芥菜BjuBBX基因家族全基因组鉴定与分析

BBX蛋白质是植物中广泛存在的锌指转录因子,参与种子萌发、下胚轴生长、开花、昼夜节律和逆境响应等发育过程,利用芥菜(Brassica juncea)基因组数据,通过TBTools等软件筛选鉴定出82个芥菜BjuBBX家族基因,可分为5个亚家族,具有较高的群体特异性。染色体分布和共线性分析表明,基因重复事件对芥菜基因组中BjuBBX基因的扩增至关重要,群类间的进化速率和氨基酸性质的变化很可能会导致其功能分化。顺式作用元件分析表明:BjuBBX家族成员的启动子大多富集了光信号、激素响应和胁迫应答等途径的顺式元件。同时,基于芥菜茎膨大、高温和干旱胁迫的转录组数据分析表明,GroupⅠ中BjuBBX基因在茎膨大过程中呈较高表达,且在不同阶段具有表达的时空特异性;BjuBBX8-3、BjuBBX11、BjuBBX24-4等基因的表达会积极响应高温和干旱胁迫,暗示其在逆境应答中具重要功能。这为进一步解析BjuBBX家族在芥菜中的生物学功能奠定基础,为芥菜等十字花科作物的生物育种提供了借鉴。

黄翅大白蚁后肠优势菌大白蚁营发酵菌的全基因组序列分析

【目的】营发酵单胞菌属Dysgonomonas是黄翅大白蚁后肠的第二优势微生物。前期研究中,我们从黄翅大白蚁后肠分离出一种命名为大白蚁营发酵菌的新菌。为深入了解大白蚁营发酵菌在宿主白蚁体内发挥的作用和功能,有必要解析大白蚁营发酵菌的基因组序列信息。【方法】使用Illumina Miseq测序平台获取该菌的全基因组序列,将其全基因组序列经过注释的基因蛋白质序列提交COG和KEGG数据库进行BLASTp比对分析,确定该菌潜在的重要酶类和代谢途径,并对个别纤维素酶活进行检测。【结果】大白蚁营发酵菌整个基因组大小为4655756 bp,GC含量为38.54%,DDBJ数据库登录号为BBXL01000001–BBXL01000078。生物信息学分析结果表明菌株大白蚁营发酵菌具有多个木质纤维素降解酶基因,且具备完整的木质纤维素降解和乙酸、乳酸生成通路。此外发现该菌株中存在与氮源代谢和抵御病原体相关的基因。【结论】本研究首次解析大白蚁营发酵菌的全基因组序列,了解其基因组基本特征,初步探讨了该菌降解木质纤维素的过程,为细菌协助宿主白蚁降解木质纤维素提供了理论基础,同时为该菌可能参与宿主白蚁氮源代谢和抵御病原体入侵提供了依据。