全基因组单核苷酸多态性与强直性脊柱炎遗传易感性的研究进展

强直性脊柱炎（AS）是一种常见的具有高度遗传性的关节炎性疾病，其发病机制目前尚不明确，迄今仍无有效的治疗措施；所以，探寻AS的发病机制，寻找易感基因，为其早期诊断与个体化治疗提供理论基础与治疗靶标仍是目前该研究领域的热点与焦点。大量研究资料表明，AS在欧洲白种人群中的发病率约为0．5％，在中国人群中的发病率约为0．3％，而在非洲黑人中几乎不发病；同时单卵双生研究表明，AS几乎完全是由遗传决定的，遗传度〉90％。

鼠疫菌全基因组单核苷酸多态性研究进展

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,包括同义SNPs(synonymous SNPs,sSNPs)和非同义SNPs(non?synonymous SNPs,nSNPs)。随着测序技术的迅速发展,获得了大量细菌全基因组序列,使得通过测序技术及生物信息学方法寻找潜在的SNPs位点成为可能。并且,由于SNPs本身的特性,使其作为一种新的分子标记,在细菌分型与进化、流行病学调查研究中得到广泛应用。该文主要阐述基于全基因组寻找SNPs位点,并建立以SNPs数据为基础的鼠疫菌微进化研究分析的研究进展状况。

基于全基因组重测序对晋汾白猪单核苷酸多态性位点鉴定和筛选

旨在鉴定晋汾白猪单核苷酸多态性位点(SNP)并分析其特征,筛选特异性SNPs。本研究对30头晋汾白猪(9头公猪和21头母猪)耳组织DNA进行全基因组重测序,利用GATK和VEP软件检测变异位点和进行注释分类。整合晋汾白猪与其亲本的基因组重测序数据,基于等位基因频率检测晋汾白猪特异SNPs位点,并进行功能富集分析。经测序以及数据过滤后共获得约1761.73 Gb的Clean reads,Q30均值为91.77%,平均比对率为75.61%,平均覆盖度为14.7 X。去冗余后共得到14680807个SNPs,大部分SNPs位于1号染色体和基因非编码区。基于等位基因频率筛选到87366个晋汾白猪特异SNPs,主要分布于2号染色体和内含子区。此外,外显子区的错义突变SNPs位点分布于343个基因,这些基因显著富集于细胞器和细胞器组分等GO生物学过程,以及肠道免疫、脂肪酸降解等KEGG信号通路。利用全基因组重测序和生物信息学技术分析了晋汾白猪SNPs与其特征,并筛选了87366个特异SNPs位点,将为晋汾白猪分子标记开发、种质鉴定、分子育种等工作奠定研究基础。

人类基因组的单核苷酸多态性及其研究进展

对单核苷酸多态性(SNP)的概念及特性作了简要说明,介绍了14种检测SNP的方法,讨论了各种方法的原理及优缺点,并对目前SNP在遗传图的绘制、遗传病致病基因的搜寻、药物设计及法医学等方面的应用及其研究进展进行了综述。引用文献29篇。

水稻CMS相关基因在稻属AA基因组中的分布及其单核苷酸多态性

水稻线粒体基因组嵌合基因orf79和orfH79分别被认为与BT-型和HL-型水稻CMS有关,两者具有98%的同源性,并且其DNA序列只存在4核苷酸的差异。对于这两个嵌合基因,前者来源于栽培稻(Oryza.sativaL.),而后者则来源于普通野生稻(O.rufipogon Griff.)。这意味着orf79/orfH79可能在广泛分布于稻属AA基因组中。为了调查orf79/orfH79在稻属物种中的分布和变异,190份栽培稻品系[包括156份亚洲栽培稻(O.sativavar.landrace)和34份非洲栽培稻(O.glaberrima)]以及104份稻属AA基因组野生稻品系(包括O.rufipo-gon、O.nivara、O.glumaepatula、O.barthii、O.longistaminata和O.meridionalis6个种),被用于PCR扩增检测。31份具有控制粤泰A和笹锦A的特异片段的稻属AA基因组水稻品系被检测出。所有特异片段均被回收并测序,基于DNA序列的聚类结果显示31份水稻材料被分成了两组,分别代表为BT-型和HL-型水稻不育细胞质组群。结果也进一步表明:HL-型水稻CMS胞质主要分布于一年生的O.nivara中;BT-型水稻CMS胞质可能来源于栽培稻变种或多年生野生稻O.rufipogon。

