浙江楠全基因组调查

浙江楠是重要的材用和园林绿化树种,但对其分子生物学的研究有限,全基因组测序成为深入研究浙江楠分子生物学的关键。本研究利用高通量测序技术(Illumina Hiseq 2500)开展了浙江楠基因组大小测定,并利用生物信息学方法对其基因组大小、杂合率及重复序列比例等一些基本信息进行统计。结果表明:浙江楠基因组大小为1 060.06 Mb,杂合率为2.18%,重复序列比例为58.81%,GC含量为40.81%。基因组各指标的统计结果表明,浙江楠基因组较大,且具有较高的杂合率,测序难度较大。后续浙江楠全基因组测序需要利用二代(Illumina)与三代(PacBio)测序技术相结合的方式进行,将有利于高质量全基因组的获得。

基于流式细胞术和K-mer分析的广金钱草基因组大小估测

目的估测广金钱草的基因组大小,为广金钱草基因组测序提供依据。方法采用流式细胞术和全基因组调查(Genome Survey)相结合的方法预估广金钱草基因组大小和杂合度。以OTTO裂解液提取广金钱草细胞核,碘化丙啶对细胞核染色,以番茄为内参,运用流式细胞术预估广金钱草基因组大小;通过第二代高通量测序技术对广金钱草基因组进行低覆盖度评估,利用生物信息学方法估算GC含量、杂合率、重复序列等。结果流式细胞术估算广金钱草的基因组大小为(654.80±11.88)Mbp,经Genome Survey测定获得广金钱草有效数据99.18 Gb,总测序深度约为153.86×,估计基因组的大小约644.62 Mbp,杂合率约0.07%,重复序列含量约59.71%。结论两种方法测得广金钱草基因组大小基本一致,基因组大小适中,杂合度较低,适合进一步的结构基因组研究。

山胡椒基因组大小的估测及其重要自然群体的倍性鉴定

山胡椒是一种果实富含油脂、根茎叶具较高药用价值的经济树种。现阶段山胡椒基本处于野生状态,分析山胡椒的基因组大小特征及自然群落个体倍性,对促进该物种种质挖掘利用具有重要意义。本研究通过流式细胞术和K-mer频数分析两种方法对山胡椒基因组大小进行预测,并利用前者分析三个山胡椒自然群体(河南鸡公山,贵州梵净山和台湾地区大肚山)的个体倍性。流式细胞术以山苍子(2n=2x=24)作为内标。K-mer频数分析通过对其基因组DNA进行Illumina测序,得到过滤数据218.64 Gb。流式细胞实验结果显示,山胡椒基因组大小约为2.32 Gb,而K-mer频数分析显示其基因组大小约为2.22 Gb,杂合率为1.42%,重复率为76.75%。本研究共检测了123份个体,获得结果118份,结果显示全为二倍体。综合两种分析方法,本研究认为山胡椒是高杂合、高重复物种,基因组大小为2.22~2.32 Gb。个体倍性鉴定结果表明,不论是有性生殖还是孤雌生殖,中国境内的山胡椒野生型个体基本为二倍体,自然种群倍性处于稳定状态。研究结果可为后续山胡椒的基因组学、生殖学研究与利用等相关工作提供参考。