福建省1例不明原因肺炎病例中甲型H1N1流感病毒的全基因组特征分析

目的了解1例不明原因肺炎病例中甲型H1N1流感病毒的生物学特性和变异情况,为临床治疗与疫情防控提供依据。方法利用MDCK细胞分离不明原因肺炎病例中的甲型H1N1流感病毒,分离的毒株经全基因组测序后分析其抗原性、致病性和耐药性等特征。结果从该病例的咽拭子标本中分离得到1株甲型H1N1流感病毒并命名为A/FujianGulou/SWL64/2016(H1N1),其8个节段的核苷酸和氨基酸序列与A/California/07/2009(H1N1)疫苗株的相似性分别为96.9%~98.9%和96.7%~99.5%。氨基酸序列分析显示HA蛋白共有18个位点发生突变,其中K163Q、S185T、S203T和D222N变异涉及到3个不同的抗原位点,提示病毒发生抗原漂移;与受体结合位点相关的D222N突变还提示病毒感染下呼吸道的能力增强。耐药性分析显示该病毒对金刚烷胺耐药,对达菲仍然敏感。结论本次研究的甲型H1N1流感病毒具有抗原漂移现象,且具备引发重症肺炎的分子特征,应进一步加强监测,为疫情防控奠定基础。

柯萨奇病毒B组3型天津分离株的全基因组特征分析

目的对天津市柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B3,CVB3)分离株进行基因分型及全基因组特征分析,完善天津市CVB3病毒进化信息,为相关疾病的监测预警提供依据。方法对在天津分离到的5株CVB3毒株提取病毒RNA,通过反转录酶-聚合酶链锁反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增病毒全基因组序列,使用二代测序方法进行全基因组序列测定,对病毒全基因组序列进行系统进化与重组分析。结果本研究中5株CVB3毒株开放阅读框1(open reading frame,ORF)均含有6555个核苷酸,编码2185个氨基酸,ORF2均由编码68个氨基酸大小的序列构成。核苷酸序列相似性为78.3%~100%,氨基酸序列相似性为95.7%~100%。而5株病毒与病毒原型株相比,核苷酸序列相似性为78.2%~79.1%,氨基酸序列相似性为94.9%~95.3%。5株病毒均在VP2蛋白上出现T151A位点突变,此外脑炎分离株还存在VP2蛋白K158E位点突变,1株生活污水分离株在5'非编码区存在C234T突变。5株病毒分属2个不同基因型,其中2016年的脑炎分离株属于D基因型,而2021年的外环境生活污水分离株属于E基因型,这也是我国北方地区首次报道E基因型CVB3。本研究的CVB3毒株在非结构蛋白区可能存在重组事件,其中脑炎分离株可能与1株柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CVB5)毒株发生重组,而生活污水分离株与1株埃可病毒18型(ECHO virus 18,E18)毒株存在重组事件。结论天津市CVB3分离株分属D与E基因型,病毒基因组在非结构蛋白区可能存在重组事件。外环境生活污水中CVB3病毒基因组分析结果提示天津市人群有CVB3感染存在,同时其流行优势基因型可能发生了转变。

猪繁殖与呼吸综合征病毒GX1001株和GX1002株全基因组分子特征分析

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况及分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增2010年PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株基因片段,经克隆、测序、拼接,获得2个分离株的全基因序列。结果显示,不包括Poly(A)尾,GX1001株、GX1002株基因组全长分别为15329和15318bp。同源性分析结果表明,2个分离株间全基因组核苷酸序列同源性为99.3%,与国内外北美洲型代表毒株间的全基因组核苷酸序列同源性为84.9%～99.5%,与欧洲型代表毒株间的同源性为61.5%～61.9%。序列分析结果表明,2个分离株的NSP2编码区均存在第481和533-561位,共30个氨基酸的不连续缺失,具有PRRSV高致病性变异毒株(HP-PRRSV)的遗传特征,但分别在不同区域出现新的突变、缺失及插入等变异现象。遗传进化分析结果表明,所有美洲型毒株可分为4个亚群,GX1001株和GX1002株均属于以高致病性JXA1株为代表的第4亚群。上述结果表明,本研究获得的PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株均属于HP-PRRSV,但其基因组在不同区域发生了新的遗传变异现象。

