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葡萄基因组测序及应用研究进展
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作者 杨丹妮 王子诚 +4 位作者 刘司瑜 唐美玲 高振 房经贵 上官凌飞 《中外葡萄与葡萄酒》 北大核心 2024年第2期80-91,共12页
葡萄是第一个完成全基因组测序的果树,也是目前完成全基因组测序材料最多的果树。近年来,随着测序成本的下降以及组装算法等的改进,截至2023年4月,共有49份葡萄材料完成了全基因组测序并报道。本文通过对已发表的葡萄基因组测序论文及... 葡萄是第一个完成全基因组测序的果树,也是目前完成全基因组测序材料最多的果树。近年来,随着测序成本的下降以及组装算法等的改进,截至2023年4月,共有49份葡萄材料完成了全基因组测序并报道。本文通过对已发表的葡萄基因组测序论文及其施引情况进行总结和分析,阐述了葡萄基因组测序的概况,分析了利用葡萄基因组测序解决的生物学问题,探讨了基因组测序数据的应用,展望了葡萄基因组测序的研究趋势,旨在为今后利用全基因组测序技术深入开展泛基因组学研究,解析遗传机制形成与性状调控分子机制等提供参考。 展开更多
关键词 葡萄 基因组测序 基因组数据应用 施引分析
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我国部分新型布尼亚病毒分离株全基因组序列分析 被引量:2
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作者 刘秀兰 姚学君 +2 位作者 张雪峰 管书慧 姜仁杰 《江苏预防医学》 CAS 2018年第6期623-625,648,共4页
目的 分析我国新型布尼亚病毒分离株全基因组序列,了解遗传进化特点。 方法 利用DNA STAR和MEGA 6.0软件,对GenBank数据库收录的我国75株分离株全基因组序列进行分析,构建系统进化树,并对毒株核苷酸和氨基酸突变位点进行统计。 结... 目的 分析我国新型布尼亚病毒分离株全基因组序列,了解遗传进化特点。 方法 利用DNA STAR和MEGA 6.0软件,对GenBank数据库收录的我国75株分离株全基因组序列进行分析,构建系统进化树,并对毒株核苷酸和氨基酸突变位点进行统计。 结果 75株新型布尼亚病毒分离株流行优势株为基因型C;分离株核苷酸碱基突变总数合计5 938 bp,主要为碱基转换(占79.86%);氨基酸间突变总数合计3 304 aa。 结论 我国新型布尼亚病毒全基因组序列系统进化树具有相似的拓补结构。 展开更多
关键词 新型布尼亚病毒 基因组 序列分析 GENBANK数据
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中国肉用西门塔尔牛生长曲线参数的全基因组关联分析 被引量:6
3
作者 段星海 安炳星 +5 位作者 杜丽丽 常天鹏 梁忙 杨柏高 高会江 俄广鑫 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1267-1277,共11页
旨在通过对中国肉用西门塔尔牛纵向体重性状的全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),定位与肉牛生长发育性状显著关联的候选基因。本研究利用808头中国肉用西门塔尔牛公牛0、6、12、18月龄的纵向体重数据,采用Gompertz... 旨在通过对中国肉用西门塔尔牛纵向体重性状的全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),定位与肉牛生长发育性状显著关联的候选基因。本研究利用808头中国肉用西门塔尔牛公牛0、6、12、18月龄的纵向体重数据,采用Gompertz、Logistic和Brody 3种非线性模型拟合个体的体重预测模型,估计参数A(成熟体重)、b(达到最大生长率的时间)和K(成熟率),然后以参数值为表型,BovineHD(770K)芯片数据质控后剩余671991个SNPs,利用GAPIT进行关联分析,结合基因注释筛选影响肉牛发育的候选基因。选取拟合度最高的Gompertz模型(R^(2)=0.954)确定相应参数估计值,GWAS共筛选到了9、49和7个显著的SNPs分别与A、b和K关联,且主要分布在2、3、7、9、11、14、22和25号染色体上。基因注释结果发现,PLIN3、KCNS3、ANGPTL2和ALPL与生长发育过程相关,其中KCNS3被认为是肌内脂肪含量的候选基因;IGF-1、TMCO1、PRKAG3和SHISA9影响肌肉发育过程,其中IGF-1被报道为生长发育过程的核心调控元件;ASPH基因参与调控肉牛胴体发育和肉质性状。本研究利用体重预测模型的参数估计值作为表型进行GWAS分析,定位到了一些与生长发育性状相关的候选基因,为其他纵向数据的研究提供了参考,也为调控肉牛生长发育进而提高产肉量的育种工作提供了新的候选分子标记。 展开更多
