美Aviva公司推出新一代全基因组人启动子DNA芯片

据美国Aviva Antibody公司(AAC)报道,该公司开发出一种新型的应用于全基因组水平调控基因序列研究的新一代DNA芯片--人启动子DNA芯片(6000 human promoter Array:Avi-Hu6K-chip ),该产品已于中国农历新年的第一天推向市场.

口腔鳞状细胞癌及癌旁正常组织基因表达谱芯片检测

背景:近年在整体水平上以高通量分子扫描手段为基础的基因组学、蛋白质组学以及计算机辅助设计等技术的整合及相互关联的"技术链"的应用已在乳腺癌、肺癌、胃癌、结肠癌、卵巢癌、黑色素瘤等的研究中取得了丰硕的成果,但关于口腔鳞状细胞癌的研究较少。目的:实验通过基因表达谱芯片检测口腔鳞状细胞癌组织与癌旁正常组织的基因表达谱。方法:收集广东省口腔医院2013年手术切除的口腔鳞癌及癌旁正常组织各2例,采用Roche Nimble Gen全基因组表达谱芯片进行口腔鳞癌及癌旁正常组织的基因表达谱检测。结果与结论:按差异基因筛选标准,从32 448条检测基因中筛选出口腔鳞癌肿瘤组织的差异基因共有7 872条,占筛选基因总数的24%;其中上调表达的基因有3 800条,下调表达的有4 072条。结果证实,通过基因表达谱芯片检测并根据表达差异1倍以上的筛选标准得到了7 872个表达差异的基因。由此可见肿瘤的发生发展不是单个或几个基因的作用结果,以往实验往往针对某个或某几个基因的研究有很大的局限性。同时也说明了肿瘤的产生是多基因成网络相互调节作用的结果,而且这个网络的作用关系是非常复杂的。

拟南芥盐胁迫响应启动子的生物信息学分析

本研究使用生物信息学方法分析了拟南芥盐胁迫响应的顺式作用元件。首先分析盐胁迫0.5 h、1 h的拟南芥全基因组芯片,得到627个盐胁迫上调基因和282个下调基因。然后使用MEME软件分析了盐胁迫响应基因的启动子,得到10个保守元件。通过显著性分布分析表明Motif_1\Motif_8\Motif_10显著分布于上调基因启动子中;Motif_1\Motif_10显著不分布于盐胁迫下调基因启动子中。Motif_1元件是G-box元件(ABRE(ABAResponsive Element)元件),大量分布于盐胁迫上调基因启动子中,广泛参与盐胁迫过程中ABA依赖的信号转导途径。Motif_8、Motif_10分别类似于ABRE元件和DRE(Dehydration-Responsive Element)元件,但由于和ABRE、DRE元件的保守序列不尽相同,Motif_8\Motif_10很有可能是新的盐胁迫响应元件。本研究对于研究拟南芥在盐胁迫应答过程中在转录水平上发生的调控过程具有重要帮助作用.

昆明动物所在家犬基因组学研究中取得进展

家犬的起源和驯化一直是一个争议不断的科学问题.2015年Shannon等人经过分析大量的家犬群体全基因组DNA芯片数据提出了家犬中亚起源的假说（ShannonLM,etal.2015.PNAS）.中国科学院院士、中国科学院昆明动物研究所研究员张亚平研究团队发现该结论与基于全基因组重测序数据分析的家犬东亚南部起源模式（WangGD,etal.2016.CellRes）相冲突.为此,研究人员对Shannon等人的工作进行了重新梳理,结果发现Shannon等人把尼泊尔和蒙古都划归到中亚,与传统的地理划分相悖;其次,该工作中并没有包含中国南方这一家犬可能起源地的群体.通过整合已经发表的中国南方家犬群体的数据,分析结果显示中国南方的家犬群体拥有最小的连锁不平衡距离,支持中国南方而不是尼泊尔和蒙古是家犬的起源地.

质谱技术在DNA甲基化研究中的应用

DNA甲基化是最重要的表观遗传修饰之一,主要发生在哺乳动物基因组Cp G核苷酸序列中的胞嘧啶C-5位点,并与机体生长发育、转座子沉默、X染色体失活及许多疾病的发生相关。但对DNA甲基化的形成、维持和重构的分子机制的认识是有限的,需要从基因组水平寻找最优的DNA甲基化定性和定量分析方法,而质谱技术以高敏感性、高通量、高准确率、高分辨率、快速且重复性好等优势在该研究领域具有较大的应用价值。介绍质谱技术在全基因组DNA甲基化和启动子区甲基化分析中的应用。

美国Affymetrix公司的全基因组覆瓦式阵列芯片开始上市

美国Affymetrix公司于2006年1月宣布，首次向市场推出用于全基因组转录物作图的2种DNA阵列（DNA Array）组。这些DNA阵列组使以人类和小鼠的全基因组为对象的基因表达的全面分析成为可能。

鼠疫疫苗的相关基础研究

1 鼠疫菌比较转录组学研究 全基因组DNA芯片转录谱芯片在细菌转录调控网络的研究上存在着巨大的潜力，除了分析单个体外或体内条件转录谱获悉刺激元和调控元的信息外，更重要的是将多个条件的转录谱数据进行综合分析，结合生物信息学信息，推测全基因组范围内的转录调节包括操纵予和启动予结合位点的预测。

线粒体DNA缺失和功能缺失对核基因影响

目的探讨线粒体DNA(mtDNA)缺失和线粒体功能缺失对核基因表达的影响。方法应用人全基因组芯片分别对mtDNA缺失、线粒体功能缺失及正常HepG2细胞的核基因表达谱进行生物信息学分析。结果与正常HepG2细胞比较,核基因表达差异倍数>2倍的m tDNA缺失细胞共有5 489个,其中3 350个上调,2 139个下调;而线粒体功能缺失细胞共有3 334个,其中1 457个上调,1 877个下调;mtDNA缺失和线粒体功能缺失对细胞信号途径均有明显影响,与正常HepG2细胞比较,线粒体功能缺失时信号途径差异明显的有334个,mtDNA缺失时信号途径差异明显的有188个。结论 mtDNA缺失和线粒体功能缺失对核基因表达均有明显影响,mtDNA缺失对核基因表达的影响比功能缺失的影响更大,其可能机制在于对不同信号途径的影响。

基因组学对疫苗设计的影响

经过200年的实践，疫苗学为人们提供了许多预防感染性疾病的知识。细菌全基因组测序工作带动了大规模技术如生物信息学，蛋白质组学和DNA芯片的发展。借助对基因内涵和基因转录，表达的研究，人们可以深入的了解细菌致病的机理。