应用依赖解旋酶DNA恒温扩增技术检测副溶血性弧菌

以副溶血性弧菌的tlh基因为目的片段设计特异性引物,成功建立了恒温条件下快速检测副溶血性弧菌的依赖解旋酶DNA恒温扩增技术(HDA)的检测法,进行了特异性和灵敏度实验,并与普通PCR方法进行了比较。该HDA检测方法最低检测限为19.9ng·mL-1,与普通PCR方法相当。副溶血性弧菌的HDA检测方法具有普通PCR的特异、灵敏等特点,并且对仪器要求更低,用普通水浴槽即可进行反应。

单核细胞增生李斯特氏菌依赖解旋酶DNA恒温扩增检测方法的建立

为建立单核细胞增生李斯特氏菌(Lm)的依赖解旋酶DNA恒温扩增(HDA)检测方法,本研究以Lm的iap基因为目的片段设计特异性引物,建立了可在65℃恒温扩增快速(90 min)检测Lm的HDA检测方法,分别对反应体系中的MgAc2、Bst聚合酶、UvrD解旋酶、dNTPs以及引物等的浓度进行优化,进行了特异性和灵敏度试验,并与普通PCR方法进行了比较。结果表明,所建立起的检测法最低检测限为7.8×103 cfu/mL,灵敏度与普通PCR方法相当。Lm的HDA检测方法具有普通PCR的特异、灵敏等特点,并且对仪器要求更低,具有良好的应用前景。

实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术和实时荧光RT-PCR在手足口病中的应用价值

目的研究实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术和实时荧光RT-PCR在手足口病中的应用价值。方法回顾性分析106例疑似手足口病患儿的临床资料。所有患儿均进行实时荧光RT-PCR检测、实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术检测,以临床表现、实验室检查、血清和病原学的综合诊断结果为临床诊断金标准,比较不同检测方法的诊断结果及效能。结果实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术检测EV通用型、EV71、CoxA16的窗口期及平均用时均短于实时荧光RT-PCR检测,诊断效能均优于实时荧光RT-PCR检测,阳性综合诊断率高于实时荧光RT-PCR检测(P<0.05)。结论实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术在检测手足口病中具有快速、高效、诊断效能高等优势,临床推广应用价值高。

设计特定序列的引物提高依赖解旋酶恒温扩增效率

依赖解旋酶恒温扩增(helicase-dependent amplification,HDA)是一种新型的恒温DNA体外扩增方法,具有反应原理简单,反应温度恒定等优点,被广泛地应用于核酸分子检测。但是依赖解旋酶恒温扩增仍面临着双链DNA解旋反应效率不高导致的扩增效率不够高、灵敏度低的问题。为了进一步提高依赖解旋酶恒温扩增技术中双链DNA模板的解旋效率,在本研究中,5'端带有不同长度不同序列的寡聚核苷酸引物,被用于依赖解旋酶恒温扩增反应,以研究DNA片段的末端序列对依赖解旋酶的双链DNA解旋反应,乃至整个扩增反应效率的影响。结果表明,只有5'端带有poly(A)序列的核酸引物明显促进了扩增反应效率,其中6个A的长度的5'端组成的引物对恒温扩增的促进作用最好,扩增产物比不带任何特定序列的原引物提高了约5.3倍。相比之下,带有poly(AC)或者poly(C)序列的引物,在一定程度上阻碍依赖解旋酶恒温扩增反应效率。因此,本研究证明了特定设计的末端序列,可以提高依赖解旋酶恒温扩增反应效率。

发酵乳中沙门氏菌依赖解旋酶恒温基因扩增快速检测方法的建立

建立依赖解旋酶恒温基因扩增(helicase-dependent isothermal DNA amplification,HDA)快速检测发酵乳中沙门氏菌方法。以沙门氏菌invA基因序列为目的基因,设计特异性引物,优化反应体系中UvrD解旋酶及T4 gp32添加量,建立最优反应体系。通过HDA方法直接检测发酵乳中沙门氏菌,扩增其产物后进行电泳检测,验证方法特异性。结果表明:采用HDA快速检测法检测发酵乳中沙门氏菌特异性良好,优化后反应体系体积50μL时,UvrD解旋酶添加量为0.10μg,T4 gp32添加量为5.0μg,得到与设计序列长度(304 bp)一致的扩增产物,检出限为2.6×10^(2) CFU/g;该方法用于快速检测发酵乳中沙门氏菌能够满足检测需求,具有较高的灵敏度、易操作,可作为一种基础且快速的方法检测发酵乳中沙门氏菌。