关键词 纵向数据 生长曲线 基因组关联分析 基因功能注释
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SPU测试及其在全基因组多元统计分析中的应用
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作者 罗子潇 杨永利 +2 位作者 贾晓灿 王玉平 施学忠 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2022年第4期625-628,共4页
全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)在识别疾病的常见变异方面取得了巨大进展,目前已经报道上万个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与数百种复杂疾病存在关联,这为表型变异的遗传基础提供了... 全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)在识别疾病的常见变异方面取得了巨大进展,目前已经报道上万个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与数百种复杂疾病存在关联,这为表型变异的遗传基础提供了前所未有的视角[1-2]。但GWAS是基于个体水平基因型和表型数据的分析,因此需要更有效的方法基于汇总统计数据来识别复杂疾病中的罕见变异[3-4]。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 多元统计分析 复杂疾病 基因组关联分析 统计数据 遗传基础
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雷蒙德氏棉MAPKKK基因家族全基因组筛选及其同源基因在陆地棉中表达分析
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作者 许好标 李黎贝 +2 位作者 张驰 冯震 喻树迅 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期459-473,共15页
【目的】丝裂原活化蛋白质激酶激酶激酶(Mitogen-activated protein kinase kinase kinase,MAPKKK)家族在植物的胁迫反应和发育过程中起重要调控作用。本研究旨在筛选雷蒙德氏棉MAPKKK基因并分析其功能。【方法】以已鉴定的拟南芥MAPKK... 【目的】丝裂原活化蛋白质激酶激酶激酶(Mitogen-activated protein kinase kinase kinase,MAPKKK)家族在植物的胁迫反应和发育过程中起重要调控作用。本研究旨在筛选雷蒙德氏棉MAPKKK基因并分析其功能。【方法】以已鉴定的拟南芥MAPKKK蛋白序列为种子序列,在已发表的雷蒙德氏棉全基因组数据库中,通过本地BLAST以及Pfam和SMART鉴定雷蒙德氏棉MAPKKK基因家族成员;采用MEGA5、GSDS在线工具以及Mapchart进行进化树、基因结构及染色体定位分析;利用已有的陆地棉芯片数据进行响应逆境胁迫和纤维不同发育时期的表达谱分析。【结果】系统鉴定了114个雷蒙德氏棉MAPKKK家族基因,根据基因结构及进化树分析分为Raf、ZIK和MEKK三个亚家族。染色体定位表明,该基因家族广泛分布于13条染色体上,并存在基因复制。与最近公布的78个雷蒙德氏棉MAPKKK家族基因相比对,获得序列完全相同的基因47个。【结论】上述研究结果有助于了解雷蒙德氏棉MAPKKK基因家族的进化与功能,为后续研究棉花乃至棉属MAPKKK基因的功能奠定基础。 展开更多
关键词 雷蒙德氏棉 基因组筛选 MAPKKK基因家族 芯片数据分析
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非洲猪瘟病毒全基因组170kb序列分析已完成
6
作者 房德兴 《畜牧兽医科技信息》 1996年第5期5-5,共1页
非洲猪瘟病毒(ASFV)的基因组全长170101bp核苷酸序列已测定完毕。整个基因组含有151个ORF,其中113种病毒蛋白的结构和/或功能资料已清楚。ASFV基因组编码5个多基因家族,假定膜蛋白、分泌性蛋白、参与核苷酸和核酸代谢(包括DNA修复)以及... 非洲猪瘟病毒(ASFV)的基因组全长170101bp核苷酸序列已测定完毕。整个基因组含有151个ORF,其中113种病毒蛋白的结构和/或功能资料已清楚。ASFV基因组编码5个多基因家族,假定膜蛋白、分泌性蛋白、参与核苷酸和核酸代谢(包括DNA修复)以及蛋白修饰的酶。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 序列分析 基因组 DNA修复 基因家族 分泌性蛋白 蛋白修饰 数据 病毒蛋白 膜蛋白
