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环介导等温扩增结合核酸级联侵入反应和纳米金探针显色技术快速检测脑膜炎奈瑟菌 被引量:4
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作者 陈银 葛以跃 +3 位作者 赵康辰 崔仑标 史智扬 周明浩 《江苏预防医学》 CAS 2018年第6期607-610,共4页
目的 建立一种适合现场使用、灵敏、特异的脑膜炎奈瑟菌(N.men)检测方法。 方法 针对N.men的ctrA基因设计环介导等温扩增(LAMP)特异性引物和核酸侵入反应探针,对LAMP扩增产物进行核酸级联侵入反应和纳米金颗粒探针杂交检测。优... 目的 建立一种适合现场使用、灵敏、特异的脑膜炎奈瑟菌(N.men)检测方法。 方法 针对N.men的ctrA基因设计环介导等温扩增(LAMP)特异性引物和核酸侵入反应探针,对LAMP扩增产物进行核酸级联侵入反应和纳米金颗粒探针杂交检测。优化反应体系和反应条件后进行敏感性和特异性实验,并与Real-Time PCR检测方法进行比较。 结果 以核酸级联侵入反应和纳米金颗粒探针显色技术检测LAMP扩增产物和毛细管电泳法具有相同的敏感性和特异性;LAMP结合核酸级联侵入反应和纳米金探针显色技术的检测敏感性为10 copies DNA分子/反应,且与其他病原体之间无交叉反应。在临床样本检测方面,LAMP结合核酸级联侵入反应和纳米金探针显色技术与Real-Time PCR检测效果相当。 结论 结合LAMP、核酸级联侵入反应和纳米金探针显色技术建立的N.men检测方法灵敏、特异,无需特殊仪器,适用于基层检测和现场快速检测。 展开更多
关键词 脑膜炎奈瑟菌 环介导等温扩增 核酸级联侵入反应 纳米金颗粒探针
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实时荧光聚合酶链式反应偶联高特异性核酸侵入反应检测单核苷酸多态性 被引量:5
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作者 郑梦琳 齐谢敏 +4 位作者 童欢 刘云龙 邹秉杰 宋沁馨 周国华 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1001-1008,共8页
建立了实时荧光聚合酶链式反应(PCR)偶联高特性核酸侵入反应检测单核苷酸多态性(SNP)的方法。优化了体系中flap核酸内切酶1(FEN1酶)和野生型检测探针等用量,确定了最佳反应条件,即FEN1酶用量为1.5 U,野生型检测探针用量为0.125μmol/L,... 建立了实时荧光聚合酶链式反应(PCR)偶联高特性核酸侵入反应检测单核苷酸多态性(SNP)的方法。优化了体系中flap核酸内切酶1(FEN1酶)和野生型检测探针等用量,确定了最佳反应条件,即FEN1酶用量为1.5 U,野生型检测探针用量为0.125μmol/L,0.5μmol/L Invader突变型检测探针,各0.25μmol/L通用野生型(VIC)和突变型(FAM)荧光共振转移发卡探针,显著降低了野生型样本和突变型样本背景信号,避免了背景信号对检测结果分型的干扰。采用本方法对编码乙醛脱氢酶2(ALDH2)基因ALDH2*2位点21例样本、细胞色素P450 2C19基因CYP2C19*2和CYP2C19*3位点各19例样本进行分型检测,结果表明,ALDH2*2位点GG纯合10例,GA杂合8例,AA纯合3例;CYP2C19*2位点GG纯合9例,GA杂合8例,AA纯合2例;CYP2C19*3位点GG纯合18例,GA杂合1例。使用焦磷酸测序进行验证,两种方法检测结果一致。本方法特异性好、操作简便、耗时短、成本低,可实现对SNP单管闭管无污染的分型检测。 展开更多
关键词 核酸侵入反应 单核苷酸多态性 乙醛脱氢酶2基因 细胞色素P450 2C19基因
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多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色技术检测病毒性脑炎脑膜炎病原体 被引量:4
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作者 樊欢 戚宇华 +5 位作者 朱政 崔仑标 葛以跃 赵康程 吴涛 史智扬 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期991-995,1001,共6页
目的建立一种病毒性脑炎脑膜炎病原体多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色的检测方法。方法针对几种重要的脑炎脑膜炎病毒(东方马脑炎病毒、西方马脑炎病毒、流行性乙型脑炎病毒、西尼罗病毒和尼帕病毒)保守区基因设计引物,进行多重PC... 目的建立一种病毒性脑炎脑膜炎病原体多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色的检测方法。方法针对几种重要的脑炎脑膜炎病毒(东方马脑炎病毒、西方马脑炎病毒、流行性乙型脑炎病毒、西尼罗病毒和尼帕病毒)保守区基因设计引物,进行多重PCR反应、核酸侵入反应及纳米金显色反应,对多种脑炎脑膜炎病毒同时进行检测,以森林脑炎病毒、圣路易脑炎病毒、基孔肯雅病毒和登革病毒4种病原核酸评价其检测特异性,以体外转录的病毒RNA或扩增的PCR片段评价其检测敏感性,并对流行性乙型脑炎患者临床标本进行检测。结果成功建立了一种脑炎脑膜炎病毒多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色的检测技术。建立的检测方法可特异的检测目的病原体,且与森林脑炎病毒、圣路易脑炎病毒、基孔肯雅病毒和登革病毒无交叉反应。该方法对不同靶标的检测灵敏度均为103拷贝/μL,临床标本检测结果均为阳性。结论建立的脑炎脑膜炎病毒多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色技术的检测方法,具有较高的检测特异性及灵敏度,检测通量高,肉眼即可观察结果,在传染病病原体检测方面具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 病毒性脑炎脑膜炎 多重PCR 核酸侵入反应 纳米金显色
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基于核酸侵入反应偶联PCR的粪便样本基因甲基化定量分析方法及用于结直肠癌无创筛查 被引量:2
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作者 刘琳琳 齐谢敏 +2 位作者 邹秉杰 宋沁馨 周国华 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第10期1552-1559,共8页
