猪2型钙蛋白酶抑制蛋白基因cDNA的克隆序列分析

钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)是一种内源性的、需Ca2+激活的钙蛋白酶抑制剂。本研究克隆了猪CAST基因的部分编码序列,并通过序列拼接首次获得了猪2型CAST基因的cDNA序列(Genbankacc.NO.AY555195)。通过对猪2型钙蛋白酶抑制蛋白进行结构预测及结构域分析,为进一步研究钙蛋白酶抑制蛋白在猪体内的功能打下了良好的基础。

柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)BJ株TA4基因的克隆和序列分析

对柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)BJ株TA4基因进行了克隆和测序分析。以纯化的E.tenellaBJ株7h孢子化卵囊的总RNA为模板,根据国外报道的序列设计一对引物,用RT-PCR方法扩增出BJ虫株的TA4基因。用常规基因克隆方法把BJ株TA4基因插入pGEM-T克隆载体,选取正方向插入的一个阳性克隆进行酶切分析及插入片段的全序列测序分析。结果表明:该序列全长1227个核苷酸,有一个含230个密码子的开放性读框,可编码分子量约为25kDa的多肽。其后紧随533bp的3'端非编码序列。TA4-BJ与国外株TA4比较,同源性99%,突变的4个核苷酸中,2个为有义突变,使其推测氨基酸Asp变为Gly。

黑曲霉NRRL3135 bgl基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术从黑曲霉菌株NRRL3135中扩增了β-葡萄糖苷酶(BGL)基因的全长cDNA序列,被命名为bgl3135(GenBank登录号:FN430671)。对该基因编码的BGL进行了同源性分析并预测了其三维构象。试验结果表明,bgl3135的全长cDNA为2598bp,含有一个2583bp的开放阅读框(ORF),编码一个长度为860个氨基酸残基的蛋白质。同源性分析表明,该基因编码的蛋白与来自黑曲霉As3.350和CBS513.88的BGL(GenBank登录号分别为DQ655704和XM_001398779)的相似性最高,其氨基酸序列同源性分别达99%。参照已发表的β-葡萄糖苷酶(BGL)的氨基酸保守序列,判断本研究所克隆的bgl基因属于糖苷水解酶基因家族3的成员。三维结构预测表明,该BGL的立体构象中存在20个α-螺旋和15个β-折叠,对构成和维持酶的底物识别和催化活性位点可能起着重要作用。

人蛋白质二硫键异构酶活性片段基因的克隆及序列测定

目的:获取人蛋白质二硫键异构酶活性片段(hPDIf)基因,并进行序列测定,为今后研究其机理及应用创造条件.方法:从人胎肝组织中用反转录PCR方法扩增hPDTf活性片段基因,重组入pUC19质粒载体,用双脱氧法双向测定目的基因序列.结果:从人胎肝组织中成功地扩增到hPDIf基因,测出的序列与已知基因序列一致.结论:构建了hPDIf基因的重组克隆,为以后的深入研究奠定了基础.

球毛壳菌(Chaetomium globosum)过氧化物膜蛋白过敏原基因克隆、序列分析及原核表达

以球毛壳菌cDNA文库中获得过氧化物膜蛋白(pero)基因片段(GenBank Accn: BP099709)为基础,用RACE技术获得该基因的全长cDNA序列。序列长747bp,由412bp的3’ RACE产物和508bp的5’RACE产物拼接而成。开放阅读框501bp,编码166个氨基酸,蛋白分子量为17．5kDa,理论等电点为5．75。利用cDNA两侧非编码区序列作引物克隆出该基因的DNA 序列,序列分析表明该基因由2个内含子和3个外显子组成。ClustalX多序列比对表明:该基因与粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)的过氧化物膜蛋白过敏原同源性最高(83％)。将pero基因编码区克隆到原核表达载体pET28a中,构建成表达质粒pET28a-pero并转化大肠杆菌BL21,IPTG 诱导后SDS-PAGE检测表达情况,结果发现在21kDa处有一特异性融合蛋白带,大小与预期相符, 说明该基因已经在大肠杆菌中表达。克隆的cDNA序列、DNA序列及推测的氨基酸序列在 GenBank登录(登录号分别为AY555771,AY584753,AAS66898)。

