全基因组重测序解析重庆武隆中华蜜蜂遗传变异及种群分化特征

【目的】解析重庆武隆中华蜜蜂的遗传变异及种群分化特征,为该地区传粉昆虫的遗传多样性研究提供理论参考。【方法】对重庆武隆中华蜜蜂进行全基因组重测序,并结合我国其他地区57群中华蜜蜂的重测序原始数据进行种群遗传分化分析。【结果】测序共获得武隆中华蜜蜂有效数据(clean data)33.53 Gb,发现高质量单核苷酸多态性(SNP)位点共3886321个,小片段的插入与缺失(small indel)位点1392028个。在武隆中华蜜蜂样品中筛选出具有相同变异位点的非同义SNP突变基因589个,编码区发生small indel的基因214个。这些基因主要富集于赖氨酸降解、轴突导向、细胞外基质受体互作和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。最终获得16个具有相同SNP和small indel的突变基因,其中包括嗅觉受体基因2个、细胞色素P450基因1个。武隆中华蜜蜂与我国其他地理型中华蜜蜂可能存在显著的遗传分化,与华中中蜂和北方中蜂(陕西安康)种群的亲缘关系较近。【结论】推测氨基酸代谢、神经系统发育、嗅觉进化、抗逆性能改善以及对温度偏好性的转变与武隆中华蜜蜂适应重庆本地自然环境有关。随意引种可能导致优质中华蜜蜂品种混杂,生产性能和抗逆性能下降。因此,需要保护本土优质中华蜜蜂种质资源。

基于全基因组重测序评估郏县红牛保种群遗传多样性与群体结构

【目的】了解郏县红牛保种群的群体结构和遗传多样性,从而更好地保护和利用郏县红牛遗传资源。【方法】基于全基因组重测序技术,对30头郏县红牛的全基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行检测,并通过分析群体遗传多样性、群体结构、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)分布特征和亲缘关系,对郏县红牛保种群的保种效果进行综合评估。【结果】在30头郏县红牛个体中共检测到41215797个高质量SNPs位点;郏县红牛群体遗传多样性丰富,最小等位基因频率为0.13±0.13,多态性标记比例为0.58±0.33,期望杂合度为0.192±0.152,观测杂合度为0.191±0.158,核苷酸多样性为0.003±0.001。郏县红牛群体的有效群体含量呈逐代下降趋势,在1000代前有效群体含量为2716头,在20代前为143头;郏县红牛个体间的遗传距离介于0.80~0.89之间,平均遗传距离为0.83±0.02。聚类分析显示,30头郏县红牛共分为7个家系,15头公牛可分为5个家系;30头郏县红牛个体中共检测到5947个ROH,总长度为2.8 Gb,长度为0~0.5 Mb的ROH占比最多(73.08%),2~4 Mb的ROH占比最少(0.40%),基于ROH的平均近交系数为0.19±0.07,15头公牛的平均近交系数为0.15±0.05。【结论】郏县红牛保种群遗传多样性丰富,群体结构没有出现明显分层,整体上保持了较高水平的近交,出现了一定的近交风险,需加强选种选配工作,以确保郏县红牛遗传资源的可持续发展。

