期刊文献+
共找到8篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
玉米大斑病抗性基因Ht1定位区域内候选序列的生物信息学分析 被引量:8
1
作者 鄂洋 林凤 +2 位作者 张春宇 崔娜 许玉凤 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期638-644,共7页
为获得玉米大斑病抗性基因Ht1候选序列,文章采用生物信息学方法对与玉米大斑病抗性基因Ht1紧密连锁的分子标记umc22和umc122定位区域内候选序列进行了分析,其中得到的63条ORF序列中有14条序列可编码蛋白质结构域。将14条核苷酸酸序列预... 为获得玉米大斑病抗性基因Ht1候选序列,文章采用生物信息学方法对与玉米大斑病抗性基因Ht1紧密连锁的分子标记umc22和umc122定位区域内候选序列进行了分析,其中得到的63条ORF序列中有14条序列可编码蛋白质结构域。将14条核苷酸酸序列预测出的氨基酸序列与已克隆的24条抗性基因编码氨基酸序列进行Blast比对及进化树构建。结果发现,候选序列gpm565a具有植物抗性基因编码产物的高度保守结构域,而且与抗性基因Xal相似性高、亲缘关系近,推测可能与抗性基因Ht1有关。其他候选序列由于不具有植物抗性基因编码产物的高度保守结构域或者相似性低、亲缘关系远等原因,不能确定与抗性基因Ht1有关。通过对候选序列gpm565a进行二级结构及三维结构分析,发现有大量构成蛋白质特异功能结构组件的无规则卷曲存在,推测gpm565a可能是Ht1功能域的一部分。 展开更多
关键词 玉米大斑病 候选序列 抗性基因
下载PDF
基于图结构的候选序列生成算法 被引量:4
2
作者 郭平 刘潭仁 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2004年第1期136-139,141,共5页
先生成候选序列再判断候选序列是否为频繁序列,最后获得频繁序列是序列数据挖掘中基于候选序列挖掘算法的一般结构,如Apriori类算法,GSP算法,SPADE算法等。因此,研究候选序列生成算法具有普遍意义。本文首先研究了序列数据集(序列数据库... 先生成候选序列再判断候选序列是否为频繁序列,最后获得频繁序列是序列数据挖掘中基于候选序列挖掘算法的一般结构,如Apriori类算法,GSP算法,SPADE算法等。因此,研究候选序列生成算法具有普遍意义。本文首先研究了序列数据集(序列数据库)与图结构间的关系,证明了一个序列是频繁序列的必要条件是该序列对应于一个完全子图。以此为基础提出了基于图结构的候选序列生成算法,文中给出了算法正确性证明。在T25I10D10K和T25I20D100K数据集上的挖掘实验表明在本文提出的候选序列生成算法上进行挖掘比用Apriori算法进行挖掘的效率更高。 展开更多
关键词 图结构 候选序列 频繁序列 数据挖掘 序列挖掘
下载PDF
玉米端粒酶RNA模板基因候选序列的转基因鉴定体系研究
3
作者 郑洁 杨力媛 +2 位作者 马国兴 马登旭 刘小川 《浙江理工大学学报(自然科学版)》 2013年第5期762-765,774,共5页
研究采用pCAMBIA 1301穿梭质粒和LBA 4404菌株,侵染不同品种玉米成熟胚诱导的愈伤组织,以构建玉米端粒酶RNA候选序列的转基因鉴定体系。构建了两个含有玉米端粒酶RNA的pCAMBIA 1301穿梭质粒,一个携带模板区正常的玉米端粒酶RNA候选序列... 研究采用pCAMBIA 1301穿梭质粒和LBA 4404菌株,侵染不同品种玉米成熟胚诱导的愈伤组织,以构建玉米端粒酶RNA候选序列的转基因鉴定体系。构建了两个含有玉米端粒酶RNA的pCAMBIA 1301穿梭质粒,一个携带模板区正常的玉米端粒酶RNA候选序列(野生型),另一个携带模板区定点突变处理的端粒酶RNA候选序列(突变型),然后分别侵染甜玉米成熟胚诱导的愈伤组织,也同样分别侵染糯玉米成熟胚诱导的愈伤组织。结果表明:在愈伤组织培养中,甜玉米的愈伤诱导率在40%左右,而糯玉米的愈伤诱导率高达80%;在抗性筛选培养基上已成功获得抗性愈伤组织,经PCR鉴定愈伤组织基因组中分别含有正常和突变的目的片段,这表明成功构建了玉米端粒酶RNA候选序列的转基因鉴定体系,为进一步鉴定相关候选序列提供有效的技术方法。 展开更多
关键词 甜玉米 糯玉米 端粒酶RNA模板基因候选序列 农杆菌介导法 抗性愈伤组织
下载PDF
玉米大斑病抗性基因Ht2定位区域内候选序列的生物信息学分析 被引量:2
4
作者 武冰冰 林凤 +4 位作者 张春雨 崔娜 许玉凤 李楠 孙权 《玉米科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期11-16,共6页
