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1株野鸭源禽流感病毒全基因的分子克隆和测序 被引量:6
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作者 杨思远 柴洪亮 +1 位作者 曾祥伟 华育平 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期103-103,共1页
关键词 禽流感病毒 分子克隆 基因 扎龙自然保护区 GenBank 鸭源 亚型鉴定 病毒基因组 同源性比较
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基于全基因组重测序构建西瓜高密度遗传图谱和果实相关性状的基因定位 被引量:2
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作者 李兵兵 刘文革 +5 位作者 路绪强 豆峻岭 Ali Aslam 高磊 赵胜杰 何楠 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2019年第8期164-165,共2页
目的与意义:遗传图谱是进行重要农艺性状QTL/基因定位、图位克隆、分子标记辅助育种等工作的重要工具.长期的人工选择使得栽培种西瓜的遗传基础进一步狭窄,使得高效可获得的分子标记成为限制西瓜高密度遗传图谱构建的重要因素.随着高通... 目的与意义:遗传图谱是进行重要农艺性状QTL/基因定位、图位克隆、分子标记辅助育种等工作的重要工具.长期的人工选择使得栽培种西瓜的遗传基础进一步狭窄,使得高效可获得的分子标记成为限制西瓜高密度遗传图谱构建的重要因素.随着高通量测序技术的发展和西瓜参考基因组草图的组装完成,通过测序获得大量分子标记以构建高密遗传图谱成为可能.通过全基因重测序构建高密度遗传图谱,可以更快更准确的检测重组断点,开发大量适于遗传图谱构建的分子标记.最近几年,陆续有多张西瓜遗传图谱发表.但这些图谱大都基于简化基因组测序,遗传图谱的饱和度相对不足;作图群体多为临时性分离群体,不能进行重复试验,影响后续基因定位工作的准确性.笔者构建了重组自交系作为永久性作图群体,通过对其进行全基因组重测序构建了一张西瓜高密度遗传图谱,并对果皮颜色、种皮颜色和果实苦味3个性状进行了初定位,以期用于西瓜分子遗传育种等工作. 展开更多
关键词 遗传图谱构建 技术 基因定位 基因组 相关性状 高密度 西瓜 分子标记辅助育种
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珠三角地区鸭坦布苏病毒的全基因序列测定与分析
3
作者 张克山 陈芳艳 +5 位作者 刘金 蔡丝丝 刘湘红 张靖鹏 陈瑞爱 王林川 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期13-19,共7页
【目的】了解2010年以来分离于珠三角地区鸭坦布苏病毒病(Duck Tembusu virus,DTMUV)GDNS2010.1、GDNS2010.2、GDZQ2012、GDPY2013株的分子特征.【方法】参考GenBank收藏的DTMUVJS804株,共设计合成11对特异性引物,扩增了4株病... 【目的】了解2010年以来分离于珠三角地区鸭坦布苏病毒病(Duck Tembusu virus,DTMUV)GDNS2010.1、GDNS2010.2、GDZQ2012、GDPY2013株的分子特征.【方法】参考GenBank收藏的DTMUVJS804株,共设计合成11对特异性引物,扩增了4株病毒的全基因序列片段.【结果和结论】4株病毒全长约为10990bp,无Ploy(A)尾结构,仅含有1个大的ORF,共编码3426个氨基酸,5′非编码区(5′UTR)各含有94hp.在3′非编码区(3′UTR),GDNS2010.1、GDNS2010.2毒株在103395~103411bp处缺失10个碱基.联合前期试验已测定的2株病毒序列(GDHZ2012.1、GDHZ2012.2),用DNAstar和MEGA6.0序列分析软件将6株病毒同GenBank收藏的国内的其他坦布苏病毒株比对,发现核酸序列相似性在98%以上,与Ntaya病毒和Sitiawan病毒相似性较大,相似性都在73%左右;与西尼罗河病毒、日本乙型脑炎病毒、黄热病毒等相似性皆低于63%.6株病毒囊膜蛋白E核酸序列相似性为97.5%~99.9%,推导氨基酸序列相似性在97%以上,其中同一地区分离的毒株相似性最高,达99.9%;在囊膜蛋白E154位存在一潜在的糖基化位点Asn-Try-Ser,在E蛋白结构域Ⅱ第E289位,极性带正电荷的Lys变为极性带负电荷的Glu,推测这一位点可能为病毒的毒力位点. 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒 克隆 基因组 囊膜蛋白毒力位点 鸭黄病毒
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整合REV LTR的自然重组马立克氏病毒GX0101的全基因组序列分析 被引量:1