鹅源H5N1亚型禽流感病毒新疆分离株A/Goose/XJYL/10/2003HA基因的克隆和序列测定与分析

根据已发表的H5N1亚型禽流感病毒的HA基因全序列,设计了1对引物,对禽流感病毒新疆株A/Goose/XJYL/10/2003(H5N1)提取RNA,经RT-PCR扩增后将其克隆到pMD18-T载体上,获得长为1758bp的HA全基因序列。序列测定后,分析结果表明,本试验株与广东、香港和东南亚等不同地区的H5N1禽流感病毒HA的核甘酸序列的同源率很高,其氨基酸切割位点附近具有高致病性禽流感病毒的特征。系统进化树分析表明,新疆株为独立分支,属于欧亚种系。

猕猴桃溃疡病菌抗铜基因CopB克隆及序列分析

【目的】猕猴桃溃疡病菌通过抗铜相关基因的表达和调控而表现出一定的抗铜性,研究抗铜基因对揭示病原菌的抗铜机理、病害的灾变机理以及有效防控具有重要意义。本研究旨在明确湖南地区猕猴桃溃疡病菌抗铜基因CopB的序列结构,为进一步研究该病菌的抗铜机理及制订相关防治策略提供参考依据。【方法】利用引物copB-F/copB-R对湖南猕猴桃溃疡病菌抗铜基因CopB进行PCR扩增并进行核苷酸序列分析及编码蛋白质预测。采用BLAST进行序列比对,ProtParam分析蛋白理化性质,ProtScale预测蛋白亲疏水性,DNAMAN进行氨基酸多序列比对,MEGA5进行系统进化树分析。【结果】获得猕猴桃溃疡病菌Psa-FHHY株系、Psa-JSHY株系、Psa-JSJK株系的CopB基因片段为891 bp,编码296个氨基酸,编码的氨基酸不稳定性系数为32.29,该基因编码蛋白质的相对分子质量为31.853 kD,理论等电点为4.66,总平均疏水指数(GRAVY)值为-0.342,为亲水性蛋白。BLAST分析结果表明,所扩增的猕猴桃溃疡病菌与其它猕猴桃溃疡病菌株CopB基因相似性在98.32%以上,与其它丁香假单胞菌属的CopB基因相似性在60.57%~95.06%。【结论】湖南猕猴桃溃疡病菌抗铜基因CopB保守性强,具有较高的系统进化一致性,未出现明显变异。

甜菜ATP合酶β亚基基因atpB的克隆、序列分析及进化

atpB基因编码ATP合酶β亚基,是光合作用中的重要基因。ATP合酶是生物体内能量代谢的关键酶,参与氧化磷酸化和光合磷酸化反应。利用植物叶绿体基因组在进化过程中高度保守的特点,根据已知植物烟草、水稻和菠菜等的叶绿体基因组全序列,设计并合成了一对引物,以甜菜叶绿体DNA为模板,PCR扩增得到包含atpB完整基因(GenBank登录号为DQ067451)在内的一段序列,测序与序列分析表明:该克隆片段全长2 293 bp,其中包括有1 497 bp的编码区序列,推测编码498个氨基酸。同源性比较,该克隆基因与烟草、菠菜、油菜、水稻atpB基因的核苷酸序列同源性分别为90.92%、95.79%、87.71%和86.37%,推测的氨基酸序列同源性分别为94.58%、97.19%、92.17%和91.97%。同时,建立了几种植物的氨基酸序列系统进化树。

