PRRSV类NADC30毒株免提取核酸荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为了建立简便、快速检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)类NADC30毒株免提取核酸荧光定量RT-PCR方法,试验根据GenBank中PRRSV类NADC30毒株NSP2基因设计引物和探针,建立了直接对样品中PRRSV类NADC30毒株检测的荧光定量RT-PCR方法。对该方法的敏感性、特异性和重复性进行评估,并对临床样本进行检测。结果表明:建立的PRRSV类NADC30毒株免提取核酸荧光定量RT-PCR方法的扩增体系(20μL)为2×PrimeDirect Probe RT-qPCR Mix 10μL,PRRSV类NADC30毒株液1μL,NADC30-F(15μmol/μL)0.8μL,NADC30-R(15μmol/μL)0.8μL,NADC30-P(15μmol/μL)0.4μL,灭菌纯化水7μL。扩增程序为90℃3 min;60℃5 min;95℃5 s, 54℃20 s (收集荧光信号,选择FAM通道),40个循环。该法特异性好,对其他猪常见病原无交叉反应。对PRRSV类NADC30毒株液的最低检测限度为3.98 TCID_(50)/100μL,与传统提取核酸的荧光定量RT-PCR检测方法敏感性一致。不同病毒含量样本组内和组间变异系数均不高于2%,具有良好的重复性和稳定性。临床样本检测结果与传统荧光定量RT-PCR方法检测结果一致。说明建立的PRRSV类NADC30毒株免提取核酸荧光定量RT-PCR检测方法特异性好、敏感性高,具有良好的重复性和稳定性,可用于PRRSV类NADC30毒株的临床检测。

3型腺病毒免提取核酸重组酶介导的等温扩增实时荧光检测方法的建立及应用

目的 建立3型腺病毒(human adenovirus 3,HAdV-3)免提取核酸的重组酶介导的等温扩增(recmbinase acid amplification,RAA)实时荧光检测方法。方法 根据HAdV-3基因保守序列分别设计1对引物和1条探针,通过对免提核酸的条件摸索和优化,建立1种免提取核酸,重组酶介导的等温扩增实时荧光检测方法;通过对培养的毒株进行系列稀释,免提取核酸分析该方法的灵敏度;通过检测其他呼吸道病毒的原始样本,评价该方法的特异性;并检测HAdV-3临床样本,与传统的提核酸实时荧光定量PCR方法进行比较。结果 本研究建立的免提取核酸实时荧光RAA方法对10倍系列稀释的HAdV-3毒株进行检测,和实时荧光定量PCR方法相比,灵敏度相当,对应的最低浓度稀释样本的Ct值为36.87,对常见其他型别的呼吸道病毒检测无交叉反应。两种方法对56例HAdV-3阳性临床样本同时检测,结果完全一致。结论 本文首次报道了免提取核酸的实时荧光RAA检测HAdV-3的方法,该方法具有较高的灵敏度和特异性,适合应用于临床实验室及基层单位快速检测HAdV-3。

3种免核酸提取PCR试剂盒检测乙型肝炎患者血清中HBV DNA的比较

目的比较3种免核酸提取PCR试剂盒检测乙型肝炎患者血清中乙型肝炎病毒(HBV)DNA的灵敏度和特异度,初步探讨其用于HBV DNA检测的临床价值。方法用3种免核酸提取PCR试剂盒分别检测30例慢性乙型肝炎患者及30例阴性参比血清标本中的HBV DNA,以荧光定量PCR结果为标准,比较3种试剂检测灵敏度和特异度。结果 3种试剂盒的HBV DNA阳性检出率分别为93.3%(28/30)、96.7%(29/30)、100%(30/30);3种试剂检测HBV阴性的特异度均为100%;3种试剂检测灵敏度A公司为103 IU/mL,B、C公司均为102 IU/mL。结论使用免核酸提取PCR试剂检测HBV快速、简便、高效,可用于临床HBV DNA快速检测。

