全基因组扫描寻找强直性脊柱炎的易感基因位点

为了寻找中国人群强直性脊柱炎 (ankylosingspondylitis ,AS)的易感基因位点 ,采用全基因组扫描法对 9个强直性脊柱炎家系进行基因分型、参数连锁分析和非参数连锁分析。在参数连锁分析中 ,D6S2 76位点的最大LOD值为 3 882 1(θ =0 0 ) ,精细分析显示距D6S2 76位点附近的D6S1691和D6S1618的LOD值分别为 1 5717(θ =0 1)及2 0 0 56(θ =0 1)。在非参数连锁分析中 ,位于D6S2 76附近的LOD值高达 5 0 62 3 ,非参数连锁分析的NPL值为3 7561,最小P值为 0 0 0 0 2 3 3。上述结果提示 ,D6S2 76与强直性脊柱炎之间存在较强的连锁关系 ,D6S1691 D6S2 76 D6S1618区域可能存在强直性脊柱炎的易感基因位点。此外 ,D3S12 92、D4S153 5和D18S64的最大LOD值分别为1 2 768(θ =0 2 )、1 12 46(θ =0 2 )和 1 1851(θ =0 1) 。

9p-三体综合征的全基因组芯片扫描技术诊断及文献复习

目的探讨全基因组芯片扫描技术在核型不明确智力落后患儿诊断中的应用及其优越性。方法对1例智力发育迟缓、染色体核型分析为47,XY,+mar的患儿进行分析,提取其外周血基因组DNA,应用全基因组芯片扫描技术分析衍生染色体的来源。结果全基因组芯片扫描技术证实多出的mar染色体来源于9p13.1-p24.3区间,确诊该患儿为9p部分三体综合征。结论与传统的细胞遗传分析方法相比,全基因组芯片扫描技术能够高分辨、高通量和高准确性地检测出常规核型分析无法检测到的亚显微水平染色体畸变,可以作为常规核型分析的替代。

利用多重PCR进行鸡全基因组扫描

应用多重PCR结合半自动化荧光标记DNA分析技术从328个微卫星标记中筛选出分布于23条常染色体及1条性染色体(Z染色体)、覆盖3080 cM、包含在30个引物组合中的170个多态微卫星标记,平均标记密度为18 cM,并优化了这些引物组合的反应条件,筛选出的这些多态微卫星标记在本实验群体中符合Mendel遗传定律,可应用于鸡的连锁图谱分析及重要经济数量性状的定位研究。

先天性白内障一家系全基因组扫描基因定位及候选基因序列分析

目的应用全基因组扫描、连锁分析的方法对常染色体显性遗传性先天性白内障（ADCC）一家系进行基因定位、寻找候选基因并进行突变筛查。方法提取该家系成员外周血DNA,进行全基因组扫描。在ABI 3130-avant全自动遗传分析仪上读取370对微卫星标记物的等位基因片段大小,并采用Genescan 3.1和Genotyper 2.0软件进行两点法计算LOD值并构建单体型。根据连锁分析的结果,对该区域内在晶状体中呈高表达,且对维持晶状体纤维细胞的分化状态起重要作用的基因-BFSP1进行直接的序列分析。结果该家系的致病基因位于20p12-20p11.2的13.96 cm区域内。在该区域内的基因-BFSP1全部外显子及外显子与内含子交界处均未发现任何突变。结论首次将一常染色体显性遗传绕核型先天性白内障家系的致病基因定位于20p12-20p11.2的13.96 cm区域内。

疾病相关基因定位的全基因组扫描策略与方法

人类疾病均直接或间接与基因有关 ,复杂性状的多基因疾病相关基因的定位和遗传分析是近年来医学遗传学研究的热点和难点。全基因组扫描策略在此发挥了重要作用。

应用DNA pooling技术对一例母系遗传非综合征耳聋大家系进行全基因组扫描

目的 :从分子遗传学角度对 1个非综合征母系遗传耳聋大家系的发病机制进行研究。方法 :使用 3 65对常染色体全基因组扫描标记 (STRPs) ,应用DNApooling方法对该家系进行全基因组扫描。结果 :通过比较患者pool与患者亲属pool及对照pool的等位基因频率的差别 ,发现全基因组共 45个位点患者pool中出现某一较高频率的等位基因 ,并通过统计学处理确定其差异 ,这些位点即为连锁分析的候选位点。结论

