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多信息移频自动闭塞系统信号选择及解调方法 被引量:5
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作者 邓迎宏 肖彩霞 《中国铁道科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第3期55-59,共5页
从两个方面叙述了多信息移频自动闭塞系统信号分析、处理与解调的方法。其一、介绍了FSK信号的特点及各频点频谱的分布规律 ;合理选择中心载频f0 、频偏Δf、调制频率fc、调制系数m的参数 ,可使系统自身具有较强的抗干扰能力 ,为其系统... 从两个方面叙述了多信息移频自动闭塞系统信号分析、处理与解调的方法。其一、介绍了FSK信号的特点及各频点频谱的分布规律 ;合理选择中心载频f0 、频偏Δf、调制频率fc、调制系数m的参数 ,可使系统自身具有较强的抗干扰能力 ,为其系统运用稳定、可靠奠定良好的基础。其二、介绍了运用DSP技术的FFT计算实现FSK信号解调与译码的方法 ,并分析了电化谐波带内干扰和相邻载频频带重叠引起的半边侵入、双边侵入干扰及绝缘破损干扰 ,并介绍了移频带内干扰的计算和防护方法、移频单边、双边侵入的计算和防护以及接收设备信号带宽的确定原则。 展开更多
关键词 多信息移频自动闭塞系统 信号选择 解调方法 键控移频 数字信号处理 铁路信号
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基于相似性传播聚类算法的机会信号选择
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作者 郑磊 张军 薛瑞 《北京航空航天大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1230-1234,1266,共6页
介绍了复杂低空环境下的机会信号导航方法,并提出了一种机会信号选择方法,解决了机会导航信号源类型多、数量多难以选择的问题.由于信号源的几何精度因子(GDOP,Geometry Dilution of Precision)越小则定位精度越高,同一区域信号对GDOP... 介绍了复杂低空环境下的机会信号导航方法,并提出了一种机会信号选择方法,解决了机会导航信号源类型多、数量多难以选择的问题.由于信号源的几何精度因子(GDOP,Geometry Dilution of Precision)越小则定位精度越高,同一区域信号对GDOP影响相似,因此采用聚类的方法选择信号.首先,将各信号间的距离作为相似度测量参数,通过相似性传播聚类算法获得相似类组;然后,依据类组的中心点确定所选类组;最后,从中选择组内的机会信号.经仿真,分析了不同分布的机会信号聚类特点,通过对汶川震区机会信号选择的仿真,验证了相似性传播聚类算法的有效性.另外,该方法在复杂低空飞行应用中将大大提高信号选择的效率. 展开更多
关键词 复杂低空飞行 机会信号导航 相似性传播聚类 信号选择
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战场侦察雷达的信号选择与处理
3
作者 葛建军 熊年生 《现代电子》 1995年第1期10-12,共3页
本文讨论了战场侦察雷达的目标特性、环境特性和雷达本身的特点,在此基础上对雷达波形的选择进行了分析,最后对雷达信号的处理从时域、空域和频域进行了讨论,从而给出一些有益的结论。
关键词 战场侦察雷达 信号选择 信号处理
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基于寄存器簇恢复的追踪信号选择方法 被引量:1
4
作者 程云 李华伟 +1 位作者 王颖 李晓维 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2018年第10期2318-2329,共12页