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作者 周忠文 苏帅 +3 位作者 崔宁 孙鹏 孙淑红 崔治中 《中国兽药杂志》 北大核心 2017年第10期1-10,共10页
GX0101是一株整合禽网状内皮组织增生症病毒(REV)长末端重复序列(LTR)的重组马立克氏病病毒(MDV)。基于MDV GX0101的细菌人工染色体感染性克隆利用高通量测序技术完成了对其全基因组的序列分析。GX0101全基因组长178101 bp,其基因组的TR... GX0101是一株整合禽网状内皮组织增生症病毒(REV)长末端重复序列(LTR)的重组马立克氏病病毒(MDV)。基于MDV GX0101的细菌人工染色体感染性克隆利用高通量测序技术完成了对其全基因组的序列分析。GX0101全基因组长178101 bp,其基因组的TRL、UL、IRL、IRS、US和TRS区分别长12758 bp、113572 bp、12741 bp、12700 bp、11695 bp、13134 bp。与Md5不同,GX0101含有一个sorf2基因。同时,GX0101全基因组含有一个REV LTR重组片段,位于其基因组US区的sorf1中,sorf2基因前267 bp碱基处。通过与已发表的近10株MDV的比较,发现GX0101与英国分离株C12/130的两个不同毒力的感染性克隆p C12/130-10和p C12/130-15同源性最高。GX0101的全基因组序列的比较分析,有助于进一步阐明MDV致病性、传播性相关的基因,也有助于揭示不同地域间MDV的遗传变异和演化关系。 展开更多
关键词 REV LTR 重组MDV 感染性克隆 高通量 基因组
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基因组研究的关键平台--大片段文库 被引量:3
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作者 张洋 张晓军 +2 位作者 刘斌 李富花 相建海 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期74-81,共8页
关键词 基因组文库 平台 基因组 结构功能 易操作性 图谱构建 图位克隆 克隆载体
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正反向测序信息在全基因组序列拼接及分析中的应用 被引量:1
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作者 韩玉军 倪培相 +10 位作者 吕宏 叶葭 胡建飞 陈晨 黄显刚 丛丽娟 李光远 王晶 顾孝诚 于军 李松岗 《中国科学(C辑)》 CSCD 北大核心 2004年第6期575-581,共7页
插入片段双末端正反向测序信息(double-barreleddata,DB信息)已广泛应用于大基因组测序组装项目.根据绘制籼稻全基因组工作框架图的经验,总结了DB信息在序列组装流程中的应用,同时,在原有基础上提出了改进的DB信息使用方法,包括基因组... 插入片段双末端正反向测序信息(double-barreleddata,DB信息)已广泛应用于大基因组测序组装项目.根据绘制籼稻全基因组工作框架图的经验,总结了DB信息在序列组装流程中的应用,同时,在原有基础上提出了改进的DB信息使用方法,包括基因组序列拼接、质量检验和重叠群的连接.此外,进一步提出了DB信息在下游数据分析过程中新的应用,包括利用DB信息获得基因组文库中每个克隆所包含的基因组片段的精确信息,以及在此基础上设计低成本全基因组基因芯片的一种基因芯片设计新方法.随着待测序物种的逐年增多,相信正反向测序信息在基因组测序组装工作,以及后续的基因组研究中将发挥越来越重要的作用. 展开更多
关键词 基因组 基因组 基因芯片 信息 克隆 基因组研究 作用 基因组文库 物种 片段
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重叠克隆群的研究进展 被引量:3
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作者 曲雪萍 王斌 《生物工程进展》 CSCD 1999年第3期2-6,共5页
重叠克隆群的研究近年来取得了迅速发展,并被进一步运用到基因组测序、基因精确定位、基因图位克隆以及基因组织结构与功能研究等方面。本文着重讨论了构建重叠克隆群的策略、一般过程,同时也对构建重叠克隆群过程中存在的问题。
关键词 重叠克隆 基因组 图位克隆
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植入前遗传学检测后冻融胚胎移植周期妊娠结局的影响因素 被引量:1
8
作者 胡瑞 魏才娟 +3 位作者 贾冬玲 毛斌 马晓玲 杨媛 《国际生殖健康/计划生育杂志》 CAS 2023年第1期1-6,共6页