全基因组扫描2型糖尿病KK/Ta小鼠白蛋白尿易感基因定位

目的利用全基因组扫描方法进行2型糖尿病KK/Ta小鼠白蛋白尿易感基因定位。方法以近交纯品系雌性BALB/c小鼠与雄性KK/Ta小鼠交配建立第一代杂交小鼠(F1),以雄性(KK/Ta×BALB/c)F1小鼠与雌性KK/Ta小鼠回交。提取208只雄性回交小鼠基因组DNA。根据扩增的101个微卫星DNA分离片段大小决定回交小鼠基因型,同时测定体质量、血糖、尿白蛋白及尿肌酐等表现型。采用基因定位专用软件(MAPMAKER/QTL,Map manager)进行数量性状位点(QTL)分析。结果 KK/Ta小鼠的体质量、空腹血糖水平、经腹腔葡萄糖耐量试验空腹与注射葡萄糖后2 h血糖之和显著高于BALB/c和F1小鼠(P<0.01)。20,28周龄的KK/Ta小鼠平均尿白蛋白水平显著高于BALB/c和F1小鼠(P<0.01)。20周龄与28周龄的白蛋白尿水平与第2条染色体83.0 cM D2Mit311微卫星DNA标记附近区域显著连锁,最大对数优势积分值(LOD)为3.5,我们将这一易感基因座位命名为尿白蛋白1(UA-1)。KK/KK组回交小鼠20周龄和28周龄的尿白蛋白水平显著高于KK/BALB组回交小鼠。结论与2型糖尿病KK/Ta小鼠尿白蛋白水平紧密连锁的易感基因座位位于第2条染色体83.0 cM处D2Mit311微卫星DNA标记附近区域(UA-1)。UA-1区域附近的生长激素释放激素基因GHrH、生长抑素受体4基因Smstr4、血栓调节蛋白(TM)基因Thbd等为糖尿病肾病的可能易感基因。

染色体核型异常患者全基因组芯片扫描结果分析

目的分析全基因组芯片扫描结果 ,明确全基因组芯片技术在染色体异常诊断中的临床价值。方法对本院2012年3月-2014年5月收治的5例染色体核型异常患者反复进行核型分析及全基因组芯片扫描,并分析全基因组芯片扫描结果。结果染色体嵌合2例,分别为46,XY/45,X,del（Y）;46,XX/47,XX,del（Y）（p11）。染色体倒位1例：46,XX,inv（9）（p11q13）。平衡易位1例：46,XX,t（4;7）（q24p25）。染色体微缺失1例：46,XX,der（22）（p11q34）。2例染色体嵌合患者提示Y染色体缺失,1例为AZFc、d区的s Y152、s Y157、s Y253、s Y255位点缺失,1例为AZFb、c、d区的s Y126、s Y152、s Y157、s Y253、s Y255位点缺失。1例染色体倒位显示为阴性。1例平衡易位提示多片段缺失。1例染色体微缺失提示为8号染色体插入合并22号染色体缺失。结论全基因组芯片分析技术分辨率高,可用于多种疾病的临床诊断,具有重要的临床价值。

全基因组扫描筛选冠心病易感基因的研究进展

冠心病的遗传易感基因筛选是发病机制研究的重要组成部分,之前的研究由于受到实验方法的限制,其研究结果很难重复而难以被广泛认可。近年随着人类基因组多态性技术的进步,有学者采用全基因组技术筛选冠心病易感基因并取得重要发现,在9p21.3、2q36.3和6q25.1等区域相继发现和冠心病明确相关的易感基因位点,这些发现对冠心病和动脉粥样硬化的早期预防、危险因素筛选等具有重要意义,现就近年该方面的研究进展作一综述。