基于全基因组重测序数据的新疆褐牛基因组结构变异检测及群体结构分析

旨在鉴定新疆褐牛基因组结构变异(structure variation,SVs)特征,并在此基础上探索新疆褐牛培育过程中受到影响的结构变异。本研究基于全基因组重测序数据,利用Manta、Delly、Lumpy三款软件对新疆褐牛及其父母本(瑞士褐牛、哈萨克牛)以及中国西门塔尔牛基因组结构变异进行检测,之后利用主成分分析、构建系统发育树和遗传分化指数(F_(ST))将新疆褐牛基因组与其余3个品种进行比较分析。结果显示,4个牛品种共检测出54969个SVs,缺失型变异占比最高(56.59%),插入型变异占比最少(0.03%)。从数量上看,这些SVs在染色体上的分布呈现出随染色体号变大而逐渐减少的趋势。不同品种间存在共有变异和品种特有变异,其中地方品种哈萨克牛拥有的特有SVs数量最多。主成分分析和系统发育树结果发现,新疆褐牛同哈萨克牛和瑞士褐牛具有较近的亲缘关系。经选择信号分析、基因注释和富集分析,挖掘出了一批与产奶性状(PI 4K2A、ELOVL3、ECHS1、SCD、TCF 7L2、PNLIPRP2、BTRC、PLCE 1)、生长发育(BMP6、TLL2、MAPK9、ROR 2)、适应性(PRKC B)以及免疫(GSTO2、GSTO 1)相关的关键基因。本研究从结构变异上解析新疆褐牛的特征,并揭示一些新疆褐牛培育过程中高度分化的基因,为推动新疆褐牛的遗传改良提供了基础资料。

基于全基因组重测序研究文昌鸡产蛋性能的影响因素

旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征,深入理解影响产蛋性能的因素,为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡(35周龄,15公,20母)和30只健康江汉鸡(35周龄,10公,20母)的血液组织各3 mL提取DNA,采用全基因组重测序方法建库测序。首先,对于原始测序数据用trimmomatic软件过滤,获得高质量序列比对到鸡的参考基因组,GATK软件提取变异位点SNPs,设置参数质控去除低质量、假阳性变异位点,进一步采用snpEff对过滤的SNPs进行基因结构和功能注释。然后,比较文昌鸡和江汉鸡的群体结构差异,分别设置评估群体差异参数Fst、ROD、Tajima′s D的阈值,筛选受到选择的区域,并对这些区域的基因进行功能富集。结果表明:1)文昌鸡测序获得1.05 Tb clean data,平均每个样本大约29.97 Gb,测序深度大约28×;江汉鸡测序获得1.10 Tb clean data,每个样本大约36.72 Gb,测序深度大约35×;平均比对率>98%。2)两个群体基因结构注释总数均是内含子>基因间区>上下游调控区>编码区;系统进化树和主成分分析显示文昌鸡和江汉鸡亲缘关系较远;文昌鸡的连锁不平衡程度低于江汉鸡。3)与产蛋性能相关基因的功能富集结果主要包括3种必须氨基酸(缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸)代谢途径、钙离子沉积、金属肽酶抗氧化、肾上腺素和催乳素受体活性等功能,而且这些通路的基因都位于受到强烈选择的区域。综上所述,影响文昌鸡产蛋性能的因素主要包括必须氨基酸代谢、矿物质沉积和抗氧化、性腺激素分泌,这3个因素在进化过程中都受到强烈选择,对产蛋性能发挥重要调控作用。从进化分子遗传学角度研究鸡的产蛋机理,不但能够促进理解文昌鸡产蛋性能的进化特征,而且有助于加速高产蛋鸡品种或品系的培育。