利用计算机技术对与玉米大斑病抗性基因Ht2紧密连锁的分子标记umc89和umc48a定位区域内全部序列进行生物信息学分析,共发现101条ORF序列,其中16条ORF序列可编码蛋白质结构域。将这16条序列与已克隆的23条抗病基因核苷酸序列进行BLAST比... 利用计算机技术对与玉米大斑病抗性基因Ht2紧密连锁的分子标记umc89和umc48a定位区域内全部序列进行生物信息学分析,共发现101条ORF序列,其中16条ORF序列可编码蛋白质结构域。将这16条序列与已克隆的23条抗病基因核苷酸序列进行BLAST比对及进化树构建,并分析其与已知抗病基因的相似性及亲缘关系。结果发现,序列pco115381g和pco110559-1与编码水稻白叶枯病基因Xa1相似性高、亲缘关系近,而且具有植物抗性基因的高度保守结构域特征,可能与玉米大斑病抗性基因Ht2有关。 展开更多
关键词 玉米大斑病 生物信息 候选序列 结构域
下载PDF
植物DNA条形码候选序列ITS2研究进展
5
作者 易达 侯全会 殷莉丽 《丝路视野》 2019年第35期31-31,37,共2页
DNA条形码是一种基于从任何生物体的微小组织样本中提取DNA序列的快速识别物种的新方法,目前正应用于地球生命分类与鉴定。作为分类学家的一种研究工具,DNA条形码通过包括生物体的所有生命史阶段来扩展物种诊断能力,从而有助于鉴定。作... DNA条形码是一种基于从任何生物体的微小组织样本中提取DNA序列的快速识别物种的新方法,目前正应用于地球生命分类与鉴定。作为分类学家的一种研究工具,DNA条形码通过包括生物体的所有生命史阶段来扩展物种诊断能力,从而有助于鉴定。作为一种生物多样性发现工具,DNA条形码有助于标记科学家新发现的物种。作为一种生物学工具,DNA条形码被用来解决基本的生态和进化问题。虽然DNA条形码作为一种新方法已经使用了不到十年,但就条形码生成的序列数量及其应用而言,它已经呈指数增长。本文对植物DNA条形码热点候选序列ITS2的结构特点、序列筛选、序列对比、二级结构以及存在的争议与展望进行了综述。 展开更多
关键词 ITS2 候选序列 DNA条形码
下载PDF
序列模式挖掘两种典型算法的研究
6
作者 张亮 赵娜 《信息技术》 2016年第11期118-120,共3页
近年来,序列模式挖掘或序列挖掘已经成为数据挖掘的一个重要方面。序列模式挖掘是指从序列数据库发现相对时间或者其他顺序出现的频繁子序列。文中首先介绍了序列模式分析的基本概念,然后对序列模式的两种经典算法(GSP算法和Perfix Spa... 近年来,序列模式挖掘或序列挖掘已经成为数据挖掘的一个重要方面。序列模式挖掘是指从序列数据库发现相对时间或者其他顺序出现的频繁子序列。文中首先介绍了序列模式分析的基本概念,然后对序列模式的两种经典算法(GSP算法和Perfix Span算法)进行了描述,之后对这两种算法进行了分析和比较,分析比较的结果对序列模式挖掘应用到Web日志挖掘具有一定的参考价值。下一步的工作是进一步探讨算法的优化问题,主要研究如何缩小搜素空间,更好的提高算法效率。 展开更多
关键词 序列模式 数据挖掘 算法 候选序列
下载PDF
药用植物DNA条形码研究进展 被引量:25
7
作者 杨慧洁 杨世海 +1 位作者 张淑丽 路放 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第18期2581-2587,共7页
近10年来,DNA条形码(DNA barcoding)技术飞速发展,已经成为国际上生物学研究的热点之一。该技术在鉴别动物物种上已经得到了广泛的认同和应用,但是在药用植物领域存在极大的挑战,至今还没能得出一个通用的候选序列。候选序列主要有单序... 近10年来,DNA条形码(DNA barcoding)技术飞速发展,已经成为国际上生物学研究的热点之一。该技术在鉴别动物物种上已经得到了广泛的认同和应用,但是在药用植物领域存在极大的挑战,至今还没能得出一个通用的候选序列。候选序列主要有单序列如matK、rbcL等,复合序列如rbcL+trnH-psbA等。现综述DNA条形码在药用植物鉴定中的应用研究,并对常用单序列和复合序列的鉴定应用展开了讨论;同时针对近期提出的以叶绿体全基因组作为"超级条形码"的可行性进行了分析讨论和展望,以期为中药药用植物的快速准确鉴定提供新的研究思路。 展开更多
关键词 药用植物 DNA条形码 候选序列 单位点序列 超级条形码
原文传递
Characterization and fine mapping of the rice blast resistance gene Pia 被引量:14
8