非洲猪瘟病毒免提取核酸荧光定量PCR检测方法的建立

根据非洲猪瘟病毒(ASFV)保守的VP72基因序列,设计特异性引物和探针,经过优化反应体系中各组分及反应条件,建立了直接检测样品中ASFV的荧光定量PCR方法,并分析该方法的特异性和敏感性。结果显示,该直扩荧光定量PCR方法只对ASFV有特异性扩增,对其他几种相似疾病病原的灭活抗原,如猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒、猪圆环病毒、口蹄疫病毒、印第安纳型水泡性口炎病毒、新泽西型水泡性口炎病毒、猪流行性腹泻病毒等检测均呈阴性。敏感性试验结果显示,对10倍梯度稀释的非洲猪瘟病毒灭活抗原的检测敏感性可达1×10^-6,与OIE推荐的传统的荧光PCR的检测敏感性相当。3个ASFV稀释度样品的组内和组间重复的变异系数均小于5%。该方法无须提取核酸,可在60 min内完成对样品的检测,检测快速、灵敏,结果准确,结合便携式荧光PCR仪,为野外或现场的非洲猪瘟病毒快速检测提供了一种切实可行的方法。

一种免核酸提取HBV-DNA荧光定量PCR试剂盒临床应用价值的评估

目的评估一种全新的免核酸提取的荧光定量PCR试剂检测HBV-DNA的临床应用价值。方法通过随机检测62例临床血清样品,比较免核酸提取和核酸提取两种试剂HBV-DNA扩增结果的一致性、灵敏度和相关性。结果两种HBV-DNA荧光定量试剂阴阳结果符合率为100%;HBV-DNA定量结果无显著差异(t=1.006,P>0.05);免核酸提取法不同浓度梯度相关系数r=-0.9999(P<0.001);灵敏度为4×102IU/ml,CV<6%。结论该免核酸提取HBV-DNA荧光定量PCR试剂扩增效率、线性关系和重现性良好,具有潜在的临床应用价值和发展前景。

基于免核酸提取可视化RT-LAMP快速检测黄瓜绿斑驳花叶病毒

本文基于逆转录环介导恒温扩增(RT-LAMP)技术建立葫芦科作物中黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)免核酸提取的可视化快速检测方法。根据CGMMV全基因组序列,筛选保守区域并设计特异性RT-LAMP检测引物。通过荧光扩增方法(加SYTO-9)和可视化方法(加钙黄绿素),开展RT-LMAP特异性、灵敏度和重现性试验分析。结果表明,优化筛选的引物组可以特异性地检测CGMMV,检测灵敏度达到4.21×10^(3) fg/μL,组内和组间变异系数均小于5%,重现性好。对瓜类作物田间种苗、植株叶片及市售种子等103份样品进行检测及一致性分析,表明该方法与基于RNA提取RT-LAMP、荧光RT-qPCR及免疫测试条检测结果之间的Kappa值均为1.0(1~1,95%置信区间),具有很好的一致性。基于免核酸提取的可视化RT-LAMP快检方法成为适合现场快速检测的理想选择,对于CGMMV危害葫芦科作物的田间监测以及疫情防控具有广泛的推广应用前景。

免提取冻干式百日咳鲍特菌核酸检测方法建立及应用

目的本研究建立快速、便携、特异、敏感的百日咳鲍特菌实时定量PCR(Q-PCR)核酸检侧方法,并初步探索在呼吸道感染患者中百日咳鲍特菌(Bordetella pertussis)检测的应用价值。方法靶基因采用IS481基因,优化反应试剂实现免核酸提取直接扩增,对体系进行冻干处理,简化操作步骤。并对所收集得到的上呼吸道感染者的咽拭子标本进行检测评价。结果本检测体系检出限达到100copies/mL,227例急性上呼吸道感染者的咽拭子标本中,其阳性检出率为3.96%。结论成功建立了高敏感、简便、快速的百日咳核酸检测方法,为百日咳诊断提供了新手段。

免核酸提取法与煮沸裂解法对HBV-DNA提取后荧光定量PCR检测结果的影响比较

目的:探究在检测乙型肝炎时,比较免核酸提取法和煮沸裂解法对乙型肝炎病毒DNA提取及使用荧光定量PCR检测结果的影响。方法:选取2015年6月至2017年3月在乙肝防治示范区医院就诊的156例慢性乙型肝炎患者,随机分为对照组(煮沸裂解法)和观察组(免核酸提取法),检测两组的检出率,并分析重复性与相关性。结果:通过对比,观察组的检出率(89.74%,70/78)与对照组(71.79%,56/78)相较,显著升高,差异明显(P<0.05);比较两组的相关性,相关性良好(线性相关,r=0.992);比较两组的重复性,观察组的重复性更好。结论:针对乙型肝炎病毒核酸的提取,免核酸提取法的检出率较高,准确性较高,重复性好,结果稳定,对乙型肝炎病毒的诊断和治疗有很高的临床价值。