基于全基因组重测序解析皮山红羊群体遗传结构及产羔数候选基因研究

[目的]皮山红羊是分布于新疆和田地区的新发现多羔性地方绵羊品种。本研究基于全基因组重测序技术从基因组水平上了解皮山红羊的群体遗传结构及产羔性状受选择信号区域,并对候选基因进行验证。[方法]选择30只连续产2~3羔的经产皮山红羊母羊为高繁组(high fertility, HF),30只连续产单羔的经产皮山红羊母羊为低繁组(low fertility, LF),对这两个群体进行全基因组重测序。应用主成分分析(PCA)、系统进化树、群体遗传结构及全基因组扫描(Fst&θπ)等综合分析法确定候选区域,进一步筛选皮山红羊产羔性状候选基因。采用飞行质谱分型技术对候选基因进行分型验证。[结果]皮山红羊高、低繁殖组群体连锁不平衡(LD)分析衰减曲线相似,系统进化树显示两组群体分化程度不明显。PCA结果显示,两个群体明显聚成一簇,个别个体离群,其位置及相互关系符合进化树结构以及群体结构结果。设置同时达到Top 1%Z(Fst)值和θπ值的窗口为候选区域,共注释229个强选择信号,HF和LF组注释基因分别为86和143个,其中筛选到42个可能与繁殖性状相关的候选基因,如MARF1、CHGA、BMPR1B、IMMP2L、CDK14、ZDHHC3、CCDC71、DSCAML1、LIMK2、P2RY14等。经GO与KEGG通路分析发现,GO功能显著富集在钠离子跨膜转运蛋白活性的调控、凋亡过程的调控、钠离子通道调节剂活性、G蛋白偶联受体结合、G蛋白偶联嘌呤核苷酸受体活性等条目,KEGG显著富集通路主要与信号传递、信号通路、物质代谢等通路有关。分型结果表明,MARF1基因有11个SNPs位点在皮山红羊群体中真实存在,其中,g.14023542 T>A、g.14036507 A>G、g.14046123 C>T位点与群体平均产羔数显著关联,且前2个突变位点呈现强连锁关系(r2>0.3),g.14023542 T>A位点TT基因型具有最多的平均产羔数(1.901±0.675)。[结论]皮山红羊高繁组和低繁组两个群体遗传背景相似,具有一定程度的分化,但分化不明显。MARF1、CHGA、BMPR1B、IMMP2L、CDK14、ZDHHC3、CCDC71、DSCAML1、LIMK2、P2RY14等基因可能是影响皮山红羊产羔性状的候选基因。MARF1基因的3个SNPs位点可作为皮山红羊产羔性状潜在分子选育标记。

基于全基因组重测序分析中国地方鸡的群体结构和保护优先权

[目的]旨在对中国本土鸡品种群体结构和保护优先权进行分析,促进畜牧业的可持续健康发展。[方法]收集了8个品种、共96个个体的重测序数据。通过主成分PCA分析、构建系统进化树及近交和遗传距离分析来了解群体结构,计算去除每个品种后总体基因和等位基因多样性的增减、模拟计算品种对具有最大基因多样性和最大等位基因多样性合成群体的贡献占比,进而系统评估品种保护优先权。[结果]所研究的品种可分为4个集群,其中藏鸡与其他品种分化最高,其自身分为2个亚群,其他品种则分为南北2个集群。藏鸡对遗传多样性的贡献最大;其次是文昌鸡和瑶鸡,此三者应考虑作为优先保护的品种。[结论]该研究结果将可为地方鸡品种保护与开发利用提供参考。

基于全基因组重测序分析酃县白鹅保种效果

【目的】酃县白鹅是湖南地区优秀的地方鹅种,为了解酃县白鹅的保种效果,对保种场各家系进行保种工作的评估。【方法】从酃县白鹅保种场的42个家系中各选取1只公鹅,翅静脉采血,提取DNA,进行全基因组重测序。基于保种场42只酃县白鹅公鹅的重测序数据,对其群体遗传结构和遗传多样性进行分析与评价。【结果】检测到采样群体的SNPs位点14270647个,经数据质控和过滤筛选出13696453个SNPs位点。主成分分析(PCA)结果发现,42只公鹅个体可以明显聚为3个亚群;通过群体渗透分析发现,3个亚群之间未发生明显的杂化现象(K=3)。亚群1和亚群3的群体分化指数(Fst值)为0.0842。42只酃县白鹅共检测到832条连续性纯合片段(ROH),ROH片段长度都集中在0~2 Mb区间;基于ROH得到的近交系数F ROH值为0.0130。群体的期望杂合度为0.2918,观测杂合度为0.2968,群体近亲系数(Fis)为0.036,多态信息含量(PIC)为0.266,基因多样性指数(Nei)为0.336。【结论】酃县白鹅保种场的鹅遗传多样性比较丰富,群体近交程度比较低,观测杂合度略高于期望杂合度,并无显著性差异,说明群体处于平衡状态,但部分亚群出现了中度遗传分化,后续保种过程中要使这些亚群进行杂交,以减少酃县白鹅遗传分化的程度。