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我国培育出“非典”病毒全基因组芯片
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《上海医药》 CAS 2003年第6期284-284,共1页
关键词 非典型肺炎 冠状病毒基因组芯片 生物芯片技术 数据分析
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猪繁殖与呼吸综合征病毒缺失变异株的基因组特征 被引量:92
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作者 高志强 郭鑫 +2 位作者 杨汉春 陈艳红 查振林 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期578-584,共7页
对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB-2(sh)/2002的全基因组序列进行了测定与分析.该毒株基因组全长为15 373 nt(不包括PolyA尾),与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88.7%~95.1%之间.序列分析表明,该毒株是1个天然存在缺... 对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB-2(sh)/2002的全基因组序列进行了测定与分析.该毒株基因组全长为15 373 nt(不包括PolyA尾),与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88.7%~95.1%之间.序列分析表明,该毒株是1个天然存在缺失的变异毒株,其ORF1a的Nsp2存在编码12个氨基酸的连续36个核苷酸的缺失,ORF3存在编码1个氨基酸的3个核苷酸的缺失.这是国内外首次发现PRRSV存在缺失变异现象,研究结果补充和丰富了PRRSV毒株的基因组信息数据,为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础. 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 基因组特征 缺失 变异株 PRRSV 基因组序列 序列相似性 生物学特性 变异毒株 首次发现 信息数据 研究结果 分离株 国内外 核苷酸 氨基酸 分析 编码 遗传
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序列比对程序Blat在转录组数据分析中的应用 被引量:3
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作者 杭兴宜 赵东升 张成岗 《生物信息学》 2005年第2期85-88,共4页
随着功能基因组学研究领域的快速发展,人们已经开始系统地研究全基因组的转录以及全部基因发挥功能的动态机制。为实现此目标,需要从海量的转录组数据中提炼出能够揭示基因功能以及表达调控的重要信息。采用高性能的序列比对程序以满足... 随着功能基因组学研究领域的快速发展,人们已经开始系统地研究全基因组的转录以及全部基因发挥功能的动态机制。为实现此目标,需要从海量的转录组数据中提炼出能够揭示基因功能以及表达调控的重要信息。采用高性能的序列比对程序以满足规模化的比对需求是其中的瓶颈环节。通过综合比较目前流行的各种序列比对软件的性能,并针对不同的转录组数据分析任务对Blat进行详细的应用分析,结果发现,Blat能够解决转录组数据分析过程中的序列比对这一瓶颈,可广泛应用于功能基因组相关的数据分析任务。 展开更多
关键词 序列比对 数据分析 转录 程序 功能基因组 研究领域 动态机制 基因组 表达调控 基因功能 综合比较 应用分析 分析过程 规模化 性能
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基因组寡聚核苷酸频率组分差异的进化信息 被引量:1
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作者 熊远妍 王军鹏 +2 位作者 蓝一杰 文明 张尚宏 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期84-88,共5页