发酵乳中植物乳杆菌依赖解旋酶恒温基因扩增检测方法的建立

通过依赖解旋酶恒温基因扩增(helicase-dependent isothermal DNA amplification,HDA)技术建立一种快速检测发酵乳中植物乳杆菌的方法。根据植物乳杆菌scrB基因序列(基因号为AJ579541.1)设计特异性引物,通过实验筛选出检测体系中UvrD解旋酶和T4 gp32蛋白的较优含量,达到最优反应条件。所建立的HDA方法通过人工添加植物乳杆菌确定检出限,通过多种菌株扩增验证方法特异性,通过扩增产物电泳和序列比对分析验证方法一致性和稳定性。结果表明:采用HDA法检测发酵乳中植物乳杆菌,反应体系中UvrD解旋酶和T4 gp32蛋白的适宜添加量分别为0.15μg和5.0μg,特异性良好,与涉及的其他菌株均未发生扩增,检出限为2.8×10^(1) CFU/g,扩增序列与设计序列长度(273 bp)一致且序列同源性为100%;本研究建立的方法可以快速检测发酵乳中植物乳杆菌,具有灵敏度高、操作简单、应用前景广等特点。

依赖于核酸序列恒温扩增技术快速检测副溶血性弧菌方法的建立

为建立副溶血性弧菌的快速检测方法,本研究采用依赖于核酸序列恒温扩增(NASBA)技术,以副溶血性弧菌的tlh基因为扩增的靶基因设计特异性引物和探针,建立可快速扩增副溶血性弧菌的NASBA方法。特异性和灵敏度试验结果表明:该NASBA方法对副溶血性弧菌的最小检出量为5.1×102 cfu/mL,高于普通PCR方法,而且与其他种属的菌无任何交叉反应。此外,本研究将副溶血弧菌扩增产物采用通用型核酸扩增物快速检测板进行检测,实现了特异性强的快速副溶血弧菌的检测。该方法对仪器要求低,具有良好的应用前景。

沙门氏菌的依赖于核酸序列恒温扩增检测方法的建立

采用自行建立和优化的依赖于核酸序列恒温扩增(nucleic acid sequence-based amplification,NASBA)检测体系,对沙门氏菌进行检测。采用沙门氏菌的invA基因为目的片段设计特异性引物,建成可快速检测沙门氏菌的NAS-BA检测法,并进行了特异性和灵敏度试验。结果表明:所建立起的NASBA检测方法,灵敏度为7.1×102cfu/ml,高于普通PCR方法。

婴儿配方乳粉中阪崎克罗诺杆菌解旋酶恒温基因扩增检测方法的建立

目的:建立一种检测婴儿配方乳粉中阪崎克罗诺杆菌的解旋酶恒温基因扩增方法。方法:根据阪崎克罗诺杆菌ITS基因设计特异性引物,优化解旋酶恒温基因扩增法反应条件UvrD helicase、T4 gp32的浓度,人工添加阪崎克罗诺杆菌确定检出限,多种致病菌在建立的解旋酶恒温基因扩增体系中扩增验证特异性,电泳检测扩增产物。结果:解旋酶恒温基因扩增法检测婴儿配方乳粉中阪崎克罗诺杆菌得到与设计序列长度一致的100 bp基因片段,检出限为10 CFU/g,优化反应条件UvrD helicase、T4 gp32的终浓度分别为0.1、5.0μg。结论:解旋酶恒温基因扩增法用于检测婴儿配方乳粉中阪崎克罗诺杆菌的特异性强、灵敏度高、耗时短,为婴儿配方乳粉中阪崎克罗诺杆菌的快速检测提供了新的方法。