着色性干皮病基因组D和胞苷脱氨酶基因单核苷酸多态性与肺癌易感性的关系

目的探讨着色性干皮病基因组D(XPD)和胞苷脱氨酶(CDA)基因单核苷酸多态性与肺癌易感性及其病理类型的关系,并探讨吸烟与基因多态性的交互作用对肺癌发病风险的影响。方法采用病例-对照研究方法纳入肺癌患者和健康对照者各103人,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法分析两组人群XPD基因外显子10G→A(Asp312Asn)、23A→C(Lys751Gln)以及CDA基因外显子1上79A→C(Lys27Gln)、208G→A(Ala70 Thr)的基因型。结果两组XPD312和XPD751位点的基因分布频率比较差异均无统计学意义(P>0.05);但吸烟合并XPD第751位点突变个体发生肺癌的风险显著增加(P=0.044);同时发生XPD第312和751两个位点突变的肺癌风险增加6.13倍(P=0.047)。两组CDA Lys27Gln和CDAAla70 Thr基因分布频率差异无统计学意义(P>0.05)。XPD和CDA在不同病理类型中的基因分布频率差异无统计学意义(P>0.05)。结论吸烟可使XPD第751位点发生突变的个体发生肺癌的风险增加,XPD基因第312和751两个位点同时突变使肺癌发生的风险增加。

单核苷酸多态性在人类基因组学发展中的应用

第三代基因组遗传标记的单核苷酸多态性(SNP)目前是与分子标记有关领域研究的焦点。通过连锁分析或关联研究方法,单核苷酸多态性应用于生物的起源、进化及迁移等群体遗传学研究、疾病相关致病或易感基因研究和个体化药物治疗等诸多领域。随着检测和分析技术的进一步发展,SNPs作为生物信息学研究的一个热点,将成为人类基因组研究计划走向实际应用的重要步骤。

基于全基因组测序的法医单核苷酸多态性系谱推断研究

目的通过全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)获得高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分型数据,评估分型准确性,研究建立WGS数据用于法医SNP系谱推断的方法。方法通过华大MGISEQ-200RS测序平台对样本进行深度为30×的WGS,从测序数据中提取Wegene GSA芯片中的645199个常染色体SNP位点,质控过滤后运用IBS/IBD算法计算预测亲缘关系,并对样本的族群来源进行分析。结果从测序数据中提取的SNP分型与Wegene GSA芯片分型的一致率大于99.62%。测序获得的SNP数据使用IBS算法可预测1~4级亲缘关系,4级亲缘预测置信区间准确性达100%,使用IBD算法可预测1~7级亲缘关系,7级亲缘预测为有亲缘关系的准确性达100%,通过高深度WGS数据获取的SNP系谱推断能力与芯片预测结果无显著差异。同时,WGS数据用于族群推断与调查结果一致。结论WGS技术可应用于法医SNP系谱推断,为案件侦破提供线索。

基因组单核苷酸多态性图谱构建方法研究进展

自人类基因组计划(HGP)开展以来,现代生物学上相继实施了一系列重大的工程项目,第三代遗传图谱的构建和相关的研究工作仍在继续,而单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)在其中发挥着重要作用。面对征服人类疾病和生物学本身研究的迫切需要,基因组SNP图谱的构建方法不断得到完善和提高,作者从池DNA技术、物理学方法和生物信息学方法3个方面对其作出阐述。

汉族人群中22个HLA-Cw等位基因全长序列单核苷酸多态性分析

为探讨HLA-Cw(Human leukocyte antigen-Cw)基因全长序列分子遗传多态性,文章对28个HLA-Cw基因型已知的汉族个体样本,采用长距离PCR技术和高保真性的Pfu酶,扩增HLA-Cw基因全长序列4.5kb,进行分子克隆和单倍体测序。采用群体遗传学研究方法分析了HLA-Cw等位基因全长序列中各亚区的单核苷酸多态性。结果表明:在28个样本中共检测出22种等位基因,序列均已提交GenBank和国际IMGT/HLA数据库并获得了认可;其中Cw*0706、Cw*030301、Cw*140201的全长序列为首次报道,尤其是Cw*0706内含子序列的获得,能够重新设计对该等位基因测序分型的引物,避免测序分型中可能对这一等位基因的漏检。将28个样本的56条单倍体序列用Clustal软件进行序列排比,输入到DnaSP4.0进行多态性分析,共发现244个SNPs,10处插入/缺失多态性。对HLA-Cw等位基因各亚区多态性的分析,发现第4内含子及以前并没有受到关注的第5外显子受到平衡选择的作用,在进化中受到了选择压力,预示着它们在免疫系统的进化过程中可能扮演着重要的角色。