启动子序列克隆和功能分析方法的研究进展

综述了启动子序列克隆和功能研究方法的研究进展。启动子克隆的主要方法有基因组文库筛选法、探针载体筛选法、常规PCR法、反向PCR法、锅柄PCR法、序列特异性引物PCR法、热不对称交错PCR法和Y型接头扩增法。其中,热不对称交错PCR法因操作简便、特异性较高而最有效。启动子功能分析方法有生物信息学分析法和实验分析法,前者主要依托数据库初步预测启动子序列;后者确定启动子的顺式元件及其功能,具体策略有点突变分析、凝胶阻滞分析、瞬间表达分析、转化分析和酵母单杂交分析。可为启动子功能的研究提供参考。

新疆牛环形泰勒虫Tams1基因的克隆与序列分析

采用PCR技术，从新疆焦虫病疫区感染牛的全血中扩增到Tamsl基因，该基因长度为846bp，编码281个氨基酸。同源性分析表明，该基因与其他9个国际流行虫株的核苷酸同源性为93．6％～99．8％，氨基酸同源性为88．6％～99．6％。系统发育进化树分析表明，新疆分离株同印度株、毛利塔尼亚株、土耳其株、北非共和国株进化途径一致，与苏丹株和巴林株进化途径相差较远。氨基酸抗原决定簇分析发现新疆分离株编码的氨基酸有13个抗原决定簇。

鸡传染性法氏囊病超强毒Gx及其致弱株基因组B节段的克隆和序列分析

用蛋白酶K法分离提取了鸡传染性法氏囊病病毒强毒株Gx及其致弱株Gt的病毒核酸dsRNA ,应用随机引物将RNA反转录成cDNA ,以此为模板用长距离一步法扩增出全长基因B节段 ,将其克隆入PMD18_T载体 ,进行了测序 ,并用DNAStar软件进行序列分析。测序结果表明 ,克隆的Gx株B节段全长为 2 82 7bp ,与超强毒参考株UK6 6 1的同源性为 88 2 % ,与强毒参考株Harbin_1株的同源性达 96 3% ;克隆的Gt株B节段全长为 2 82 7bp ,与弱毒参考株P2的同源性达 99 5 %。而Gx株与Gt株B节段的核苷酸的同源性只有 89 8% ;vvIBDV_Gx。

猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒河南分离株ORF3-7基因克隆与序列分析

参照GenBank中公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）美洲株ATCC VR2332的ORF3～7基因序列,利用Pri mer软件分别设计合成了针对PRRSV ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7基因的特异性引物,利用RT-PCR从河南分离株Hn-1/06株分别扩增得到了大小约964、675、718、566和501 bp的片段,并将扩增的片段插入PGEM-T-easy载体进行测序。利用DNAStar软件进行序列分析表明,河南分离株Hn-1/06株属于美洲型,同时将Hn-1/06株ORF3～7基因的核苷酸序列和推导氨基酸序列与ATCC VR2332、LV、Resp、CH-1a、BJ-4、S1、CC-1、HB-1、JX0612、HUB1等分离株进行了同源性分析。

几种乳酸菌S-层蛋白的普查以及slp基因的克隆与序列分析

从内蒙古传统发酵乳制品中分离的几种乳酸菌,包括干酪乳杆菌、乳酸乳球菌、发酵乳杆菌、植物乳杆菌、嗜酸乳杆菌、双歧乳杆菌和嗜酸乳杆菌标准株(L.acidophilus ATCC4356)等为实验材料,应用SDS-PAGE方法和PCR方法分别进行S-层蛋白(S-layers pro-tein,SLP)的普查和slp基因的检测。结果表明:在各种乳酸菌中,经SDS-PAGE电泳方法检测,只有植物乳杆菌、嗜酸乳杆菌和其标准菌株的样品中出现膜外蛋白的可疑条带,大小为44～66ku之间,与文献报道的slp基因表达产物大小范围是一致;经PCR方法检测,只有嗜酸乳杆菌和其标准菌株L.acidophilus ATCC4356中扩增出slp基因可疑条带,其大小约为1 300 bp。并对嗜酸乳杆菌slp基因进行克隆、基因序列测序和分析。