基于全基因组重测序的油莎豆InDel位点鉴定及分子标记开发

选取4种不同类型油莎豆种质资源进行全基因组重测序,以此全基因组水平鉴定油莎豆的InDel位点,并根据多态性InDel位点序列信息开发有效的分子标记。基于重测序数据与油莎豆参考基因组的序列比对,利用GATK和SAMtools软件共鉴定到321271个InDel位点,在油莎豆各个scaffold上呈现高密度分布,其中93%以上位点呈现出杂合类型。通过4种油莎豆种质间InDel位点的多态性分析,发现98%的InDel位点不具有多态性,最终鉴定出6036个多态性InDel位点。基于多态性InDel位点的插入/缺失序列长度分析,筛选出829个插入/缺失序列长度大于20 bp的多态性InDel位点,适用于开发可通过琼脂糖凝胶电泳检测的InDel分子标记。选择8个多态性位点进行InDel分子标记开发和琼脂糖凝胶电泳检验,结果表明,鉴定的多态性InDel位点真实可靠以及开发的InDel分子标记合适可用。本研究利用不同类型油莎豆种质鉴定出大量的多态性InDel位点,能够开发出适合、准确、有效的InDel分子标记,极大地丰富了油莎豆的分子标记资源,为油莎豆种质资源更加精确的评价、鉴定和利用提供可靠的技术支撑。

1株ST515型多重耐药单增李斯特菌全基因组测序分析

【目的】了解1株分离自调理肉制品的单增李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)携带耐药基因、毒力基因、可移动元件情况以及遗传进化关系。【方法】以1株从新疆某地的调理肉制品中分离获得的LM菌株LM5567为研究对象,通过VITEK-2 Compact和AST-GP67药敏卡检测LM5567菌株耐药性;经全基因组测序后,对LM5567菌株进行功能注释、分子分型、遗传进化关系和耐药基因、毒力基因及可移动元件携带情况分析。【结果】LM5567菌株对苄青霉素、氨苄西林、苯唑西林、呋喃妥因、复方新诺明、四环素等抗菌药均有耐药性,其基因组全长为2.974 Mb,包含2 941个编码基因。通过GO注释共获得2 144个基因,包含了50种功能特性。多位点序列分型(MLST)分析结果显示,LM5567菌株为ST515型,与分离自不同国家的复合克隆系(clonal complex, CC)CC1菌株具有较近亲缘关系。单核苷酸多态性(SNP)分析表明,LM5567菌株与来自加拿大的菌株02_17924b、02_1103和1株来自波兰的菌株220的突变位点最少,该菌株携带88个毒力基因和6个耐药基因,存在1个转座子Tn6009并携带四环素耐药基因tetM。【结论】食源性LM5567菌株为ST515型多重耐药菌株,基因组携带多种耐药基因、毒力基因和1个转座子,具有发生耐药性转移的潜力,存在通过食物链传播引起人类李斯特菌病的潜在风险。

鹅源副鸡禽杆菌全基因组重测序及比较基因组学分析

为了分析鹅源副鸡禽杆菌(Apg)与鸡源菌株的基因组差异,对3株鹅源Apg和4株鸡源Apg进行全基因重测序及基因组分析。全基因重测序结果显示7株菌株基因组片段大小为2.567 832~2.607 127 Mb, GC含量介于40.80%~40.93%之间。SNPs同源性分析结果显示,3株鹅源菌株和鸡源C-AP3株聚集在p4chr1株的小分支上,另外3株鸡源菌株分布在其它国内菌株分支上。基因同源性分析结果显示鹅源菌株特有基因76个,鸡源菌株特有基因37个。对鹅适应性基因的筛查共聚类出79个基因,其中编码已知蛋白的基因有22个,其余编码假定蛋白;对鸡适应性基因的筛查聚类出39个基因,其中10个编码已知蛋白,29个编码假定基因。通过比较基因组学发现与Apg宿主适应性有关的基因为118个,为进一步阐释Apg跨物种感染的分子生物学机制奠定了基础。

