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一种新的用于候选基因排序的数据融合方法
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作者 卜令超 王士同 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2009年第6期1563-1565,1571,共4页
从成百上千的候选基因中确定关键基因是寻找致病基因(或参与某个生物过程的基因)的重要步骤,而根据多种数据源对候选基因进行综合排序则成为该领域新的挑战。提出一种新的基于单类支持向量机的数据融合方法用于候选基因排序。实验表明... 从成百上千的候选基因中确定关键基因是寻找致病基因(或参与某个生物过程的基因)的重要步骤,而根据多种数据源对候选基因进行综合排序则成为该领域新的挑战。提出一种新的基于单类支持向量机的数据融合方法用于候选基因排序。实验表明该方法可以有效地利用多种异构的生物数据源对候选基因排序,其准确率和鲁棒性均优于根据单数据源进行排序。 展开更多
关键词 候选基因排序 数据融合 单类支持向量机
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基于节点-模块置信度及局部模块度双重约束挖掘前列腺癌候选疾病模块 被引量:1
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作者 王一斌 程咏梅 张绍武 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第4期375-389,共15页
前列腺癌病因及发病机理研究有助于前列腺癌预防和治疗.目前,前列腺癌生化试验研究方法成本高、耗时,而基于网络计算方法容易受基因表达谱数据不完整、噪声高及实验样本数量少等约束.为此,本文提出一种基于节点-模块置信度及局部模块度... 前列腺癌病因及发病机理研究有助于前列腺癌预防和治疗.目前,前列腺癌生化试验研究方法成本高、耗时,而基于网络计算方法容易受基因表达谱数据不完整、噪声高及实验样本数量少等约束.为此,本文提出一种基于节点-模块置信度及局部模块度的双重约束算法(命名为NMCOM),挖掘前列腺癌候选疾病模块.NMCOM算法不依赖基因表达谱数据,采用候选基因与致病表型之间一致性得分,候选基因与致病基因之间语义相似性得分融合排序策略,选取起始节点,并基于节点-模块置信度及局部模块度双重约束挖掘前列腺癌候选疾病模块.通过对挖掘出的模块进行富集分析,最终得到18个有显著意义的候选疾病基因模块.与单一打分排序方法及随机游走重开始方法相比,NMCOM融合排序策略的平均排名比小、AUC值大,且挖掘出结果明显优于其他模块挖掘算法,模块生物学意义显著.NMCOM算法不仅能准确有效地挖掘前列腺癌候选疾病模块,且可扩展挖掘其他疾病候选模块. 展开更多
关键词 前列腺癌 疾病模块挖掘 候选基因排序 节点-模块置信度 局部模块度
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