基于SSR和InDel标记的大翼橙亚属种质遗传多样性及群体结构分析

元江宜昌橙是在云南元江县新发现的宜昌橙(Citrus ichangensis Swingle)原始野生资源。为了解元江宜昌橙与长江流域宜昌橙的遗传差异,以及元江宜昌橙野生种群内个体间的遗传差异,利用筛选的21对SSR和InDel引物对元江宜昌橙群体、长江流域宜昌橙群体、大翼橙群体、香橙(C.junos Siebold ex Tanaka)群体等4个群体的48份资源进行了遗传多样性分析。结果表明,21对引物共产生了131条多态性条带,平均每对引物检测到6.2个多态性条带,多态性标记位点的香农信息指数为0.14~1.11,平均期望杂合度为0.04~0.97。群体遗传结构分析、UPGMA聚类分析和主坐标分析均表明,元江宜昌橙是不同于长江流域宜昌橙的新类型,4个群体间的遗传差异较大,群体间的基因流较低。在元江宜昌橙种群内存在遗传异质个体,但种群内的遗传多样性水平比长江流域宜昌橙群体的遗传多样性水平低,香橙群体的遗传多样性水平较高。大翼橙群体中的马来西亚大翼橙(C.macroptera Montrouz.)与宜昌橙遗传距离较远,而红河大翼橙(C.hongheensis Y. L. D. L.)与元江宜昌橙的遗传距离较近。野生的元江宜昌橙是有别于长江流域宜昌橙的新类型,在进行元江宜昌橙野生资源的收集时,以居群为单位更有利于保护其遗传多样性。