目的:分析经植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing,PGT)后,冻融胚胎移植(frozen-thawed embryo transfer,FET)周期时3种常见子宫内膜准备方案对妊娠结局的影响及相关影响因素,指导PGT患者的助孕治疗。方法:回顾性分析2017... 目的:分析经植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing,PGT)后,冻融胚胎移植(frozen-thawed embryo transfer,FET)周期时3种常见子宫内膜准备方案对妊娠结局的影响及相关影响因素,指导PGT患者的助孕治疗。方法:回顾性分析2017年1月—2022年1月于兰州大学第一医院行PGT助孕的195例患者共219个FET周期的临床资料及妊娠结局,包括非整倍体筛查检测(PGT for aneuploidies,PGT-A)周期、单基因疾病检测(PGT for monogenic,PGT-M)周期和染色体重排检测(PGT for structural rearrangements,PGTSR)周期。按照内膜准备方案分为自然周期组(natural cycle,NC组,56个)、促性腺激素释放激素激动剂(gonadotropin releasing hormone agonist,GnRHa)联合激素替代疗法(hormone replacement therapy,HRT)周期组(GnRHa+HRT组,102个)及单纯HRT周期组(61个)。比较3组的一般临床资料及妊娠结局,并采用Logistic多因素回归分析活产的影响因素。结果:NC组、GnRHa+HRT组和HRT组均可达到较高的临床妊娠率(64.29%,80.39%,73.77%,P>0.05)和活产率(83.33%,85.37%,84.44%,P>0.05)。但3组采用的PGT方法差异有统计学意义(P=0.002),NC组行PGT-SR的患者高于另两组(P<0.05)。且NC组异位妊娠率高于GnRHa+HRT组(P<0.05)。活产组与非活产组的体质量指数、获卵数、可移植胚胎数及优质囊胚数差异有统计学意义(P<0.05),除上述4个指标外,将2组比较P<0.2的不良孕产史和总囊胚数一起纳入Logistic多因素回归分析,发现仅优质囊胚数对妊娠结局有影响,优质囊胚数>2个为PGT患者活产结局的保护因素(OR=0.480,P<0.05)。结论:3种FET内膜准备方案的临床妊娠率和活产率相似,但NC组异位妊娠率较高。应该注意体质量指数、获卵数、可移植胚胎数及优质囊胚数可能共同影响PGT患者的活产结局,尤其要关注优质囊胚数,以提高PGT患者的活产率。 展开更多
关键词 植入前诊断 基因组 生殖技术 辅助 活产 冻融胚胎移植
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副溶血弧菌大流行株的感染及基因分型研究现状 被引量:4
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作者 王立红 韩东升 +1 位作者 韩崇旭 任传利 《临床检验杂志》 CAS CSCD 2018年第4期283-284,303,共3页
副溶血性弧菌(VP)大流行株自1996年首次引起群体暴发性食物中毒事件以来,已逐渐发展成为一个具有广泛传播和感染能力的"大流行克隆",使VP感染升级为全球性公共卫生问题。大流行株在人群及环境中分布广泛,严重威胁人类健康。... 副溶血性弧菌(VP)大流行株自1996年首次引起群体暴发性食物中毒事件以来,已逐渐发展成为一个具有广泛传播和感染能力的"大流行克隆",使VP感染升级为全球性公共卫生问题。大流行株在人群及环境中分布广泛,严重威胁人类健康。但传统的基因分型方法已经不能完全满足大流行株的微进化分析。全基因组测序的推广能够为大流行株的溯源、传播、致病及防控机制研究提供更丰富、更精确的分子流行病学及遗传学信息。耐多药大流行株的出现应引起研究人员的重视。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 大流行克隆 大流行株 基因组 耐药
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CNV-seq技术在辅助生殖技术妊娠流产胚胎染色体异常中的研究价值
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作者 石国西 翟俊英 +1 位作者 钮红丽 刘波 《中国医学工程》 2023年第5期105-109,共5页