利用不同基因组全序列中寡聚核苷酸频率组分差异信息构建系统树,并与传统方法的建树结果比较,分析以寡聚核苷酸频率组分差异信息构建系统树的可行性及适用范围。在获得194种原核生物基因组全序列寡聚核苷酸频率数据的基础上,依据寡聚核... 利用不同基因组全序列中寡聚核苷酸频率组分差异信息构建系统树,并与传统方法的建树结果比较,分析以寡聚核苷酸频率组分差异信息构建系统树的可行性及适用范围。在获得194种原核生物基因组全序列寡聚核苷酸频率数据的基础上,依据寡聚核苷酸组分的保守性构建权重矩阵,对寡聚核苷酸组分差异加权,并尝试用绝对值距离、Lance距离、欧氏距离三种方法计算距离矩阵,再用距离法构建系统树。结果显示,该方法对科以下分类单位的建树与传统方法的建树基本一致,而对科以上的分类单位较难区分。首次利用寡聚核苷酸频率保守性进行加权,通过非比对的算法用基因组全序列建树。 展开更多
关键词 基因组序列 寡聚核苷酸 频率 系统树 信息分析 数据发掘 生物信息学
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后基因组时代个体化医学进程中的挑战与医学独立实验室的机遇
11
作者 魏利龙 王云亭 《中日友好医院学报》 2015年第3期195-197,共3页
随着后基因组时代的到来,个体化医学的理念逐渐引起医学界的重视,人类正在逐步利用个体间遗传信息的差异,对患者进行个体化诊断,并建立个体化的治疗方案达到对患者最适宜的治疗。本文对后基因组时代个体化进程中面临的问题及医学独立实... 随着后基因组时代的到来,个体化医学的理念逐渐引起医学界的重视,人类正在逐步利用个体间遗传信息的差异,对患者进行个体化诊断,并建立个体化的治疗方案达到对患者最适宜的治疗。本文对后基因组时代个体化进程中面临的问题及医学独立实验室的机遇做一综述。1后基因组时代个体化医学进程中面临的挑战随着人们对医学期望值的不断增高,传统的循证医疗模式已不能满足人类医疗方面的需求,个体化医学(per-sonalizedmedicine)应运而生。 展开更多
关键词 测序技术 华大基因 数据分析 测序法 生物信息学 医疗科研 个体差异 序列分析 检验服务 基因组测序
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首个完整西瓜果实代谢组数据库研究公布
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《农家致富》 2023年第14期21-21,共1页
日前,中国农业科学院郑州果树研究所西瓜遗传育种与栽培创新团队联合国内高校,研究公布了首个完整的西瓜果实代谢组数据库。研究通过西瓜代谢组的全基因组关联分析,揭示了西瓜进化过程中主要口感风味品质性状的逐步选择和调控机制。结... 日前,中国农业科学院郑州果树研究所西瓜遗传育种与栽培创新团队联合国内高校,研究公布了首个完整的西瓜果实代谢组数据库。研究通过西瓜代谢组的全基因组关联分析,揭示了西瓜进化过程中主要口感风味品质性状的逐步选择和调控机制。结果发现,在西瓜分化阶段,葫芦素(苦味)和类黄酮物质(涩味)是负向选择,驯化过程中单、双糖(甜味)和类胡萝卜素(色泽)被正向选择。 展开更多
关键词 负向选择 代谢组 类黄酮物质 基因组关联分析 驯化过程 创新团队 葫芦素 数据库研究
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全基因组关联研究中的统计分析方法 被引量:11
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作者 陈峰 柏建岭 +1 位作者 赵杨 荀鹏程 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期400-404,共5页
随着人类基因组计划的完成,疾病的全基因组关联研究成为可能。该类研究的数据特点是:高维、小样本。面对浩瀚的数据,传统分析方法受到严重挑战。文中介绍全基因组关联研究中的数据分析策略和步骤,包括质量控制、分析、结果表示等,... 随着人类基因组计划的完成,疾病的全基因组关联研究成为可能。该类研究的数据特点是:高维、小样本。面对浩瀚的数据,传统分析方法受到严重挑战。文中介绍全基因组关联研究中的数据分析策略和步骤,包括质量控制、分析、结果表示等,并对全基冈组关联研究的局限性和目前统计分析方法的不足进行讨论。 展开更多
关键词 基因组关联研究 质量控制 数据管理 统计分析
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DLX5基因表达及潜在调控机制预示胶质母细胞瘤不良预后 被引量:1
