奶牛乳铁蛋白基因5′侧翼区遗传多态性及其与乳腺炎关联性分析

牛乳铁蛋白(Lactoferrin,LF)是保护乳腺组织的防御因子之一,是具有多种功能的糖蛋白。关于牛LF基因的多态性研究的报道较多,但其多态性与奶牛乳腺炎相关性的研究较少。文章采用PCR-RFLP、CRS-PCR对268头中国荷斯坦牛LF基因启动子区的-926(G/A)、-915(T/G)、-478(/G)、+72(T/C)突变进行基因型分型,应用最小二乘线性模型分析LF基因多态性与体细胞评分(Somaticcellscore,SCS)的相关性。结果表明,新发现+72(T/C)和-478(/G)对SCS有显著影响,而其他两个位点对SCS影响不显著(P>0.05)。+72(T/C)的AB基因型是优良基因型,其个体的SCS值均显著低于AA型(P<0.01)、BB型个体(P<0.05)。-478(/G)位点的C等位基因是优良的等位基因,CC基因型个体的SCS值极显著低于CD、DD基因型个体(P<0.01)。因此,LF基因+72(T/C)的AB基因型和-478(/G)位点的CC基因型均是奶牛乳腺炎抗性的优良基因型,可作为分子标记应用于奶牛乳腺炎抗性筛选。

鸡8个功能基因5′-侧翼区与内含子的SNP多样性比较

本研究旨在探讨鸡功能基因5′-侧翼区的单核苷酸多态性(SNP)水平。作者以白来航鸡、隐性白洛克鸡、杏花鸡、丝羽乌骨鸡、固始鸡、红色原鸡为材料,扩增了GH、DDBC1、RIKEN、RASGRP3、IGF1、THRSP、VIP及PRL共8个基因的5′-侧翼区DNA序列。扩增序列全长为8,399bp,SNP的总数为161个,平均每52bp出现一个SNP。8个功能基因5′-侧翼区核苷酸多样性的θ均值和π均值分别为0.00620±0.00110和0.00559±0.00100。比较检验表明,5′-侧翼区的SNP多样性显著低于内含子区域。5′-侧翼区是基因表达的一个重要调控区域,在分子进化和系统发生过程中承受着比内含子区域更大的选择压,其较低的SNP多样性是适应性较好的表现。Tajima检验与Fu和Li检验表明,与鸡繁殖性状显著关联的VIP基因和PRL基因很可能是人工选择或自然选择的目的基因。

EOLA1基因5′侧翼区的克隆及调控功能初步研究

目的研究内皮细胞高表达脂多糖相关因子1(endothelial overexpressedlipopolysaccharide associatedfactor1,EOLA1)基因5′侧翼区的调控序列。方法通过基因组步移克隆EOLA1基因5′侧翼区不同长度的片段,插入β半乳糖苷酶(βgal)报告基因载体,分析各片段在ECV304细胞中的βgal调节活性。结果含EOLA1基因5′侧翼区-1～-2659bp和-1～-1951bp序列的重组质粒在ECV304细胞中能明显表现βgal上调活性,而-1～-361bp序列的重组质粒活性无明显变化。结论EOLA1基因5′侧翼区-361～-1951bp内存在基因转录启动子元件。

扩展青霉碱性脂肪酶基因5’端侧翼区域的克隆与鉴定

应用衔接头PCR技术,扩增得到约2000 bp的扩展青霉碱性脂肪酶基因5’端侧翼区域的单一产物。对该产物测序并提交GenBank数据库(GenBank accession DQ677520),经序列比对分析,发现该序列具有真核启动子序列的基本结构特征,含有TATA盒、CAAT盒、GC盒等元件。将扩增得到的脂肪酶基因5’端侧翼序列,连接到含有绿色荧光蛋白(GFP)报告基因的质粒中,构建了一个重组表达质粒,转化大肠杆菌细胞。荧光显微观察大肠杆菌阳性转化子发出荧光,侧翼序列含有启动子功能得到确认。