在集成电路开发中,原型芯片硅后可观测性差,使得硅后调试变得异常困难,延长了芯片的开发周期.基于追踪的可调试性设计通过在芯片中添加追踪缓存以存储关键的追踪信号,可提高芯片的可观测性.但由于调试硬件开销有限,如何选择有限的追踪... 在集成电路开发中,原型芯片硅后可观测性差,使得硅后调试变得异常困难,延长了芯片的开发周期.基于追踪的可调试性设计通过在芯片中添加追踪缓存以存储关键的追踪信号,可提高芯片的可观测性.但由于调试硬件开销有限,如何选择有限的追踪信号以提高芯片可观测性成为硅后调试的研究热点.该文提出了一种基于寄存器簇恢复的追踪信号选择方法,其可分为两步:寄存器簇生成、寄存器簇融合和选择,其中寄存器簇生成根据寄存器的反馈环信息构建初始寄存器簇,而寄存器簇融合和选择可以通过簇合并优化初始寄存器簇,并选择对状态恢复率提升最大的寄存器簇作为追踪寄存器簇.当追踪寄存器簇确定后,簇输入即为追踪信号,簇内寄存器即为需获取的快照信号.在基准电路ISCAS89上的实验结果表明,相对于现有的追踪信号选择方法,该方法可获得更高的状态恢复率,比现有最好的选择结果平均可提高7%,最高可提高57%,同时算法运行时间更短,比现有最快的选择方法平均也有54倍的加速,而仅需增加不到2%的存储开销和不到1%的逻辑开销. 展开更多
关键词 追踪调试 追踪信号选择 状态恢复率 硅后调试
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宽带测向系统信号选择方法的研究
5
作者 李一兵 胡炜 +1 位作者 姜弢 司锡才 《弹箭与制导学报》 CSCD 北大核心 2000年第4期13-17,30,共6页
根据排队论 ,认为宽带测向系统接收多部雷达信号脉冲流是一个泊松(possion)流。依据泊松流和实时处理的要求 ,提出用卡尔曼滤波拟合法。经过实验 。
关键词 干扰 卡尔曼滤波 信号选择 宽带测向系统 反辐射导弹导引头 雷达信号 泊松流 POSSION流
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SCHMID内话系统最佳信号选择的应用研究 被引量:1
6
作者 王兴林 《电声技术》 2022年第5期36-38,47,共4页
最佳信号选择(Best Signal Selection,BSS)是内话系统非常关键的一项功能。在扇区逐渐变大、内话接收机不断增多的情况下,通过BSS功能可以选择最好的接收话音提供给管制使用。本文详细论述两种不同激活方式下BSS的工作原理,分析可能存... 最佳信号选择(Best Signal Selection,BSS)是内话系统非常关键的一项功能。在扇区逐渐变大、内话接收机不断增多的情况下,通过BSS功能可以选择最好的接收话音提供给管制使用。本文详细论述两种不同激活方式下BSS的工作原理,分析可能存在的问题,提出建设性的建议。 展开更多
关键词 最佳信号选择 内话系统 激活方式
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基于SCHMID内话系统的最佳信号选择研究 被引量:1
7
作者 闫磊 《电子世界》 2019年第8期64-65,共2页
为充分保证地空通信的安全性和可靠性,一个管制频点往往会有多个同频异址台相互备份,如何从中选出信号质量最佳的一路送给管制是一个很有意义的课题。本文以SCHMID内话系统为载体,分析了最佳信号选择的原理和意义,并给出了SCHMID内话系... 为充分保证地空通信的安全性和可靠性,一个管制频点往往会有多个同频异址台相互备份,如何从中选出信号质量最佳的一路送给管制是一个很有意义的课题。本文以SCHMID内话系统为载体,分析了最佳信号选择的原理和意义,并给出了SCHMID内话系统中最佳信号选择的配置方法。引言:随着民航事业的不断发展,地空通信的实时性与可靠性也越来越重要。按照现行的民航标准规范,甚高频设备通常采用主备应急的配置模式,同时还有相应的异址备份台,往往一个通信频率会有好几路话音信号,虽然安全性提高了,但是管制终端增加了繁重工作量。 展开更多
关键词 信号选择 内话系统 地空通信 民航事业 配置模式 甚高频设备 信号质量 标准规范
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地面数字电视备用信号选择与实践
