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蛋白折叠中的暂态结构与表面水分子慢尺度动力学 被引量:1
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作者 高萌 姚新秋 +2 位作者 佘振苏 刘志荣 朱怀球 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第7期1998-2006,共9页
蛋白表面水的慢尺度动力学行为往往被认为与蛋白的结构稳定性、功能以及折叠过程有关,但在分子水平上,还不清楚水分子的慢尺度动力学如何参与蛋白折叠过程.以Trp-cage蛋白作为个案,本文利用40条100ns(总长4μs)的全原子分子动力学轨迹,... 蛋白表面水的慢尺度动力学行为往往被认为与蛋白的结构稳定性、功能以及折叠过程有关,但在分子水平上,还不清楚水分子的慢尺度动力学如何参与蛋白折叠过程.以Trp-cage蛋白作为个案,本文利用40条100ns(总长4μs)的全原子分子动力学轨迹,分析了蛋白折叠过程中蛋白表面水分子的停留行为,并探究影响蛋白表面水分子慢尺度行为的微观因素.结果发现,即使在蛋白折叠过程中蛋白拓扑结构变化很大,残基之间也会形成稳定的局部暂态结构.这些结构为水分子提供饱和、稳定的氢键,通过与水分子之间的极性相互作用,以及凹形的几何结构,约束水分子长时停留,我们称之为"停留中心".停留中心的形成是引起水分子慢尺度行为的重要因素.另外,停留中心的分布与蛋白折叠的进程有密切关系,特别地,在折叠轨迹中,疏水核周围的残基组成了一个主要的停留中心.研究结果不但有助于解释水分子慢尺度特征行为的来源,还可以为实验中通过研究水分子在蛋白附近的慢尺度行为,揭示蛋白折叠过程中的关键步骤提供一些启发. 展开更多
关键词 蛋白质折叠 TRP-CAGE 表面水 停留时间 停留中心
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Numerical simulation of flow regions in red mud separation thickener's feedwell by analysis of residence-time distribution 被引量:4
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作者 周天 李茂 +3 位作者 李秋龙 雷波 周谦 周孑民 《Transactions of Nonferrous Metals Society of China》 SCIE EI CAS CSCD 2014年第4期1117-1124,共8页
The residence-time distribution (RTD) and the compartment model were applied to characterizing the flow regions in red mud separation thickener’s feedwells. Combined with the experimental work, validated mathematic... The residence-time distribution (RTD) and the compartment model were applied to characterizing the flow regions in red mud separation thickener’s feedwells. Combined with the experimental work, validated mathematical model as well as three-dimensional computational fluid dynamics (CFD) model was established to analyze the flow regions of feedwells on an industrial scale. The concept of RTD, although a well-known method for the characterization of mixing behavior in conventional mixers and reactors, is still a novel measure for the characterization of mixing in feedwells. Numerical simulation results show that the inlet feed rate and the aspect ratio of feedwells are the most critical parameters which affect the RTD of feedwell. Further simulation experiments were then carried out. Under the optimal operation conditions, the volume fraction of dead zone can reduce by10.8% and an increasement of mixing flow volume fraction by 6.5% is also observed. There is an optimum feed inlet rate depending on the feedwell design. The CFD model in conjunction with the RTD analysis then can be used as an effective tool in the design, evaluation and optimization of thickener feedwell in the red mud separation. 展开更多
关键词 computational fluid dynamics residence-time distribution compartment model feedwell
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