从粪便中检测BMP3基因甲基化水平可实现对结直肠癌的无创筛查,但对检测方法的灵敏度与特异性要求很高。本研究将核酸侵入反应与实时荧光聚合酶链式反应(PCR)偶联,建立了BMP3基因甲基化检测方法,以ACTB基因作为参比基因,通过优化反应体... 从粪便中检测BMP3基因甲基化水平可实现对结直肠癌的无创筛查,但对检测方法的灵敏度与特异性要求很高。本研究将核酸侵入反应与实时荧光聚合酶链式反应(PCR)偶联,建立了BMP3基因甲基化检测方法,以ACTB基因作为参比基因,通过优化反应体系中探针浓度、Flap核酸内切酶与Taq酶用量,提高BMP3目标基因与ACTB参比基因的扩增效率至接近100%,实现了利用ΔCT法进行BMP3基因甲基化水平的相对定量,可对低至10 copies的甲基化BMP3基因进行检测,并可从非甲基化模板中准确定量0.01%的甲基化模板,非甲基化模板不产生非特异性信号,表明本方法具有极高的灵敏度与良好的特异性。将本方法用于16例结直肠癌患者、7例结直肠腺瘤患者及19例健康人粪便样本中BMP3基因甲基化检测,结果表明,有5例结直肠癌患者的粪便样本检出BMP3基因甲基化,2例结直肠腺瘤患者的粪便样本检出BMP3甲基化,健康人的粪便样本均没有检出甲基化,表明本方法可用于检测粪便样本中基因的甲基化水平,为临床开展基于粪便中基因甲基化检测的无创结直肠癌筛查提供了新方法。 展开更多
关键词 DNA甲基化 实时荧光聚合酶链式反应 核酸侵入反应 结直肠癌 粪便DNA
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基于级联核酸侵入反应的real-time PCR法检测咽拭子样本中UGT1A1*6基因多态性 被引量:1
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作者 张婕妤 初亚男 +2 位作者 邹秉杰 张晏洁 封利颖 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期668-675,共8页
伊立替康(irinotecan)不良反应与UGT1A1*6单核苷酸多态性相关,目前应用的单核苷酸多态性检测方法具有耗时长、开盖易污染、操作繁琐等缺点,因此需建立一种操作简便且不易污染的适合临床应用的新方法。本研究利用3种已知基因型的DNA样本... 伊立替康(irinotecan)不良反应与UGT1A1*6单核苷酸多态性相关,目前应用的单核苷酸多态性检测方法具有耗时长、开盖易污染、操作繁琐等缺点,因此需建立一种操作简便且不易污染的适合临床应用的新方法。本研究利用3种已知基因型的DNA样本建立基于级联核酸侵入反应的real-time PCR法检测UGT1A1*6多态性的最佳反应体系,并对其检测口腔咽拭子样本的灵敏度和准确性进行了考察。结果显示,本文成功建立了基于级联核酸侵入反应的UGT1A1*6基因多态性检测方法,可用于咽拭子样本的分型检测,其灵敏度达到6 ng DNA,分型准确性达到100%。因其取样方便对人体无创,单管闭管检测不易产生交叉污染,具有用于临床检测伊立替康的个体化用药相关UGT1A1*6基因多态性的潜力。 展开更多
关键词 核酸侵入反应 UGT1A1*6 基因多态性 伊立替康
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基于核酸侵入反应的生物分子检测技术的研究进展 被引量:3
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作者 马寅姣 邹秉杰 +1 位作者 王建平 周国华 《现代生物医学进展》 CAS 2011年第12期2384-2388,共5页
核酸侵入反应是由5'核酸内切酶或flap内切酶催化的,能够识别切割核酸片段形成的特异性结构的一类反应。近年来发展了很多基于该反应的生物大分子检测技术,能够对DNA、RNA、miRNA及蛋白质进行高灵敏、高特异性的测定。这些技术大都... 核酸侵入反应是由5'核酸内切酶或flap内切酶催化的,能够识别切割核酸片段形成的特异性结构的一类反应。近年来发展了很多基于该反应的生物大分子检测技术,能够对DNA、RNA、miRNA及蛋白质进行高灵敏、高特异性的测定。这些技术大都无需扩增待测靶标,极大地降低了扩增产物交叉污染的风险,在临床检测中具有很大的应用前景。本文对这些检测技术的原理及应用作简要综述。 展开更多
关键词 核酸侵入反应 5'核酸内切酶 Flap内切酶 信号扩增
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多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色技术检测呼吸道病原体 被引量:2
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作者 樊欢 戚宇华 +4 位作者 朱政 葛以跃 崔仑标 吴涛 史智扬 《国际病毒学杂志》 2016年第5期326-331,共6页
目的 建立一种呼吸道病原体多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色的检测方法.方法 针对几种重要的呼吸道病原体(甲型流感病毒、乙型流感病毒、SARS冠状病毒、嗜肺军团菌、脑膜炎奈瑟菌以及腺病毒)保守区基因设计引物,进行多重PCR反应... 目的 建立一种呼吸道病原体多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色的检测方法.方法 针对几种重要的呼吸道病原体(甲型流感病毒、乙型流感病毒、SARS冠状病毒、嗜肺军团菌、脑膜炎奈瑟菌以及腺病毒)保守区基因设计引物,进行多重PCR反应、核酸侵入反应及纳米金显色反应,对多种呼吸道病原体同时进行检测,以人偏肺病毒、呼吸道合胞病毒、人鼻病毒、肺炎链球菌4种呼吸道病原核酸评价其检测特异性,以体外转录的病毒RNA或扩增的PCR片段评价其检测敏感性.结果 成功建立了一种呼吸道病原体多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色的检测技术.建立的检测方法可特异的检测目的病原体,且与人偏肺病毒、呼吸道合胞病毒、人鼻病毒、肺炎链球菌无交叉反应.该方法对不同靶标的检测灵敏度介0.5 ~50拷贝/μL.结论 建立的呼吸道病原体多重PCR结合核酸侵入反应及纳米金显色技术的检测方法,具有较高的检测特异性及灵敏度,检测通量高,肉眼即可观察结果,在传染病病原体检测方面具有广阔的应用前景. 展开更多
关键词 呼吸道病原体 多重PCR 侵入反应 纳米金显色
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基于核酸侵入反应的基因突变检测方法研究进展 被引量:2