8
作者 薛秋成 《数字通信世界》 2019年第6期204-204,共1页
信号选择与实践,是数字传输资源科学调配的重要环节,它具有基础性、关联性、以及多样性等特征。基于此,本文结合地面数字电视信号应用特征,着重对其备用信号选择要点进行探究,以达到发挥新型信号传输优势,实现信息综合利用的目的。
关键词 数字电视 备用信号选择 技术要点
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具有信号选择性的测向新算法
9
作者 王晓春 杨家兴 《信息工程学院学报》 1993年第4期16-24,共9页
关键词 谱相关 信号选择 循环 测向 算法
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AV信号选择器
10
作者 刘兵 《广东电子》 1994年第10期83-83,共1页
关键词 AV信号选择 视听设备 电视机
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晋南牛遗传结构特征及选择信号分析
11
作者 戎艳花 贾雪纯 +2 位作者 李鹏飞 田国富 朱芷葳 《中国畜牧兽医》 CSCD 北大核心 2024年第1期160-171,共12页
【目的】阐明晋南牛的遗传结构特征,通过选择信号检测挖掘与晋南牛经济性状相关的候选基因,探究其在进化过程中的受选择情况。【方法】对晋南牛和红安格斯牛全基因组测序数据进行分析,鉴定2个群体的单核苷酸多态性(single nucleotide po... 【目的】阐明晋南牛的遗传结构特征,通过选择信号检测挖掘与晋南牛经济性状相关的候选基因,探究其在进化过程中的受选择情况。【方法】对晋南牛和红安格斯牛全基因组测序数据进行分析,鉴定2个群体的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)标记,分析其在基因组的位置及其结构特征,基于SNP信息进行主成分分析(PCA)、构建状态同源矩阵(IBS);采用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(θπ)方法联合筛选晋南牛基因组受到强烈选择的区域,并对筛选到的受选择基因进行数量性状基因座(QTL)定位、GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】晋南牛群体SNPs位点主要分布于基因间区域,其次位于内含子区域。PCA和IBS分析结果表明,晋南牛和红安格斯牛2个群体间不存在杂交现象,且晋南牛群体中个体间遗传距离较远。通过Fst和θπ联合分析共筛选到188个潜在受选择区域。QTL分析结果表明晋南牛的选择信号多与生长、肉质及抗病性状相关。GO功能和KEGG通路富集分析显示,筛选到晋南牛强受选择的与经济性状相关的候选基因11个,包括组织蛋白酶1(CATHL1)、CATHL3、组织蛋白酶抗菌肽(CAMP)、CATHL4、RAS1激酶抑制因子(KSR1)、梅氏同源框1(MEIS1)、不规则片段极性蛋白1(DVL1)、多梳组无名指1(PCGF1)、RB转录辅助抑制因子1(RB1)、再生家族成员4(REG4)和卷曲类受体7(FZD7),在其外显子区域均检测到了SNP位点;除MEIS1、PCGF1、PZD7基因外,其他基因均存在非同义突变位点,且KSR1基因存在获得终止密码子的突变,CAMP基因存在获得终止密码子的突变和缺失终止密码子的突变;与红安格斯牛相比,晋南牛存在6个特有的受选择基因:CATHL1、CATHL4、CAMP、MEIS1、PCGF1、PZD7,主要与抗病性、生长和骨骼肌发育等相关。【结论】本研究从全基因组水平探究了晋南牛的遗传结构及选择信号特点,筛选出6个可能与晋南牛经济性状相关的候选基因,为后续晋南牛保种选育、特色性状形成的分子机制研究提供理论参考。 展开更多
关键词 全基因组重测序 晋南牛 红安格斯牛 遗传距离 选择信号
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里岔黑猪基因组选择信号检测与分析
