椰子保守microRNA预测和特征分析

根据释放的椰子转录组序列和miRBase数据库中的microRNA （miRNA）序列信息,分析椰子中保守miRNA及其相应靶基因的特征.根据miRBase数据库中植物miRNA序列,共预测了41个miRNA,分别属于22个miRNA家族.这些miRNA家族中13个家族在植物中非常保守,miRBase至少在19个物种中检测到,而miR902、miR2673和miR414这3个家族不保守,仅在1～2个物种中检测到.这些预测的miRNA的成熟序列长度大多为21个碱基（59.5％）,而前体序列的长度大多为50～100个碱基（61.9％）.分析miR396家族前体序列时发现,成熟miRNA和成熟miRNA＊（成熟miRNA形成发卡结构互补的序列）序列很保守,但是中间的序列变异很大.此外,预测miRNA的靶基因发现保守的miRNA家族的靶基因为一些重要的转录因子家族,与植物的生长发育相关,而不太保守的miRNA家族的靶基因编码与表型控制相关的蛋白.

大豆疫霉根腐病相关miRNA的鉴定

microRNA(miRNA)是近年来在真核生物中发现的一类具有调控功能的非编码RNA,通过碱基互补在基因转录和转录后水平调控靶基因的表达,参与调控植物生长发育,并在响应多种生物及非生物胁迫中发挥重要作用。本文利用大豆疫霉菌2号生理小种(P6497)接种8个栽培大豆品种,通过Northern blotting技术,对大豆中的7个保守miRNAs进行检测。结果发现,有6个miRNAs在这8个大豆栽培品种中都有表达,但在接种病原菌前后没有明显的差异。使用高通量的小分子RNA芯片技术检测差异表达的miRNAs。利用抗性品种Williams 82和感病品种Williams分别接种P6497,获得部分与大豆疫霉菌侵染相关的miRNAs。结果显示,部分miRNAs可能参与调控大豆疫霉根腐病抗性。