依赖解旋酶DNA等温扩增技术的研究进展

依赖解旋酶DNA等温扩增技术(HDA)是近年来发明的一种新型的模拟动物体内DNA复制的等温扩增技术,HDA具有简便、高效、快速的优点,不需复杂的科学仪器,反应在常温下进行,适用于基层实验室,具有广阔的应用前景。

应用依赖解旋酶DNA恒温扩增技术检测副溶血性弧菌

以副溶血性弧菌的tlh基因为目的片段设计特异性引物,成功建立了恒温条件下快速检测副溶血性弧菌的依赖解旋酶DNA恒温扩增技术(HDA)的检测法,进行了特异性和灵敏度实验,并与普通PCR方法进行了比较。该HDA检测方法最低检测限为19.9ng·mL-1,与普通PCR方法相当。副溶血性弧菌的HDA检测方法具有普通PCR的特异、灵敏等特点,并且对仪器要求更低,用普通水浴槽即可进行反应。

应用依赖解旋酶DNA扩增技术检测转基因大豆

目的:基于依赖解旋酶DNA恒温扩增(helicase-dependent isothermal DNA amplifi cation,HDA)技术,建立快速检测转基因大豆的方法。方法:采用以CaMV35S、NOS、CP4-EPSPS 3种外源基因和内源基因Lectin(大豆凝集素基因)为目的片段设计4对特异引物,建立反应体系,通过HDA方法对内源基因和3种外源基因的检测特异性和灵敏度进行实验,并对结果进行同源性分析。结果:建立了转基因大豆HDA检测法,检测特异性良好,3种外源基因的检出限为0.2%。结论:转基因大豆的HDA检测方法具有普通聚合酶链式反应的特异、灵敏等特点,并且对仪器要求更低,极适合基层实验室使用,具有广阔的应用前景。

单核细胞增生李斯特氏菌依赖解旋酶DNA恒温扩增检测方法的建立

为建立单核细胞增生李斯特氏菌(Lm)的依赖解旋酶DNA恒温扩增(HDA)检测方法,本研究以Lm的iap基因为目的片段设计特异性引物,建立了可在65℃恒温扩增快速(90 min)检测Lm的HDA检测方法,分别对反应体系中的MgAc2、Bst聚合酶、UvrD解旋酶、dNTPs以及引物等的浓度进行优化,进行了特异性和灵敏度试验,并与普通PCR方法进行了比较。结果表明,所建立起的检测法最低检测限为7.8×103 cfu/mL,灵敏度与普通PCR方法相当。Lm的HDA检测方法具有普通PCR的特异、灵敏等特点,并且对仪器要求更低,具有良好的应用前景。

磁珠法DNA提取技术在多重连接依赖探针扩增检测中的应用

目的探讨磁珠法DNA提取技术在多重连接依赖探针扩增(MLPA)检测样品制备中的应用价值。方法分别用半自动磁珠法和手工离心柱法提取1例21-羟化酶缺乏症患者和16例健康男性外周血、16例羊水细胞标本的基因组DNA,用MLPA法检测CYP21A2基因拷贝数,比较两种方法制备DNA的质量及MLPA结果。用磁珠法提取200例羊水细胞DNA,MLPA法检测染色体非整倍体异常表达情况。结果磁珠法提取外周血DNA的浓度和总量均高于离心柱法(P<0.05)。两种方法提取羊水DNA浓度相当,磁珠法所得总量较高(P<0.05)。21-羟化酶缺乏症患者CYP21A2基因拷贝数比值接近0.5。200例羊水标本中检出正常二倍体188例,21三体9例,18三体2例,特纳(Turner)综合征(45,X)1例,与核型分析结果一致。结论磁珠法制备的外周血和羊水细胞DNA适用于MLPA检测,具有较高的应用价值。