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作者 何晓锦 郭建华 +3 位作者 刘洪江 伊宝 于光辉 王源 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期131-135,共5页
为了探究里岔黑猪在种群形成过程中分子层面留下的选择印迹,本实验以里岔黑猪保种场的441头个体为研究对象,利用猪50K SNP芯片“中芯一号”进行基因分型,应用基于等位基因频率谱的Tajima's D检验方法进行群体内选择信号检测,并将受... 为了探究里岔黑猪在种群形成过程中分子层面留下的选择印迹,本实验以里岔黑猪保种场的441头个体为研究对象,利用猪50K SNP芯片“中芯一号”进行基因分型,应用基于等位基因频率谱的Tajima's D检验方法进行群体内选择信号检测,并将受选择的区域与猪QTL数据库及Ensemble数据库进行比对。结果显示,与猪QTL数据库比对,共得到1722个重叠QTL,涉及肉质、繁殖、生产、健康、外貌等性状。与Ensemble基因组数据库比对,共找到了319个重叠基因,结合基因注释与富集分析结果,共筛选到7个重要功能基因,包括CEBPB、FSHR、CCL16、RORA、TRIM24、RASSF2和EXT1,参与卵泡发育、机体免疫、成骨细胞分化等生物学过程,这些基因与里岔黑猪繁殖力高、抗病力强、多肋等优异性状相关。本研究结果对里岔黑猪群体的保种育种以及优异性状功能基因的挖掘有重要指导意义。 展开更多
关键词 里岔黑猪 选择信号 SNP芯片 功能基因
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黄河鲤全基因组选择信号分析
13
作者 王延晖 张芹 +4 位作者 王冰柯 张玲 杨兴丽 周晓林 冯建新 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期264-272,共9页
黄河鲤是我国重要的水产养殖鱼类,该类群经过长期的遗传改良后,其基因组上可能存在特定的选择信号,研究这些选择信号是筛选功能基因的重要策略之一。笔者对2个黄河鲤遗传改良群体(豫选黄河鲤新品系和福瑞鲤2号养殖群体)和1个未选育群体... 黄河鲤是我国重要的水产养殖鱼类,该类群经过长期的遗传改良后,其基因组上可能存在特定的选择信号,研究这些选择信号是筛选功能基因的重要策略之一。笔者对2个黄河鲤遗传改良群体(豫选黄河鲤新品系和福瑞鲤2号养殖群体)和1个未选育群体进行了全基因组重测序,共获得8665728个高质量的单核苷酸多态性(SNP)位点的分型数据,并采用群体间遗传分化指数、核苷酸多态性比值和跨群体复合似然比检验检测受到选择的基因组区域。取前5%的位点作为受选择位点,选择在多种方法中检测到重叠的区域作为候选区域,并对其进行基因注释。结果显示,在黄河鲤基因组上广泛存在选择信号,与未选育群体相比,两个遗传改良群体分别有1434和1333个基因受到选择,豫选黄河鲤新品系群体中受选择的基因富集到了细胞发育、心肌收缩、细胞分化、蛋白质糖基化等相关通路上,福瑞鲤2号养殖群体的受选择基因则与胚胎骨关节发育、细胞膜融合、神经递质分泌有关。将两个遗传改良群体混合,与未选育群体相比,检测到2037个基因受到选择,包括Fabp2、Acaca、Acsl、Cpt1基因等,这些基因显著富集在脂肪合成代谢相关的通路上,如甘油磷脂代谢、脂肪酸合成、脂肪酸代谢和过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路。试验结果表明,在不同选育群体中受选择的基因组区域具有特异性,同时检测出与脂肪酸合成代谢相关的重要基因在黄河鲤遗传改良群体中受到选择。试验结果为探索黄河鲤生长性状的遗传改良机制提供新的思路,并有助于促进黄河鲤的基因组选择育种应用。 展开更多
关键词 黄河鲤 遗传改良 重测序 选择信号 生长性状
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基于全基因组SNPs标记对河南斗鸡遗传多样性及选择信号分析
