乙型肝炎病毒PreS1蛋白与初期多肽相关复合体α亚单位特异性结合的研究

目的探讨乙型肝炎病毒(HBV)PreS1蛋白与人类初期多肽相关复合体α亚单位(nascent-polypeptide-asso-ciated complex alpha polypeptide,NACA)之间的结合作用。方法采用交合实验验证PreS1蛋白和NACA在酵母细胞内的结合作用,利用离体结合实验证实二者在体外的结合作用,免疫共沉淀实验证实二者在哺乳动物细胞中的特异性结合。结果携带NACA基因的酵母同携带preS1基因的酵母交合后发生反应,LacZ活性检测菌落呈现蓝色,离体结合实验Western印迹中出现特异性结合活性反应条带,提示PreS1蛋白和NACA在体外存在直接相互作用,免疫共沉淀实验在13×103处出现蛋白条带,提示在哺乳动物细胞水平仍能检测到PreS1蛋白和NACA的特异结合。结论NACA与PreS1蛋白在酵母细胞和哺乳动物细胞中均存在特异性结合,推测NACA可能通过与PreS1蛋白的结合影响病毒黏附及反式激活等过程。

转录因子THAP1在人肺泡Ⅱ型上皮细胞中结合靶基因的谱系分析

目的 :确定转录因子THAP1的靶基因,为新生儿肺损伤的治疗寻找新策略。方法 :利用THAP1抗体进行染色质免疫共沉淀实验(chromatin immuno-precipitation,Ch IP),将富集到肺泡Ⅱ型上皮细胞来源的肺腺癌细胞A549上的DNA样品进行高通量测序,对得到的核苷酸序列进行生物信息学分析。结果:共得到20 417个THAP1结合位点的核苷酸序列片段,对应9 688个结合的靶基因,THAP1结合的主要区域分布在基因间区、内含子区和启动子区。其中包含1 051个基因的启动子区。将THAP1结合于启动子区的基因进行基因功能(gene ontology,GO)注释,表明THAP1参与包括蛋白质二聚化、同源蛋白质结合、蛋白质磷酸化调节、类固醇激素受体的激活等多种细胞生物学过程。THAP1结合的基因主要涉及9个代谢路径,以胞吞作用、多糖降解、硫酸软骨素或硫酸皮肤素的生物合成等路径为主。结论:初步确定了转录因子THAP1在肺泡Ⅱ型上皮细胞中的靶基因结合序列,提示THAP1广泛参与了多种生物学过程,为研究THAP1的功能及作用机制研究提供了线索,从而为新生儿肺损伤的治疗奠定了基础。

利用ChIP技术研究SAF基因编码区组蛋白修饰变化

目的:探讨血清淀粉样蛋白A转录激活因子(serum amyloid A-activating transcription factor,SAF)编码区外显子e4A和e4B区域的组蛋白表观遗传学信息,为进一步研究SAF自身的转录调控机制和该基因转录与前体mRNA剪接的关系奠定基础。方法:利用染色体免疫共沉淀实验(Ch IP)分析SAF基因编码区组蛋白修饰的变化。首先收集LPS刺激不同时间的THP-1细胞,终浓度为1%甲醛交联蛋白质和DNA,利用超声波将其染色体随机断裂成适当大小的片段,选用Ch IP级别兔多克隆抗组蛋白H3抗体、兔多克隆抗组蛋白H3K36三甲基化抗体、兔多克隆抗组蛋白H3K9单甲基化抗体和兔多克隆抗RNA聚合酶II CTD重复区5号丝氨酸磷酸化抗体实验,以富集得到的DNA样品为模板进行半定量PCR和定量q PCR分析。结果:LPS刺激作用下SAF基因编码区组蛋白H3富集信号减弱、外显子e4A区域单个核小体上H3K9单甲基化(H3K9me1)水平减弱、H3K36三甲基化(H3K36me3)修饰富集水平增加、RNA pol II CTD重复序列第5号丝氨酸磷酸化水平降低。结论:LPS刺激导致SAF基因编码区组蛋白H3离散,该区域核小体解散、凝聚的染色体重塑呈开放构象;含SAF编码区基因信息的DNA暴露,利于RNA pol II转录延伸。

HIV-1 Tat对细胞周期蛋白的影响

目的研究HIV-1 Tat对细胞周期蛋白(cyclinB1)的影响。方法利用人横纹肌肉瘤细胞(TE671)及已转染tat基因的TE671细胞(TT2)细胞系;通过Western印迹检测辐射前后CyclinB1表达变化;使用Northern-Blot及半定量RT-PCR,分析cyclinB1在mRNA水平表达;放线菌酮阻断蛋白合成实验及免疫共沉淀实验检测cyclinB1的稳定性。结果细胞在接受电离辐射和未接受照射情况下,cyclin B1的表达在转染tat基因细胞中明显增强,Tat蛋白不影响cyclinB1在mRNA水平的表达;放线菌酮阻断蛋白合成实验及Tat蛋白诱导细胞电离辐射后泛素化实验均表明,cyclinB1表达水平的增强主要发生在蛋白质合成后的修饰。结论 HIV-1 Tat蛋白能提高Cyclin B1的稳定性,降低CyclinB1泛素化水平;该项研究也许有助于利用分子生物学手段,干预Tat蛋白的表达以调控CyclinB1及相关蛋白的表达,进而改变肿瘤细胞周期的进程,影响临床的疗效。

乙肝病毒X与Tab1蛋白相互作用的体内外验证

目的：借助实验室前期质谱分析技术和数据分析研究基础,采用免疫共沉淀（Co-IP）和蛋白质沉降实验（GST pull-down）验证HBV X蛋白与Tab1蛋白的相互作用,为进一步研究HBx在HBV慢性感染致癌机制中的作用提供一定的实验依据。方法：成功构建pGEX-2TK-GST-HBx质粒,对GST-HBx融合蛋白进行诱导表达,与GST-beads结合孵育,构建pcDNA3.1/myc-His（-）BTab1,转染293T细胞使其表达,然后GST pull-down体外试验验证二者的相互作用;构建pcDNA3.1/myc-His（-）B-Tab1和pcDNA3.1-3×flag-HBx真核表达质粒,共转染293T和HepG2细胞使其表达,通过Co-IP实验验证抗Myc抗体可以将HBx从细胞裂解液中沉淀下来,证实了它们在两种细胞系中存在相互作用。结果：显示了HBx和Tab1在体内外条件下能够发生相互作用,为进一步明确HBV X蛋白功能及作用机制奠定基础。