糖尿病遗传学新发现——全基因组联合扫描研究

众所周知，无论是1型还是2型糖尿病，遗传学因素在其发生发展中均占据着非常重要的地位。目前，随着基因组学研究的不断进展，如人类基因组的测序，单核苷酸多态性（SNP）研究，基因组单体型图以及高流量基因分型技术应用等，已经发现了许多与糖尿病表现型相关的基因型。在2007年EASD年会上，

加拿大法裔人群中与肥胖相关的高血压的全基因组连锁分析

原发性高血压是一种由多种机制共同作用的多基因疾病。由肥胖导致的病理改变是与其相 关的一个信号通路。我们主要研究高血压的一个亚型——肥胖相关的高血压,以寻找其致病基因。我们入 选了55个有两个患病同胞或者更多患者的家系,他们均来自于地理位置偏远的加拿大法裔人群,其中15个 家系的肥胖发病率较高(≥70％)。我们在所有的高血压家系和有高肥胖发病率的高血压家系中利用多位 点连锁分析方法进行全基因组扫描(GeneHunter 2．1;位点密度:10 cm)。在所有55个家庭的扫描中,我们 在1号染色体和11号染色体上分别发现了两个连锁值显著(LOD score=2．5)的位点D1S1597和 D11S1999。我们对仅患有肥胖高血压的家系进行扫描,在1号染色体的同一区域内发现连锁值最显著 (LOD score=3．1)的一个位点是D1S1597。然后我们又D1S1597周围的其他遗传标记进行基因分型,得到 了一个连锁更加显著的位点D1S2672(LOD score=3．5)。与肥胖高血压相关的许多候选基因都位于这个区 域,其中包括肿瘤坏死因子受体2(tumor necrosis factor receptor 2)和心房利钠肽基因(atrial natriuretic peptide genes)。这些结果表明,研究临床定义明确的高血压亚型可能有助于寻找、鉴定复杂性疾病的致病基因,例 如本研究中利用肥胖相关的高血压亚型。

锌转运蛋白8基因在糖尿病及糖尿病肾病中的遗传和表观遗传作用研究进展

糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)是糖尿病(diabetes mellitus,DM)的主要并发症之一,严重影响患者的生存质量,增加社会和家庭的医疗负担。科学家通过全基因组扫描连锁分析、候选基因群体遗传关联研究、基于家庭的关联和全基因组关联研究(GWAS)等研究方法,成功确认了T1D和T2D的遗传易感性和耐药性变异相关基因。研究发现,T1D的遗传风险约占总遗传风险的80%。

家族性高胆固醇血症纯合表型患儿及家系致病基因突变分析

目的对1例临床确诊为纯合型家族性高胆固醇血症(FH)患儿及其家系进行基因检测和系谱分析,探讨该家系可能存在的致病基因突变。方法于先证者家中收集该家系3代共47例血标本及临床资料。对先证者及其家系成员进行血脂测定和心电图检查;酚氯仿法提取患者基因组DNA并鉴定,PCR扩增基因外显子和内含子,采用变性高效液相色谱(HPLC)法及扩增产物直接序列分析检测其低密度脂蛋白受体(LDL-R)基因的全部18个外显子和启动、载脂蛋白B(ApoB100)R3500Q位点、枯草溶菌素9(PCSK9)基因全部12个外显子有无点突变;用多重连接探针扩增法(MLPA)检测先证者有无LDL-R基因的长片段的缺失或插入突变;核苷酸序列分析结果与GenBank比对寻找突变。结果先证者临床确诊为纯合子FH。根据血脂和临床表现,先证者家系47例中16例诊断为高胆固醇血症,其中临床确诊1例纯合子FH,6例杂合子FH;系谱分析该家系遗传方式符合常染色体显性遗传规律。先证者核苷酸序列分析排除LDL-R、ApoB100、PCSK9基因点突变;MLPA法排除了先证者LDL-R基因的长片段缺失。结论该家系为遗传性高胆固醇血症家系,通过对该家系进行基因突变检测和家系分析排除了已知的致FH基因突变,认为先证者的FH样表型可能是一种未知的基因突变,尚需采用进一步的全基因扫描方法寻找其致病基因。