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作者 邹秉杰 周国华 宋沁馨 《药学进展》 CAS 2015年第11期846-854,共9页
肿瘤靶向药物治疗需要检测特异性的基因突变。尽管已开发出多种基于模板扩增的基因突变检测方法,但由于存在扩增产物交叉污染的风险,其应用受到极大限制。基于信号扩增的核酸侵入反应,由于不存在扩增产物污染的风险,并且具有良好的单碱... 肿瘤靶向药物治疗需要检测特异性的基因突变。尽管已开发出多种基于模板扩增的基因突变检测方法,但由于存在扩增产物交叉污染的风险,其应用受到极大限制。基于信号扩增的核酸侵入反应,由于不存在扩增产物污染的风险,并且具有良好的单碱基识别特异性,非常适用于基因突变的检测。因此,一系列基于核酸侵入反应的基因突变检测方法应运而生。综述若干基于核酸侵入反应的基因突变检测方法原理与应用研究。 展开更多
关键词 核酸侵入反应 基因突变 信号扩增 荧光检测 可视化检测
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粪便中大肠癌特异性NDRG4基因甲基化水平的超高灵敏定量检测法 被引量:4
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作者 严志进 刘云龙 +3 位作者 邹秉杰 宋沁馨 李泰明 周国华 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2016年第10期1031-1035,共5页
目的:粪便中NDRG4基因的甲基化可作为一种无创检测大肠癌的标志物,但传统DNA甲基化检测方法因灵敏度低、特异性不高难以用于粪便样本的检测。文中旨在建立一种高灵敏、高特异的NDRG4基因甲基化定量检测方法2^-ΔCT法,并用于患者粪便... 目的:粪便中NDRG4基因的甲基化可作为一种无创检测大肠癌的标志物,但传统DNA甲基化检测方法因灵敏度低、特异性不高难以用于粪便样本的检测。文中旨在建立一种高灵敏、高特异的NDRG4基因甲基化定量检测方法2^-ΔCT法,并用于患者粪便DNA样本的检测。方法选择来自南京军区南京总医院的41例粪便样本,其中12例大肠癌、4例腺瘤、25例正常人样本。将核酸侵入反应与实时荧光PCR技术耦联,采用2-ΔCT法进行相对定量,建立高灵敏高特异的DNA甲基化检测方法,并用于41例粪便样本中NDRG4基因甲基化水平的检测。结果检测了6例大肠癌组织及4例FFPE样本中NDRG4基因甲基化水平,全部样本中均能测出NDRG4基因甲基化,甲基化水平范围为0.01%-6.09%。大肠癌、腺瘤患者及正常人中各有8例、4例、2例检测到甲基化信号,甲基化范围分别为0.06%(0-0.51%)、6.61%(0-23.06%)、6.30%(0-51.01%)。大肠癌、腺瘤患者中甲基化检出率(33.3%、50.0%)较正常人显著升高(4.0%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论2^-ΔCT法可用于粪便样本中NDRG4基因甲基化水平的准确测定,为大肠癌的无创检测提供了有力工具。 展开更多
关键词 大肠癌 NDRG4基因 DNA甲基化 核酸侵入反应
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用于无创产前诊断的SRY基因高灵敏高特异检测方法研究 被引量:1
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作者 刘琳琳 郑梦琳 +2 位作者 邹秉杰 宋沁馨 周国华 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1448-1454,共7页
通过检测母体外周血中胎儿游离DNA(cffDNA)的SRY基因,确定胎儿性别,可评估胎儿性连锁遗传病的发病风险,降低病儿出生率。本研究建立了高灵敏、高特异、闭管检测不易污染的实时荧光PCR偶联核酸侵入反应方法用于SRY基因的检测。通过优化... 通过检测母体外周血中胎儿游离DNA(cffDNA)的SRY基因,确定胎儿性别,可评估胎儿性连锁遗传病的发病风险,降低病儿出生率。本研究建立了高灵敏、高特异、闭管检测不易污染的实时荧光PCR偶联核酸侵入反应方法用于SRY基因的检测。通过优化反应体系中的检测探针浓度、FEN1酶用量、Taq酶用量及预扩增退火温度,确定了最佳的反应条件,即检测探针浓度为250 nmol/L、FEN1酶用量为7.5 U、Taq酶用量为0.5 U、预扩增退火温度为67℃。在最佳反应条件下,实现对含量低至4‰(4 copies/μL)的模拟样本的检测,并成功检测两例孕期分别为9周和10周的临床实际样本。结果表明,所建立的方法可用于母体外周血cffDNA的SRY基因检测,为临床开展基于SRY基因的无创产前诊断提供了新方法。 展开更多
关键词 实时荧光PCR 核酸侵入反应 胎儿游离DNA SRY基因 无创产前诊断
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Frog community responses to recent American bullfrog invasions 被引量:4
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作者 Yiming LI Zhunwei KE +1 位作者 Yihua WANG Tim M. BLACKBURN 《Current Zoology》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第1期83-92,共10页
Native species may decline quickly when confronted with an exotic species to which they are not adapted. The extent of decline may depend on the abundance of an invader and the length of time since it first arrived in... Native species may decline quickly when confronted with an exotic species to which they are not adapted. The extent of decline may depend on the abundance of an invader and the length of time since it first arrived in the community (residence time), and the interaction between these two variables. We tested these