快速DNA提取环介导等温扩增技术检测结核分枝杆菌的成本分析

结核病的早期诊断，对于很好地控制结核病的传播具有十分重要的意义。固体培养具有很高的诊断价值，但耗时较长，至少需要6～8周的时间。近年来涌现出很多新的技术和方法用于结核分枝杆菌的快速诊断及鉴定。然而除了检测效能，检测成本也是制约各种技术或方法能否推广的决定性因素之一。结核分枝杆菌快速DNA提取环介导等温扩增检测技术（procedure for ultra rapid extraction of loop-mediated isothermal amplification, PURE-LAMP；Eiken Chemical，日本）是一种基于分子生物学原理的快速检测试剂盒，整个试剂盒采用封闭的反应体系，在反应体系内加入2条内引物和2条外引物，

实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术和实时荧光RT-PCR在手足口病中的应用价值

目的研究实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术和实时荧光RT-PCR在手足口病中的应用价值。方法回顾性分析106例疑似手足口病患儿的临床资料。所有患儿均进行实时荧光RT-PCR检测、实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术检测,以临床表现、实验室检查、血清和病原学的综合诊断结果为临床诊断金标准,比较不同检测方法的诊断结果及效能。结果实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术检测EV通用型、EV71、CoxA16的窗口期及平均用时均短于实时荧光RT-PCR检测,诊断效能均优于实时荧光RT-PCR检测,阳性综合诊断率高于实时荧光RT-PCR检测(P<0.05)。结论实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术在检测手足口病中具有快速、高效、诊断效能高等优势,临床推广应用价值高。

发酵乳中植物乳杆菌依赖解旋酶恒温基因扩增检测方法的建立

通过依赖解旋酶恒温基因扩增(helicase-dependent isothermal DNA amplification,HDA)技术建立一种快速检测发酵乳中植物乳杆菌的方法。根据植物乳杆菌scrB基因序列(基因号为AJ579541.1)设计特异性引物,通过实验筛选出检测体系中UvrD解旋酶和T4 gp32蛋白的较优含量,达到最优反应条件。所建立的HDA方法通过人工添加植物乳杆菌确定检出限,通过多种菌株扩增验证方法特异性,通过扩增产物电泳和序列比对分析验证方法一致性和稳定性。结果表明:采用HDA法检测发酵乳中植物乳杆菌,反应体系中UvrD解旋酶和T4 gp32蛋白的适宜添加量分别为0.15μg和5.0μg,特异性良好,与涉及的其他菌株均未发生扩增,检出限为2.8×10^(1) CFU/g,扩增序列与设计序列长度(273 bp)一致且序列同源性为100%;本研究建立的方法可以快速检测发酵乳中植物乳杆菌,具有灵敏度高、操作简单、应用前景广等特点。

电子基因芯片DNA等温扩增技术检测大肠埃希菌O157:H7方法建立

Nanogene公司研制的电子基因芯片利用电子场、热循环或化学技术等吸引带负电的DNA、RNA或其他生物分子和探针结合到芯片特定位点上进行杂交检测[1]。Nanogene电子芯片具有精确性和严谨性,对生物分子的电子吸引力大大加速了分子结合到芯片上的速度，与传统的被动式芯片（如Affymetrix、Genechip）相比，提高了1000倍以上。通常被动式芯片的点样需要花几个小时，而主动式电子芯片仅需要30～60S。

解旋酶依赖性扩增技术研究进展

解旋酶依赖性扩增技术(helicase-dependent amplification,HDA)作为一种灵敏度高、特异性强、快速高效、便捷精准的核酸等温扩增技术,在病原体检测研究中得到广泛应用,有望应用于国境口岸现场病原体快速检测。本文着重介绍HDA技术的原理、方法和优势,并探讨其在国境口岸重点关注病原体检测中的研究进展。

环介导等温扩增技术在兽医中的应用

环介导等温扩增技术（LAMP）是由Notomi等于2000年开发的新颖的恒温核酸扩增方法，在等温条件下可高效、快速、高特异、高灵敏地扩增靶序列。1技术特点环介导等温扩增技术特点是针对靶序列的6个特异性区域设计两对引物，利用具有链置换活性的DNA聚合酶在恒温条件下30～60分钟，不需要PCR仪即可实现核酸的大量扩增，并且伴有肉眼可见的副产物白色焦磷酸酶沉淀产生。LAMP的扩增效率是目前最高的一种，

