基于生物信息学分析对儿童克罗恩病核心发病基因预测及诊治意义

目的应用生物信息学方法筛选出儿童克罗恩病(PCD)的差异基因(DEGs),探讨PCD的致病机制,为PCD的诊疗提供潜在靶点。方法从基因表达数据库(GEO)中获得健康对照和PCD患儿结肠组织的芯片数据库GSE126124,通过基因分析表达工具(GEO2R)筛选出DEGs。然后利用DAVID数据库对PCD的DEGs进行基因本体(GO)分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析。应用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络(PPI),并通过Cytoscape3.9.1软件识别出前24个核心基因。最后在GSE3365基因芯片数据库中对核心基因进行表达量验证。结果从GSE126124芯片数据库中发现共有141个DEGs,其中39个上调,102个下调。这些DEGs参与免疫调节、肠道适应性改变、肠道黏膜屏障功能变化等多种细胞活动和机体调节。PPI共筛选出24个潜在核心基因,在验证数据库中均有明显的表达差异,其中兔CXC趋化因子配体2(CXCL2)、白细胞介素(IL)-1β差异最为显著。结论核心基因如CXCL2、IL-1β等很可能是PCD致病的关键基因,可能会成为PCD诊治的潜在靶点。