赖解旋酶恒温基因扩增技术的原理、应用和展望

赖解旋酶恒温基因扩增方法(HDA法)是新近发明的一种简便、快速、高效的体外恒温基因扩增技术.该法依靠DNA解旋酶解开双链DNA、单链DNA结合蛋白(SSB)维持单链状态、DNA聚合酶催化靶片段的扩增.研究表明,HDA能扩增微生物基因组DNA、病原菌DNA、质粒DNA和cDNA等,从灵敏性、准确性和可操作性几方面看,该方法具有广阔的实用前景.

应用依赖解旋酶DNA扩增技术检测转基因大豆

目的:基于依赖解旋酶DNA恒温扩增(helicase-dependent isothermal DNA amplifi cation,HDA)技术,建立快速检测转基因大豆的方法。方法:采用以CaMV35S、NOS、CP4-EPSPS 3种外源基因和内源基因Lectin(大豆凝集素基因)为目的片段设计4对特异引物,建立反应体系,通过HDA方法对内源基因和3种外源基因的检测特异性和灵敏度进行实验,并对结果进行同源性分析。结果:建立了转基因大豆HDA检测法,检测特异性良好,3种外源基因的检出限为0.2%。结论:转基因大豆的HDA检测方法具有普通聚合酶链式反应的特异、灵敏等特点,并且对仪器要求更低,极适合基层实验室使用,具有广阔的应用前景。

溶藻弧菌的依赖于核酸序列恒温扩增检测方法的建立

采用自行建立和优化的依赖于核酸序列恒温扩增(NASBA)检测体系,对溶藻弧菌进行检测。采用溶藻弧菌的hsp60基因为目的片段设计特异性引物,建成可快速检测溶藻弧菌的NASBA检测法,并进行了特异性和灵敏度试验。结果表明:所建立起的NASBA检测方法,灵敏度为6.9×102 cfu.mL-1,高于普通PCR方法。溶藻弧菌的依赖于核酸序列恒温扩增检测方法具有较高灵敏度和和良好特异性,并且对仪器要求更低,用普通恒温设备即可进行反应,具有广阔的推广前景。

赖解旋酶恒温基因扩增技术的研究进展

随着分子生物学研究领域的发展,赖解旋酶恒温基因扩增技术(HDA)作为一种简便、快速、高效的体外恒温基因扩增技术出现。HDA依靠解旋酶解开双链DNA、结合蛋白维持单链DNA状态、DNA聚合酶催化靶片段的扩增。可以用于微生物基因组DNA、病原菌DNA、质粒DNA和cDNA等的扩增,该法具有广阔的实用前景。

酸乳中葡糖醋杆菌赖解旋酶恒温基因扩增检测方法的建立

建立酸乳中葡糖醋杆菌的赖解旋酶恒温基因扩增(helicase-dependent isothermal DNA amplification,HDA)检测方法。根据葡糖醋杆菌16S基因序列(基因号为HQ677466.1)设计特异性引物,并优化反应体系中UvrD解旋酶和T4 gp32的浓度。通过HDA法直接检测酸乳中的葡糖醋杆菌,并确定其检出限,在建立的HDA体系中对酸乳中多种菌株进行扩增和电泳检测,验证方法的特异性。结果表明:用HDA法检测酸乳中葡糖醋杆菌,得到了与设计序列长度(101 bp)一致的基因片段,检出限为102 CFU/g,反应体系中UvrD解旋酶和T4 gp32的适宜添加量分别为0.1μg和5.0μg。该方法用于检测酸乳中葡糖醋杆菌的灵敏度高、耗时短。