环介导等温扩增技术检测呼吸道样本中肺炎克雷伯菌

目的:建立环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测呼吸道感染患者痰液中肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,Kpn)的方法并进行初步应用。方法:基于Kpn phoE基因设计4条特异性引物,对反应条件中的Mg^2+和甜菜碱浓度进行优化,建立检测Kpn LAMP方法并进行特异性和灵敏度试验;收集308例呼吸道感染患者痰液样本,进行细菌培养法、LAMP法、DNA测序技术检测,评估LAMP检测体系。结果:8 mmol/L、0.4 mmol/L确定为Mg^2+和甜菜碱的最佳扩增浓度;该体系特异性强,与其他菌株无交叉反应,灵敏度为104 CFU/mL;临床样本中Kpn的LAMP检出率(53.89%)高于培养法(42.20%),差异有统计学意义(χ^2=161.65,P<0.05);LAMP法与细菌培养法在Kpn阳性样本、无细菌生长样本、非Kpn其他细菌阳性样本中的一致率分别为96.15%、100%、65.25%,46例不一致样本经DNA测序验证,LAMP法与测序符合率为86.95%(40/46);LAMP法和DNA测序法对131例样本同时进行检测,经Kappa检验两者具有极好的一致性(Kappa系数=0.817)。结论:与细菌培养法相比,LAMP法具有准确性高、灵敏度高、特异性强、反应省时等优势,可以作为肺炎克雷伯菌的快速检测方法。

等温核酸扩增技术在病原体检测中的应用

近年来,新型传染病相继爆发,如严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome,SARS)、H7N9禽流感等,严重威胁着人类健康和社会、经济的可持续发展,同时给传染病的防控带来了严峻挑战。病原体检测是传染病防控的重要环节,越来越多的新技术被应用其中。等温核酸扩增技术作为一种快速、灵敏度高的病原体检测技术,已取得了长足发展。对等温核酸扩增技术的原理、重要特性及其在病原体检测中的应用进展进行了较为全面的综述,以期为这一技术的推广和应用提供重要参考。

膜吸附法结合可视化环介导等温扩增技术检测柑橘黄龙病菌

【背景】柑橘黄龙病(Huanglongbing,HLB)是由候选韧皮部杆菌亚洲种(‘Candidatus Liberibacter asiaticus’,CLas)侵染引起的一种柑橘病害。对于该病害的防治主要采取综合措施,包括实施检疫、种植无病苗木、及时挖除病树和集中大面积联防联控柑橘木虱等。前3种方法都需要依靠准确的柑橘黄龙病诊断技术。【目的】利用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP),结合膜吸附法DNA快速提取和Gelgreen荧光染料可视化,建立黄龙病田间核酸快速检测方法。【方法】以黄龙病菌β-操纵子与原噬菌体DNA聚合酶基因为模板设计LAMP特异性引物,包括外引物F3/B3、内引物FIP/BIP、环引物LoopF/LoopB和茎引物StemF/StemB。通过对环引物和茎引物设定不同的用量组合,对LAMP引物体系进行优化,确定合适的引物浓度。用优化后的LAMP引物体系对188份田间柑橘叶片进行检测,并构建受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析实时荧光LAMP(qLAMP)在CLas检测上的准确性。对qLAMP预混反应液进行两步的常温干燥,分别设定不同的存放条件,评估LAMP常温干燥试剂的稳定性。用本研究建立的CLas可视化LAMP快速检测方法,对田间71个柑橘叶片样品和35个柑橘果实样品进行检测,与实时荧光定量PCR(qPCR)比较两者的符合率。【结果】在LAMP体系中加入环引物、茎引物或增加其浓度都能促进反应速率的提升,并且同时加入终浓度均为1.6μmol·L-1的环引物和茎引物能进一步提高LAMP反应速率。LAMP预混液通过两步法干燥在不同温度存放1—4周均能保持反应活性基本不变,表明制备的两步法干燥LAMP试剂检测性能较好,在低温和常温环境下的稳定性尚可,仅35℃高温存放会略微增加LAMP试剂的反应时间。使用孔径0.1μm尼龙膜代替纤维素滤纸作为核酸吸附材料能提升CLas快速诊断技术的灵敏度。结合DNA快速提取和可视化LAMP建立的CLas快速核酸诊断方法最低能检测到浓度为102 copies/μL的重组质粒样品,总体准确率高。经配对卡方检验,该方法的诊断结果与qPCR无显著差异。可视化LAMP快速检测相较常规检测有着更低的成本和耗时,而且可视化LAMP快速检测无需离心机和PCR仪等昂贵的仪器,仅需一台65℃恒温设备即可。【结论】建立的CLas快速核酸检测方法成本低,30 min即可观察到检测结果,操作简便,准确性高,可替代qPCR在田间进行黄龙病的快速鉴定。