一株神经氨酸酶H275Y突变的甲型H1N1流感病毒全基因组序列特征分析

目的了解1株含有神经氨酸酶H275Y突变的甲型H1N1流感病毒的变异情况及遗传进化特征,为疫情防控和治疗用药提供依据。方法选取长春市2018-2020年度甲型H1N1流感病毒分离株,PCR扩增NA基因并进行序列测定,筛选出1株甲型H1N1流感病毒株A/Jilin-Chaoyang/SWL112/2019(H1),含有神经氨酸酶H275Y耐药位点的突变,对其进行全基因组测序分析。结果流感病毒A/Jilin-Chaoyang/SWL112/2019(H1)8个节段与早期疫苗株A/California/07/2009相比,核苷酸的同源性为96.1%-98.3%,氨基酸同源性为94.9%-99.2%;与同期疫苗株A/Brisbane/02/2018相比,核苷酸的同源性为98.8%-99.7%,氨基酸同源性为98.7%-100%。其HA基因和NA基因在各自的系统进化树上都属于6B.1A5簇,其NA基因具有H275Y耐药位点突变,M2基因具有S31N耐药位点突变。结论本次研究的甲型H1N1流感病毒,具有金刚烷胺类药物和奥司他韦耐药位点突变,未来仍应加强耐药位点监测,为预防甲型H1N1流感大流行提供参考依据。

四川省首起登革热本地传播疫情登革病毒全基因组特征及溯源分析

目的对2019年四川省发生的首起本地传播登革热疫情中检出的登革病毒进行全基因组测序,分析病毒分子生物学特征并探讨其可能的来源。方法对实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测为阳性的本地病例标本提取核酸并扩增全基因组序列和测序,测序后进行同源性、系统进化分析和变异分析。结果通过基因扩增和序列测定获得1株病毒全基因组序列和2株包括E基因的全基因组部分序列,全基因组序列全长10706 bp,编码3393个氨基酸;同源性和系统进化分析显示,本次疫情流行株与2019年我国广州市分离株、2019年广州市分离的柬埔寨输入株、2019年云南省分离株、2017年越南分离株以及2016年新加坡分离株的同源性较高,系统进化属于同一分支;与登革1型原型株相比本次流行株散在分布有589个核苷酸变异和64个氨基酸突变,但影响毒力的主要氨基酸位点没有改变。结论2019年四川省首起登革热本地暴发疫情可能由柬埔寨输入病例引起,其病原体为登革1型病毒基因Ⅰ型;本次四川省流行株的毒力相关基因没有明显改变,但其在某些相关区域发生点突变的生物学意义有待进一步研究。

福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源。方法选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序。应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别。应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源。结果成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29 883 bp,平均测序深度达25 762×,覆盖度达98.61%;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致。结论本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义。

全基因组分子特征的中枢神经系统的原始神经外胚层肿瘤和pineoblastoma

神经肿瘤杂志。2011微克；13（8）：866-79。铣刨机，罗杰斯，里昂19，兰德，一damowicz-brice米，克利福德，海登特里，戴尔，普菲斯特，科尔舒诺夫，布伦特勒玛罗易，科伊尔，格兰德·

内蒙古自治区2015-2018年B Yamagata系流感病毒全基因组序列分析

目的了解2015-2018年内蒙古自治区B Yamagata系流感病毒的全基因组序列特征。方法采集流感样病例呼吸道标本进行流感病毒分离,提取病毒RNA,采用一步法RT-PCR扩增病毒全基因组序列并测序,通过生物信息学软件分析病毒基因特征。结果本次研究的B Yamagata系流感病毒全基因与B/Phuket/3073/2013疫苗株的核苷酸同源性在97.7%～99.9%之间;B/Inner Mongolia/1200/2015和B/Inner Mongolia/1178/2015毒株发生抗原漂移,并出现HA-BY/NABV系间重配现象;所有毒株对神经氨酸酶抑制剂敏感。结论 2015-2018年内蒙古自治区B Yamagata系流感病毒抗原性和基因特征在逐渐发生变异,出现系间重配株,部分流感流行株与疫苗匹配性不佳。

