基于局部回归的色谱保留时间对齐可逆算法

提出并实现一种基于局部回归的对齐算法,选择鉴定结果最多的一次实验作为参考,实现色谱保留时间的可逆对齐,将n次实验的对齐建模次数从n(n-1)/2次减少为n-1次。该算法还实现不同实验间色谱保留时间的非线性对齐,并且能够克服少量从色谱柱中多次流出肽段的影响。研究结果表明:该方法计算时间复杂度远比现有算法的低,对齐精度也能够满足后续计算的需要。

蛋白质组学中色谱保留时间对齐算法的研究进展

色谱是目前蛋白质组学流程中的一个基本环节,而色谱的保留时间对齐是有效提高鉴定和定量准确性的重要步骤之一。经过多年的发展,目前已经产生了一系列保留时间对齐算法。文中主要从可用性角度对蛋白质组学分析中色谱保留时间对齐算法及工具进行了系统总结,并对其发展趋势及应用方向进行了展望。