口蹄疫病毒解旋酶恒温扩增检测方法的建立

针对FMDV编码3D蛋白(RNA聚合酶)的保守序列设计特异性引物,利用逆转录解旋酶恒温扩增技术(Reverse Transcription helicase-dependent isothermal amplification,RT-HDA)建立了口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)快速检测方法。该方法可在65℃下,120 min内实现对口蹄疫病毒保守序列的大量扩增。该方法可检测到0.2 ng的FMDV核酸量,比普通RT-PCR高10倍;具有极高的特异性,除了能对FMDV核酸进行扩增外,对其他临床症状与口蹄疫类似的病毒,如水泡病病毒(SVDV)、猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)和水泡性口炎病毒(VSV)的核酸,则不能扩增出目的片段。FMDV的RT-HDA检测方法灵敏度和特异性高,而且不需要昂贵的仪器设备,具有广阔的应用前景。

解旋酶恒温基因扩增方法快速检测酸乳中醋化醋杆菌

目的建立解旋酶恒温基因扩增方法(helicase-dependent isothermal DNA amplification,HDA)快速检测酸乳中醋化醋杆菌的分析方法。方法以醋化醋杆菌的16S-23S rRNA ITS序列为目的基因,设计一对特异性引物,优化反应条件UvrD helicase、T4 gp32的浓度,通过解旋酶恒温基因扩增方法直接检测酸乳中醋化醋杆菌,扩增产物通过电泳进行检测。结果 HDA法检测酸乳中醋化醋杆菌的特异性强,实验涉及的其他菌株均未发生扩增,只有醋化醋杆菌得到与设计序列长度一致的197 bp基因片段,方法检出限为3.6×10~1 CFU/g,实验条件优化后T4 gp32、UvrD helicase的终含量分别为4.0、0.15μg。结论该方法灵敏度较高,时间较短,为酸乳中醋化醋杆菌的检测提供了新的思路,同时也为其他食品污染菌的快速检测提供了借鉴意义。

快速检测发酵乳中葡萄糖杆菌的赖解旋酶恒温基因扩增方法的建立

建立赖解旋酶恒温基因扩增(helicase-dependent isothermal DNA amplification,HDA)快速检测发酵乳中葡萄糖杆菌的方法。选择葡萄糖杆菌ITS基因序列(基因号为KF896260.1)为目的基因,设计特异性引物,并优化反应体系中UvrD解旋酶和T4 gp32的添加量,建立最优反应体系。采用建立的HDA体系对多种菌株进行扩增和电泳检测,验证方法特异性,通过HDA法直接检测发酵乳中的葡萄糖杆菌,并确定其检出限。结果表明:采用HDA法检测发酵乳中葡萄糖杆菌,反应体系中UvrD解旋酶和T4 gp32的适宜添加量分别为0.10μg和5.0μg,扩增产物与设计序列长度(309 bp)一致,特异性良好,检出限为4.3×10^1 CFU/g。该方法用于检测发酵乳中葡萄糖杆菌的灵敏度高、耗时短。

解旋酶依赖性扩增技术研究进展

解旋酶依赖性扩增技术(helicase-dependent amplification,HDA)作为一种灵敏度高、特异性强、快速高效、便捷精准的核酸等温扩增技术,在病原体检测研究中得到广泛应用,有望应用于国境口岸现场病原体快速检测。本文着重介绍HDA技术的原理、方法和优势,并探讨其在国境口岸重点关注病原体检测中的研究进展。

核酸恒温扩增技术研究进展

核酸恒温扩增技术在生命科学研究及相关诸多领域已经得到了广泛应用。我们对核酸恒温扩增技术的最新进展作一简要综述,包括环介导恒温扩增、链替代扩增、依赖核酸序列的扩增、滚环扩增、切口酶核酸恒温扩增、依赖解旋酶的恒温扩增、转录依赖的扩增、杂交捕获法、转录介导的扩增等的原理、优缺点及应用。

志贺氏菌基于核酸序列恒温扩增检测方法研究

使用自行建立和优化的基于核酸序列恒温扩增(Nucleic Acid Sequence-based Amplification,NASBA)检测体系,对志贺氏菌(Shigella spp.)进行检测。采用志贺氏菌的ipaH基因为目的片段设计特异性引物,建成可快速检测志贺氏菌的NASBA检测法,并进行特异性和灵敏度试验。结果表明:该检测方法具有较高的灵敏度和可靠的特异性,灵敏度为6.3×102cfu/mL,高于普通PCR方法。