作者 ZENG XiaoShan YANG XianFeng +3 位作者 ZHAO ZhengHong LIN Fei WANG Ling PAN QingHua 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2011年第4期372-378,共7页
Blast, caused by Magnaporthe oryzae, is one of the most widespread and destructive diseases of rice. Breeding durable resistant cultivars (cvs) can be achieved by pyramiding of various resistance (R) genes. Pia, c... Blast, caused by Magnaporthe oryzae, is one of the most widespread and destructive diseases of rice. Breeding durable resistant cultivars (cvs) can be achieved by pyramiding of various resistance (R) genes. Pia, carded by cv. Aichi Asahi, was evaluated against 612 isolates of M. oryzae collected from 10 Chinese provinces. The Pia gene expresses weak resistance in all the provinces except for Jiangsu. Genomic position-ready marker-based linkage analysis was carded out in a mapping population consisting of 800 F2 plants derived from a cross of Aichi Asahi×Kasalath. The locus was defined in an interval of approximately 90 kb, flanked by markers A16 and A21. Four candidate genes (Pia-1, Pia-2, Pia-3, and Pia-4), all having the R gene conserved structure, were predicted in the interval using the cv. Nipponbare genomic sequence. Four candidate resistance gene (CRG) markers (A17, A25, A26, and A27), derived from the four candidates, were subjected to genotyping with the recombinants detected at the flanking markers. The first three markers completely co-segregated with the Pia locus, and the fourth was absent in the Aichi Asahi genome and disordered with the Pia locus and its flanking markers, indicating that the fourth candidate gene, Pia-4, could be excluded. Co-segregation marker-based genotyping of the three sets of differentials with known R gene genotypes revealed that the genotype of A26 (Pia-3) perfectly matched the R gene genotype of Pia, indicating that Pia-3 is the strongest candidate gene for Pia. 展开更多
关键词 rice blast resistance gene PIA t'me mapping GENOTYPE
原文传递
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部