快速构建蛋白质结构域克隆库的方法

对蛋白质组学的研究有许多不同的切入方法 .从研究的生物学意义和可行性考虑 ,提出从蛋白结构域入手进行蛋白质组学研究 .SH2 (Srchomology 2 )结构域是细胞信号转导中重要的元件之一 ,人SH2结构域共有约 12 0种 ,对其进行研究将深刻揭示细胞信号转导的规律 .为了得到人所有的SH2结构域序列及克隆 ,首先在公共数据库里检索出了人所有的SH2结构域序列 ,利用国际上现有的共享资源IMAGE(IntegratedMolecularAnalysisofGenomesandTheirExpression)克隆为PCR模板 ,解决了从cDNA文库中难以克隆低丰度结构域的问题 .利用有方向性的TOPO克隆技术提高克隆效率 ,从而快速高效地构建了包括 6 0个SH2结构域的克隆库 .克隆库可以方便地转换到GATEWAY系统具有各种用途的载体上 。

应用16S rDNA克隆文库技术分析陈化烟叶细菌多样性

为较全面地分析陈化烟叶的细菌多样性,利用16S rDNA基因克隆文库技术分析了产自于福建的3个等级处于不同陈化阶段的12个烟叶样品中的细菌组成。采集C/S挑、B22、X21三个等级的陈化烤烟烟叶,陈化时间分别为3、6、12、24个月。实验结果表明,烤烟烟叶在陈化过程中共存在25种细菌,γ-变形菌纲(Gamma-proteobacteria)细菌种类最丰富,含有19种细菌,α-变形菌纲(Alpha-proteobacteria)含有3种细菌,芽孢杆菌纲(Bacilli)含有2种细菌,β-变形菌纲(Beta-proteobacteria)含有1种细菌。在12个烟叶样品中,肠杆菌属(Enterobacter)在8个样品中的比例最高,假单胞菌属(Pseudomonas)在2个样品中比例最高,泛菌属(Pan-toea)和克洛诺菌属(Cronobacter spp.)分别在样品B6和C3中比例最高。在陈化过程中,烤烟叶面细菌组成没有明显的变化规律。

长片段水稻细菌人工染色体DNA的亚克隆文库的构建

利用超声波振断法将水稻细菌人工染色体 (BAC)基因组文库———Nipponbare库中的一个BAC克隆 (E5 0 )振断 ,产生许多大小不同的DNA随机片段 ,回收其中 1 7～ 3 5kb的片段 ,并将这些随机片段克隆入质粒载体pUC18。

NK细胞的定向分化、克隆库建立及其应用

通过以γ射线照射的K562细胞及自身PBMC作为饲养细胞进行NK细胞的克隆化培养,分别建立了IL-4和IL-2依赖的NK细胞克隆,并发现IL-4依赖的NK克隆代表未成熟的NK细胞。探讨了N细胞的分化发育过程及其调控因素。

地中海伞藻叶绿体生物节律基因的分子克隆及限制酶图谱分析

本文用分离纯化的地中海伞藻叶绿体ＤＮＡ，以ｐｃｏｓ２ＥＭＢＬ为载体构建了ｃｏｓｍｉｄ分子克隆库。并用果蝇的与生物节律控制相关的ＤＮＡ顺序为探针，从地中海伞藻叶绿体ｃｏｓｍｉｄ分子克隆库中筛选到一组含有同源顺序的克隆，经印迹杂交和限制酶分析，这些克隆都含有与果蝇生物节律探针强烈同源的ＤＮＡ顺序，且各克隆的限制酶图谱都相互重叠。这一结果表明，在地中海伞藻叶绿体基因组中可能也存在与果蝇相同或基本相同的与生物节律相关的基因，而且这一基因可能位于基因组中单一位置的单拷贝ＤＮＡ，有关此ＤＮＡ表达产物及调控机制的研究正在进行中。

担子菌LMPQ39 Pst Ⅰ片段基因库的构建

担子菌ＬＭＰＱ３９ Ｐｓｔ Ⅰ片段基因库的构建王灿华，吴其威，黄瑞珊，朱章玉，李堃宝（生物技术研究所）关键词担子菌ＬＭＰＱ３９，ＰｓｔⅠ酶切，质粒ｐＢＲ３２２，克隆库中图法分类号Ｑ７５当今的育种工作，除使用常规手段外，主要是从分子水平和细胞水平两个层...