三种免核酸提取PCR试剂盒检测乙肝患者血清HBV-DNA的临床对比研究

目的针对乙型肝炎病毒的检测,选取3种免核酸提取PCR试剂盒,研究其临床应用价值。方法采集24例乙型肝炎患者血清以及24例阴性血清标本,分别用3种免核酸提取PCR试剂盒进行检测,对比这3种试剂盒的检测灵敏度以及特异性,检测结果以荧光定量PCR结果为标准。结果针对24例乙型肝炎患者血清检测,结果发现,3种免核酸提取试剂盒中,购自C公司的Mighty Amp试剂盒阳性检出率最高,达到95.83%;3种试剂盒检测下的阳性结果经RT-PCR检测,均为阳性。另外,检测24例阴性参比血清,结果显示均为阴性。3种试剂盒阳性检出率相比差异无统计学意义(P>0.05)。结论免核酸提取PCR试剂盒应用于乙型肝炎病毒的检测,方便快捷、特异性强、灵敏度高。

芯片电泳在免核酸提取PCR产物分析中的应用

目的探讨两种免核酸提取试剂联合应用DNA芯片电泳是否能快速、准确地用于新德里金属酰胺酶(NDM-1)阳性细菌的鉴定,了解该联合检测方法在流行病病原体快速鉴定中的应用价值,为流行性病原体的快速鉴定提供便捷手段。方法取1个(或0.1个)麦氏单位NDM-1(+)菌液加入免核酸提取试剂后直接进行PCR扩增,扩增产物用自制的芯片电泳进行产物分析,通过样品迁移时间与标准品比较精确计算出目的基因片段长度并大致推算产物的含量。结果两种免核酸提取试剂联合芯片电泳分析技术能快速、准确、高效地扩增出新德里金属酰胺酶NDM-1(+)细菌的目的基因片段,尤其湖南某厂家的试剂灵敏度更高。结论该联合检测方法在流行病尤其是突发性病原体的快速鉴定、监测中具有潜在的临床应用价值。

一种猪伪狂犬病毒野毒株快速检测方法的建立与应用

一种快速检测猪伪狂犬病毒gE基因的实时荧光定量PCR检测方法,根据gE基因序列设计一对引物与探针能区分PRV野毒株与疫苗株,并且不与猪细小病毒、猪繁殖与呼吸综合征、猪圆环2型病毒、猪瘟病毒、猪圆环1型病毒反应,具有很高的特异性,灵敏度可达到1×10拷贝/μL,具有很好的重复性,采用核酸免提缩短实验周期,给早期快速诊断及定量分析PRV野毒株感染提供有利条件。

新型冠状病毒一步法可视化恒温快速检测方法的建立

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染导致急性或致命性肺炎,该病毒是继严重急性呼吸系统综合征病毒(SARS-CoV)和中东呼吸系统综合征病毒(MERS-CoV)之后发现的又一由动物传染给人且能够人传人的冠状病毒。为快速确诊感染SARS-CoV-2的人和动物,急需建立一种快速高效的检测方法。本研究根据GenBank公布的SARSCoV-2全基因组序列,利用LAMP Desiner2.0软件筛选高效且特异性强的组合环引物和Bst 4.0 DNA聚合酶的扩增特性,即依赖RNA为模板进行DNA合成,建立一种高效、快速、灵敏检测SARS-CoV-2的方法。结果表明,该方法实现了5~20拷贝的病毒RNA检测目标,并可直接检测灭活病毒。因此,临床样本无需RNA提取,经灭活处理后即可进行样品检测。扩增后的核酸分子与OG(Orange-Green)染料结合,阳性样品为绿色,阴性样品为橙黄色。本研究建立的SARS-CoV-2一步法可视化恒温快速检测方法,实现了核酸快速检测,且具有高灵敏度,为SARS-CoV-2检测提供了新的方法选择。