基于全基因组重测序的罗坑鸡遗传结构分析及特征位点挖掘

本文旨在研究新资源罗坑鸡与其他著名广东地方品种鸡的遗传关系和挖掘罗坑鸡的特征性位点。对20个罗坑鸡血样进行DNA提取和30×全基因组重测序。同时,将这些数据与本课题组已有的5个广东鸡种(共77只)样本的数据相结合,采用系统进化树、主成分分析和祖先血缘成分分析等方法分析群体结构,采用群体分化指数分析方法挖掘罗坑鸡的特征位点。结果表明:系统进化树显示所有罗坑鸡在进化上明显聚为一类,与其他广东鸡种有明显分群;主成分分析发现罗坑鸡的遗传成分与其他广东鸡种有明显区分,但群体内的均一性较差;祖先血缘成分分析揭示罗坑鸡存在血缘混杂现象,纯血个体占比较少;群体分化指数分析发现罗坑鸡具有特异性的分化位点,可用于品种鉴定和提纯。本研究结果表明,罗坑鸡与其他5个品种在核基因组水平上有明显差异;存在血缘混杂现象;有独特的特异性位点。本研究结果将填补目前对于罗坑鸡研究的空白,并为未来罗坑鸡种质资源创新利用做了理论支撑。

通辽部分地区鸭源大肠杆菌耐药性检测及多重耐药菌株YA-1全基因组测序分析

【目的】大肠杆菌作为家禽最常见细菌性病原之一,其耐药性的不断增强已引起广泛关注。试验旨在了解通辽地区部分鸭场大肠杆菌的耐药性及耐药基因分布,为该地区鸭源大肠杆菌耐药性及耐药基因的研究提供参考。【方法】经16S rRNA测序、生化试验和小鼠致病性试验对送检的通辽市各旗县15份病死鸭肠道样品进行病原菌分离纯化,对分离菌株进行药敏试验及耐药基因的PCR检测,并选取多重耐药菌株进行全基因组测序。【结果】所分离的10株鸭源大肠杆菌均具有不同程度耐药性,对链霉素、环丙沙星、恩诺沙星等药物的耐药率在80%及以上,耐药基因aphA1、strB和qnrS的检出率最高,达到100%。多重耐药菌株YA-1全基因组测序证实,该菌株染色体大小为4 844 827 bp,携带3个完整的质粒,大小分别为144 776 bp(pTLYA-1)、113 584 bp(pTLYA-2)和77 544 bp(pTLYA-3)。分离菌株携带arr-3、aadA16、sul1等70个耐药基因,其中pTLYA-1中携arr-3、dfrA27、aadA16等8个可移动耐药基因,pTLYA-3中携带floR、tetA、sul2等5个可移动耐药基因,pTLYA-2中未发现耐药基因。【结论】由通辽地区部分鸭场分离的鸭源大肠杆菌存在多重耐药性,耐药水平较高,aphA1、strB和qnrS耐药基因普遍流行。

基于全基因组重测序对ARTP诱变的一株高产淀粉酶韩国普李斯特氏菌的关键基因研究

为提高一株海洋来源的韩国普李斯特氏菌(Priestia koreensis FS-1)产淀粉酶的能力,对该株菌采用常压室温等离子体(atmospheric and room temperature plasma, ARTP)技术进行了诱变选育。结果显示:经过诱变选育后得到一株产淀粉酶活力较原始菌株提高了90%且稳定遗传的突变菌株P.koreensis FS-103。为解析该突变菌株酶活力增加的分子机制,对突变菌株P.koreensis FS-103进行了全基因组重测序及比对分析研究。相关分析显示:首先,P.koreensis FS-103的基因组中乙酰化修饰、抗氧化作用以及同义突变相关的基因发生了遗传变异;其次,对COG(clusters of orthologous groups)功能和变异基因进行富集分析,P.koreensis FS-103转录、翻译和翻译后修饰过程相关基因均上调。经过ARTP诱变以后的突变菌株P.koreensis FS-103淀粉酶活力提升的原因是以上功能基因发生上调效应。

