基于经皮冠状动脉介入治疗术后支架内再狭窄的免疫相关基因及免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的:筛选支架内再狭窄(ISR)中差异表达的免疫相关基因(DEIRGs),分析ISR中免疫细胞浸润情况,并阐明ISR发生发展的机制。方法:由基因表达数据库(GEO)下载GSE46560数据集样本mRNA基因表达数据,分为ISR组与非ISR(non-ISR)组。采用R软件“Limma”包筛选出差异表达基因(DEGs)并与免疫相关基因(IRGs)交集获得ISR中DEIRGs。采用R软件进行DEIRGs的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,采用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,以Cytoscape软件可视化并计算核心基因(Hub基因)。绘制Hub基因的受试者工作特征(ROC)曲线,计算ROC曲线下面积(AUC),并评价其诊断价值。采用CIBERSORT软件分析ISR中免疫细胞浸润情况,Pearson相关分析法分析免疫细胞间及其与关键基因之间的相关性。结果:共鉴定出331个DEGs(P<0.05,|log_(2)FC|>1),其中176个基因表达上调,155个基因表达下调,获得38个DEIRGs。GO功能富集分析,在生物过程(BP)中DEIRGs主要富集在防御反应、免疫反应和免疫系统;在细胞组分(CC)中DEIRGs主要定位于胞外区和细胞质膜等;在分子功能(MF)中主要参与调控信号受体结合和细胞因子受体活性等。KEGG信号通路富集分析,ISR中DEIRGs主要富集于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)和转化生长因子β(TGF-β)等信号通路。PPI网络,前10位Hub基因中CD19具有最高节点。与non-ISR组比较,ISR组样本中CD19 mRNA表达水平明显升高(P<0.05)。CD19 mRNA表达的ROC曲线中AUC值为0.92(P<0.05)。免疫细胞浸润分析,与non-ISR组比较,ISR组患者滤泡辅助性T淋巴细胞(Tfh)浸润水平升高(P<0.05),初始B淋巴细胞、 CD8+T淋巴细胞、幼稚CD4+T淋巴细胞和M0巨噬细胞等浸润水平升高,但差异无统计学意义(P>0.05),记忆性B淋巴细胞、活化性记忆CD4+T淋巴细胞、调节性T淋巴细胞、静息性自然杀伤(NK)细胞、活化性NK细胞、单核细胞、静息性肥大细胞和中性粒细胞等浸润水平降低,但差异无统计学意义(P>0.05)。Tfh与M0巨噬细胞和静息肥大细胞等呈正相关关系(r=0.88,P<0.05;r=0.68,P<0.05),与单核细胞和中性粒细胞呈负相关关系(r=-0.49,P<0.05;r=-0.42,P<0.05)。结论:CD19可能通过调控PI3K-AKT信号通路激活影响Tfh和B淋巴细胞,促进ISR的发生发展。CD19可作为诊断ISR的生物标志物。

中国伊氏锥虫不同虫株免疫抗原差异性试验

中国伊氏锥虫不同虫株免疫抗原差异性试验１）周金林沈杰王云飞周勇志石滨海（中国农业科学院上海家畜寄生虫病研究所２００２３２）伊氏锥虫在长期进化过程中，形成众多虫株，在进行免疫诊断时，用某株锥虫制成的抗原对其他株锥虫病的特异性不相同。王祥生等（１９８８）...

猪繁殖与呼吸综合征病毒强弱毒株感染对仔猪免疫机能影响的差异

20日龄猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)阴性健康仔猪滴鼻感染猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)Hn-1/06强毒株和BJ-4弱毒株,于接种后0、5、11、18、30、405、0 d无菌采血,制备血清和分离白细胞,并在感染猪发病死亡或第50天后分别剖杀取各器官组织。经RT-PCR方法检测,强弱毒株在血清、白细胞和各组织器官内分布基本一致;经ELISA方法和免疫荧光抑制试验及IFA流式细胞术检测,强弱毒株感染均诱导机体产生抗N蛋白抗体,强毒株的抗N蛋白抗体产生早于弱毒株;强毒株感染未能诱导产生中和抗体,弱毒株感染后第30天诱导产生了较低水平的中和抗体,随后逐步升高;在整个感染过程中,强毒感染猪CD3+T淋巴细胞及CD4+和CD8+T淋巴细胞亚群均下降,CD4+/CD8+比值远远小于对照组,弱毒感染猪CD3+T淋巴细胞及CD4+和CD8+T淋巴细胞亚群先下降,40 d后逐渐恢复正常水平,CD4+/CD8+比值先下降,11 d后开始逐步上升,18 d后超过对照组,近50 d恢复到正常水平。结果说明,在强毒株感染过程中,细胞免疫被抑制,不能产生有效的体液免疫,导致病毒快速增殖复制;在弱毒株感染过程中,细胞免疫和体液免疫先被抑制,后免疫功能逐步恢复正常水平,使体内病毒进一步被清除。

