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基于全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法对直肠癌发病机制的初步探讨 被引量:1
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作者 廖存 廖锡文 +3 位作者 韦瑞丽 黄伟 龚艺贞 马辉 《结直肠肛门外科》 2019年第4期422-426,共5页
目的采用癌症基因组图谱(TCGA)的直肠癌全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法(GSEA),并通过比较直肠癌与癌旁正常组织的全基因组数据集,以初步探讨直肠癌相关发病机制。方法从TCGA门户网站下载直肠癌组织和癌旁正常组织的全基因组RN... 目的采用癌症基因组图谱(TCGA)的直肠癌全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法(GSEA),并通过比较直肠癌与癌旁正常组织的全基因组数据集,以初步探讨直肠癌相关发病机制。方法从TCGA门户网站下载直肠癌组织和癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集,以癌组织与癌旁正常组织作为表型分组依据,从GSEA网站的Molecular Signatures Database(MSigDB)中选取c2和c5作为对照基因集。结果共下载到167个直肠癌组织和10个癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集。在c2、c5富集分析结果中,在癌组织表型分组中分别获得170条、151条差异具有统计学意义的基因集,在癌旁正常组织表型中则分别获得341条、710条基因集。直肠癌发病机制可能与调控细胞周期、DNA修复、DNA复制等生物学过程和NF-κB等信号通路有关。结论直肠癌发病机制可能涉及细胞基本状态的调控。 展开更多
关键词 直肠癌 癌症基因组图谱 全基因组rna测序 基因集富集分析
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Characteristics of Antisense Non-coding RNA in the INK4 Locus and Its Roles in Disease
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作者 Jin-hua He Yu-guang Li 《Chinese Medical Sciences Journal》 CAS CSCD 2013年第2期122-123,共2页
Abstract With the development of genome-wide sequencing technology, 195 types of functional long non-coding RNAs (lncRNAs) have so far been found, and their cellular roles are gradually being revealed. Now lncRNAs h... Abstract With the development of genome-wide sequencing technology, 195 types of functional long non-coding RNAs (lncRNAs) have so far been found, and their cellular roles are gradually being revealed. Now lncRNAs have become a hotspot in the life science. These small molecules exist in almost all higher eukaryotes, and have very important regulatory roles in these organisms. This review briefly summarizes recent progress in researches on antisense non-coding RNA in the INK4 locus. 展开更多
关键词 long non-coding rnas antisense non-coding rna in the INK4 locus EXPRESSION
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