目的分析低深度全基因组测序技术(CNV-seq)在辅助生殖技术(ART)妊娠流产胚胎染色体异常中的研究价值。方法选定南阳市第一人民医院2020年6月至2022年6月接诊的98例ART妊娠流产患者,采集所有患者流产物100 mg,以CNV-seq技术检测胚胎染色... 目的分析低深度全基因组测序技术(CNV-seq)在辅助生殖技术(ART)妊娠流产胚胎染色体异常中的研究价值。方法选定南阳市第一人民医院2020年6月至2022年6月接诊的98例ART妊娠流产患者,采集所有患者流产物100 mg,以CNV-seq技术检测胚胎染色体情况,同时进行染色体G显带核型分析,比较CNV-seq检查结果与核型检查结果,分析孕妇既往流产次数、孕周、年龄与染色体异常发生率的关系。结果98例患者共检出染色体异常70例,染色体异常率为71.43%,以常染色体重排或缺失、45,X染色体异常最为常见,异常率为14.29%。其次是10三体,占12.86%;13三体,占11.43%;47,XYY,占10.00%;21三体,占10.00%;3三体,占8.57%;2三体,占5.71%;22三体,占4.29%;16三体,占2.86%;8三体,占2.86%;47,XXX,占2.86%。染色体异常发生率自然流产次数≥3次者(90.00%)高于自然流产次数<3次者(66.67%)(P<0.05)。孕周≥12周者染色体异常发生率(57.14%)低于孕周<12周者(82.14%)(P<0.05)。染色体异常发生率年龄≥35岁者(82.50%)高于年龄<35岁者(63.79%)(P<0.05)。结论CNV-seq在ART妊娠流产诊断中具有较高的临床价值,可明确染色体异常类型,辅助临床对患者遗传学病因作出诊断。且ART妊娠流产多发生于孕早期,随着孕妇年龄增大、流产次数增多,染色体异常发生率会明显增高。 展开更多
关键词 辅助生殖技术 妊娠流产 低深度基因组技术 胚胎染色体异常
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刺参基因数据揭开
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作者 张旭东 徐冰 徐承旭 《水产科技情报》 2015年第5期295-295,共1页
中国科学院海洋研究所日前宣布,该所科研人员首次成功完成刺参基因组的测序和组装。据介绍,该成果由中国科学院海洋研究所研究员杨红生和相建海带领的研究团队共同完成。采用新一代测序技术获得的刺参基因组数据优于多数水产动物基因组... 中国科学院海洋研究所日前宣布,该所科研人员首次成功完成刺参基因组的测序和组装。据介绍,该成果由中国科学院海洋研究所研究员杨红生和相建海带领的研究团队共同完成。采用新一代测序技术获得的刺参基因组数据优于多数水产动物基因组图谱的指标。全基因组序列的成功破译,有助于推动刺参重要经济性状解析、分子标记辅助选育和全基因组遗传育种,揭示刺参的夏眠、再生、自溶等特殊生命现象的机理机制。 展开更多
关键词 基因数据 刺参 中国科学院海洋研究所 分子标记辅助选育 基因组 基因组图谱 重要经济性状 技术
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模块育种和全基因组关联分析等技术将成为未来育种的重要手段
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作者 袁建霞 杨艳萍 +1 位作者 董瑜 薛勇彪 《中国科学院院刊》 2013年第5期610-612,共3页
近年来,随着分子生物学、组学和系统生物学等交叉学科的迅猛发展以及基因组测序等技术的不断突破,分子标记辅助选择和转基因技术逐渐成为当前动植物育种的重要技术途径之一,并取得了突破性进展,但其同时也显现出一些迫切需要解决的... 近年来,随着分子生物学、组学和系统生物学等交叉学科的迅猛发展以及基因组测序等技术的不断突破,分子标记辅助选择和转基因技术逐渐成为当前动植物育种的重要技术途径之一,并取得了突破性进展,但其同时也显现出一些迫切需要解决的难题。由于动植物重要农艺(经济)性状都是由多基因控制的复杂性状, 展开更多
关键词 基因技术 植物育种 关联分析 基因组 分子标记辅助选择 模块 分子生物学 基因组
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人面部皮肤来源疑难鉴定细菌的分子鉴定方法探索
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作者 王丹羽 尚靖 +6 位作者 王学硕 骆海朋 李景云 窦越 瞿洪仁 崔生辉 路勇 《国际检验医学杂志》 CAS 2024年第S02期27-32,共6页
目的比较分析全自动生化鉴定系统、MALDI-TOF MS、16S rDNA测序和WGS技术对皮肤来源的24株细菌的鉴定结果,为疑难菌种的准确鉴定提供方法参考。方法针对24株人面部皮肤来源的疑难鉴定菌株,分别采用VITEK 2 Compact生化鉴定、MALDI-TOF M... 目的比较分析全自动生化鉴定系统、MALDI-TOF MS、16S rDNA测序和WGS技术对皮肤来源的24株细菌的鉴定结果,为疑难菌种的准确鉴定提供方法参考。方法针对24株人面部皮肤来源的疑难鉴定菌株,分别采用VITEK 2 Compact生化鉴定、MALDI-TOF MS、16S rDNA系统发育分析以及基于WGS的ANI分析进行菌种鉴定,并评估各鉴定方法的准确度。结果MALDI-TOF MS方法在细菌种水平的鉴定准确度为8.3%,在属水平的鉴定准确度为70.8%;16S rDNA序列分析方法在属水平的鉴定结果与WGS一致,但在种水平的鉴定结果仍存在较大差异。以目的菌株与数据库推荐参考菌种的ANI值为评价标准,仅12株菌(50.0%)能够准确鉴定到种水平。结论针对皮肤来源的疑难鉴定细菌,以VITEK 2 Compact为代表的生化鉴定方法和MALDI-TOF MS的鉴定准确度有限,综合使用16S rDNA测序和WGS等分子鉴定技术能提高鉴定准确度。 展开更多
