免疫检查点基因在非小细胞肺癌中的表达特征及意义

目的分析免疫检查点基因(PD-1、PD-L1、CTLA4、LAG3、FGL1、TIGIT、TIM-3、SIGLEC-15、IDO1、CD276、CD70、VTCN1、CD47、TNFSF14、TNFRSF18)在肺腺癌和肺鳞癌中的表达及临床与生物学意义。方法从TCGA数据库中获取肺腺癌、肺鳞癌的免疫检查点基因表达数据及临床信息。采用Wilcoxon符号秩检验比较免疫检查点基因在肿瘤组织与正常组织的表达差异,通过主成分分析构建免疫检查点基因评分系统,采用单因素及多因素Cox回归分析肺腺癌、肺鳞癌的预后影响因素,然后进行通路富集分析。结果肺腺癌中PD-1、CTLA4、LAG3、FGL1、TIGIT、SIGLEC-15、CD276、CD70、VTCN1以及TNFRSF18的表达显著高于正常组织(P<0.01,P<0.05),PD-L1、TIM-3、CD47以及TNFSF14的表达显著低于正常组织(P<0.01,P<0.05),TIGIT与肺腺癌的T分期、N分期、M分期显著相关(P<0.05),CTLA4与肺腺癌的OS成正相关(P<0.05);肺鳞癌中CD276、CD70、VTCN1、TNFRSF18的表达显著高于正常组织(P<0.05),PD-L1、TIM-3、IDO1、CD47、TNFSF14的表达显著低于正常组织(P<0.05),VTCN1与肺鳞癌的N分期显著相关(P<0.05),TIM-3与肺鳞癌OS、PFS成负相关(P<0.05)。LUAD-Im评分和LUSC-Im评分分别是肺腺癌和肺鳞癌OS、PFS的独立危险因素(P<0.05)。结论免疫检查点基因与肺腺癌和肺鳞癌的临床病理特征及预后密切相关,免疫检查点基因综合评分是一种可行的用于预测肺腺癌、肺鳞癌预后的方法。

基于免疫相关基因的肝细胞癌预后模型的构建和验证

目的构建一种基于免疫相关基因的肝细胞癌(LIHC)预后模型。方法在UCSC Xena数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载肝癌和正常组织样本数据。对LIHC样本和癌旁/正常样本的基因数据进行差异分析。对差异表达基因(DEGs)进行富集分析。使用TCGA队列中的肝癌样本进行Kaplan-Meier生存分析获得生存与免疫相关的差异表达基因,再采用LASSO Cox和多因素Cox回归分析构建基因风险预后模型。从高通量基因表达(GEO)数据库中获取数据用于外部验证。利用CellMiner数据库研究枢纽基因对常用抗肿癌药物的敏感性。结果富集分析结果表明,差异表达基因主要与分解代谢相关。通过差异分析和Kaplan-Meier生存分析获得25个生存与免疫相关的差异表达基因。再基于LASSO Cox和多因素Cox回归分析结果,获得5个枢纽基因(FYN、CSF3R、HLA-G、FOS和BIRC5),并构建列线图。训练队列和验证队列的一致性指数(C-index)值分别为0.739和0.625。根据枢纽基因与抗肿瘤药物的敏感性结果,选出12种抗肿瘤药物用于后续实验。结论该模型能够有效预测LIHC患者的预后,为LIHC的免疫治疗提供了新的思路。

肝细胞癌基因组学免疫分型的鉴定及临床意义

目的基于基因组学分析建立肝细胞癌免疫分型,并进一步探索其临床应用价值。方法分别从GEO和TCGA收集基因表达谱和相应的临床信息。cBioPortal用于可视化和比较基因改变。一致性聚类分析用于确定免疫亚型。结果肝细胞癌患者被分为两种免疫亚型,具有不同的分子、细胞和临床特征。C1肿瘤患者的生存率低于C2肿瘤患者。此外,C1免疫亚型中观察到免疫检查点基因和HLA的高表达。结论肝细胞癌免疫分型能够判断患者的预后,C1型患者的预后较差,并具有较差的免疫原性和抗肿瘤活性。