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基于打分矩阵的多类蛋白质折叠子的预测 被引量:3
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作者 王春连 张晓东 《生物信息学》 2011年第1期42-45,49,共5页
依据蛋白质折叠子中氨基酸保守性,以氨基酸、氨基酸的极性、氨基酸的电性以及氨基酸的亲—疏水性为参数,从蛋白质的氨基酸序列出发,采用"一对多"的分类策略,通过构建打分矩阵和选取氨基酸序列模式片断,利用5种相似性打分函数... 依据蛋白质折叠子中氨基酸保守性,以氨基酸、氨基酸的极性、氨基酸的电性以及氨基酸的亲—疏水性为参数,从蛋白质的氨基酸序列出发,采用"一对多"的分类策略,通过构建打分矩阵和选取氨基酸序列模式片断,利用5种相似性打分函数对27类折叠子进行识别,最好的预测精度达到83.46%。结果表明,打分矩阵是预测多类蛋白质折叠子有效的方法。 展开更多
关键词 打分矩阵 相似性打分函数 蛋白质折叠子 氨基酸的保守指数
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预测酵母(Yeast)基因转录因子结合位点 被引量:16
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作者 杨科利 李前忠 林昊 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期524-530,共7页
基于在转录因子结合位点各碱基出现的概率不相同,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守程度为参量,分别计算每种转录因子结合位点在每一位置的碱基保守指数Mi.通过构建每种转录因子结合位点位置权重矩阵(PWM),利用位置权重矩阵打分函... 基于在转录因子结合位点各碱基出现的概率不相同,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守程度为参量,分别计算每种转录因子结合位点在每一位置的碱基保守指数Mi.通过构建每种转录因子结合位点位置权重矩阵(PWM),利用位置权重矩阵打分函数对酵母四种转录因子结合位点进行预测.利用se lf-cons istency和cross-va lidation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率.结果显示四种转录因子结合位点的预测成功率均超过80%,且同时获得多个试验未测定的转录因子结合位点,对实验有指导意义. 展开更多
关键词 转录因子结合位点 位置权重矩阵 碱基保守指数
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基于保守序列挖掘的乙型肝炎病毒进化研究 被引量:1
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作者 马磊 易青青 +1 位作者 张琪 贺建峰 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期13-18,共6页
乙型肝炎是一种十分严重的全球性传染疾病,乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)是导致乙型肝炎的直接原因。而HBV突变是乙肝病毒进化过程中的一个重要部分,近几年,国内外针对HBV突变进行了广泛研究。但是,对乙肝病毒序列中保守序列的... 乙型肝炎是一种十分严重的全球性传染疾病,乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)是导致乙型肝炎的直接原因。而HBV突变是乙肝病毒进化过程中的一个重要部分,近几年,国内外针对HBV突变进行了广泛研究。但是,对乙肝病毒序列中保守序列的研究为仍处于起步阶段。本文首先采用MEME(Multiple EM for motif elicitation)算法挖掘HBV基序(生物序列中的保守序列片段,即Motif),并提出了一种新的度量标准保守指数(Conserved index,CI),然后对HBV序列进行系统发育分析,最后对构建的系统发育树进行可靠性评价。结果表明,新的度量标准CI可以有效地利用MEME方法挖掘出多个保守序列,进行HBV序列的系统发育树构建,进而分析HBV序列之间的进化关系,并可以找出样本可能的祖先序列。本文的实验方法对HBV大数据集分析方法的研究有积极地启示作用。 展开更多
关键词 基序挖掘 乙型肝炎病毒 系统发育树 保守指数 可靠性评价
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Ligamentotaxis for comminuted fracture of capitate: a case report
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作者 Ashok Kumar Mohammed Tahir Ansari +1 位作者 Chander Shekhar Yadav Laxman Rijal 《Chinese Journal of Traumatology》 CAS 2012年第4期254-256,共3页
We present the technical report for treat- ment of comminuted fracture of the capitate with ligamentotaxis. The base of third metacarpal was found to be fractured with comminution of the capitate. The decrease in carp... We present the technical report for treat- ment of comminuted fracture of the capitate with ligamentotaxis. The base of third metacarpal was found to be fractured with comminution of the capitate. The decrease in carpal height index and comminution of the third metacar- pal base lead to dilemma between conservative treatment and surgical management of this particular injury. The sur- gical management was chosen to maintain the carpal height index of the wrist to prevent the late degenerative changes.The patient was applied with external fixator in distraction mode expanning the wrist joint for six weeks, and the wrist was mobilised after removal of the fixator. It is shown that the external fixator in distraction mode expanning the wrist joint is a good alternative method for treatment of capitate fracture. 展开更多
关键词 Capitate bone Fractures bone Exter- nal fixators
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