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题名小串链霉菌XG40全基因组测序及序列分析
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作者
赖宝春
戴瑞卿
曾天宝
陈淑妹
姚锦爱
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机构
福建省漳州市农业科学研究所
福建省作物有害生物监测与治理重点实验室/福建省农业科学院植物保护研究所
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出处
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2023年第9期1754-1765,共12页
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基金
福建省科技计划项目(No.2020N0057)
福建省农业科学院科技创新团队建设项目(No.STTT2021-2-2)
福建省人民政府中国农业科学院农业高质量发展超越“5511”协同创新工程(No.XTCXGC2021011)。
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文摘
小串链霉菌(Streptomyces catenulae)XG40是一株对蜜柚黑斑病等真菌病害具有较好拮抗作用的生防放线菌。本研究通过第三代PacBio全基因组测序平台,对小串链霉菌XG40进行全基因组测序和分析,共获得3个contigs,包含1个染色体DNA和2个质粒DNA,其基因组全长为9772324 bp,GC含量为70.58%,蛋白编码基因8074个,占整个基因组的96.41%。利用antiSMASH软件,预测到46个次级代谢产物合成基因簇,其中包含聚酮合成酶(PKS)和非核糖体肽合成酶(NRPS)的基因簇共有24个,占总基因簇数量的52.17%。有7个基因簇与已知基因簇(desferrioxamin B、pristinol、Neoantimyci、2-methylisoborneol、nigericin、ectoine、geosmin)的相似性为100%,4个基因簇与已知基因簇(miharamycin A/B、SW-163C/E/F/G/UK-63598、gilvocarcin V、coelibactin)的相似性在80%以上,比较分析发现该菌株具备一定的合成尼日菌素和褐黄癌菌素V等抗菌物质的能力。共线性分析表明XG40与根霉链霉菌(S.rhizosphaericus)DSM41760、马来西亚链霉菌(S.malaysiensis)DSM14702、黑孢链霉菌(S.melanosporofaciens)DSM 40318和(S.himastatinicus)ATCC 53653四株链霉基因组之间存在插入和缺失、倒位、易位等基因组重排事件。该研究结果为深入挖掘XG40生防潜力,开发可用于农业生物防治的次级代谢产物提供理论基础。
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关键词
小串链霉菌
全因组测序
次级代谢合成基因簇
比较基因组分析
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Keywords
Streptomyces catenulae
whole-genome sequencing
secondary metabolite biosynthetic gene clusters
com-parative genomic analysis
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分类号
S476
[农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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