蛋白磷酸酶2A-Aα亚基基因5'侧翼区多态性在广东汉族人群中的分布

目的:探讨蛋白磷酸酶2A-Aα亚基基因PPP2RIA启动子区的遗传多态性在中国南方汉族人群中的分布特征。方法:随机选取部分广东汉族人群,获取全血基因组DNA。PCR扩增获得PPP2RIA基因5′-侧翼区的目的片段产物直接再测序,筛查并确证潜在的基因多态性位点,采用HaploView软件进行该人群多态性等位基因分布频率的分析、并与HapMap结果进行分布特征比较。结果:PCR扩增和成功测序63例健康人(126条染色体)PPP2RIA基因-1 844～+201nt的目的片段,序列比对发现该人群中6个已知多态性位点及其人群最小等位基因频率分别为-1 039 G>T(+Ins)(rs10414793,但其中T等位基因型含有29个碱基片段的插入)(8.73%)、-568 G>A(rs1864007)(25.40%)、-241 -/G(rsl 1453459)(26.90%)、+87 T>C(rs13344984)(7.94%)、+107 -/C(rs3833207)(30.16%)和+108 A>G(rs1 7554825)(7.94%);且其中2个位点在该人群中的分布与HapMap公布的国外人群数据存在不同(P<0.05);同时,该人群中还发现-512 G>A(2.38%)的潜在新多态性位点。结论:筛查PPP2RIA基因5′-侧翼区在中国广东汉族人群中多态性位点的等位基因分布,为进一步开展多态性功能性分析提供基础。

斑鳜胃蛋白酶原C及其5′侧翼区的克隆及序列特征分析

采用RT-PCR和RACE等技术克隆了斑鳜(Siniperca scherzeri)胃蛋白酶原C(pepsinogen C,PGC)的cDNA全长和部分DNA序列,结果表明:PGC cDNA序列全长1 505 bp,5′端非翻译区37 bp,3′端非翻译区304 bp,开放阅读框架(ORF)1 164 bp,共编码含有387个氨基酸的蛋白质,包括由16个氨基酸组成的信号肽、39个氨基酸的激活肽和332个氨基酸的成熟肽。斑鳜PGC氨基酸序列与斜带石斑鱼、伯氏豚虾虎鱼、狼鲈、美洲红点鲑4种鱼的相似度分别为92.0%、91.5%、90.2%、89.1%,与非洲爪蟾、鸡、人、兔、褐家鼠的序列相似度分别为76.8%、72.8%、72.5%、69.9%、67.3%,表明PGC基因在长期的进化中较为保守。PGC基因由9个外显子和8个内含子组成,内含子剪切位点符合GT-AG规则,在第7含子中发现(GACA)6、(CA)6类型的微卫星序列,第8内含子中发现(TG)5类型的微卫星序列。采用锚定PCR方法获得了PGC 5′侧翼区长1 924 bp的序列,启动子区域位于-40^+10 bp,包含TATA盒以及GATA-1、CdxA、Hand1/E47、AP-1、Nkx-2、S8、FOX J2等转录因子的结合位点。结果为进一步研究该基因的表达、功能及其转录调控特征奠定了分子基础。

犏牛FSHβ基因的5’端侧翼区的序列测定和比较研究

目的:为探求犏牛FSHβ基因的5’端侧翼区的序列特征,揭示该基因的变异和对家畜产仔率的意义,方法:根据奶牛FSHβ基因的5’端侧翼区的基因序列设计引物,应用PCR方法扩增并克隆了犏牛FSHβ基因的5’端侧翼区的序列,扩增序列长度为2022bp,包括5’端上游调控序列、第一外显子和部分第一内含子,并与奶牛该区段序列进行了比较研究。结果:序列分析结果表明:犏牛FSHβ基因的5’端侧翼区与文献报道的奶牛该基因的同源性为98.37%。结论:这为研究杂交一代犏牛雄性雄性不育,为开展牦牛功能基因组计划和分子育种提供了一定的科学的理论依据。

小尾寒羊MyoG外显子2和MyoD 5'侧翼区的多态性研究

采用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊肌细胞生成素Myo G基因外显子2和生肌决定基因Myo D 5'侧翼区的多态性,结果表明:Myo D 5'侧翼区在小尾寒羊中检测到2种基因型(BB、AB),BB和AB基因型频率分别为0.975 0和0.025 0,A和B等位基因频率分别为0.012 5和0.987 5;小尾寒羊的Myo G外显子2不存在多态性。对Myo D 5'侧翼区的BB基因型测序分析发现,其与牛的Myo D1基因序列(XM_592330.2)相比,发生了2处突变,分别是第960位发生了T→C突变、第972位发生了C→A突变。