关键词 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 平均核苷酸一致性 基因组
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3种方法对1株临床疑难菌的鉴定及结果比较 被引量:1
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作者 许一丹 谢成彬 +1 位作者 苏喆 王频佳 《检验医学与临床》 CAS 2024年第9期1224-1228,1234,共6页
目的通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、16S rRNA序列分析和全基因组测序(WGS)对从临床标本中分离的1株疑似盐单胞菌进行菌种鉴定,比较3种方法的鉴定结果。方法采用MALDI-TOF MS对待测菌进行蛋白质图谱收集,通过比... 目的通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、16S rRNA序列分析和全基因组测序(WGS)对从临床标本中分离的1株疑似盐单胞菌进行菌种鉴定,比较3种方法的鉴定结果。方法采用MALDI-TOF MS对待测菌进行蛋白质图谱收集,通过比对图谱特征峰实现菌种鉴定;对菌株进行16S rRNA基因测序,将测序结果与数据库比对;待测菌WGS后进行序列比对分析,具体包括使用ANIm和ANIb 2种方法计算平均核苷酸一致性(ANI)以及与基因组分类数据库(GTDB)进行比对;基于全基因组序列中的16S rRNA序列和看家基因序列构建系统进化树,以及基于COG和KEGG功能对基因组进行聚类分析。结果MALDI-TOF MS对待测菌株的鉴定结果是Halomonas hamiltonii;经16S rRNA序列分析,发现待测菌株与3种盐单胞菌(Halomonas hamiltonii、Halomonas stevensii和Halomonas johnsoniae)的相似度均>99%,且相似度差异非常小,因此无法进行准确的菌种鉴定;基于WGS的基因序列比对、系统发育树、聚类分析均显示待测菌与Halomonas stevensii的亲缘关系更为接近。结论3种方法对分离的1株疑难菌的菌种鉴定结果有差异,MALDI-TOF MS的菌种鉴定操作更加方便、快速,非常适用于临床检验工作;基于WGS的细菌鉴定更适合用于遗传特征相似的菌种之间的鉴别。 展开更多
关键词 细菌鉴定 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 16S rRNA 基因组
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胀包学生饮用乳中不解糖嗜胨菌的鉴定
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作者 高佳丽 王晓茹 +3 位作者 肖霄 陈佳 孟德尚 孙伟 《乳业科学与技术》 2024年第5期7-11,共5页
以学生饮用乳(发酵乳)来源的不解糖嗜胨菌为研究对象,基于分离计数、形态学观察、生化鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry,MALDITOF MS)和全基因... 以学生饮用乳(发酵乳)来源的不解糖嗜胨菌为研究对象,基于分离计数、形态学观察、生化鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry,MALDITOF MS)和全基因组测序技术,建立适用于不解糖嗜胨菌的鉴定方法。结果表明:不解糖嗜胨菌在PCA培养基上厌氧环境下生长较适;在全自动微生物鉴定系统上鉴定为不解糖嗜胨菌,置信度98%;MALDI-TOF MS鉴定为不解糖嗜胨菌,鉴定比对值为2.241。通过全基因组测序,平均核苷酸一致性分析结果为98.58%。利用本研究建立的方法能够满足不解糖嗜胨菌的快速、准确鉴定,符合食品安全检测需求。 展开更多
关键词 学生饮用乳(发酵乳) 不解糖嗜胨菌 菌株鉴定 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 基因组
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一个阿罗酸脱水酶调控拟南芥对白粉病的抗性及盐胁迫响应 被引量:1
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作者 梁海菲 王美丛 +1 位作者 陈大清 李勇青 《农业科学》 2018年第9期1092-1098,共7页
