NGS panel与全基因组SNP芯片在胚胎植入前地贫检测中的应用比较

目的比较NGS panel与全基因组SNP芯片对胚胎植入前地贫的检测性能。方法以胚胎植入前地中海贫血诊断国家参考品为对象,采用NGS panel靶向捕获致病区域SNP位点并进行文库构建,illumina-Miseq平台测序;同时采用全基因组SNP芯片(CytoSNP-12,v2.1)进行杂交检测,iScan芯片平台扫描,最后均在嘉宝仁和公司PGXCould平台进行信息学分析。结果两种试剂在国家参考品HBA基因上游2 Mb范围及HBB基因上下游2 Mb范围内均获得2个以上有效位点,但均未在HBA基因下游0~1 Mb范围内检测到有效位点。在HBA基因下游1~2 Mb范围内,除CNGB030015样本两种方法均未获得有效位点外,NGS panel在其它样本上获得的有效位点数总体多于芯片法,且部分样本中还检测到了STR位点;两种试剂均可实现HBA和HBB基因4个家系单体型构建,但CytoSNP-12(v2.1)对于1号家系HBA基因致病性判断存在风险。结论针对地贫国家参考品,两种试剂均能够对HBB基因致病性做出判断,但针对HBA基因的致病性判断,芯片方法在部分家系中存在一定风险。

基于全基因组序列的水稻基因组系统研究

“水稻基因组计划”是继人类基因组计划之后的,第一个大型农作物基因组计划。中国在激烈的国际竞争中,领先、独立完成了中国水稻基因组的序列框架图和精细图的绘制,成功研制了世界上第一套全基因组水稻基因芯片。开展了基因组学的系统研究:从籼、粳稻基因组的比较到序列多态性研究;从基因表达到蛋白质图谱,全方位的对水稻从胚芽到成熟的生长发育过程,进行了基本信息的采集和研究。揭示了水稻在家养化进化过程中基因变异和演化的基本规律,及人工选育过程中产生的性状与野生稻性状的关系和分子机理,为全面探讨水稻的一般遗传规律及高产、优质、抗逆的性状的选择奠定了坚实的基础,也为生态和生物多样性保护及选种育种提供了理论依据。 “中国杂交水稻基因组计划”的阶段性成果,不仅在大科学工程研究上创造了低投入高产出的世界性范例,也开创了对一个重要农业物种进行原创性的,结构与功能,基础与应用相结合的系统研究先例。是中国在生命科学的系统研究领域中标志性的一大步。其成果无疑会对未来世界和中国的农业科学发展产生巨大而深远的影响。中国在高通量生物技术和高性能海量生物信息处理分析方面已经跻身于世界强国之列。

高通量全基因组检测防控遗传性出生缺陷新进展

高通量全基因组检测技术在遗传性疾病诊断中的大规模应用和推广,正在快速推进染色体病诊断的速度和基因病诊断的广度。随着越来越多出生缺陷遗传性病因的明确,出生缺陷精准防控技术的普及性应用已经成为可能。本文围绕高通量全基因组检测的两大主流技术:染色体芯片和新一代测序,对有关技术在遗传性出生缺陷防控中的应用进展作一述评。