华支睾吸虫翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)基因的鉴定及其编码区序列克隆

目的 通过cDNA文库筛选识别华支睾吸虫新基因 ,并将所发现的华支睾吸虫翻译控制肿瘤蛋白 (csTCTP)编码区克隆到原核表达质粒PGEX - 4T - 1和真核表达质粒 pcDNA3上 ,为进一步研究其功能奠定基础。 方法 将插入于 pBlue script质粒上的cDNA进行随机测序 ,在NCBI和ExPasy网站上进行序列分析 ,识别华支睾吸虫新基因 ,并应用Motifsan、Scan prosite等程序对其进行结构域分析。根据PGEX - 4T - 1和pcDNA3上的克隆位点及所发现的csTCTPcDNA编码序列设计引物 ,进行PCR扩增 ,扩增产物回收纯化后克隆到原核表达载体PGEX4T - 1和真核表达载体 pcDNA3上。构建的PGEX4T- 1-csTCTP、pcDNA3-csTCTP重组表达质粒经PCR、双酶切及测序证实。 结果 发现华支睾吸虫新基因———csTCTP ,完整阅读框含 5 10个碱基 ,编码 16 9个氨基酸 ,理论分子量为 19 4 5 96Kd。序列分析表明 ,csTCTP编码氨基酸序列与其它物种有较高的同源性 ,Motifscan及Scanprosite程序发现推导的氨基酸序列具有TCTP保守的完整功能域以及两个典型的TCTP完整标签。所构建的重组原核和真核表达质粒经PCR、双酶切及测序证实与目标基因相符。结论 发现华支睾吸虫翻译控制肿瘤蛋白基因 ,并成功构建原核和真核重组表达质粒。

海洋球石藻Emiliania huxleyi(Prymnesiophyceae)病毒主要外壳蛋白基因的克隆与序列分析

在实验室纯培养条件下,用过滤的海洋球石藻特异性病毒(Emiliania huxleyi virus,EhV)EhV-99B1株感染球石藻(E. huxleyi,Eh),建立病毒与宿主之间稳定的感染体系,病毒裂解滤液经卷式切向流超滤和PEG8000浓缩、CsCl密度梯度离心,获得足量高纯度的病毒颗粒。根据已报道的其它EhV株系主要外壳蛋白(MCP)基因内保守片段设计合成一对特异引物,从EhV-99B1病毒基因组中克隆到了长度约为300bp的病毒外壳蛋白基因保守片段。该片段与pBS-T载体连接后转化Escherichia coli DH5α,对筛选到的阳性克隆进行序列测定与分析。结果表明,该克隆片段与GenBank中EhV163(AF453851)分离株的同源性最高,该区域内的核苷酸与对应推导的氨基酸序列同源性均为100%,证实获得的DNA片段是EhV-99B1的外壳蛋白基因;与EhV203(AF453855)分离株的核苷酸及氨基酸序列的同源性较低,分别为93%和100%。表明该病毒在自然海域中分布广泛并具有一定的多态性,同时在进化上也存在相当的复杂性。因此,MCP基因可以作为一种新的分子遗传标记以区分自然群落中EhV的不同基因型,对于理解海洋球石藻类病毒与宿主之间复杂的相互作用关系将是一个十分有价值的工具。

金银花莽草酸/奎宁酸香豆酰转移酶(LjHCT)基因克隆与序列分析

莽草酸/奎宁酸香豆酰转移酶(HCT)是金银花中绿原酸合成途径的关键酶。本研究利用已经获得的金银花(Lonicera japonica Thunb.)大量表达序列标签(EST)数据,通过cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆获得8条可能的HCT基因cDNA全长序列。通过序列相似性比较、蛋白质理化性质和保守结构域分析确定其中1个基因为金银花HCT(LjHCT)基因。该基因全长1 275个碱基,蛋白质分子量约为47kDa,为进一步研究HCT在绿原酸合成过程中的功能奠定基础。