白粉病是一种具有广泛宿主的病害,每年给农业生产造成巨大损失。植物对白粉病的抗性主要由水杨酸途径介导,而水杨酸途径的激活常伴随严重的生长缺陷及作物减产。拟南芥pmr5突变体是一个不依赖于水杨酸途径的抗白粉病突变体,pmr5,ps8为... 白粉病是一种具有广泛宿主的病害,每年给农业生产造成巨大损失。植物对白粉病的抗性主要由水杨酸途径介导,而水杨酸途径的激活常伴随严重的生长缺陷及作物减产。拟南芥pmr5突变体是一个不依赖于水杨酸途径的抗白粉病突变体,pmr5,ps8为其回复突变体,表现为感病表型。为了解析pmr5突变体抗病机制,寻找下游关键基因,我们采用传统图位克隆与全基因组测序辅助的图位克隆的方法克隆ps8突变,发现一个阿罗酸脱水酶ADT2 (Arogenate Dehydratase 2)的突变造成了pmr5;ps8的感病表型。前人报道ADT2作为苯丙氨酸合成途径的一个重要基因,调控植物对盐胁迫响应和花青素的积累等多个生物学过程。本研究首次发现ADT2也参与抗病调控。找到不依赖于水杨酸途径的抗白粉病关键基因,有助于培育不依赖于水杨酸途径的抗病作物,力争在抗病的前提下避免作物减产,同时培育多抗作物。 展开更多
关键词 白粉病 全基因组测序辅助的图位克隆 阿罗酸脱水酶 盐胁迫
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冷冻整鸡样本中单株猪红斑丹毒丝菌的鉴定及生物学特性
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作者 张微 崔生辉 +8 位作者 翁蕊 王辉 侯轩 陶浚齐 邓明惠 周梦蓉 李晓波 段发强 辜依海 《食品安全质量检测学报》 CAS 北大核心 2021年第17期6851-6856,共6页
目的探讨来源于冷冻整鸡样本的单株猪红斑丹毒丝菌致病性、耐药性及生物学特征,为该菌防治提供科学依据。方法通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry,... 目的探讨来源于冷冻整鸡样本的单株猪红斑丹毒丝菌致病性、耐药性及生物学特征,为该菌防治提供科学依据。方法通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)和全基因组测序技术进行菌株鉴定和分子生物学研究,采用纸片扩散法(K-B法)检测其耐药表型,通过体外生物被膜形成实验检测其生物被膜形成能力,通过ParSNP构建亲缘关系图。结果MALDI-TOF MS可以准确鉴定猪红斑丹毒丝菌,该菌染色体大小为1791362 bp,鸟嘌呤(G)+胞嘧啶(C)含量为36.5%,含有1730个蛋白质编码序列,53个tRNA和2个rRNA,基因组分析暂未发现质粒;携带四环素类耐药基因tet(M),抗菌药物敏感性实验结果显示仅对四环素耐药,耐药基因和耐药表型一致;携带7个与黏附和荚膜形成相关的毒力基因;体外生物被膜形成能力适中(2+);与韩国分离株KC-Sb-R1亲缘关系较相近。结论本研究阐明了冷冻整鸡样本中猪红斑丹毒丝菌分离株的生物学特性,为该菌科学有效防控提供理论依据。 展开更多
关键词 猪红斑丹毒丝菌 冷冻整鸡 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法 基因组 生物学特性
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海南培育出高产高淀粉木薯新品种
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《种业导刊》 2014年第10期32-32,共1页
木薯既是重要的粮食作物,也是重要的能源植物。近日,国家973计划项目“重要热带作物木薯品种改良的基础研究”在海口通过课题验收。项目完成木薯野生祖先种和栽培种两个全基因组测序,覆盖基因区遗传密码的95%,发现2.8万余个共有... 木薯既是重要的粮食作物,也是重要的能源植物。近日,国家973计划项目“重要热带作物木薯品种改良的基础研究”在海口通过课题验收。项目完成木薯野生祖先种和栽培种两个全基因组测序,覆盖基因区遗传密码的95%,发现2.8万余个共有基因模型,以及栽培与野生种中特有的基因。尤为重要的是,通过比较基因组和转录组,首次揭示了栽培木薯高光效、光合产物运输及淀粉高效积累途径基因的进化特征,据此提出了木薯碳硫分配和块根淀粉高效积累模型,为木薯分子辅助育种奠定了良好的基础。项目组专家们还创建木薯基因组数据库;设计了基因的系统检索工具;发展了生物技术育种新技术,结合常规育种培育出淀粉改性(包括糯性)、抗产后生理衰变PPD及高淀粉、高产量的木薯新种质和新品种,比如SCl2、新选048两个新品种,以及一批兼具耐寒、高产高淀粉的新种质,为木薯产业的良性发展提供了新的契机。 展开更多
关键词 育种培育 新品种 基因组 木薯产业 粉条 海南 光合产物运输 分子辅助育种
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基质辅助激光解析电离飞行时间质谱快速检测产KPC型肺炎克雷伯菌
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作者 方寅飞 吴朝霞 +1 位作者 何思颖 项曦 《中国卫生检验杂志》 CAS 2023年第6期675-678,共4页