我国甘薯E病毒全基因组序列特征及荧光定量检测技术的建立

【目的】甘薯E病毒(sweet potato virus E,SPVE)是甘薯上新发现的一种病毒。本研究对我国甘薯E病毒江苏徐州分离物(SPVE-XZ)的全基因组序列进行测定,分析该病毒基因组序列特征,并建立针对SPVE的荧光定量(quantitative PCR,qPCR)检测技术,为监测SPVE发生分布、检测种薯种苗中SPVE带毒情况并及时防控该病毒提供理论依据和技术支持。【方法】采用small RNA深度测序,结合RT-PCR和RACE技术,获得SPVE-XZ的全基因组序列,利用MegAlign、MEGA11等软件对获得的全基因组序列进行序列比对、系统发育关系分析。设计SPVE荧光定量检测引物,并通过对退火温度及引物浓度的优化,建立针对SPVE的qPCR检测方法,测定其特异性和灵敏度,应用于江苏省和山东省田间甘薯样品的检测。【结果】除ploy(A)外,所获得的SPVE-XZ全基因组序列全长为10919 nt,包含1个长为10560 nt的开放阅读框(open reading frame,ORF),编码3519 aa的多聚蛋白。5′非翻译区(5′untranslated region,5′UTR)和3′非翻译区(3′UTR)分别为129和230 nt。在P1和P3蛋白内分别包含由移码产生的PISPO和PIPO蛋白。全基因组序列分析表明,SPVE-XZ与韩国SPVE GS分离物(SPVE-GS)全基因组核苷酸一致率最高,为98.6%,多聚蛋白氨基酸一致率为98.5%。利用邻接法基于cp基因核苷酸序列和多聚蛋白氨基酸序列构建的系统进化树发现,SPVE-XZ与SPVE-GS均聚类在一起。建立的SPVE荧光定量检测体系可检测到SPVE,而甘薯病毒2(sweet potato virus 2,SPV2)、甘薯C病毒(sweet potato virus C,SPVC)、甘薯G病毒(sweet potato virus G,SPVG)、甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)、甘薯褪绿矮化病毒(sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)、甘薯潜隐病毒(sweet potato latent virus,SPLV)、甘薯褪绿斑病毒(sweet potato chlorotic fleck virus,SPCFV)、黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)均未能检测到;灵敏度可达3.12×102 copies/μL,是常规PCR 100倍。应用建立的qPCR检测方法,在山东省采集的6个样品和江苏省采集的52个样品中,分别在1个样品和13个样品中检测到SPVE。【结论】SPVE-XZ的全基因组大小为10919 nt,与韩国SPVE-GS基因组结构一致;建立的qPCR检测体系对SPVE灵敏度高、特异性强,可用于对SPVE的快速检测。

新型水稻全基因组育种芯片研发成功

日前，从中国中化集团公司下属中种公司获悉，继2012年5月设计制作出全球首张水稻全基因组RICE6K育种芯片之后，中种公司与合作伙伴又共同合作开发出SNP标记分布密度更高、基因型检测更精准的RICE60K全基因组育种芯片，并已申请PCT国际专利。

新型水稻全基因组育种芯片研发成功

日前，从中国中化集团公司下属中种公司获悉，继2012年5月设计制作出全球首张水稻全基因组RICE6K育种芯片之后，中种公司与合作伙伴又共同合作开发出SNP标记分布密度更高、基因型检测更精准的RICE60K全基因组育种芯片，并已申请PCT国际专利。

更精确水稻全基因组育种芯片研发成功

继2012年5月设计制作出全球首张水稻全基因组RICE6K育种芯片之后，中种公司与合作伙伴又共同合作开发出SNP标记分布密度更高、基因型检测更精准的RICE60K全基因组育种芯片，并已申请PCT国际专利。

基于液芯波导原理的微流控芯片长光程光度检测系统

提出了一种基于液芯波导 ( Liquid core waveguide,LCW)原理的微流控芯片吸收光度检测系统 .通过芯片与外界接口技术实现液芯波导管与芯片的耦合 ,建立了芯片上长光程 (毫米至厘米级 )吸收光度检测池 .采用邻菲啉 -铁 ( )显色体系验证系统分析性能 ,以 5 .5 cm外覆 Teflon AF液芯波导管作为检测池 (检测池体积 2 40 n L)时 ,芯片系统的检测线性范围为 0 .0 3～ 5 0μmol/L,对邻菲啉 -铁 ( )配合物的检出限为8nmol/L,检测池有效光程达 1 .7cm,分析精度 RSD( n=5 )为 0 .8% .