基于环介导等温扩增技术的巴戟天检测方法的建立

目的建立一种可快速检测中药巴戟天的环介导等温扩增(LAMP)检测方法。方法针对巴戟天二级内部转录空间(ITS2)序列设计LAMP特异引物组,提取DNA后建立基于LAMP技术鉴别巴戟天的目视和实时定量检测方法,同时评估该方法的特异性、灵敏度及其在实践中的应用情况。结果该检测方法具有良好的特异性,最适反应温度为63℃,灵敏度约为0.10μg/L,比常规聚合酶链式反应(PCR)方法约高10倍。经验证可成功从7种近缘物种中检测出巴戟天。结论巴戟天LAMP检测是一种简便、客观、灵敏、快速的方法,值得进一步推广应用。

鱼类鳗弧菌赖解旋酶基因扩增技术的建立

为建立一种鱼类鳗弧菌的快速检测方法,本研究以鳗弧菌的tox R基因为靶基因设计特异性引物,并对反应条件和反应体系进行优化,建立了基于赖解旋酶DNA恒温扩增技术(HDA)的鳗弧菌快速检测方法。结果显示,该方法对鱼类鳗弧菌检测为阳性,而对其他鱼类病原菌的检测结果均为阴性,具有良好的特异性;标准菌株菌体基因组DNA最低检测限为30 ng/m L,人工污染模拟样品的最低检出限为2.1×102cfu/m L;利用该方法与普通PCR方法对临床120份鱼类样品进行检测,符合率为100%,检出率均高于细菌培养法。本研究建立的检测鳗弧菌的HDA法具有快速、简便、特异、灵敏等特点,适合基层实验室使用,具有广泛的应用前景。

逆转录环介导等温扩增技术

逆转录环介导等温扩增技术（Reverse Transcription Loop,Mediated Isothermal Amplification, RT-LAMP）是一种新颖的RNA扩增方法。其基本原理是采用4到6条特异引物（针对基因的6到8个区域）及一种具有链置换活性的DNA聚合酶和AMV反转录酶．

等温扩增荧光技术快速检测金黄色葡萄球菌方法的建立

等温荧光扩增技术--Isothermal Amplification Fluorescent Method（IAFT）是核酸体外扩增和荧光法技术的结合,在恒温条件下进行,通过添加特殊的DNA聚合酶和特异性引物,在扩增的同时加入荧光基团,通过荧光信号累积实时监控扩增过程,实现核酸快速扩增和检测,并对产物做溶解曲线分析。本研究针对金黄色葡萄球菌特异性的femA基因片段设计并筛选出了IAFT法的特异性引物,验证特异性和灵敏度,并与传统检测方法做对比,结果符合率为100%。

人乳头瘤病毒的环介导等温扩增检测法

人乳头瘤病毒（human papillomavirus,HPV）是引起尖锐湿疣甚至癌变的病原体。PCR技术检测病毒DNA序列具有特异、敏感等特点,但对仪器设备及检测人员技术要求较高,不适合于基层医疗单位临床实验室的常规诊断方法。