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作者 胡晓玉 肖成朋 +5 位作者 高超群 张晨曦 史浚来 贾鑫涛 王克君 李文婷 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期394-402,共9页
【目的】对河南斗鸡品种的遗传多样性与全基因组选择信号进行分析,挖掘河南斗鸡品种重要的种质特性基因。【方法】使用AffymetrixAxiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自9个品种的173只鸡的群体(包括20只河南斗鸡及153只商品鸡)进行基因... 【目的】对河南斗鸡品种的遗传多样性与全基因组选择信号进行分析,挖掘河南斗鸡品种重要的种质特性基因。【方法】使用AffymetrixAxiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自9个品种的173只鸡的群体(包括20只河南斗鸡及153只商品鸡)进行基因分型;计算各个品种的期望杂合度、观测杂合度、次等位基因频率及核苷酸多样性评估地方鸡群体的遗传多样性;通过构建系统发育树、主成分分析、祖先成分分析方法研究品种的群体结构;利用斗鸡与商品鸡的成对遗传分化指数值进行选择信号分析。【结果】河南斗鸡及各商品鸡群体的观测杂合度为0.153~0.311,期望杂合度为0.158~0.315,次等位基因频率为0.111~0.234,核苷酸多样性为9.77×10^(-5)~1.56×10^(-4),且斗鸡的遗传多样性低于商品肉鸡品种,高于商品蛋鸡品种。系统发育树、主成分分析及祖先成分分析表明品种间有明显的群体分化。河南斗鸡与商品鸡群的主成分分析发现,河南斗鸡与商品肉鸡品种的遗传距离相对较近;将河南斗鸡和商品鸡群进行遗传选择信号后分析发现,河南斗鸡在神经,骨骼肌肉发育,免疫等性状经过高度选择。【结论】本研究从全基因组水平探究了河南斗鸡的遗传多样性和群体结构,筛选出候选基因,为河南斗鸡遗传资源保护和利用提供参考。 展开更多
关键词 河南斗鸡 遗传多样性 群体结构 选择信号 全基因组 单核苷酸多态性
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合川黑猪保种群遗传结构及选择信号分析 被引量:2
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作者 龙熙 陈力 +6 位作者 吴平先 张廷焕 潘红梅 张亮 王金勇 郭宗义 柴捷 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1854-1867,共14页
旨在研究合川黑猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系、近交系数、家系结构和选择信号,以期更好地保护和利用合川黑猪这一遗传资源。本研究利用猪50K SNP芯片,对合川黑猪保种群内所含的58头健康成年种猪进行SNP检测;计算群体的有效含量、... 旨在研究合川黑猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系、近交系数、家系结构和选择信号,以期更好地保护和利用合川黑猪这一遗传资源。本研究利用猪50K SNP芯片,对合川黑猪保种群内所含的58头健康成年种猪进行SNP检测;计算群体的有效含量、多态信息含量、多态标记比例、期望杂合度、观测杂合度、有效等位基因数以及最小等位基因频率,分析保种群体的遗传多样性;利用Plink软件构建状态同源(identity by state,IBS)矩阵和分析每个样本的连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),Gamatrix(V2)软件构建基因组关系G矩阵,分析合川黑猪保种群的亲缘关系;利用Mega X(V10.0)软件进行群体聚类分析,研究合川黑猪保种群的家系结构;运用Tajima’s D和iHS方法分析合川黑猪群体基因组上受选择的信号区域,挖掘潜在的候选基因。