蒙古绵羊tnp1基因cDNA全编码区的克隆及序列分析

过渡蛋白1基因(tnp1)是圆形精子细胞特异表达的基因。绵羊tnp1基因的DNA序列至今尚未报道。为了开展绵羊圆形精子细胞标记基因的研究,根据其他物种tnp1基因cDNA的保守序列设计引物,从成年蒙古绵羊睾丸中提取总RNA,采用RT-PCR和分子克隆方法,克隆了蒙古绵羊tnp1基因cDNA全编码区。该基因cDNA长246bp,包含一个168bp的ORF,编码含有54个氨基酸的多肽链。DNA序列测定结果与牛的核苷酸序列比对,同源性为94.0%。绵羊tnp1基因的cDNA克隆和序列测定为进一步研究绵羊精子发生过程奠定了基础。

血红密孔菌(Pycnoporussanguineus)漆酶基因的克隆与序列分析

为克隆血红密孔菌 (Pycnoporussanguineus)漆酶基因 ,根据真菌漆酶氨基酸序列保守区设计了 1对简并引物 .以血红密孔菌基因组DNA为模板 ,PCR扩增出长 12 2 7bp的漆酶基因片段 .以此序列为基础 ,通过 5′及 3′RACE技术克隆出漆酶全长cDNA序列 ,序列长为 190 2bp ,其 5′端和 3′端非编码区长分别为 5 1bp和 2 97bp ,开放阅读框长 15 5 4bp ,编码 5 18个氨基酸的蛋白 .该蛋白具有 4个铜离子结合区域 ,预测其相对分子量为 5 6 313 2 ,等电点为 5 5 9,其氨基酸序列与Pycnoporuscinnabarinus漆酶 (lcc3 2 )的同源性最高 ,为 96 % .以该cDNA编码区的两端序列为引物 ,PCR扩增得到漆酶的长度为 2 15 4bp的全长DNA序列 ,序列中包括 10个内含子序列 ,长为 5 2～

一株野鸭源新城疫病毒F基因的克隆及序列分析

根据GenBank中新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的F基因序列设计了1对特异性引物,成功地对其中一株野鸭源NDV的F基因进行了克隆、测序,并推导其氨基酸序列,选择F基因部分片段绘制了遗传进化树。F基因全长1 662 bp,单一的阅读框架编码553个氨基酸,构成的F蛋白上有13个Cys残基位点和6个潜在的糖基化位点,其裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-116R-117F。遗传进化分析表明,该NDV分离株为基因Ⅶ型NDV,与近年来我国家禽中所报道的NDV的基因型相一致。

猪肺表面活性蛋白A的DNA全序列克隆与生物信息学分析

猪肺表面活性蛋白A（Porcine surfactant proteinA，SP-A）是猪肺泡表面活性蛋白中含量最多、最先被发现具有炎症免疫调节功能的表面活性蛋白。本研究利用比较基因组学方法，设计了6对引物进行PCR扩增，克隆测序后进行拼接，获得了长为4037bp猪SP-A基因的全序列（gi：DQ985806）。经生物信息学分析，此序列包含了猪SP-A基因启动子区，含有1个747bp的完整开放阅读框，编码248个氨基酸；预测猪SP-A蛋白理论分子量约为26．37ku，蛋白的等电点为5．20；在1～20位氨基酸可能是信号肽序列；在大约1～20、120～135、145～160位氨基酸存在疏水性区域；跨膜结构分析表明此蛋白所有氨基酸都位于膜表面；并且发现猪SP-A蛋白同人SP-A蛋白一样也含有保守的碳水化合物识别区、胶原样区域和茎区。本结果为进一步对SP-A与猪呼吸道疾病相关性的研究奠定了基础。