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作者 保肇实 王强威 王永志 《中国微侵袭神经外科杂志》 CAS 2019年第8期364-369,共6页
目的初步探究人类无远端同源框基因家族5 (distal-less homeobox,DLX 5)是否与胶质瘤病人预后相关及可能机制。方法采用来自中国脑胶质瘤基因图谱数据库(CGGA)的83个原发胶质母细胞瘤(primary glioblastoma multiform,pGBM)病人进行全... 目的初步探究人类无远端同源框基因家族5 (distal-less homeobox,DLX 5)是否与胶质瘤病人预后相关及可能机制。方法采用来自中国脑胶质瘤基因图谱数据库(CGGA)的83个原发胶质母细胞瘤(primary glioblastoma multiform,pGBM)病人进行全基因组表达芯片检测。结果在m RNA表达谱中鉴定出两组样本(称为G1组和G2组)。G1组富集基因主要与神经细胞分化和发育有关,G2组富集基因主要发挥免疫功能。在所有相关富集基因中,DLX5与病人预后显著相关(P <0.001,OR=1.255)。在83例pGBM病人中,DLX5高表达病人中位生存期47.8周,DLX5低表达病人中位生存期72.9周,DLX5高表达病人生存率较低(P <0.01)。在长生存期pGBM病人中,DLX5甲基化水平较高,且mi RNA表达水平与DLX5表达量有明显相关性。结论 DLX5高表达可作为pGBM病人不良预后标志物,为pGBM病人药物研发提供潜在靶点。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 中国脑胶质瘤基因组数据 转录基因芯片 预后分析
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复杂疾病家系关联性分析FBAT软件简介
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作者 潘发明 夏果 +4 位作者 廖芳芳 葛锐 梅杨 邹延峰 范引光 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2009年第4期429-430,共2页
关键词 统计分析软件 病家系 遗传流行病学 基因组扫描 病例对照研究 复杂疾病 候选基因 数据库结构
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多位点关联分析方法学的研究进展 被引量:2
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作者 温阳俊 冯建英 张瑾 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期1-10,共10页
多位点关联分析在人和动植物遗传研究中的应用日益广泛。本文综述了以混合线性模型(mixed linear model,MLM)为框架下多位点关联分析的主要方法及重要软件平台,包括全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)混合线性模型... 多位点关联分析在人和动植物遗传研究中的应用日益广泛。本文综述了以混合线性模型(mixed linear model,MLM)为框架下多位点关联分析的主要方法及重要软件平台,包括全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)混合线性模型方法学的建立与发展,多位点模型方法的发展,多位点GWAS混合线性模型方法的发展,以及GWAS方法学研究的影响因素,最后展望了关联分析的发展方向。 展开更多
关键词 基因组关联分析 混合线性模型 多位点模型 软件包 组学大数据
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首个完整西瓜果实代谢组数据库研究公布
17
《蔬菜》 2022年第12期40-40,共1页
2022年11月,中国农业科学院郑州果树研究所西瓜遗传育种与栽培创新团队联合国内高校,研究公布了首个完整的西瓜果实代谢组数据库,解析了西瓜演变史中口感风味驯化顺序和调控机制。该研究通过西瓜代谢组的全基因组关联分析,揭示了西瓜进... 2022年11月,中国农业科学院郑州果树研究所西瓜遗传育种与栽培创新团队联合国内高校,研究公布了首个完整的西瓜果实代谢组数据库,解析了西瓜演变史中口感风味驯化顺序和调控机制。该研究通过西瓜代谢组的全基因组关联分析,揭示了西瓜进化过程中主要口感风味品质性状的逐步选择和调控机制,发现在西瓜分化阶段,葫芦素(苦味)和类黄酮物质(涩味)是负向选择。 展开更多