基因芯片技术快速检测SARS病毒

本研究以SARS冠状病毒TOR2株序列为设计标准,研制出用于检测SARS病毒的全基因芯片,芯片探针长度为70nt,相邻探针序列重复25nt,共660条病毒探针,覆盖了SARS冠状病毒的全部序列,另外设计了内对照探针和阴性对照探针。应用该基因芯片对病人、出入境食品、动植物及其产品进行检测,结果表明基因芯片技术检测SARS冠状病毒灵敏度高、特异性强、准确性好,稳定快速,在检验检疫中应用是可行的。

微型全分析系统在肝功能荧光检测中的应用

生物芯片中的微型全分析系统(μ-TAS)的研究和应用,近年有了很快的进展。本文对μ-TAS技术做了简要的介绍,并对其在肝功能荧光标记检测方面的应用做了阐述。

微全分析系统的检测技术及其发展动态

本文在介绍微全分析系统的历史及其特点的基础上,总结了现行的检测技术,并就微全分析系统的发展与应用进行了展望。

微全分析系统在检测仪器微型化中的应用

介绍了微全分析技术结合LabVIEW软件技术在仪器微型化发展中的应用,主要从试样引入,反应,分离和检测等方面进行了讨论。

拟南芥HMGs家族成员全基因组分析

高迁移率族蛋白是一种非组蛋白染色体蛋白质。文中通过生物信息学的方法鉴定到17个HMGs家族基因,利用在线工具分析了HMGs家族基因的组成以及染色体定位信息,利用Clustal-W以及MEGA4.0软件构建了拟南芥HMGs家族的系统发育树,利用通过查询基因芯片结果分析了该家族基因的不同组织部位的表达情况,并推测了部分基因的功能,为进一步研究HMGs家族基因的功能提供了参考。

微流控芯片技术在临床检测中的应用进展

临床检测微流控芯片是微全分析系统的一个重要研究前沿。根据检测对象和检测方法的不同,本文从免疫分析、蛋白质分析、核酸分析、细胞分析和小分子分析5个方面对微流控临床检测的最新技术进行了全面地评述。引用文献45篇。

微流控芯片中超微电极的制作及其在芯片-电化学检测中的应用

设计并制作了集成有超微电极的玻璃微流控芯片 .在电化学检测芯片 1 (EC-1 )中 ,以光刻方法制作1 3μm宽的 Pt超微电极 ,距分离管道末端 30μm,优化电极体系和分离电压 ,检测了电泳分离的神经递质 .在电化学检测芯片 2 (EC-2 )中 ,制作 7μm宽的超微电极 ,在其上游集成城墙式的膜结构 ,进一步腐蚀后的膜厚度为 1 0μm,具有良好的导电性和散热性能 ,成功地将高压电场截至在超微电极之前 ,具有进一步应用于电化学检测的能力 .

芯片毛细管电泳电化学检测

电化学检测以其固有的灵敏度高、选择性可调、便于微型化、低功耗、低成本等特点,已成为芯片毛细管电泳系统中颇具潜力的检测方法。本文综述了近年来芯片毛细管电泳电化学检测技术的研究进展,包括芯片设计、加工、检测系统、检测方法等,并展望其发展方向。

微流控芯片荧光检测的研究

微流控芯片以其微型、快速、高效和低耗等特点而成为当今分析科学的研究热点之一。文章介绍微流控芯片的特点、应用及检测方法,讨论激光诱导荧光检测光路的特点,并给出半导体激光器光斑测量的实验结果。

微流控芯片测定滴鼻液中的盐酸萘甲唑啉

建立了微流控芯片非接触电导检测法测定盐酸萘甲唑啉的分析方法。探讨了缓冲液种类、浓度，添加剂种类、浓度以及分离电压等因素对分离检测的影响。优化选择20mmol／L H3BO3＋10mmol／L Tris（pH7．5）缓；中溶液，2mmol／L β-CD添加剂．分离电压2．70kV时，3min内可实现盐酸萘甲唑啉的快速分离检测。在优化条件下，盐酸萘甲唑啉的线性范围为20～1．0×10^3μg／mL（r=0．995），检出限为5．0μg／mL（S／N=3），RSD为2．5％，加标回收率为98．3％～101％。