晋南牛瘤胃中古菌分子多样性的研究

采用3对古菌特异性引物扩增瘤胃古菌16SrRNA基因分别建立克隆库来研究晋南牛瘤胃古菌的多样性。每个克隆库随机挑选100个克隆。引物Archf364/1386建立的克隆库中,克隆分为四类,分别与四种甲烷短杆菌1Y(61%)、SM9(23%)、NT7(14%)和AK-87(2%)相似。引物1Af/1100Ar建立的克隆库中,克隆分为两类,分别与Methanobacterium aarhusense(72%)和Methanosphaera stadtmanae DSM3091(28%)相似。引物Met86F/Met1340R建立的克隆库反映的古菌种类较为全面,除以上4种甲烷短杆菌(所占比例分别为47%、26%、11%和3%)外,还有Methanomicrobium mobile(2%)、以及类似Methanobacterium aarhusense(1%)和Methanosphaera stadtmanae(3%)的序列,还有7%的未匹配序列。系统进化分析表明,这些克隆属于Methanobrevibacter、Methanobacterium、Methanosphaera、Methanomicrobium,和未知广域古菌等5个分支。有25类属于广域古菌的未知序列,提示瘤胃中存在大量的未知产甲烷菌。

蓝藻水华消亡对湖泊表层沉积物中氨氧化细菌丰度和群落结构的影响

为探索蓝藻水华消亡对湖泊表层沉积物中氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)的影响,设计了室内沉积物-水微宇宙模拟体系,体系中分别添加野外收集蓝藻和室内培养蓝藻,运用荧光定量PCR和克隆建库等分子生物学方法分析氨氧化细菌的丰度、群落结构和多样性。结果表明:(1)添加蓝藻处理组的氨氧化细菌丰度和群落多样性高于未添加蓝藻的空白对照组;(2)属于亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)的N.oligotropha类群在表层沉积物的氨氧化细菌中占有绝对优势,相对丰度达75%;(3)与空白对照组相比,添加蓝藻处理组的氨氧化细菌中新出现了N.communis和Nitrosospira类群。添加蓝藻会提高沉积物中氨氧化细菌的丰度并增加其群落多样性。

健康妇女及3例细菌性阴道病患者阴道菌群的非培养分析

根据Amsel标准及Nugent标准,确诊筛选健康妇女及细菌性阴道病(bacterial vaginosis, BV)患者各3例。提取其阴道分泌物样本的总DNA,构建16S rRNA基因克隆文库,并对阳性克隆进行ARDRA和测序分析。结果表明,健康妇女样本的基因文库中,分别以卷曲乳酸杆菌(L. crispatus)和惰性乳酸杆菌(L.iners)的克隆子占较大比例,另外存在少量的阴道乳酸杆菌(L. vaginalis)或詹氏乳酸杆菌(L.jensenii)的克隆子。BV患者样本的基因文库中,克隆子所代表的菌种类型明显增多,但均以阴道加德纳氏菌(Gardnerella vaginalis)和阴道阿托波氏菌(Atopobium vaginae)的克隆子占较大比例,且无乳酸杆菌克隆子。说明健康妇女阴道菌群的种类单一,以乳酸杆菌占优势,L.iners为优势菌种之一;BV患者阴道菌群的种类复杂多样,但均以Gardnerella vaginalis及Atopobium vaginae共同占优势。

首次人类基因组图谱完成

法国巴黎Centre d＇Etudes Polymorphisme Humaine(CEPH)和Institut Pasteur以及位于Evry的Genethon的研究人员已完成了第一个人类基因组图谱。在33000兆YACs(酵母人工染色体)里贮存有30亿人类基因组DNA碱基对,即1兆碱基为一个片段,然后。

不同水生植物残体分解过程中真菌群落结构

水生植物是浅水湖泊主要的初级生产者,其分解和矿化过程对于水体营养物质循环具有重要影响。真菌是生态系统中植物残体的主要分解者之一,其在不同水生植物残体分解过程中的群落组成和功能目前尚缺乏系统的研究。本研究通过在完整的沉积物和上覆水体系中添加不同的植物残体,在确定适合的扩增真菌18SrRNA基因特异性引物的基础上,通过构建克隆文库以及序列分析,研究了水体和表层沉积物在不同水生植物残体分解过程中的真菌群落组成。结果显示,引物对nu-SSU-0817/nu-SSU-1536和nu-SSU-0817/nu-SSU-1196更适合扩增真菌18SrRNA基因;水体中的真菌类群主要是担子菌(Basidiomycota),而表层沉积物中主要是壶菌(Chytridiomycota)。统计分析显示,水体和表层沉积物中真菌群落结构存在明显差异。本研究有助于进一步认识真菌在水生植物残体分解过程中的功能和生态位分化。