结果表明,合川黑猪保种群体的群体有效含量、平均多态信息含量、多态标记比例、平均有效等位基因数、最小等位基因频率分别为4.2、0.156、0.534、1.38、0.141,说明合川黑猪保种群体的遗传多样性较丰富;群体的平均期望杂合度为0.255,平均观测杂合度为0.271,观测杂合度稍高于期望杂合度,说明该保种群体出现了分化;平均IBS遗传距离为0.1992±0.0429,其中公猪的为0.1767±0.0484,IBS遗传距离和基于G矩阵的亲缘关系分析结果均表明,部分个体之间呈现较近的亲缘关系;合川黑猪保种群体内共发现2246个ROH片段,长度在1~10 Mb之间的ROH数量占比最多,为79.12%,含40~50个ROH的个体数量占比最多,为48.28%,群体平均近交系数为0.175;现有合川黑猪群体包含7个含公猪的家系和1个不含公猪的家系,各家系个体的数量差异较大;利用Tajima’s D方法检测到显著选择信号区域192个,涉及193个候选基因,iHS方法检测到显著选择信号区域303个,涉及331个候选基因。两种方法同时检测到的候选基因有5个,其中HVCN 1与精子的活力和低温耐受相关,TRAF 3IP1和PER 2与机体免疫功能相关。综上所述,合川黑猪保种群体遗传多样性较丰富,但部分个体间存在较大的近交风险,各家系中个体数量的差异明显,个别家系内公猪个体数量少,存在血统流失风险。此外,在适应性进化过程中,合川黑猪繁殖和免疫性状相关的基因受到了一定程度的选择作用。 展开更多
关键词 合川黑猪 50K SNP芯片 遗传多样性 遗传结构 选择信号
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基于SNP芯片的盆周山地猪群体选择信号分析
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作者 龙熙 柴捷 +4 位作者 潘红梅 张利娟 张亮 陈四清 郭宗义 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期136-140,共5页
为了分析盆周山地猪群体的选择信号,本研究利用猪50K基因芯片,运用Tajima’s D方法分析盆周山地猪群体基因组上受选择的信号区域,并通过生物信息学分析筛选受选择的候选基因。结果表明,盆周山地猪群体基因组上受选择的区域有252个,这些... 为了分析盆周山地猪群体的选择信号,本研究利用猪50K基因芯片,运用Tajima’s D方法分析盆周山地猪群体基因组上受选择的信号区域,并通过生物信息学分析筛选受选择的候选基因。结果表明,盆周山地猪群体基因组上受选择的区域有252个,这些区域共包含267个候选基因,其中,在猪上已注释的基因184个,如免疫性状相关基因MYO1G、CD86、IKF2,肉质性状相关基因PRKAG3、PRDM16、SND1,繁殖性状相关基因FSHR、LTF、AP3B1和生长性状相关基因SREBF2、SDC3、SLIT3。候选基因GO功能富集表明,这些基因参与了机体的免疫、行为、心管发育等生物学进程。KEGG信号通路分析发现,部分基因可能与催产素信号通路相关。本研究首次构建了盆周山地猪全基因组水平上的选择信号图谱,筛选了受选择的重要经济性状候选基因,研究结果为更好地保护、开发和利用盆周山地猪奠定了理论基础。 展开更多
关键词 盆周山地猪 SNP芯片 选择信号 候选基因
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基于基因组重测序的广西地方猪种遗传多样性和选择信号分析 被引量:1
17
作者 黎旺长 刘玮玮 +1 位作者 龙佳佳 杨小淦 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期2415-2422,共8页
