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基于全基因转录组的结核诊断标识研究 被引量:2
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作者 陈献雄 杨倩婷 +5 位作者 邱振纲 朱家楼 张明霞 邓国防 邓群益 陈心春 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2018年第1期56-64,共9页
早期诊断是结核患者得到及时治疗的关键,目前结核病诊断手段不足,迫切需要更加快速、简便的诊断方法.本研究分析9例治疗前结核患者、6例结核潜伏感染者、6例健康对照的全基因转录组表达谱,并对结核患者治疗前后表达谱进行随访.结果发现... 早期诊断是结核患者得到及时治疗的关键,目前结核病诊断手段不足,迫切需要更加快速、简便的诊断方法.本研究分析9例治疗前结核患者、6例结核潜伏感染者、6例健康对照的全基因转录组表达谱,并对结核患者治疗前后表达谱进行随访.结果发现,与健康对照和结核潜伏感染者比较,结核患者有77个高表达、50个低表达的差异表达基因,其中有12个差异表达基因表达量经抗结核治疗后下调;差异表达基因GO分析筛选出9个与炎症反应、免疫应答、趋药性相关的生物学功能通路,KEGG pathway分析发现,1个细胞因子和细胞因子受体相关的信号转导通路,各通路均有趋化因子或者细胞因子参与.应用RT-qPCR方法进行临床扩大样本验证,发现大部分基因RT-qPCR验证结果与基因芯片结果趋势一致,其中HBB等8个基因一致性最好;绘制ROC曲线评价HBB和TNFRSF10C两个基因诊断结核病的效能,AUC均在0.9以上,敏感性和特异性均在95%以上;本研究发现的差异表达基因为结核病研究提供了新的生物学标识,为结核病诊断方法的建立、疗效的监测、发病机制的揭示提供了新依据. 展开更多
关键词 结核 全基因转录组 诊断 生物标识
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盾叶冠心宁片抗动脉粥样硬化相关lncRNA-miRNA-mRNA共表达及关键基因网络构建预测 被引量:1
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作者 李艳霞 李益萍 王肖龙 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期3812-3818,共7页
目的研究盾叶冠心宁片抗ApoE^(-/-)小鼠动脉粥样硬化的作用及机制。方法40只ApoE^(-/-)小鼠随机分为空白组、模型组、可定组、盾叶组,每组10只。空白组给予基础饲料,其余各组均给予高脂饲料。造模的同时可定组、盾叶组分别灌胃给予瑞舒... 目的研究盾叶冠心宁片抗ApoE^(-/-)小鼠动脉粥样硬化的作用及机制。方法40只ApoE^(-/-)小鼠随机分为空白组、模型组、可定组、盾叶组,每组10只。空白组给予基础饲料,其余各组均给予高脂饲料。造模的同时可定组、盾叶组分别灌胃给予瑞舒伐他汀钙片0.76 mg/kg、盾叶冠心宁片146 mg/kg。12周后,对主动脉窦进行HE染色、油红O染色、Masson染色。全基因转录组测序技术对空白组、模型组、盾叶组筛选差异基因进行聚类分析、WGCNA及STEM分析重叠基因、GO和KEGG功能通路分析,同时构建相关网络。结果病理染色结果显示,与模型组比较,可定组、盾叶组主动脉窦处的斑块面积及油红面积占比减少(P<0.05),同时胶原纤维增加(P<0.05);与可定组比较,盾叶组主动脉窦斑块面积增加(P<0.05),而油红面积占比和斑块内胶原纤维占比无明显差异(P>0.05)。测序共得到了1623个差异基因;聚类分析可以有效区分不同的组别;WGCNA及STEM分析得到156个重叠基因;经GO和KEGG分析显示盾叶冠心宁片抗动脉粥样硬化作用主要与脂质代谢有关。结论盾叶冠心宁片对ApoE^(-/-)小鼠动脉粥样硬化具有一定干预作用,其机制可能与脂质代谢有关,如脂肪酸代谢、脂质代谢过程、脂类生物合成、PPAR信号通路。 展开更多
关键词 盾叶冠心宁片 动脉粥样硬化 全基因转录组测序 脂质代谢
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Genome wide expression analysis of the effect of Socheongryong Tang in asthma model of mice 被引量:1
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作者 Chi-Yeon Lim Hyung-Woo Kim +1 位作者 Bu-Yeo Kim Su-In Cho 《Journal of Traditional Chinese Medicine》 SCIE CAS CSCD 2015年第2期168-174,共7页
OBJECTIVE:To investigate the molecular effect of Socheongryong Tang(SCRT,Xiaoqinglong Tang in Chinese) on whole genome level in asthma mouse model by microarray technology.METHODS:Asthma was induced by intranasal inst... OBJECTIVE:To investigate the molecular effect of Socheongryong Tang(SCRT,Xiaoqinglong Tang in Chinese) on whole genome level in asthma mouse model by microarray technology.METHODS:Asthma was induced by intranasal instillation of ovalbumin in mouse.After administration of SCRT on asthma-induced mouse,the expression of genes in lung tissue was measured using whole genome microarray.The functional implication of differentially expressed genes was performed using ontological analysis and the similarity of promoter structure of genes was also analyzed.RESULTS:Treatment of SCRT restored expression level of many up- or down-regulated genes in asthma model,and this recovery rate means SCRT could regulate a set of genes having specific TFBS binding sites.CONCLUSION:In this study,we identified a set of genes subjected to similar regulation by SCRT in asthma model in mice. 展开更多
关键词 Asthma Transcription factors Microarray analysis Genome wide expression Socheongryong Tang(Xiaoqinglong Tang)
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