菌具有良好的特异性。针对原料乳中金黄色葡萄球菌的污染,建立的LAMP检测方法的检测限为67 CFU/ml。本研究结果为进一步将LAMP方法应用于食品中金黄色葡萄球菌的安全检测奠定了基础。

依赖解旋酶恒温扩增技术快速检测麻疹病毒核酸

目的建立依赖解旋酶恒温扩增[Helicase-dependent Isothermal Deoxyribonucleic Acid(DNA)Amplification,HDA]技术快速检测麻疹病毒核酸。方法 在麻疹病毒的血凝素基因上设计特异性引物,采用逆转录-依赖耐热解旋酶恒温扩增(Reverse Transcription-therm ophilic HDA,RT-tHDA)技术进行恒温扩增,并对反应条件进行优化。结果采用RT-tHDA技术检测麻疹病毒核酸,对风疹病毒、流行性腮腺炎病毒、肠道病毒71型、呼吸道合胞病毒均无交叉反应,具有良好的特异性;且最低检测限可达5.012×10-10摩尔/升(mol/L),敏感度与普通RT-聚合酶链反应方法 无明显差别。结论麻疹病毒RT-tHDA检测方法 具有简便、特异、敏感以及对仪器要求低的特点,为麻疹病毒的核酸检测,提供了一种新方法 。

解旋酶依赖性等温扩增快速检测O157:H7及其毒力基因的研究

目的建立一种快速、特异的检测大肠杆菌O157:H7及其毒力基因的解旋酶依赖性等温扩增法(HDA)。方法以大肠杆菌O157:H7的溶血素基因(hly)、粘附抹平因子(eae)和O抗原编码基因(rfb)为扩增对象,设计3对特异性HDA引物,通过优化条件后进行灵敏度和特异度试验,并与普通PCR法比较。结果 HDA法从标准菌株和实验室分离株中均扩增出hlyA、eaeA和rfb基因片段,产物大小分别为100、93和109 bp,而其他非大肠杆菌O157:H7的扩增结果均为阴性。通过对各梯度大肠杆菌O157:H7菌悬液的检测表明HDA法可以检测的最低菌液浓度为3.0×101cfu/ml,该法与普通PCR法灵敏度相当。结论本HDA法具有较高的灵敏度和特异度,可快速、高效地检出大肠杆菌O157:H7菌和其毒力基因,而且对试验仪器要求低,特别适合应急处置现场和基层检验机构作为临床大肠杆菌O157:H7感染的辅助诊断。

依赖解旋酶DNA等温扩增技术的研究进展

依赖解旋酶DNA等温扩增技术(HDA)是近年来发明的一种新型的模拟动物体内DNA复制的等温扩增技术,HDA具有简便、高效、快速的优点,不需复杂的科学仪器,反应在常温下进行,适用于基层实验室,具有广阔的应用前景。

基于解旋酶等温扩增技术的新型冠状病毒核酸可视化检测方法的建立

目的运用逆转录解旋酶等温扩增(RT-tHDA)和侧流层析技术,建立新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测新方法。方法收集2020年1至4月东部战区总医院基础医学实验室共143份2019-nCoV PCR阴性核酸标本和20份PCR阳性核酸标本。针对2019-nCoV N基因和E基因保守区序列各设计5对引物,扩增产物进行凝胶电泳分析,筛选出RT-tHDA最佳引物。分别扩增高浓度(5×10^(5)拷贝/ml)、低浓度(5×10^(2)拷贝/ml)模拟标本,利用侧流层析试纸条(LFD)检测RT-tHDA扩增产物,使结果可视化。优化显色和扩增时间,建立tHDA-LFD最佳反应体系。该方法检测各低、中、高3种浓度的模拟标本15次,以阳性符合率来评估方法学精密度。制备模拟标本评价方法学检测限。分别检测甲型流感病毒、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、副流感病毒、冠状病毒229E,评价tHDA-LFD法的交叉反应性。采用tHDA-LFD法检测本实验室收集保存的163份标本,进行临床诊断效能评价。结果采用一步法RT-tHDA结合LFD,建立扩增时间为60 min的2019-nCoV核酸检测方法。该方法检测3种浓度的模拟标本,阳性符合率为100%,精密度和重复性较好,且与其他6种呼吸道病原体均未出现交叉反应。该方法检测N基因、E基因的最低检测限均为5×10^(2)拷贝/ml。诊断效能评价结果显示,该法敏感度为95.00%(19/20),特异度为100.00%(143/143),阳性预测值为100.00%(19/19),阴性预测值为99.31%(143/144)。和金标准qPCR法相比,两种方法的Kappa值为0.971(P<0.0001),一致性较好。结论本研究成功建立了基于tHDA-LFD法的2019-nCoV可视化检测方法。

狂犬病病毒核酸诊断技术研究进展

狂犬病是由狂犬病病毒引起的人兽共患烈性传染病,发病后死亡率几乎为100%。近年来,我国狂犬病的发病率呈上升趋势,急需一种快速、简便、经济、准确、易于推广的实验室诊断方法。文中从基于PCR方法的核酸诊断技术、依赖核酸序列扩增技术、环介等温扩增技术、基因芯片技术等方面对目前国内外狂犬病病毒核酸诊断技术作一综述,并分析各种方法的优点和缺点,为狂犬病的临床快速诊断提供参考依据,以更好地预防和控制狂犬病。