【目的】基于全基因组重测序研究分析广西地方猪种与西方商业猪种的遗传结构,挖掘出广西地方猪种的选择基因,为我国地方猪种质资源的保存和利用打下基础。【方法】对广西地方猪种(巴马香猪、东山猪和陆川猪)和西方商业猪种(杜洛克猪、... 【目的】基于全基因组重测序研究分析广西地方猪种与西方商业猪种的遗传结构,挖掘出广西地方猪种的选择基因,为我国地方猪种质资源的保存和利用打下基础。【方法】对广西地方猪种(巴马香猪、东山猪和陆川猪)和西方商业猪种(杜洛克猪、长白猪和大白猪)共60头猪个体进行基因组重测序分析,经质控后分别进行猪种亲缘关系、主成分层次、连锁不平衡衰减、群体遗传结构、系统发育进化树及群体遗传分化指数(Fst)等分析。【结果】西方商业猪种与广西地方猪种间的群体遗传关系较远,西方商业猪种群体聚集在一起,而广西地方猪种群体较分散;构建的系统发育进化树显示,6个猪种聚类成3个分支,其中,东山猪单独聚为一支,巴马香猪和陆川猪聚为一支,而杜洛克猪、大白猪和长白猪聚类在另一分支上。广西地方猪种组均被选择的位点共有641个受选择区域,最终定位注释到108个基因,其中Cenpp基因的受选择区域高达25个。这些基因显著注释到自然杀伤细胞分化正向调控、翻译抑制因子活性、mRNA调控元件结合、肽激素加工、正调控细胞迁移参与新生血管生成、电压门控离子通道活性及离子跨膜转运调控等GO功能条目;KEGG信号通路富集分析发现显著富集于内吞作用、cGMP-PKG信号、胆汁分泌、肌醇磷酸盐代谢和磷脂酰肌醇信号系统等通路上。【结论】广西地方猪种与西方商业猪种间存在明显差异,但广西地方猪种内部存在较高的近交现象,部分猪种可能受到西方商业猪种的影响,而导致其血统不纯。广西地方猪种共有641个受选择信号区域,定位注释到的108个基因主要参与离子跨膜转运、磷脂酰肌醇信号系统、正调控细胞迁移及新生血管生成等通路,其中Mrps27基因可能与广西地方猪种独特的生长发育有关。 展开更多
关键词 广西地方猪种 西方商业猪种 遗传多样性 选择信号 基因组重测序
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全基因组选择信号解析剑白香猪和从江香猪的遗传差异
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作者 袁巍 毕欢 +4 位作者 张雨丹 张依裕 顾晓龙 杨红文 陈伟 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期3631-3641,共11页
旨在通过全基因组选择信号分析揭示剑白香猪和从江香猪的遗传差异,提高对从江香猪和剑白香猪种群的保护状况、遗传多样性、群体结构和和适应性进化的认识。本研究随机选取2岁龄从江香猪和剑白香猪各5头,并分为两组。通过全基因组重测序... 旨在通过全基因组选择信号分析揭示剑白香猪和从江香猪的遗传差异,提高对从江香猪和剑白香猪种群的保护状况、遗传多样性、群体结构和和适应性进化的认识。本研究随机选取2岁龄从江香猪和剑白香猪各5头,并分为两组。通过全基因组重测序对从江香猪和剑白香猪测序,将测序数据利用bwa软件比对到猪参考基因组Sscrofa 11.1上,随后使用GATK软件进行变异检测和SNP、INDEL过滤提取。同时,利用Plink和SNeP软件进行群体遗传多样性分析,包括群体有效大小、多态位点比例、观测杂合度、期望杂合度。使用vcftools软件分析群体选择信号,并通过KEGG和GO分析受选择区域基因。经过SNP和INDEL分析,发现从江香猪和剑白香猪群体共有的SNPs位点数为16158002个,从江香猪特有的为6863992个,剑白香猪特有的为4275660个;共有的INDEls位点数为3275375个,从江香猪特有的为1674081个,剑白香猪特有的为1114248个。从采样起算,从江香猪和剑白香猪的群体在13代前的有效大小均为18头。其中,从江香猪的多态性位点比例更高,达到了0.8757,而二者群体的观测杂合度均高于期望杂合度。剑白香猪和从江香猪的核苷酸多样性均小于0.5%,群体内选择检验Tajima’s D值均大于0,ROD值为0.5531,Fst值为0.7362。KEGG和GO富集分析表明,剑白香猪和从江香猪的遗传差异涉及多种通路和基因功能。包括涉及轴突引导、ECM与受体的相互作用、局部粘附、PI3K-Akt信号通路、硫辛酸代谢、cGMP-PKG信号通路、MAPK信号传导途径、核苷酸切除修复、阿佩林信号通路、心律失常性右室心肌病等通路。剑白香猪和从江香猪群体之间存在一定的群体多态性损失,群体分歧度较高,两亚群间存在明显的种群分化,并且二者基因组内存在大量的中等频率等位基因,需要提高从江香猪和剑白香猪群体内的遗传多样性,减少外来血缘引入导致纯种度降低的风险。 展开更多