3株巨型艾美耳球虫免疫原性差异株未孢子化卵囊蛋白的SDS-PAGE分析

利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术(SDS-PAGE)比较分析了3株巨型艾美耳球虫免疫原性差异株未孢子化卵囊可溶性蛋白。结果显示,尽管所用的3株巨型艾美耳球虫在免疫原性上存在不同程度的差异,但3株巨型艾美耳球虫未孢子化卵囊可溶性蛋白的SDS-PAGE电泳图谱相似,至少有8条带,各带主次分明,其中有2条明显主带,分子量分别为42 000和39 000,还有3条较明显主带,分子量为36 000、26 000和22 900,其他可见带分别为109 800、86 900和62 800。结果表明SDS-PAGE电泳不能检测出E.maxima免疫原性差异株未孢子化卵囊可溶性蛋白的差异。

SD大鼠老龄化过程中外周血及免疫细胞表型的性别差异研究

目的比较分析不同月龄SD大鼠外周血和免疫器官的免疫细胞分型指标性别差异。方法选用12月龄SD大鼠和2月龄SD大鼠,雌雄各半,检测外周血细胞计数及分类、脏器指数、外周血和脾免疫细胞分型、脾T细胞P16表达量,并对结果进行性别差异比较。结果年轻大鼠的各项检测指标未见性别差异。外周血计数与分类结果显示,与青年大鼠比较,老年雌性大鼠白细胞下降;老年雄性大鼠和老年雌性大鼠红细胞上升,两项指标均具有性别差异;老年雄性大鼠和老年雌性大鼠均表现为中性粒百分比上升、淋巴细胞百分比下降、嗜酸性粒细胞百分比升高,未见性别差异;外周血其他指标未见明显改变。老年雌性大鼠胸腺指数低于老年雄性大鼠;老年雄性大鼠脾指数升高,并高于老年雌性大鼠。外周血免疫细胞流式分析结果显示,老年雌性大鼠辅助T细胞、调节T细胞和细胞毒性T细胞上升;老年雌性大鼠B细胞下降;老年雄性大鼠自然杀伤细胞升高;这几项指标均具有性别差异。脾淋巴细胞分型结果显示,老年雌性大鼠CD3+升高,CD45RA+下降。脾T细胞P16表达量老年大鼠P16均升高,未见性别差异。结论本研究各项指标在青年组大鼠未见性别差异,老年大鼠在外周血白细胞、红细胞计数,中性粒、单核细胞百分比;免疫脏器指数;免疫细胞分型分析中调节T细胞,细胞毒T细胞,自然杀伤细胞,B细胞,CD3阳性细胞等指标改变均存在性别差异。提示老年大鼠的免疫系统的内稳态(homeostasis)平衡失调,在老年性改变中的一些指标出现性别差异。本研究结果为研究老年疾病及衰老动物模型提供了性别对老龄化影响的基础数据。

雌雄小鼠胸腺和脾脏的免疫比较

[目的]探讨雌雄小鼠之间存在的免疫差异。[方法]以8周龄的雌雄小鼠为研究对象,测量雌雄小鼠的胸腺和脾脏质量及其脏器指数的大小;通过HE染色观察雌雄小鼠胸腺和脾脏的组织形态学变化;利用流式细胞术分析胸腺和脾脏中CD3、CD4、CD8和CD19各淋巴细胞的百分含量。[结果]雌性小鼠的胸腺质量和胸腺指数均大于雄性小鼠(P<0.05);雌性小鼠的脾小体的形态结构比雄性小鼠更完整;雌性小鼠胸腺的CD4+CD8+双阳性细胞百分含量高于雄性小鼠(P<0.01),CD4-CD8-双阴性细胞百分含量低于雄性小鼠(P<0.05),CD4+和CD8+单阳性细胞百分含量明显低于雄性小鼠(P<0.01)。[结论]雌雄小鼠之间存在着免疫差异,特别是胸腺方面差异更明显。