effects using data on the effects of American bullfrog Lithobates catesbeianus invasion on native frog communities in 65 permanent lentic waters on islands in the Zhoushan Archipel- ago, China. We examined variation in native frog abundance and species richness in relation to features of the American bullfrog invasion, habitat disturbance, characteristics of the water body and fish communities and the presence of red swamp crayfish. Bullfrog invaded sites had lower native frog density and species richness, higher submerged vegetation cover and greater fre- quency of repairs to the water body than did non-invaded sites. The minimum adequate general linear mixed models showed that both native frog density and species richness were negatively related to post-metamorphosis bullfrog density, and that native frog species richness was also positively related to the vegetation cover. There was no effect on either native frog density or species richness of residence time or its interaction with bullfrog density, or of the abundance of bullfrog tadpoles. The results suggested that post-metamorphosis bullfrogs had impacts on native frog communities in the islands, and that the extents of these impacts are proportional to post-metamorphosis bullfrog density 展开更多
关键词 Invader abundance Residence time Impact .American bullfrog Native frog decline
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Antioxidative Responses and Metal Accumulation in Invasive Plant Species Growing on Mine Tailings in Zanjan, Iran 被引量:1
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作者 M.M.A.BOOJAR Z.TAVAKKOLI 《Pedosphere》 SCIE CAS CSCD 2011年第6期802-812,共11页
Tailings of a Pb and Zn mine as a metal-contaminated area (Zone 1) with two pioneer plant species, Peganum harmala and Zygophyllum fabago, were investigated and compared with a non-contaminated area (Zone 2) in th... Tailings of a Pb and Zn mine as a metal-contaminated area (Zone 1) with two pioneer plant species, Peganum harmala and Zygophyllum fabago, were investigated and compared with a non-contaminated area (Zone 2) in the vicinity. Total concentrations of Pb, Zn, and Cu in the soil of Zone 1 were 1 416, 2 217, and 426 mg kg-1, respectively, and all exceeded their ranges in the normal soils. The soil pH was in the neutral range and most of the physical and chemical characteristics of the soils from both zones were almost similar. The species Z. fabago accumulated higher Cu and Zn in its aerial part and roots than the normal plants. On the other hand, their concentrations did not reach the criteria that the species could be considered as a metal hyperaccumulator. The species P. harmala did not absorb metals in its roots; accordingly, the accumulation factor values of these metals were lower than 1. The contents of chlorophyll, biomass, malondialdehyde, and dityrosine in these two species did not vary significantly between the two zones studied. In Zone 1, leaf vacuoles of Z. fabago stored 35.6% and 43.2% of the total leaf