关键词 全基因组 选择信号 香猪 遗传差异
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选择信号分析及其对绵羊功能基因的挖掘进展
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作者 张彦威 于丽娟 +5 位作者 徐新明 阿米妮古丽·阿不来孜 谢梦婉 唐丽苹 郑培宇 狄江 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期4935-4946,共12页
绵羊经过长期自然和人工选择,形成了丰富多样的品种资源,并为人类提供肉、奶、毛、皮等生活物资。选择发生时伴随着选择信号的产生,常见的选择信号有群体分化、基因组多样性下降且存在高频等位基因的区域及被选择区域长范围扩展单倍型... 绵羊经过长期自然和人工选择,形成了丰富多样的品种资源,并为人类提供肉、奶、毛、皮等生活物资。选择发生时伴随着选择信号的产生,常见的选择信号有群体分化、基因组多样性下降且存在高频等位基因的区域及被选择区域长范围扩展单倍型纯合等。针对不同类型的选择信号衍生出了相应的分析方法,如基于群体分化分析、基于基因组杂合度分析、基于单倍型和连锁不平衡分析和基于等位基因频率谱分析等。近年来,随着高通量测序技术的发展,研究人员通过对绵羊进行选择信号分析,挖掘出大量与经济性状相关的功能基因,为绵羊分子育种提供了更多的遗传信息。作者对选择信号的分类与检测方法及其对绵羊功能基因的筛选进行了介绍,并对选择信号分析的应用方向和研究前景进行了展望,旨在为选择信号分析在绵羊遗传育种中的应用提供借鉴。 展开更多
关键词 绵羊 选择信号 功能基因
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内蒙古地方绵羊遗传多样性及尾椎数性状相关选择信号研究
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作者 常晨城 白音巴图 +9 位作者 周乐 杨彦达 马凤英 刘在霞 王杰 何小龙 付绍印 张文广 石彩霞 刘永斌 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期109-115,共7页
本文旨在通过全基因组重测序技术评价内蒙古地方绵羊遗传多样性,筛选与绵羊尾椎数性状相关的候选基因。利用内蒙古当地2个典型肉羊品种(蒙古羊28只、巴美肉羊21只)进行全基因组重测序,过滤去掉高缺失率以及最小等位基因频率较低的位点,... 本文旨在通过全基因组重测序技术评价内蒙古地方绵羊遗传多样性,筛选与绵羊尾椎数性状相关的候选基因。利用内蒙古当地2个典型肉羊品种(蒙古羊28只、巴美肉羊21只)进行全基因组重测序,过滤去掉高缺失率以及最小等位基因频率较低的位点,得到高质量SNP;对各品种进行核苷酸多样性(Pi)、群体分化指数(Fst)、Tajima’s D检测以及连锁不平衡衰减分析,评价其遗传多样性;利用2个品种中个体变异位点进行主成分分析、系统进化树分析以及种群结构分析,确定品种间遗传分化水平;采用群体分化指数和核苷酸多样性比值综合筛选确定蒙古羊中与尾椎数性状相关的选择信号。遗传多样性及种群结构分析结果表明,蒙古羊的连锁不平衡衰减速度大于巴美肉羊,当K=2时,2个群体被明显分开,但还存在一定程度的混合,说明蒙古羊较巴美肉羊具有较高的遗传多样性,且2个群体间存在一定程度的遗传背景相似度。通过对巴美肉羊与蒙古羊以及不同尾椎数的蒙古羊的选择信号分析,共筛选出与尾椎数性状相关的候选基因19个,其中HOX基因家族、T-box基因家族、VRTN和BMP2受到强烈选择,可作为后续绵羊尾部性状研究、分子选育的重要线索,同时也为蒙古羊遗传改良及选种选育提供理论依据。 展开更多
关键词 蒙古羊 巴美肉羊 遗传多样性 尾椎数 选择信号
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