利用培养和免培养方法研究红壤的真菌多样性

利用培养和免培养方法研究了一个云南红壤的真菌多样性。扩增的18S rRNA基因片段经过RsaⅠ、HinfⅠ、HaeⅢ三种限制性内切酶消化后,培养方法共获得16种限制性酶切长度多态类型(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP),而免培养方法仅获得了12种RFLP类型。每个代表类型经DNA测序及系统发育分析表明,免培养方法得到的真菌全部属于子囊菌门。优势物种与Aspergillus niger类似,占免培养真菌的40.9%。其次是Penicillium属和Paecilomyces属真菌,分别占免培养真菌的18%和17%。此外,有13个克隆仅和环境克隆具有较近的亲缘关系。培养方法获取的真菌包括Ascomycota门(11.5%)、Zygomycota门(86.5%)以及Basidiomycota门(1.9%)真菌,优势克隆来自Mortierella属,占全部培养克隆的55.8%,有21.2%的序列与Absidiaglauca相似。两种方法观察到的真菌物种完全不同。

基于免培养的微生物群落多样性研究方法概述

微生物群落多样性问题已成为现在的研究热点.有关微生物群落多样性的研究方法由最初的传统培养方法、生化鉴定、分子测序逐渐发展为免培养方法.通过对免培养方法进行概述,并对各类方法的优缺点进行简单阐述.免培养方法主要分为两类:一类是不基于微生物总基因组DNA的分析方法;另一类是基于微生物总基因组DNA的分析方法.目前研究微生物群落多样性主要采用高通量测序技术.

拜城盐山免培养放线菌多样性研究

[目的]研究新疆拜城盐山高盐环境中的放线菌多样性,为今后的开发和利用奠定基础。[方法]应用基于16S rRNA基因序列的免培养技术和系统发育分析方法对拜城盐山样品中的放线菌多样性进行研究。采用SDS-CTAB方法提取样品中的总DNA,利用特异性引物扩增样品DNA中的放线菌16S rRNA基因,并构建放线菌16S rRNA基因克隆文库;通过比较酶切图谱,挑选克隆文库中的代表克隆,进行序列测定和BLAST比对分析。[结果]构建的放线菌克隆文库共包含216个放线菌克隆。克隆序列经过BLAST比对分析,放线菌亚纲中的克隆有171个,占总克隆数的79.2%。酸微菌亚纲45个克隆,占总克隆数的20.8%,与GenBank中已知的微球菌16S rRNA基因序列最大相似度小于92%,是酸微菌亚纲中新的类群。优势放线菌为放线菌亚纲棒杆菌亚目诺卡氏菌科(Nocardiaceae)的红球菌属(Rhodococcus),占克隆总数的51.9%。有24.5%的序列与已有效发表菌株的序列相似性小于97%,部分序列形成了几个独立的进化分支,可能代表着放线菌新的类群。[结论]拜城盐山存在着较为丰富的放线菌种类,并且潜藏着新类型的放线菌资源。

硝尔库勒湖沉积物中非培养放线菌多样性

【目的】认识和了解盐湖沉积环境中放线菌的多样性,为今后的开发和利用奠定基础。【方法】应用免培养技术和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对新疆硝尔库勒盐湖沉积物中放线菌的多样性进行了研究。实验采用SDS-CTAB法提取土样中总DNA,利用放线菌特异性引物对土样总DNA进行16S rRNA基因扩增,并构建16S rRNA基因克隆文库;对随机挑选的160个克隆通过酶切筛选出51个不同图谱的重组克隆,并对其测序。【结果】所获得的51个克隆序列属于39个OTUs,其中52.9%的克隆序列分布于放线菌门(phylum Actinobacteria)放线菌亚(Actinobacteridae)的5个亚目和酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)中,并且在这两个亚纲中有大量克隆序列属于放线菌的新类群,另外47.1%的克隆序列以极高的自展值在放线菌门内支持形成一个独立的大分支,极有可能代表一个新亚目或更高级分类单元的类群。【结论】这些研究结果说明硝尔库勒盐湖中存在有较为丰富的放线菌系统发育多样性,并且潜藏着新类型的放线菌资源。