全基因组重测序及其在群体基因组学的研究方法

利用群体基因组学的工具分析重测序数据可以更好地将选择位点与种群历史相结合,精确估计有效种群规模、种群历史和种群结构,确定特定遗传位点和变异。该文简述了全基因组测序技术,介绍了其在群体基因组学的主要研究方法和实现软件,讨论了这些方法的优缺点,并提出开发新的深度学习模型和机器学习算法或许是未来改进群体基因组学研究方法的方向。

蜜蜂全基因组重测序研究进展

【目的】梳理总结近年来蜜蜂全基因组重测序相关研究情况,以期为以后与蜜蜂相关研究提供思路。【方法】检索查阅蜜蜂全基因组重测序相关文献,进行归纳总结,获得蜜蜂全基因组重测序的研究进展。【过程】自2006年以来,全基因组重测序广泛应用于蜜蜂的进化起源、遗传多样性和环境适应性等多方面的研究,大量与蜜蜂抗逆性、生长发育、气候适应等相关基因信息也逐步被研究者所熟知。【结论】随着基因组测序的飞速发展以及测序成本的降低,使得采用全基因组重测序技术对蜜蜂展开研究分析更加趋于常态化,这为挖掘更多的蜜蜂基因组信息提供便利,也为蜜蜂品种改良和保护优异的种质资源奠定基础。

基于全基因组重测序的现代马群体遗传结构和选择信号分析

本研究基于全基因组重测序数据,以全球76个马品种共406匹马为研究对象,采用主成分分析、系统发育树和祖先成分分析三种方法,在遗传学层面综合评估了现代马群体的遗传结构。此外,以核苷酸多样性为指标对现代马群体的遗传多样性进行了评估,并运用Fst和XP-EHH受选择方法检测不同马群体之间的基因组选择信号,筛选出了5个与藏马高原适应性显著相关的候选基因(HBB、EPAS1、TMEM247、RHOQ和ATP6V1E2),3个与中国西南马体型性状显著相关的候选基因(HMGA2、TBX3和TBX5),以及与欧美高度选育马的马术表演,行为和运动显著相关的基因(IGFBP3、IGFBP1、HSD7A和ADCY1)。该研究为进一步保护地方马种的种质资源提供科学依据,并揭示人工培育马种的选择方向。

基于全基因组重测序技术对平菇白色变异菌株的鉴定及遗传变异研究

以生产上收集的一个平菇白色变异菌株(Po50)、黑色出发菌株(Po51)和一个白色生产菌株(Po9)为材料,采用拮抗、酯酶同工酶和全基因组重测序方法对3个菌株进行鉴定。拮抗和酯酶同工酶结果表明,白色变异菌株和黑色出发菌株之间无明显拮抗和酶谱差异,与生产平菇白色菌株差异较大;进一步通过全基因组重测序技术鉴定结果表明,3个菌株鉴定出大量的SNP(单核苷酸多态性位点)、InDel(插入缺失位点)、SV(结构变异位点)。平菇白色变异菌株Po50检测到SNP、InDel突变总数为1504391个,生产菌株Po9检测到SNP、InDel突变总数为1371818个,黑色出发菌株Po51检测到SNP、InDel突变总数为1501877个,通过生物信息手段分析白色变异菌株黑色出发菌株以及对照菌株Po9基因组间的结构差异,获得遗传变异图谱,可以对变异菌株进行快速精准鉴定。

