应用全基因组甲基化芯片筛选结直肠腺瘤基因启动子区甲基化标志物

目的应用全基因组甲基化芯片筛选结直肠腺瘤基因启动子区甲基化标志物。方法选择2013年1月至2014年12月在广西壮族自治区人民医院及广西医科大学第一附属医院住院的进展期结直肠腺瘤患者9例(腺瘤组),另选择经肠镜排除炎症性肠疾病、癌前病变及癌的患者20例作为对照组。腺瘤组于内镜下切除结直肠腺瘤标本(直径≥2 cm),对照组取结直肠黏膜标本(结肠黏膜13例,直肠黏膜7例)。提取组织DNA,应用全基因组甲基化芯片进行甲基化检测,通过生物信息学分析筛选差异甲基化基因启动子区甲基化标志物。结果以Δβ≥|0.4|,在基因启动子区共发现1870个差异甲基化标志物,1524个为高甲基化标志物,346个为低甲基化标志物,其中包含929个启动子差异甲基化基因。GO分析结果显示,启动子差异甲基化基因主要在化学性突触传递、神经系统发育、细胞外基质组织、细胞外基质结构成分、RNA聚合酶Ⅱ调控区序列特异性DNA结合、序列特异性DNA结合、质膜、蛋白质类细胞外基质、细胞膜等注释条目中出现富集。KEGG_Pathyway分析显示,启动子差异甲基化基因主要参与了神经活性的配体-受体相互作用、尼古丁成瘾、钙信号通路等信号转导通路。结论应用全基因组甲基化芯片筛选结直肠腺瘤甲基化标志物有助于探讨结直肠腺瘤的发病机制,为疾病的早期诊断提供线索。