基于RT-HDA等温扩增技术快捷检测H7N9禽流感病毒的方法研究

常规PCR方法不适宜于实验条件不足的基层现场检测H7N9禽流感病毒,不利于疑似病例的及时诊治。本研究旨在建立一种快速简便、高灵敏度、低成本的H7N9禽流感病毒快速核酸检测技术。选用H7N9禽流感病毒血凝素(Hemagglutinin,HA)基因作为靶标区域设计引物,采用FITC和Biotin标记上下游引物,通过逆转录解旋酶依赖性等温扩增(Reverse transcription helicase-dependent isothermal amplification,RT-HDA)技术扩增病毒RNA,辅以胶体金免疫层析试纸检测核酸扩增产物,建立H7N9禽流感病毒等温扩增检测方法。采用H7N9禽流感病毒质粒和病毒培养物对该方法的灵敏性、特异性和重复性进行评价,结果显示:病毒最低检测限20个拷贝数/μL,与常规PCR方法相比较无明显差异,重复性试验一致,与其他型别的禽流感、流感病毒无交叉反应。本研究建立的RT-HDA联合胶体金免疫层析试纸检测H7N9禽病毒检测方法具有较好的灵敏度、特异性和重复性,特别适用于现场条件下检测H7N9禽流感病毒快速简便的检测。

沙门菌tHDA等温扩增检测方法的建立

目的建立基于依赖耐热解旋酶核酸等温扩增(t HDA)的沙门菌快速检测方法。方法从Gen Bank数据库下载沙门菌侵袭蛋白A(inv A)基因,比对确定保守区并设计t HDA引物,并对引物浓度、硫酸镁以及氯化钠浓度等反应条件进行优化。同时评价方法的特异性和灵敏度,并检测模拟样本和真实样本以验证方法的可靠性。结果建立的沙门菌t HDA检测体系经过优化,结果显示仅沙门菌菌株呈现特异性电泳条带,而志贺菌、副溶血弧菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌O157∶H7、霍乱弧菌等其他5种肠道细菌均为阴性,特异性好;t HDA法检测沙门菌纯培养物的灵敏度为19cfu/μl,检测模拟样本的灵敏度为260 cfu/μl。采用t HDA方法检测18份真实样本,共检出9份沙门菌阳性,与国标法检测结果一致。结论沙门菌t HDA检测方法快速、灵敏、特异,在食源性疾病检测及监测中具有重要的技术优势。

艰难梭菌感染分子诊断研究现状及进展

艰难梭菌是一种革兰阳性厌氧芽孢杆菌,在自然环境、动物以及人体肠道中广泛存在,是人体肠道的正常菌群。1935年在新生儿肠道发现,1978年确定与伪膜性肠炎有关,但直到2003年在北美引起大流行,艰难梭菌感染（CDI）才开始引起医务人员的重视。现已确定,艰难梭菌是医院感染性腹泻的主要病原菌,25%-33%的抗菌药物相关性腹泻、90%的伪膜性肠炎与之有关。CDI的疾病谱非常广泛,包括无症状携带者、

猪瘟病毒NASBA-RT-LAMP快速检测方法的建立

本研究基于核酸序列依赖性扩增技术(NASBA)和反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP),建立了一种针对猪瘟病毒的,快速、灵敏、特异的两步法检测技术。该方法的检测灵敏度与反转录巢式PCR(RT-NestPCR)相当,最低能检测出46 pg/μL的病毒RNA。该方法的建立为猪瘟病毒的快速诊断提供了新思路。

食源性病毒核酸恒温检测技术研究进展

食源性病毒已成为全球引发食品安全事件的重要病原,对新型检测技术的不断发展提出了严峻的挑战。早期PCR技术在病原检测领域中的应用,推动了对食源性病毒的全面认识。近年来核酸恒温检测技术发展迅速,包括环介导等温扩增技术、重组酶聚合酶扩增技术、核酸序列依赖性扩增技术、链置换扩增技术、滚环扩增技术等,在抗复杂基质干扰、装备要求低以及可现场实时检测等方面具有明显的技术优势,已成为食源性病毒检测领域的热点研究方向。因此,本文对近年来食源性病毒核酸恒温检测技术的原理、应用、优缺点等方面进行综述,并对未来发展方向进行了展望。

副溶血弧菌tdh基因LAMP检测技术的建立

环等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是一种在等温条件下高特异性、高效、快速地扩增靶基因的DNA扩增技术。根据副溶血弧菌特异性的毒力基因tdh保守序列,本文设计1套特异性引物对该基因进行环等温扩增,同时对反应条件进行优化,建立携带tdh基因的致病性副溶血弧菌的LAMP快速检测技术。结果表明,LAMP最适反应在60.8℃恒温、45min内完成,与其它常见的细菌无交叉反应。LAMP方法的细菌DNA最低检出限为35.5fg/反应管,灵敏度较PCR方法高10倍。对扇贝样品中分离的菌株的检测表明,LAMP方法对检测致病性副溶血弧菌具有良好的可靠性。

NASBA技术在蚊媒传染病检测中的研究进展

核酸序列依赖性扩增技术(nucleic acid sequence-based amplification,NASBA)是以PCR为基础发展的恒温扩增技术,操作简单、高保守性、高灵敏度、高特异性、引物设计简单、检测周期短和兼容性强,适用于RNA的扩增,能在2 h将单链RNA扩增约109倍,无需特殊设备。NASBA技术已广泛应用于呼吸道病毒、肠道病毒、食物传播病毒、免疫缺陷病毒和动物源性病毒等病原体的检测。本文就NASBA技术的检测原理、技术特点、扩增产物检测方法以及在蚊媒传染病检测中的应用做一总结。