基于GEO数据库筛选慢性乙型病毒性肝炎患者对干扰素α治疗无应答相关的关键免疫基因和通路

目的基于GEO数据库筛选接受干扰素α(IFN-α)治疗的慢性乙型病毒性肝炎(CHB)患者中应答者(Rs)和无应答者(NRs)之间差异表达的免疫基因,以探索IFN-α治疗CHB失败的分子基础。方法从GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE27555,包含6例Rs和7例NRs。使用R软件筛选Rs和NRs肝脏组织的差异表达基因,再从免疫相关基因数据库ImmPort下载包含1793个基因在内的标志性免疫基因集,提取差异表达基因中的免疫基因,获取差异免疫基因。再对差异免疫基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析。通过STRING在线分析工具构建差异免疫基因的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,进一步利用Cytoscape软件中的Cytohubba插件对差异免疫基因按Degree、MCC、MNC、Closeness算法计算评分位于前10的基因,再取交集,得到枢纽基因(Hub基因)。结果从Rs与NRs间共筛选出差异免疫基因88个,其中上调基因13个,下调基因75个。GO分析发现,这些差异免疫基因主要涉及的生物过程包括T细胞活化、细胞趋化性、细胞-细胞粘附的调节、抗原加工和提呈等方面。KEGG分析显示,这些差异免疫基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、Th细胞分化、抗原加工和提呈、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用、趋化因子信号通路、T细胞受体信号通路、IL-17信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、Toll样受体信号通路等免疫应答信号通路中。在PPI网络中通过不同算法筛选出的7个共同的Hub基因分别为CD8A、I FNG、CCL2、CCL5、CXCL10、CCL4、FCGR3A。结论利用生物信息学方法分析了Rs与NRs之间的差异免疫基因及信号通路,并确定了7个与IFN-α治疗CHB无应答相关的Hub基因。这些Hub基因可能成为预测IFN-α治疗CHB应答情况的潜在生物标志物。

差异火箭免疫电泳定量检测四价脑膜炎球菌结合疫苗游离多糖方法的建立及验证

目的建立差异火箭免疫电泳（differential rocket immunoelectrophoresis,DRIEP）定量检测四价脑膜炎球菌结合疫苗游离多糖的方法,并对该方法进行验证。方法制备非均一性抗体琼脂糖凝胶,建立脑膜炎A群、C群、Y群、W135群游离多糖的DRIEP定量检测法,并对该方法的专属性、分离效果、线性、重复性及稳定性进行验证。分别采用DRIEP法及DOC沉淀化学法对11批各群脑膜炎球菌单价结合物进行检测。结果各群多糖抗原只与其相应特异性抗体发生结合,无交叉反应;各群结合物或混合物中的TT可完全与多糖分离;A群、W135群游离多糖定量对照品在2.5~20μg/ml范围内,C群、Y群游离多糖定量对照品在2~10μg/ml范围内,与沉淀峰高度呈良好线性关系,R2均〉0.99;各群单价结合物的9次检测结果的CV值均〈15%;多价脑膜炎球菌结合疫苗中各群游离多糖含量均比较接近。DRIEP法检测值较DOC沉淀化学法高约1/2倍,但两种方法检测结果的高低趋势具有相似性。结论DRIEP法可用于四价脑膜炎球菌结合疫苗中游离多糖的定量检测,提高了该疫苗的质控水平。

抗人胰岛素受体单克隆抗体对不同种属胰岛素受体的识别

对抗人体胰岛素受体的四种单克隆抗体（ＭＡ－５，ＭＡ－１０，ＭＡ－２０，ＭＡ－５ｌ）和一种多克隆抗体（ＡＲＳ－２）用于免疫沉淀多种动物的胰岛素受体。所有单克隆抗体均不能免疫沉淀大白鼠、小鼠、仓鼠、南美栗鼠的胰岛素受体。相反，多克隆抗体ＡＲＳ－２可免疫沉淀所有实验动物的此受体。ＭＡ－５ｌ和￣（１２５）Ⅰ标记胰岛素分别与豚鼠、家兔肝浆膜胰岛素受体结合，显示相似的结合方式。在分离的家兔脂肪细胞实验中，ＭＡ－５１也模仿胰岛素的作用，刺激脂生成和胰岛素受体β亚单位的自磷酸化作用。实验证明哺乳动物的胰岛素受体与人胰岛素受体共有被单克隆抗体ＭＡ－１０和ＭＡ－５１所识别的相同结合位点，而啮齿类动物则不同。

糖尿病肾病相关的免疫分子及通路的生物信息学分析

目的:通过生物信息学分析筛选差异表达免疫基因,为研究糖尿病肾病发生的免疫分子相关机制提供理论依据。方法:我们选用GEO数据库的糖尿病肾病微阵列数据集及IMMPORT在线数据库中免疫基因。使用Perl及R3.6.0软件对数据集进行整合,筛选差异表达免疫基因及KEGG通路富集分析。通过STRING在线工具做出蛋白互作图及本体论(GO)分析。结果:共发现23个差异表达免疫基因,其中12个表达上调,11个表达下调。GO分析表明差异免疫基因在三个不同层面中的作用;富集分析表明,免疫基因主要富集于细胞因子受体相互作用、MAPK信号通路、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路、细胞因子信号通路等。结论:通过综合生物信息分析,可以揭示糖尿病肾病发展过程中涉及的相关分子及信号通路,为进一步研究糖尿病肾病的分子机制和潜在的诊断提供理论依据。