新疆红井子盐碱土壤非培养放线菌多样性

【目的】研究新疆红井子盐碱土壤中的放线菌物种多样性。【方法】应用基于16S rRNA基因序列系统发育分析的免培养方法进行放线菌物种多样性分析。利用放线菌特异性引物,以土壤样品总DNA为模板,扩增16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库,并对文库中的插入序列进行RFLP分析。【结果】随机挑选的246个阳性克隆通过酶切筛选出61个不同图谱的重组克隆并测序。分析结果显示这61个克隆序列分属于42个OTUs,分布于放线菌纲(Actinobacteria)的放线菌亚纲(Actinobacteridae)、酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)和红色杆菌亚纲(Rubrobacteridae);该环境中有71.4%的序列与已有效发表菌株的序列相似性小于97%,代表着放线菌新类群,其中部分序列形成了几个独立的进化分支,可能代表更高级的新分类单元。【结论】红井子土壤中的放线菌组成具有丰富的多样性,并有新放线菌分类单位的潜在资源,值得进一步进行开发研究。

艾丁湖沉积物放线菌多样性

【目的】为了研究新疆艾丁湖低海拔、高盐环境中的放线菌多样性。【方法】本研究应用基于16S rRNA基因序列系统发育分析的免培养方法和选择性分离培养方法相结合的方式对艾丁湖沉积物样品进行放线菌多样性分析。利用放线菌特异性引物扩增16S rRNA基因并构建了16S rRNA基因克隆文库,对文库中的插入序列进行RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism限制性片段长度多态性)分析。采用不同盐浓度的9种选择性培养基分离样品中的放线菌。【结果】通过对16S rRNA基因克隆文库分析,273个克隆分布于放线菌纲(Actinobacteria)的放线菌亚纲(Actinobacteridae 208个)、酸微菌亚纲(Acidimicrobidae 13个)和红色杆菌亚纲(Rubrobacteridae 52个)。该环境中优势放线菌为微球菌科的罗斯氏菌属(Rothia),占到克隆总数的37%。有45.8%的序列与已有效发表菌株的序列相似性小于97%,部分序列形成了几个独立的进化分支,可能代表着放线菌新的类群。通过分离培养,共得到55株放线菌,分布在放线菌目的6个亚目中,以链霉菌属(Streptomyces)和拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)为主要类群。有6株菌的16S rRNA基因序列与已有效发表菌株的序列相似性小于97%,为潜在的放线菌新分类单元。【结论】研究表明,艾丁湖中的放线菌具有较高的多样性,并蕴藏着多种新类型,有进一步研究价值。

新疆于田盐池放线菌群落结构

应用免培养技术和基于16SrRNA基因序列的系统发育分析对新疆于田盐池土壤放线菌群落结构进行研究。结果表明,41个克隆序列属于26个OTUs,分别分布于放线菌门放线菌亚纲(Actinobacteridae)的7个亚目和酸微菌亚纲(Acidimicrobidae),其中链孢囊菌亚目(Streptosporangi-neae)中放线菌组成丰富,占到了全部挑选克隆的42.3%,是于田盐池放线菌群落中的优势菌,而链霉菌不是高盐环境放线菌的优势菌群。在这些克隆序列中有71.8%的克隆序列同已知序列的相似性低于97%,属于放线菌的新类群,这些可能的新类群中有15.3%的克隆序列与已知菌株的相似性小于85%,这些克隆序列的分类地位都在科一级的分类单元上,有的可能分类地位更高。这些研究结果说明于田盐池中存在有较为丰富的放线菌系统发育多样性,并且潜藏着新类型的放线菌资源。另外,由于微生态效应的存在,不同高盐环境之间放线菌群落也存在明显差异。