连云港市6例新冠感染病例样本病毒全基因组测序分析

目的应用高通量测序技术,从新冠感染病例样本中直接测定新冠病毒基因组,获得全基因组序列,分析基因组特征和变异情况,进行分子溯源。方法采用Illumina iSeq100二代测序平台对连云港市6例不同时期新冠感染确诊病例的呼吸道样本进行全基因组测序,运用多种在线病毒变异分析平台分析病毒基因变异情况,用CLC、MEGA等多种生物信息学软件分析病毒全基因组序列,并结合病例的流行病学资料,推断病毒的来源。结果成功从6份样本中获得29873~29903 bp长度的基因组序列,基因组覆盖度91.0%~100.0%,与Wuhan/WH01/2019株相比,分别检出28、56、82、75、78、79个核苷酸位点突变,涉及19、40、62、52、56、57处氨基酸变异,非同义突变占比分别为67.9%(19/28)、71.4%(40/56)、75.6%(62/82)、69.3%(52/75)、71.8%(56/78)、72.1%(57/79)。进化分析显示,6份样本分属于B.1.351(LYG20210406)、AY.42(LYG20210723)、BA.2.3(LYG20220312)、BA.2.2.1(LYG20220709)、BA.2.76(LYG20220825)、BA.5.2(LYG20221006)进化分支,LYG20210406与菲律宾流行株密切相关,LYG20210723、LYG20220312、LYG20220709、LYG20220825和LYG20221006与同时期国际流行新冠株基因组序列相似性高,与各自流行病学调查结果一致。结论本研究中的二代测序方法和数据分析流程可用于新冠病毒的变异分析和分子溯源,在地市疾控应用前景好,对新冠疫情防控具有重要意义。

1株多黏菌素和替加环素耐药的肺炎克雷伯菌基因组特征分析

目的本研究对1株分离自2009年的多粘菌素和替加环素耐药菌进行分析,探讨耐药质粒结构及基因遗传环境,为多药耐药菌的防控提供依据。方法对菌株进行多黏菌素和替加环素耐药基因筛查,获得1株mcr和tet(M)阳性菌株(编号为GZ12244)。使用vitek-2进行菌种鉴定,采用微量肉汤稀释法进行药敏试验,运用全基因组测序和生物信息学手段对其分子分型、耐药基因、插入序列、质粒结构、基因遗传背景进行分析。结果菌株GZ12244为肺炎克雷伯菌,对多黏菌素B、替加环素、头孢呋辛、四环素等耐药,并携带mcr-1、tet(M)等多种耐药相关基因,且部分具有抗生素外排和抗生素靶点改变作用的耐药基因存在氨基酸取代突变。mcr-1与tet(M)共存于一个质粒,mcr-1侧翼包括两个插入序列ISApl1,tet(M)基因上下游存在IS15、IS1D、ISEc63等插入序列。结论肺炎克雷伯菌GZ12244为多重耐药菌株,耐药基因存在于质粒中,上下游的移动元件使耐药基因存在潜在传播的可能。

猪繁殖与呼吸综合征病毒HN-HW株全基因组分子特征分析

利用RT-PCR方法扩增得到猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒(PRRSV)HN-HW分离株全长基因组的17个片段。拼接后发现该毒株基因组全长为15 334nt(包括poly A尾巴),与国内外14株美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于85.3%～99.4%之间,而与欧洲型PRRSV Lelystad Virus(M96262)和SD01-08(DQ489331)分离株全序列相似性仅为59.7%和59.9%。序列分析表明,该毒株包括189nt的5′UTR,14 981nt的蛋白编码区和150nt的3′UTR及14nt的poly(A)尾巴。同美洲标准株ATCC VR-2332相比,Nsp2存在30个氨基酸的缺失。本研究结果补充了PRRSV毒株的基因组信息数据,为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础。

一起季节性H3N2流感引起的学校聚集疫情全基因特征分析

分析一起学校季节性H3N2流感聚集疫情的流行特点和全基因组特征,为学校流感防控提供研究数据。对一起学校流感聚集疫情进行流行病学调查,采集咽拭子标本17份进行流感病毒核酸检测、病毒培养和全基因组测序,利用生物信息学软件分析基因进化变异特征。4份咽拭子标本季节性H3N2流感病毒核酸检测阳性,培养流感病毒毒株2株。2株毒株序列同源。同疫苗株A/Kansas/14/2017相比,8个基因节段的一致性范围是96.71%~98.88%。在进化树上,2条序列与疫苗株不在同一进化分支,亲缘性较远。HA蛋白信号肽发生2个氨基酸变异,抗原表位和受体结合位点分别发生5处和2处氨基酸变异。2条序列均发生金刚烷胺耐药位点变异,均未发生神经氨酸酶抑制剂耐药位点变异。2条序列的PA均发生K158R变异,PB2均发生K340R变异。该起学校聚集疫情由季节性H3N2流感病毒引起,病毒抗原已经发生漂移,应加强学校流感疫情监测和防控。