基于全基因组重测序检测中国地方猪的体型选择信号

[目的]利用全基因组选择信号检测方法探索中国地方猪基因组中与体型相关的候选基因,分析中国地方猪在进化和驯化过程中的受选择情况。[方法]基于310头地方猪的全基因组重测序数据,利用跨群体扩展单倍型纯合(cross population extended haplotype homozygosity,XP-EHH)和固定分化指数F ST统计量(fixation index)两种方法进行全基因组选择信号检测。取两种方法各前0.1%位点的交集作为候选位点,分别向上、下游延伸200 kb作为潜在受选择区域。通过富集分析进一步探索选择信号的生物学功能。[结果]使用XP-EHH和F ST两种方法共检测到633个潜在受选择位点,获得633个潜在区域,共注释到133个基因。数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)富集分析发现,不同体型中国地方猪之间的选择信号与肉质和胴体性状相关;染色质状态富集结果发现,不同体型中国地方猪群体之间的差异组织为内脏、消化系统和小脑。GO功能和KEGG通路富集分析发现16个基因在6个功能条目(P<0.05,count>3)上显著富集,主要集中在生长代谢相关通路,其中ACSM 5、ACSM 4、FXR 1和FOXA 2作为候选基因主要富集于脂肪酸合成与代谢、肌肉生长发育等信号通路。[结论]本研究采用两种选择信号检测方法对不同体型的中国地方猪进行了分析,筛选到一系列候选位点和基因,重点挖掘了参与猪生长发育的候选基因,如ACSM 5、ACSM 4、FXR 1和FOXA 2。

全基因组测序分析山东省胶东地区禽源弯曲菌基因组特征和耐药性

为了解山东省胶东地区禽源弯曲菌的耐药特征、毒力特征及分型遗传进化关系,对2021-2022年来自胶东地区26个养禽场的31株弯曲菌,采用肉汤稀释法进行抗生素敏感性检测,然后基于全基因组测序结果分析其耐药基因、毒力基因、多位点序列分型,并进行全基因组单核苷酸多态性(wgSNPs)遗传进化分析。结果显示:31株弯曲菌对四环素的耐药率为96.77%,对环丙沙星、萘啶酸的耐药率均为93.55%;31株菌呈现出6种耐药谱,15株菌耐3类及以上药物。基于全基因组测序结果,31株弯曲菌分为20个序列型(ST),其中结肠弯曲菌优势克隆群为CC828,空肠弯曲菌呈现多样性分布;携带喹诺酮类、四环素类、氨基糖苷类、β-内酰胺类等多种类型耐药基因,携带已知功能的6类42种毒力基因。经wgSNPs遗传进化分析,结肠弯曲菌优势克隆群CC828分布在3个小分支中,空肠弯曲菌分布在7个小分支中,分布分散。结果表明:胶东地区禽源弯曲菌耐药严重,耐药谱较广,携带的耐药基因与耐药表型有一定关系;携带毒力基因数量较多,结肠弯曲菌有优势克隆群,空肠弯曲菌ST型呈多样性,分离菌株具有较高的遗传多样性。本研究为降低禽源弯曲菌向人类传播的概率,实现“同一健康”提供了技术支撑。

全基因组测序分析生畜肉中沙门氏菌血清型、耐药性与毒力因子

了解市售生畜肉中沙门氏菌(Salmonella)血清型、序列型(sequence typing,ST)分布、耐药性和毒力因子特征,探讨ST与耐药性和毒力的关系。收集2020—2023年从生畜肉中分离的68株沙门氏菌,用血清凝集法鉴定其血清型,微量肉汤稀释法进行药物敏感检测;全基因组测序分析多位点序列分型、耐药基因与毒力因子,并结合系统发育树分析其相关性。结果表明:68株沙门氏菌可分为14种血清型,以鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌为主,ST以ST19、ST34和ST11为主;多重耐药菌株占比69.12%(47/68),对氨苄西林(76.47%)、四环素(55.88%)和萘啶酸(52.94%)耐药率较高;68株沙门氏菌均携带菌毛吸附相关因子、镁离子转运相关因子、非菌毛类吸附相关因子、调控相关因子和分泌系统相关因子;生畜肉中污染的沙门氏菌血清型种类多样,耐药性严重且携带多种毒力因子,需要加强畜类养殖和生产销售的管理。