DNA-pool全基因组高通量重测序分析原发性高血压单核苷酸多态性变异

目的利用DNA-pool技术对原发性高血压患者进行测序,探索中国原发性高血压患者单核苷酸多态性变异(SNP)情况。方法连续收集2014年3月至2014年6月深圳市孙逸仙心血管医院的高血压门诊患者100例。将基因组DNA片段化处理至400~800bp进行建库测序,将测序结果与NCBI(National Center of Biotechnology Information)人类基因库hg19进行比对。结果共生成120.8Gb原始序列数据,测序深度约为36.13倍,覆盖率达到了99.88%。通过生物信息学分析共检测到4 305 668个SNP点,其中C:G→T:A的变异类型最多,达到12 314个变异位点。结论研究验证了使用DNA-pool的全基因组重排序的方法。研究所得数据也对中国原发性高血压的基因型数据库进行了补充,对未来原发性高血压基因研究提供了一定的帮助。

结核分枝杆菌基因组单核苷酸多态性研究进展

目前,随着结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,M.tuberculosis）H37Rv、CDC1551、H37Ra、F11和KZN1435等菌株全基因组测序工作的完成,以及新一代核酸测序技术的飞速发展,使得结核分枝杆菌研究进入新阶段,即可以从基因组水平对其进行更深入的研究。

人类基因组单核苷酸多态性研究与疾病三级预防体系

人类基因组计划和国际单体型图计划的开展极大地推动了人类基因组单核苷酸多态性的研究。本文概述了与疾病预防控制相关的疾病基因组学和药物基因组学的研究进展,阐述了相关研究与疾病三级预防体系的关系,指出了其中存在的一些问题及可能的解决办法,以便对人类基因组单核苷酸多态性研究在疾病三级预防体系中的应用有较全面的了解。

荧光偏振与非对称基因扩增技术联用分析全血XPD基因单核苷酸多态性

荧光偏振检测技术是一种新型的基因诊断技术，不需要分离结合和未结合的探针，不依赖荧光强度，具有反应速度快、效率高、准确及成本低等优点，尤其在检测小分子领域具有很强的优势。单核苷酸多态性SNP（Single nuclear polymorphism）作为公认的第三代遗传标记与肿瘤易感性与治疗反应性关系明确，几乎所有肿瘤都可以通过对第三代遗传标记的检测，在基因水平预警和进行早期干预治疗。

人类基因组中单核苷酸多态性(SNPs)的研究与应用

多数人类基因组的变异来自于单个核苷酸的置换,被称为单核苷酸多态性(SNPs),其研究在基因定位,遗传疾病,生物的起源、进化及迁移等方面的理论研究中具有重大意义,本文就SNP的分类、特性、检测方法、应用及最新研究进展等方面的内容进行综述。

基因组单核苷酸多态性及其与航空航天复杂疾病领域关联的研究进展

随着基因组序列的分析完成,当前基因领域的研究重点转向如何系统地解读并研究基因功能、构成与遗传性疾病间的联系。大多数复杂性状疾病均是在环境因素与遗传因素共同作用下由不同数量的基因控制的疾病。一些复杂的航空航天疾病,如运动病、偏头痛、良性位置性眩晕等均属于复杂疾病。当前有学者认为,单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）及其相应的组合可能是导致上述复杂疾病的机制之一。

贝母属药用植物叶绿体基因组单核苷酸多态性位点生物信息学分析

目的分析贝母属药用植物叶绿体基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的分布特点、鉴别能力和应用价值,为中药材贝母精准鉴定方法的建立提供技术支撑。方法应用多重序列比对、SNP筛选、酶切位点分析等生物信息学分析手段,对贝母属6种药用植物的15条叶绿体基因组序列进行分析。结果贝母属叶绿体基因组DNA同源性达98.38%,通过分析共发现SNP位点4058个,其中川贝母类鉴别候选位点71个,瓦布贝母鉴别候选位点个25个,太白贝母鉴别候选位点个120个,浙贝母鉴别候选位点个79个,湖北贝母鉴别候选位点个61个,平贝母鉴别候选位点794个。结论叶绿体基因组SNP分子标记因其密度高、鉴别力强和便于分析的特点,具有较大的应用价值。

单核苷酸多态性(SNPs)原理及其在植物功能基因组学中的应用前景

近缘种群或同种个体之间的单核苷酸多态性(SNPs)是存在于生物基因组上由单个核苷酸的变异所引起的一种DNA序列多态性。它具有高丰度、高信息量和良好稳定性的特点,而且比较适合自动化操作。SNPs将会在植物功能基因组学研究中得到广泛应用,并加强功能基因学与种群遗传学的联系。本文就SNPs及其在植物功能基因组学中的应用前景作一下探讨。