目的采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选产KPC型肺炎克雷伯菌(KPC-Kp)的特征峰,建立快速检测KPC-Kp的方法。方法收集耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)共37株,PCR方法检测常见碳青霉烯酶耐药基因(bla_(KPC)、bla_(NDM)... 目的采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选产KPC型肺炎克雷伯菌(KPC-Kp)的特征峰,建立快速检测KPC-Kp的方法。方法收集耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)共37株,PCR方法检测常见碳青霉烯酶耐药基因(bla_(KPC)、bla_(NDM)、bla_(VIM)、bla_(IMP)和bla_(OXA-48-like));全基因组测序分析CRKP菌株的相关遗传特性,包括多位点序列分型(MLST)和bla_(KPC-2)基因周围环境;用布鲁克ClinproTools 3.0软件以及Flexanalysis 3.0图谱分析软件筛选出KPC-Kp的特征峰,分析特征峰与KPC-Kp的MLST分型和blaKPC-2基因周围环境的关系。结果PCR结果显示,35株CRKP携带blaKPC-2基因,2株CRKP携带blaNDM-1基因。MLST分析结果显示,37株CRKP共有5个ST型,其中35株KPC-Kp分为3个ST型,分别是ST11型(28株)、ST252型(5株)、ST111型(2株)。blaKPC-2基因周围环境分析结果显示KPC-Kp共有3种核心结构,包括ISKpn27-blaKPC-2-ISKpn6、IS26-ISKpn27-bla_(KPC-2)-ISKpn6和bla_(KPC-2)-ISKpn6。MALDI-TOF MS筛选获得KPC-Kp的特征峰为(4521±1)m/z和(4514±1)m/z,灵敏度分别为34.3%和5.7%。结论MALDI-TOF MS可检出产KPC型肺炎克雷伯菌的特征峰为(4521±1)m/z和(4514±1)m/z,对快速检测KPC-Kp具有临床价值。 展开更多
关键词 产KPC型肺炎克雷伯菌 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱 特征峰 基因组 多位点列分型
原文传递
Modular Design and Genome-wide Association Analysis Will Become Important Means of Molecular Breeding in Future
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《Bulletin of the Chinese Academy of Sciences》 2014年第1期70-72,共3页
In recent years,with the rapid development of interdisciplinary studies such as molecular biology,genomics and systems biology,and with the breakthroughs in genome sequencing and other technologies,molecular marker-as... In recent years,with the rapid development of interdisciplinary studies such as molecular biology,genomics and systems biology,and with the breakthroughs in genome sequencing and other technologies,molecular marker-assisted selection and transgenic technology gradually became two important means of plant/animal breeding.Despite of the achievements,however,there are a number of problems in molecular breeding that need to be addressed immediately.As the major agronomic and economic traits of plants or animals are usually very complex and controlled by multiple genes,the modifi cation of a single or several functional genes is inadequate for the overall improvement of the target’s complex traits.Thus efficient,targeted 展开更多
关键词 分子生物学 模块化设计 关联分析 基因组 分子标记辅助选择 基因技术 系统生物学 基因组
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