野桑蚕、家蚕LSP基因5'侧翼区的克隆与序列分析

根据已报道的家蚕朝日×东海的幼虫血清蛋白LSP基因序列设计1对引物,以野桑蚕、家蚕苏·菊×明·虎的基因组DNA为模板,分别克隆了野桑蚕、家蚕苏·菊×明·虎的LSP,基因5’侧翼区,约1.9kb,并进行了序列测定与分析。结果表明:克隆的野桑蚕、家蚕苏·菊×明·虎的LSP基因5’侧翼区涵盖了第一内含子、第一外显子、启动子区及其5’上游区;野桑蚕LSP基因5’侧翼区与朝日×东海LSP,基因5’侧翼区的同源性达96.4％,其中第一内含子、第一外显子的同源性分别为91.6％,100％;家蚕苏·菊×明·虎的LSP基因5’侧翼区与朝日×东海LSP基因5’侧翼区的同源性达98.9％,其中第一内含子、第一外显子的同源性都为100％,核心启动子区具有典型的TATA盒,还有数种昆虫脂肪体内组织特异性表达基因的共有序列和推定的激素响应元件等功能元件;野桑蚕的LSP基因启动子的5’上游区(-304～598bp)与J139家蚕丝素轻链基因第一内含子区域(7639～7933bp)的同源性达90.6％,-913～-1383bp为失活的部分水手转座子元件。

贵州小香羊GH基因5'端侧翼区多态性与生长性能的关系

为贵州小香羊品种遗传资源的保护和进一步开发利用提供科学依据,利用单链构型多态性(SSCP)技术对贵州小香羊GH基因5’端侧翼区多态性进行筛选,并分析其与生长性能指标的关系。结果表明:贵州小香羊GH基因5’端侧翼区第60位、372位发现C→T的突变,均产生3种基因型,其中,第60位突变产生AA型、AB型和BB型,AA型为优势基因型,A等位基因为优势等位基因,且各生长性能指标(体重、体长、体高、胸围、管围)呈现AA基因型>AB基因型>BB基因型,但差异不显著(P>0.05);而第372位突变产生CD型、CC型和DD型,其中CD型为优势基因型,各基因型群体间的各项生长性能指标均没有显著差异(P>0.05)。GH基因5’端侧翼区存在多样性,但该多态性对贵州小香羊生长性能的影响甚微。

西农萨能奶山羊β-乳球蛋白基因5′侧翼区多态性分析

根据β-乳球蛋白基因的DNA序列设计了1对引物,用PCR-RFLP技术对56只西农萨能奶山羊β-乳球蛋白基因5′侧翼区进行了多态性分析。结果发现,在西农萨能奶山羊群体中,PCR所扩增出的710bp片段经限制性内切酶Sam 消化后,表现出3种基因型。等位基因A,B的频率分别为0.91和0.09,3种基因型AA,AB,BB的频率分别为0.821,0.179和0.000。经检验,在所研究的群体中,该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态。

马IGF-Ⅰ基因3′端侧翼区PCR-SSCP多态性分析

[目的]为探明马IGF-Ⅰ基因3′端侧翼区的多态性。[方法]以蒙古马4个地方类型、三河马和英纯血马共270匹马为研究对象,从马的基因组DNA中扩增IGF-Ⅰ基因3′侧翼区序列,并对其进行PCR-SSCP分析。[结果]通过PCR-SSCP分析检测到AA、BB和AB 3种基因型,基因型频率计算结果显示,所选研究对象除锡尼河马(XN)和巴尔虎马(BH)之外,基因型分布均符合"哈代-温格伯定律"。[结论]IGF-Ⅰ基因3′端侧翼区存在多态性位点,可能影响马的生长发育机制。该研究对提高马的生产性能,促进马产业的发展具有重要的理论和现实意义。