关键词 负向选择 代谢组 类黄酮物质 基因组关联分析 创新团队 演变史 葫芦素 数据库研究
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临床全基因组时代元年 被引量:3
18
作者 张强 何丽 沈亦平 《中华儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期401-404,共4页
全基因组测序(WGS)具有检测基因组所有区域的所有类型遗传变异的优势,也面临着技术复杂性、遗传咨询复杂性以及费用昂贵等诸多挑战。随着测序成本的下降,正常人全基因组范围的序列变异和正常人WGS数据结构变异数据库的发布以及对WGS数... 全基因组测序(WGS)具有检测基因组所有区域的所有类型遗传变异的优势,也面临着技术复杂性、遗传咨询复杂性以及费用昂贵等诸多挑战。随着测序成本的下降,正常人全基因组范围的序列变异和正常人WGS数据结构变异数据库的发布以及对WGS数据生物信息分析流程的成熟,为评估WGS应用于临床的可行性提供了基础。从技术有效性、临床有效性、临床功效性以及相关的伦理、法律和社会影响方面综合考虑,WGS已具备了在临床应用的基本条件,并将在孟德尔遗传病及多基因复杂遗传病的检测中发挥重要作用。 展开更多
关键词 基因组测序 临床应用 复杂遗传病 生物信息分析 数据 遗传变异 遗传咨询 结构变异
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基于高通量测序技术的食源性病原体检测应用进展 被引量:4
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作者 戴陈伟 许勇 +1 位作者 武昌俊 蔡标 《食品安全质量检测学报》 CAS 2019年第18期6006-6012,共7页
高通量测序是DNA测序技术发展中里程碑式的突破。面对突然爆发的食源性病原体疫情,食源性病原体检测正从传统的物理化学方法以及核酸扩增杂交技术向无需富集分离的高通量测序技术发展。高通量测序技术把食源性病原体看成一个整体,直接... 高通量测序是DNA测序技术发展中里程碑式的突破。面对突然爆发的食源性病原体疫情,食源性病原体检测正从传统的物理化学方法以及核酸扩增杂交技术向无需富集分离的高通量测序技术发展。高通量测序技术把食源性病原体看成一个整体,直接对食品样本中的所有病原体进行全基因组测序,得到病原体基因组数据,并进一步通过生物信息学分析,得到病原体的基因型、毒力和耐药性报告。高通量测序技术广泛应用于食源性病原体检测的难点在于对测序数据的准确分析,但其在食源性病原体的快速检测、预防食源疫情传播和日常的食源疫情监测,尤其是发现未知食源性病原体方面拥有巨大的潜力。本文主要对基于高通量测序技术的食源性病原体检测技术的原理、应用进行综述,并介绍了现阶段面临的挑战和机遇。 展开更多
关键词 食源性病原体 高通量测序技术 基因组测序 数据分析
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Next-generation sequencing for clinical HLA typing
20
作者 Chengyu Wu Qiang Shi +1 位作者 Dinh Pham Afzal Nikaein 《实用器官移植电子杂志》 2018年第4期275-285,共11页
下一代测序(NGS)已经被证明可有效的减少人类白细胞抗原(HLA)分型的不准确性和检测成本,同时还可以检测出之前未测序的HLA基因的详细信息。本研究介绍了在Illumina公司的Mi Seq平台上使用NGS开发的HLA分型测定的性能要求。共纳入288个样... 下一代测序(NGS)已经被证明可有效的减少人类白细胞抗原(HLA)分型的不准确性和检测成本,同时还可以检测出之前未测序的HLA基因的详细信息。本研究介绍了在Illumina公司的Mi Seq平台上使用NGS开发的HLA分型测定的性能要求。共纳入288个样品,其之前以HLA-A,HLA-B,HLA-C,HLA-DRB1,HLA-DQA/B和HLA-DPA/B为特征,其使用Sanger测序、序列特异性引物和序列特异性寡核苷酸技术进行高分辨率的分型。这些样本携带高比例HLA特异性的等位基因。测序数据使用Omixon的HLA TwinTM进行分析。评估等位基因平衡、敏感性、特异性、精确性、准确性和不准确性。这些结果证明了NGS对HLA分型的可行性和获益处,因为这项技术非常准确,几乎排除了所有的不确定性,为HLA基因长度提供了完整的测序信息,并形成了利用单一方法进行HLA分型的基础免疫遗传学实验室。 展开更多
关键词 HLA分型 下一代测序 全基因组illumina数据分析 临床应用
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