Cu and Zn, respectively. However, in this species, the levels of phytochelatins (PCs) and glutathione (GSH) and antioxidant enzyme activities were significantly higher in Zone 1 than in Zone 2. In conclusion, metal exclusion in P. harmala and metal accumulation in Z. fabago were the basic strategies in the two studied pioneer species growing on the metal-contaminated zone. In response to metal stress, elevation in antioxidant enzyme activities, increases in the PCs and GSH levels in the aerial parts, and metal storage within vacuoles counteracted each other in the invasion mechanism of Z. ]abago. 展开更多
关键词 accumulation factor antioxidant enzymes GLUTATHIONE metal stress PHYTOCHELATINS
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Current plant diversity but not its soil legacy influences exotic plant invasion 被引量:3
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作者 Wei Xue Si-Mei Yao +3 位作者 Lin Huang Sergio RRoiloa Bao-Ming Ji Fei-Hai Yu 《Journal of Plant Ecology》 SCIE CSCD 2022年第3期639-649,共11页
Current plant diversity can influence exotic plant invasion,but it is unclear whether there is a legacy effect of plant diversity on exotic plant invasion.As plant diversity can affect soil microbial communities and p... Current plant diversity can influence exotic plant invasion,but it is unclear whether there is a legacy effect of plant diversity on exotic plant invasion.As plant diversity can affect soil microbial communities and physio-chemical properties,which may cascade to impact subsequent exotic plant growth,we hypothesize that the soil legacy effect of plant diversity can influence exotic plant invasion.We conducted a plant–soil feedback experiment.In the conditioning phase,we trained soils by monocultures of 12 plant species from three functional groups(4 grasses,3 legumes and 5 forbs)and mixtures of 8 randomly selected species with all three functional groups from this 12-species pool.In the test phase,we grew the invasive plant Bidens pilosa with a co-occurring native grass(Arthraxon hispidus),with a co-occurring native forb(Pterocypsela indica)or with both in each type of the conditioned soils.The performance of B.pilosa relative to its native competitors varied depending on the functional type of both conditioning plant species in the conditioning phase and competing plant species in the test phase.Diversity of the conditioning plants did not influence the growth difference between B.pilosa and its native competitors.However,increasing diversity of the competing plant species reduced the performance of B.pilosa relative to its native competitors.Our results suggest that current plant diversity can reduce exotic plant invasion through increasing growth inequality between invasive and native plants,but the soil legacy effect of plant diversity may have little impact on exotic plant invasion. 展开更多
关键词 Bidens pilosa competitive balance diversity effect invasive plant plant–soil feedback
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