基于RAA-CRISPR的新型冠状病毒变异位点快速检测方法的建立

目的利用逆转录酶重组酶介导的等温扩增(RT-RAA)与成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR核酸检测技术结合,并基于“消线法”CRISPR试纸,建立一种针对新型冠状病毒基因变异位点的现场快速检测方法。方法通过对新型冠状病毒基因组HV69-70del变异位点的序列分析,设计并筛选可高效扩增该变异位点的RT-RAA引物,以及可特异性识别HV69-70del变异位点的crRNA。利用RT-RAA等温扩增技术对目标核酸进行扩增,通过CRISPR-Cas13a系统对扩增产物进行检测并用ERASE试纸进行结果判读。结果该法可特异性区分含有HV69-70del变异位点与未突变的新型冠状病毒核酸,同时在不依赖荧光检测设备的情况下,可在1 h内检出含量为1拷贝/μl的新型冠状病毒HV69-70del变异位点,且与其他7种病原体核酸无交叉反应。结论基于RT-RAA恒温扩增技术以及“消线法”CRISPR检测试纸建立了一种不依赖荧光检测设备的新型冠状病毒变异位点快速检测方法——RAA-CRISPR,为新型冠状病毒变异株的快速检测与鉴定提供了新方法。