贵州矮马与伊犁马生长激素基因5’侧翼区的结构特征

为了摸索贵州矮马生长发育的调控机制,探明贵州矮马与伊犁马生长激素基因5’侧翼区的结构特征,以4～5龄的贵州矮马和7～8龄的新疆伊犁马为研究对象,采用直接测序法从两种马基因组中克隆了生长激素(GH)基因5’侧翼区的DNA序列,并进行生物信息学分析。结果表明:1)从基因组中克隆的711bp片段为GH基因5’侧翼区序列;2)两个马品种的GH基因5’侧翼区中都存在TATA box、CAATbox、GC box和Octamer位点等真核生物启动子结构;3)从伊犁马GH基因5’侧翼区中检测到1个位于30bp处的突变位点发生了G→C颠换,由此新增了1个转录因子upstream stimulatory factor(USF)结合位点;4)从贵州矮马和伊犁马GH基因的5’侧翼区序列中发现了MZF1、CdxA、Nkx-2、AML-1a和c-Myc等19种共58个转录因子的结合位点。结论:克隆的711bp基因序列中存在大量的转录调控元件。

猪POU1F1基因5’侧翼区克隆及序列分析

POU1F1基因是POU基因家族的成员之一,对哺乳动物的早期发育和相关基因启动表达起重要的调控作用。本文利用染色体步移技术,从长白猪基因组中首次克隆到了约1.5kb的POU1F1基因5’侧翼区序列,并利用相关软件对其进行了序列分析和物种间POU1F1基因5’侧翼区序列比对及进化树构建。结果表明所克隆的片段中含典型的TATA盒(-57)和类CAAT盒序列(-87)。TESS软件分析发现在启动子附近有一系列潜在的重要的转录因子结合位点。序列比对结果表明不同物种POU1F1基因的转录起始点上游-150bp区域保守性较强,可能是启动子的核心序列。其中猪与牛的同源性最高,其次是黑猩猩、人、狗,与大鼠、小鼠和鸡同源性较低,与斑马鱼序列同源性最低。同源序列主要集中在转录起始点上游-150bp至-1000bp区域。Vista中的MLAGAN程序构建的系统进化树真实反应了物种间进化关系。

野桑蚕、家蚕海藻糖酶基因5′侧翼区的克隆与序列分析

海藻糖是一种双糖,广泛存在于包括细菌、酵母、植物和无脊椎动物在内的生物体内,主要功能是储备生物代谢所需的能源.在昆虫血液中,海藻糖是一种最重要的糖类,具有供给能量和提供合成生物大分子的底物等功能.其功能主要是通过海藻糖酶(Trehalase)的作用来实现的.家蚕海藻糖酶有可溶型和膜固定型两种类型,可溶型主要存在于蛹期中肠,而膜固定型存在于包括卵巢在内的多种组织.这两种类型酶是由同一个基因表达而形成不同的成熟海藻糖酶.海藻糖酶膜固定型存在于向血液面的卵巢膜内,该基因的表达是由滞育激素诱导调控.卵母细胞通过位于膜内的海藻糖酶,将血液中海藻糖降解成葡萄糖,然后吸收到胞内,最后合成糖原,从而导致蚕卵的滞育.从而海藻糖酶基因是从分子水平来解明家蚕滞育机理的一个重要途径.本实验从野桑蚕、家蚕苏@菊×明@虎基因组中分别克隆了野桑蚕和家蚕的海藻糖酶基因的5′侧翼区片段并进行了测序分析,以供进一步的启动子功能研究,现报道如下.

马生长激素基因的克隆与5′侧翼区序列分析

利用PCR技术首次扩增、克隆了6个具有不同生长速度马的生长激素基因。6个品种分别为:1个体格高大健壮的引入品种英纯血马,1个中等体高的中国驰名培育品种三河马,3个中等体高的蒙古马(乌审马、乌珠穆沁马、锡尼河马),1个体格矮小的广西矮马。马GH基因大小1923bp,包括了转录起始位点5′侧翼区序列250bp、1个可能的TATA框,组织特异性转录因子结合位点,全部5个外显子和4个内含子及部分3′侧翼区序列。分析6个品种马GH基因5′侧翼区序列并与乌审马序列相比,均在第210位出现由胞嘧啶C颠换为腺嘌呤A,在249位由胞嘧啶C颠换为鸟嘌呤G。6个品种之间的比较显示,马GH基因5′侧翼区具有极高的保守性,体格和体高具有显著差异的马品种间几乎未有差异。说明不同品种马生长速度和成年体重的差异,并非是其GH基因5′侧翼区变异造成的,马GH基因表达的差异可能受到内含子或3′侧翼区序列的影响。