2型糖尿病易感基因研究进展

普通型2型糖尿病是一种具异质性的多基因复杂性疾病,并受环境因素的明显影响。通过候选基因研究发现一些基因的多态性可能与2型糖尿病的发生有关。经全基因扫描定位克隆法可见不同人群、不同种族在不同染色体上的定位区域与2型糖尿病连锁。钙蛋白酶10(Calpain10)是第一个被定位克隆的2型糖尿病易感基因。

强直性脊柱炎易感基因的研究进展

强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)是一种常见的高度遗传的风湿类疾病。至20世纪70年代以来,越来越多的证据表明HLA-B27是AS最主要的易感基因。然而,全基因组扫描和关联分析等研究发现在HLA以外的区域仍存在AS的易感区域,大量的证据显示在HLA区内外有许多基因与AS的发病有关。文章主要综述了与AS相关的易感基因以及它们的研究现状。

2型糖尿病易感基因的连锁和关联研究(英文)

2型糖尿病(T2DM)是由于胰岛素抵抗和β细胞分泌缺陷导致高血糖的一种复杂多基因疾病。遗传因素在T2DM的发生发展中起着重要的作用,其遗传率估计为70%～80%。鉴定2型糖尿病基因将有助于阐明其发病机制,发展更好的诊断、预防和治疗策略。2型糖尿病易感基因的鉴定方法主要有候选基因关联研究和全基因组连锁分析。有3种类型的候选基因:功能候选基因、图位候选基因和表达候选基因。虽然许多候选基因与T2DM的关联分析已经进行,但多数都没有得到一致的重复,过氧化物酶体增殖物激活受-γ体和β-细胞ATP敏感性钾通道基因是目前最好重复的基因。迄今为止,T2DM的全基因组扫描已在20多个不同的群体中进行,包括欧洲人、美国白人、墨西哥裔美国人、美国本地印度人、非洲裔美国人和亚洲人,这些研究鉴定了一些与T2DM相关的QTLs区域。与T2DM显著和证实连锁的区域包括1q25、2q37、3q28、3p24、6q22、8p23、10q26、12q24、18p11、20q13等,与T2DM提示连锁的区域有1q42、2p21、2q24、4q34、5q13、5q31、7q32、9p24、9q21、10p14、11p13、11q13、12q15、14q23、20p12、Xq23等。鉴定这些区域的T2DMQTLs基因及其作用机制是未来的主要挑战。把DNA微阵列和蛋白质组学技术结合起来应用于传统的连锁分析和关联研究,研究基因-基因间、基因-环境间的互作和多个基因对T2DM的加性效应和综合作用,进一步加强国际协作,T2DM的遗传机制可望在不远的将来得到阐明。本文总结了2型糖尿病基因鉴定的现状,重点在一些得到重复的区域和未来的展望。

播散性浅表性光线性汗孔角化症DSAP1位点的精细定位和候选基因的突变检测(英文)

播散性浅表性光线性汗孔角化症(DSAP)是一种以多个浅表的角化性皮损,边缘轻微嵴状角化性隆起为特征的少见的慢性角化性皮肤病,呈常染色体显性遗传。以往的研究将该病基因定位于12q23.2 24.1区域(DSAP1)和15q25.1 26.1区域(DSAP2)。本研究对2个无关的六代DSAP家系进行了全基因组扫描和连锁分析,结果显示,这2个DSAP家系在D12S84位点的最高累积LOD值为8.28(θ=0.00)。单倍型分析结果显示,这2个DSAP家系致病基因位于12q24.1～q24.2(D12S330和D12S354)之间8.0cM的区域内。该区域与DSAP1 的致病区域部分重叠。对重叠区域内6个候选基因(CRY1,PWP1,ASCL4,PRDM4,KIAA0789和CMKLR1)的编码区进行序列分析,在DSAP病人中未发现突变位点。提示该6个候选基因可能与这2个DSAP家系的发病机理无关。