猪神经元蛋白3.1基因3'侧翼区多聚腺苷酸数目多态性及其与肉质性状的关系

选取54头莱芜猪和40头鲁莱黑猪,宰后测定肉质性状,利用聚合酶链反应及单链构象多态性(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)技术检测其神经元蛋白3.1(neuronal protein 3.1,P311)基因3'侧翼区2个多聚腺苷酸(poly A)结构的长度多态性,测序确定连续腺苷酸的数目,并与肉质性状进行关联分析,以期发现有效多态位点.结果表明:1)在莱芜猪和鲁莱黑猪中共检测出2个连续腺苷酸数目的多态位点poly A-L1和poly A-L2,两者的poly A数目分别为18、15和15、12,2个位点的3种基因型分别记为poly A-L1位点的MM型、NN型和MN型,以及poly A-L2位点的BB型、DD型和BD型;这2个多态位点在莱芜猪和鲁莱黑猪群体中均处于哈代-温伯格平衡(P>0.05),其多态性在2个猪种间的分布差异在统计学上均不显著.2)莱芜猪poly A-L1位点的3种基因型之间在肉质性状上均未表现出统计学上的显著差异,但MN型个体各项肉质性状普遍优于2个纯合型,肉质较好,鲁莱黑猪中的结果与此相同.3)莱芜猪poly A-L2位点的3种基因型之间在肉质性状上均未表现出统计学上的显著差异,但鲁莱黑猪在该位点处的失水率和烹饪损失指标在统计学上差异显著,其中DD型个体的失水率显著高于BD型个体,BB型和DD型个体的烹饪损失显著高于BD型,其余各指标的基因型间在统计学上差异不显著.总之,在这2个位点处普遍表现为杂合型的肉质性状优于纯合型,生产中应重视2个纯合型个体间的杂交利用,以产生更多肉质优良的杂合型个体.

人趋化因子受体5基因5′侧翼区功能分析

目的:分析人趋化因子受体5(CCR5)基因5′侧翼区的调控序列。方法:构建CCR5基因不同长度5′侧翼区的萤光素酶报告基因载体,分别转染入Jurkat细胞中,检测分析其萤光素酶活性。结果:CCR5基因5′侧翼区-1006bp至-1bp、-804bp至-1bp、-586bp至-1bp和-478bp至-1bp区段的pGL3重组质粒在Jurkat细胞中能表现出明显的萤光素酶活性。结论:CCR5基因5′侧翼区-478bp至-1bp序列中存在基因转录的主要上调元件。

CCR5基因5′侧翼区的克隆及调控功能初步研究

目的 :研究CCR5基因 5′侧翼区的调控序列。方法 :分段构建CCR5基因 5′侧翼区的pCAT报告基因载体 ;分析各片段在Hela细胞中的CAT调节活性。结果 :CCR5基因 5′侧翼区基因 - 1～ - 4 86bp序列的pCAT重组质粒在Hela细胞中能明显表现CAT上调活性 ,其活性比pCATenhancervector的活性高 3倍。结论 :CCR5基因 5′侧翼区基因 - 1～ - 4

人类Pax-5基因外显子1B的5'侧翼区碱基序列分析

目的：探讨Pax- 5基因表达在B细胞分化发育的调节机制。方法：利用分子克隆及亚克隆技术对Pax-5基因外显子1B的5’侧翼区分离克隆。用双链双脱氧终止法进行核苷酸序列测定，并对侧序资料进行序列程序分析。结果：整段碱基序列（6671 hp）分析表明：无TATA盒共同序列存在，近段启动子包括3个CAT盒,1个SP1和1个E盒；上游进一步推测的调节位点显示6个LMO2COM，5个NFAT，2个LPOLYA-B，3个GATA1，2个AP4,10个AZF1，1个ETS1-B,1个GATA3，1个NKX25，2个RORA1,1个LYFI，2个Ikaros2,2个ICF11，1个GATA-C和1个FREAC7确定在序列上。结论：Pax-5基因外显子1B的5’侧翼区与Pax-5表达的调节有关，且对保证B细胞谱系和B细胞发育起重要调节作用。